View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21198_low_2 (Length: 544)

Name: NF21198_low_2
Description: NF21198
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21198_low_2
NF21198_low_2
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (15-525)||(3569566-3570076)
chr6 (15-522)||(3563918-3564425)
chr6 (15-521)||(3575897-3576403)
chr6 (15-521)||(3584815-3585321)
chr6 (32-525)||(3572630-3573123)
chr6 (158-521)||(3577896-3578259)
chr6 (15-526)||(13275846-13276355)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-525)||(38356933-38357443)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (116-237)||(42602831-42602952)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 525
Target Start/End: Original strand, 3569566 - 3570076
Alignment:
15 cagagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatccacagtcgatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
3569566 cagagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttgggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaa 3569665  T
115 tggtgtcaaattcggtgaggccgtgtggttcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgca 214  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3569666 tggtgtacaattcggtgaggccgtgtggttcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgca 3569765  T
215 caaagcatccttgctatatgggcagtccaagttatcttaatgggcgccgtggagggttaccgtattgctggtggacctctaggcgaggtagtcgatccac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3569766 caaagcatccttgctatatgggcagtccaagttatcttaatgggcgccgtggagggttaccgtattgctggtggacctctaggcgaggtagtcgatccac 3569865  T
315 tctacccaggtggcagctttgaccccttgggccttgccgaagatcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3569866 tctacccaggtggcagctttgaccccttgggccttgccgaagatcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctat 3569965  T
415 gttctctatgtttggattcttcgttcaggccattgtcaccggaaagggacctattgagaacctcgctgaccaccttgctgatccagttaacaacaatgct 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3569966 gttctctatgtttggattcttcgttcaggccattgtcaccggaaagggacctattgagaacctcgctgaccaccttgctgatccagttaacaacaatgct 3570065  T
515 tgggcctatgc 525  Q
    |||||||||||    
3570066 tgggcctatgc 3570076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 522
Target Start/End: Original strand, 3563918 - 3564425
Alignment:
15 cagagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatccacagtcgatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaa 114  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
3563918 cagagacatttgccaaaaaccgtgaactcgaggtcatccacagtagatgggctatgttgggtgccttgggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaa 3564017  T
115 tggtgtcaaattcggtgaggccgtgtggttcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgca 214  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3564018 tggtgtcaaattcggcgaggctgtatggttcaaggcaggatcccaaatttttagtgagggtgggcttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgca 3564117  T
215 caaagcatccttgctatatgggcagtccaagttatcttaatgggcgccgtggagggttaccgtattgctggtggacctctaggcgaggtagtcgatccac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||    
3564118 caaagcatccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggtgctgttgagggttaccgtattgctggtggacctctcggtgaggtggttgacccac 3564217  T
315 tctacccaggtggcagctttgaccccttgggccttgccgaagatcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3564218 tctacccaggtggcagctttgaccccttgggccttgccgaagatcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctat 3564317  T
415 gttctctatgtttggattcttcgttcaggccattgtcaccggaaagggacctattgagaacctcgctgaccaccttgctgatccagttaacaacaatgct 514  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||    
3564318 gttctctatgtttggatttttcgttcaagccattgtgactggaaagggacctatcgagaacctcgccgaccaccttgctgacccggttaacaacaatgct 3564417  T
515 tgggccta 522  Q
    ||||||||    
3564418 tgggccta 3564425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 15 - 521
Target Start/End: Original strand, 3575897 - 3576403
Alignment:
15 cagagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatccacagtcgatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
3575897 cagagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatccacagtagatgggctatgttaggagctttgggatgtgtcttccccgagctcttgtctcgcaa 3575996  T
115 tggtgtcaaattcggtgaggccgtgtggttcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgca 214  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
3575997 tggtgtgaaattcggcgaggctgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccacgca 3576096  T
215 caaagcatccttgctatatgggcagtccaagttatcttaatgggcgccgtggagggttaccgtattgctggtggacctctaggcgaggtagtcgatccac 314  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||    
3576097 caaagtatccttgctatatgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgagggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccac 3576196  T
315 tctacccaggtggcagctttgaccccttgggccttgccgaagatcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctat 414  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||||    
3576197 tctacccaggtggaagctttgacccattgggcctcgctgacgacccagaggcttttgcagagttaaaggtgaaagaacttaagaatggtaggctagctat 3576296  T
415 gttctctatgtttggattcttcgttcaggccattgtcaccggaaagggacctattgagaacctcgctgaccaccttgctgatccagttaacaacaatgct 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| || |||||  |  |||| || || |||||||| |||    
3576297 gttctctatgtttggattcttcgttcaggccattgtaaccggaaagggacctctagagaaccttgccgaccatatcactgaccccgtcaacaacaacgct 3576396  T
515 tgggcct 521  Q
    |||||||    
3576397 tgggcct 3576403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 15 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 3585321 - 3584815
Alignment:
15 cagagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatccacagtcgatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaa 114  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||    
3585321 cagagacatttgccaaaaaccgtgaactcgaggtcattcatagtagatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttcccagaactcttggctcgcaa 3585222  T
115 tggtgtcaaattcggtgaggccgtgtggttcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgca 214  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
3585221 tggtgtgaaattcggtgaggctgtgtggtttaaggcaggatctcaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgca 3585122  T
215 caaagcatccttgctatatgggcagtccaagttatcttaatgggcgccgtggagggttaccgtattgctggtggacctctaggcgaggtagtcgatccac 314  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||    
3585121 caaagcatccttgctatttgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgaaggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccac 3585022  T
315 tctacccaggtggcagctttgaccccttgggccttgccgaagatcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctat 414  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||    
3585021 tctatccaggtggaagctttgacccattgggccttgctgaggaccccgaggcttttgcagagttaaaggttaaagaactcaagaatggtaggttagcgat 3584922  T
415 gttctctatgtttggattcttcgttcaggccattgtcaccggaaagggacctattgagaacctcgctgaccaccttgctgatccagttaacaacaatgct 514  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| |  | ||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||    
3584921 gttctctatgtttggattctttgttcaagccatcgtgaccggaaagggacctttaaaaaaccttgctgaccacatcgctgacccagttaacaacaacgct 3584822  T
515 tgggcct 521  Q
    |||||||    
3584821 tgggcct 3584815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 32 - 525
Target Start/End: Original strand, 3572630 - 3573123
Alignment:
32 aaccgtgaactcgaggtcatccacagtcgatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaatggtgtcaaattcggtg 131  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||    
3572630 aaccgtgaactagaggtcattcacagtaggtgggctatgttgggagccttgggatgtgtcttccctgagctcttggctcgcaatggtgttaaattcggtg 3572729  T
132 aggccgtgtggttcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgcacaaagcatccttgctat 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3572730 aggccgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggaaatccaagtctagtccatgcacaaagcatccttgctat 3572829  T
232 atgggcagtccaagttatcttaatgggcgccgtggagggttaccgtattgctggtggacctctaggcgaggtagtcgatccactctacccaggtggcagc 331  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||     
3572830 atgggctgtccaagttatcttaatgggtgctgttgagggttatcgtattgcaggtggacctctcggtgaggttgtcgacccactctacccaggtggtagt 3572929  T
332 tttgaccccttgggccttgccgaagatcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctatgttctctatgtttggat 431  Q
    |||||||| || ||||| || || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
3572930 tttgacccattaggcctagctgatgacccagaggcttttgcagagttaaaggtgaaagaactcaaaaatggaaggttagctatgttttccatgtttggat 3573029  T
432 tcttcgttcaggccattgtcaccggaaagggacctattgagaacctcgctgaccaccttgctgatccagttaacaacaatgcttgggcctatgc 525  Q
    |||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
3573030 tctttgttcaagctattgtaaccggaaaaggacctatagagaatcttgctgaccaccttgctgacccagttaacaacaatgcatgggcctatgc 3573123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 158 - 521
Target Start/End: Original strand, 3577896 - 3578259
Alignment:
158 caaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgcacaaagcatccttgctatatgggcagtccaagttatcttaatgg 257  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||| || |||||||||||    
3577896 caaatctttagtgatggagggcttgactacttgggtaacccaagcctagtccacgcacaaagcatccttgctatttgggttgtcctagctatcttaatgg 3577995  T
258 gcgccgtggagggttaccgtattgctggtggacctctaggcgaggtagtcgatccactctacccaggtggcagctttgaccccttgggccttgccgaaga 357  Q
    | || || ||||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||    
3577996 gagctgttgagggttaccgtattgccgatggacctcttggtgaggtagtcgatccactctaccccggtggaagctttgacccattgggcctcgcagacga 3578095  T
358 tcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctatgttctctatgtttggattcttcgttcaggccattgtcaccgga 457  Q
     || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |    
3578096 cccagaggcttttgcagagttaaaggttaaagaactcaagaatggcaggttagctatgttctcgatgtttggatttttcgttcaggccattgtaaccgaa 3578195  T
458 aagggacctattgagaacctcgctgaccaccttgctgatccagttaacaacaatgcttgggcct 521  Q
    ||||||||  | |||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
3578196 aagggaccactagagaaccttgctgaccacatcgctgatccagtcaacagcaacgcttgggcct 3578259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 15 - 526
Target Start/End: Original strand, 13275846 - 13276355
Alignment:
15 cagagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatccacagtcgatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaa 114  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||  | ||||||| ||||| |  ||| |||| ||||| |||||| || | ||  | || ||    
13275846 cagagacatttgcaaaaaaccgtgaacttgaggttatccactctagatgggccatgttcga-gccctaggttgtgtgttcccttagttgttggcgcgtaa 13275944  T
115 tggtgtcaaattcggtgaggccgtgtggttcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgca 214  Q
    ||| |||| ||| || || | || ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||    
13275945 tggcgtcacatttggcgaagtcg-gtggttcaaggccaggtcccaaatctttagtgagggtgggctagactatttgggcaacccaagtcttgtacatgca 13276043  T
215 caaagcatccttgctatatgggcagtccaagttatcttaatgggcgccgtggagggttaccgtattgctggtggacctctaggcgaggtagtcgatccac 314  Q
    |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  | || ||||    
13276044 caaagcatccttgccatatgggcctgccaagttatcttgatgggtgctgttgagggttaccgtattgctggtggacctcttggtgaggtgattgacccac 13276143  T
315 tctacccaggtggcagctttgaccccttgggccttgccgaagatcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctat 414  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || || || ||||||| ||||||||| ||||||||  | || |||||||||||||| ||    
13276144 tctacccaggtggtagcttcgacccattgggtctcgccgatgacccagaagcttttgtagagttgaaagtgaaagagattaagaatggtaggttagccat 13276243  T
415 gttctctatgtttggattcttcgttcaggccattgtcaccggaaagggacctattgagaacctcgctgaccaccttgctgatccagttaacaacaatgct 514  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||| || || || || |||||||| |||    
13276244 gttttctatgtttggattcttcgttcaagccattgtgaccggaaagggacctttggaaaaccttgctgaccacctcgcagacccggtcaacaacaacgct 13276343  T
515 tgggcctatgct 526  Q
    ||||||| ||||    
13276344 tgggcctttgct 13276355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 15 - 525
Target Start/End: Original strand, 38356933 - 38357443
Alignment:
15 cagagacatttgccaagaaccgtgaactcgaggtcatccacagtcgatgggctatgttgggtgccttaggatgtgtcttccctgagctcttatctcgcaa 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||| | |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||    
38356933 cagagacattcgccaagaaccgtgaacttgaagtcatccatagtaggtgggctatgttgggagccttgggatgtgttttcccagagcttttgtctcgcaa 38357032  T
115 tggtgtcaaattcggtgaggccgtgtggttcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgca 214  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||     
38357033 tggtgttaaattcggtgaggctgtatggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgct 38357132  T
215 caaagcatccttgctatatgggcagtccaagttatcttaatgggcgccgtggagggttaccgtattgctggtggacctctaggcgaggtagtcgatccac 314  Q
    || ||||| ||||| || |||||   |||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || || ||||    
38357133 cagagcattcttgccatctgggctacccaagttatcttgatgggcgctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccac 38357232  T
315 tctacccaggtggcagctttgaccccttgggccttgccgaagatcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctat 414  Q
    | |||||||| |||||||||||||| |||||||| || || || || |||||||| |||||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||| ||    
38357233 tatacccaggaggcagctttgacccattgggcctagctgacgacccagaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccat 38357332  T
415 gttctctatgtttggattcttcgttcaggccattgtcaccggaaagggacctattgagaacctcgctgaccaccttgctgatccagttaacaacaatgct 514  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||| || || || ||||| || ||||| |||||||| ||     
38357333 gttctctatgttcggattctttgttcaggctattgtgaccggaaagggacctttggagaaccttgccgatcatcttgccgacccagtcaacaacaacgca 38357432  T
515 tgggcctatgc 525  Q
    |||||||||||    
38357433 tgggcctatgc 38357443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 116 - 237
Target Start/End: Original strand, 42602831 - 42602952
Alignment:
116 ggtgtcaaattcggtgaggccgtgtggttcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgcac 215  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||  |||| |||||   ||||||||| |||||||| ||||| |||||||  ||  ||||||| |    
42602831 ggtgttaaattcggtgaggctgtgtggtttaaggctggtgcccagatcttctctgagggtggccttgactatttgggcaacccaaacctgatccatgctc 42602930  T
216 aaagcatccttgctatatgggc 237  Q
    | ||||| ||||| || |||||    
42602931 agagcattcttgcaatctgggc 42602952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University