View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21205_high_5 (Length: 665)

Name: NF21205_high_5
Description: NF21205
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21205_high_5
NF21205_high_5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-659)||(49513772-49514413)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 659
Target Start/End: Original strand, 49513772 - 49514413
Alignment:
Q  18 cttggtggtaaagtacgttaaatgagatgttttattgtattgaattgagcactagagttagatactagtggttaattaattgtacgaggttcagaagtat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49513772 cttggtggtaaagtacgttaaatgagatgttttattgtattgaattgagcactagagttagatactagtggttaattaattgtacgaggttcagaagtat 49513871  T
Q  118 ggatgaggtgcttgtgtgcttgggaaacgtacaaatttggttacgtttgaattgaaccaaatataaataatgcatagtatatatgattaaaaacaaacaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49513872 ggatgaggtgcttgtgtgcttgggaaacgtacaaatttggttacttttgaattgaaccaaatataaataatgcatagtatatatgattaaaaacaaacaa 49513971  T
Q  218 acataaagtatgcttaaatctaaatattattcagctacacgtttgcacgatgaagccgctgcctacactcaaatgttgtcatctttgatttgaaattaac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49513972 acataaagtatgcttaaatctaaatattattcagctacacgtttgcacgatgaagccgctgcctacactcaaatgttgtcatctttgatttgaaattaac 49514071  T
Q  318 ttgtagggcttgtagttgatgctgactaagcttcaaataacttattgcatccttatgatgagtcatgacattcattgttaacattatcatccaaaaaata 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49514072 ttgtagggcttgtagttgatgctgactaagcttcaaataacttattgcatccttatgatgagtcatgacattcattgttaacattatcatccaaaaaata 49514171  T
Q  418 gttgcggtaagcaattttcaaagtcaactgtgttcagggtccatcaccattccacaagctgatttttgttgcaaattcaatgtatataattggtgcatta 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49514172 gttgcggtaagcaattttcaaagtcaactgtgttcagggtccatcaccattccacaagctgatttttgttgcaaattcaatgtatataattggtgcatta 49514271  T
Q  518 ttggtgaccaaatgagcactctaaaaatgagaacctgggatggtcatggaaacccatatgagaaaagtatggaaggaaggagtgtatacgtccgtcccac 617  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49514272 ttggtgaccaaatcagcactctaaaaatgagaacctgggatggtcatggaaacccatatgagaaaagtatggaaggaaggagtgtatacgtccgtcccac 49514371  T
Q  618 cgaattcaatgtgatattttaatgcgtcttaacctttgcttc 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49514372 cgaattcaatgtgatattttaatgcgtcttaacctttgcttc 49514413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University