View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21205_low_15 (Length: 480)

Name: NF21205_low_15
Description: NF21205
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21205_low_15
NF21205_low_15
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (11-464)||(4784929-4785382)
chr7 (11-464)||(4817358-4817811)
chr7 (78-464)||(4862525-4862911)
chr7 (78-464)||(4698284-4698670)
chr7 (78-464)||(4713160-4713546)
chr7 (78-404)||(4854590-4854916)
chr7 (101-464)||(4665594-4665957)
chr7 (252-461)||(4652330-4652539)
chr7 (101-464)||(4629568-4629931)
chr7 (89-464)||(4660448-4660823)
chr7 (88-463)||(4642350-4642725)
chr7 (82-464)||(4671280-4671662)
chr7 (88-437)||(4635503-4635852)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (262-464)||(18926833-18927035)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 4785382 - 4784929
Alignment:
Q  11 catcatcagtaaaatgtgccaattctatcctttgcttactcttttccttttccttggtaccaacaagcttactatcctcctcactcatctccaactgcaa 110  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4785382 catcatcagtaaaatgtgacaattctatcctttgctcactcttttccttttccttggtaccaacaagcttactatcctcctcactcatctctaactgcaa 4785283  T
Q  111 tgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaaccatttgacaataacatttcaaacac 210  Q
    |||||||||||| |   |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4785282 tgcaaactctaatgtcgcaaccacatcactcatcgacattcgttgatttccatcatcatgcaaacaatttaacaccatttgacaataacatttcaaacac 4785183  T
Q  211 tcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttt 310  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4785182 tcacttgttatagaatctttaatgaacgggtccaccatatcttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttt 4785083  T
Q  311 tcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4785082 tcttatccaaagaacgaaccaacgggggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcg 4784983  T
Q  411 catgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctgac 464  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784982 catgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctgac 4784929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 4817811 - 4817358
Alignment:
Q  11 catcatcagtaaaatgtgccaattctatcctttgcttactcttttccttttccttggtaccaacaagcttactatcctcctcactcatctccaactgcaa 110  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4817811 catcatcagtaaaatgtgacaattctatcctttgctcactcttttccttttccttggtaccaacaagcttactatcctcctcactcatctctaactgcaa 4817712  T
Q  111 tgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaaccatttgacaataacatttcaaacac 210  Q
    |||||||||||| |   |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4817711 tgcaaactctaatgtcgcaaccacatcactcatcgacattcgttgatttccatcatcatgcaaacaatttaacaccatttgacaataacatttcaaacac 4817612  T
Q  211 tcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttt 310  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817611 tcacttgttatagaatctttaatgaacgggtccaccatatcttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttt 4817512  T
Q  311 tcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcg 410  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4817511 tcttatccaaagaccgaaccaacgggggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaatctttgtcg 4817412  T
Q  411 catgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctgac 464  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817411 catgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctgac 4817358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 78 - 464
Target Start/End: Original strand, 4862525 - 4862911
Alignment:
Q  78 cttactatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaa 177  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4862525 cttagtatcttcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaa 4862624  T
Q  178 cttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaac 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4862625 cttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacggatctaccatctcttcaattatgacaccttcattgtaac 4862724  T
Q  278 atgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaaga 377  Q
    || |||||||||||||  | ||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4862725 atttttgaaaccaaacgactaaactcgcttttttcttttcagaagaacgaaccaatggtggtctcgcacacaacacctcaagaaggacaacaccgaaaga 4862824  T
Q  378 gtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctgac 464  Q
     ||||| || || ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||  ||||||||    
T  4862825 atacacgtcggattttagagtcaacctttgacgaaggtagtattctggatctaaatatccaagactacccttcaccacggtgctgac 4862911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 78 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 4698670 - 4698284
Alignment:
Q  78 cttactatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaa 177  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  4698670 cttagtatcctcctcacttatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcatcgacatccgttgatttccatcatcatgcaaacaa 4698571  T
Q  178 cttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaac 277  Q
    || || |||||||| ||||||| ||| | ||| |||   ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||    
T  4698570 ctcaacaccatttggcaataactttttagacattcagccgttatagaatcctttatgaacgggtccaccatctcttcgatgatcacaccttcattgtaac 4698471  T
Q  278 atgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaaga 377  Q
    || |||| |||||||   | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  4698470 atctttggaaccaaaagactaaactcgcttttttcttttccaaagaacgaaccaaaggtggtctcgcacacaatacctcaagaagcacaacaccaaaaga 4698371  T
Q  378 gtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctgac 464  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  4698370 gtacacgtcggactttagggtcaacctttgacgaaggtagtattcgggatctaaatacccgagactacccttcaccttagtgctgac 4698284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 78 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 4713546 - 4713160
Alignment:
Q  78 cttactatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaa 177  Q
    ||||| ||||||| |||||||  |||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  4713546 cttaccatcctccccactcataaccaatttcaacgcaagctctaaagtcccaaccacatcactcatagacattcgttgatttccatcaccatgcaaacaa 4713447  T
Q  178 cttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaac 277  Q
    || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||    
T  4713446 ctcaacaccatttcacaataacatttcaaacactcacttgttatagagtcctttatgaacgggtccaccatctcttcaactatcacaccttcattgtaac 4713347  T
Q  278 atgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaaga 377  Q
    || |||  ||| || || |||   |  |||||| ||||||||||||| || |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  4713346 attttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaaggtggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatga 4713247  T
Q  378 gtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctgac 464  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| | | ||| | |||| | |||||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||||    
T  4713246 gtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtgctgac 4713160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 78 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 4854916 - 4854590
Alignment:
Q  78 cttactatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaa 177  Q
    |||||||| |||| |||||||  |||| | ||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
T  4854916 cttactattctccccactcataaccaatttcaacgcaagctctaaagttccaaccacatcactcatagacatccgttgatttccatcaccatgcaaacaa 4854817  T
Q  178 cttaaaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaac 277  Q
    || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||    
T  4854816 ctcaacaccatttgacaataaaatttcaaacactcacttgttatagagtcctttatgaatgggtccaccatctcttcaactatcactccttcattgtaac 4854717  T
Q  278 atgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaaga 377  Q
    || |||  ||| || || |||   |  ||||||||||||||||  || || |||| || ||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  4854716 attttttgaacaaagcaaccatgttcacttttttcttatccaataaatgatccaaaggtggtctcgcacacaacatctcaagaagtacatcaccgaaaga 4854617  T
Q  378 gtacacatcagactttagagtcaacct 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  4854616 gtacacatcagactttagagtcaacct 4854590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 101 - 464
Target Start/End: Original strand, 4665594 - 4665957
Alignment:
Q  101 ccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaaccatttgacaataaca 200  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| | ||||| |||||||| ||||||||  |||  |  |||||| |    
T  4665594 ccaattgcaatgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaagcaacttaacgccaacttgcaataata 4665693  T
Q  201 tttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaa 300  Q
    ||||||  |||||  ||| ||||||||  ||| ||| || || || || | ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||  | | | |    
T  4665694 tttcaagtactcatctgtgatagaatcccttacgaatggatcaactatttgttcaattgccacaccttcatcgtaacattttttaaaccaacaaactaga 4665793  T
Q  301 cttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtca 400  Q
    || ||  | ||||||||||||  ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |    
T  4665794 ctagcagtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacatcagattttagagtta 4665893  T
Q  401 acctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctgac 464  Q
     ||||||  |||| || ||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||    
T  4665894 gcctttggagcatataatattcgggatccaaatatccgaggctccccttcaccatcgtgctgac 4665957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 252 - 461
Target Start/End: Original strand, 4652330 - 4652539
Alignment:
Q  252 ttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaac 351  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| ||| ||| |||||||  | | | ||||||| | ||||||||||||  ||||||||| || ||||| |||||||||    
T  4652330 ttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaaccaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaac 4652429  T
Q  352 acctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttca 451  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||  |||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  4652430 acctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttca 4652529  T
Q  452 ccatagtgct 461  Q
    |||| |||||    
T  4652530 ccatcgtgct 4652539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 101 - 464
Target Start/End: Original strand, 4629568 - 4629931
Alignment:
Q  101 ccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaaccatttgacaataaca 200  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| | ||||| |||||||| ||||||||  |||  |  |||||| |    
T  4629568 ccaattgcaatgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaagcaacttaacgccaacttgcaataata 4629667  T
Q  201 tttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaa 300  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||||||  ||| ||| || || || || | ||||||  ||||||||||||| |  ||| |||||||||||  | | | |    
T  4629668 tttcaagcactcaactgtgatagaatcccttaagaatggatcgactatttgttcaatcgccacaccttcattatggcatttttgaaaccaacaaactaga 4629767  T
Q  301 cttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtca 400  Q
    || ||| | ||||||||||||  ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| |    
T  4629768 ctagctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccaaacgagtacacgtcagattttagagtta 4629867  T
Q  401 acctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctgac 464  Q
     ||||||  |||| |||||||| ||||||||||| || || || || |||||||| ||||||||    
T  4629868 gcctttggagcatatagtattcgggatccaaatatccaaggctccccttcaccatcgtgctgac 4629931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 89 - 464
Target Start/End: Original strand, 4660448 - 4660823
Alignment:
Q  89 cctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaaccat 188  Q
    ||||||||| | |||| |||||  ||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| | ||||| |||||||||||||||||  |||     
T  4660448 cctcactcaccaccaattgcaacacaaactctaaacccccaaccacttgactcattgaaggtcgttgagtcccatcatcatgcaaacaacttaacgccaa 4660547  T
Q  189 ttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaac 288  Q
     |  |||||| ||| ||||||||||   || ||||||||||||| | | || ||||| || | ||||||  ||||||||||||  || ||| ||| ||||    
T  4660548 cttgcaataatattccaaacactcatccgtgatagaatcttttagggatggatccactatttgttcaatcgccacaccttcatcatagcatcttttaaac 4660647  T
Q  289 caaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcag 388  Q
    |||  | | | ||| | | | ||||||||||||   |||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  4660648 caacaaactagactagttgtattcttatccaaatcgcgaaccaatggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacttcag 4660747  T
Q  389 actttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctgac 464  Q
    | |||||||| ||||||||  |||| |||||||  |||||||||||||| || || || |||||||| ||||||||    
T  4660748 attttagagttaacctttggagcatatagtattggggatccaaatacccaaggctccccttcaccattgtgctgac 4660823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 88 - 463
Target Start/End: Original strand, 4642350 - 4642725
Alignment:
Q  88 tcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaacca 187  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  4642350 tcctcactcaccaccaattgcaacgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgaattccatcatcatgcaaacaacttaacgcca 4642449  T
Q  188 tttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaa 287  Q
      |  |||||| |||  |||||||| |  || || |||||| ||| ||| || ||||| || | ||||||  |||||||||| | ||| ||| |||  ||    
T  4642450 acttgcaataatattctaaacactcgcccgtgatggaatctcttaggaatggatccactatttgttcaatcgccacaccttcttcgtagcatcttttgaa 4642549  T
Q  288 ccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatca 387  Q
    ||||  | | | ||| ||  | ||||||||||||  ||||||||| || || || ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||     
T  4642550 ccaacaaactagactagcagtattcttatccaaattacgaaccaaaggtggcctagcacacaacacttcaagaagtaccacaccgaacgagtacacatct 4642649  T
Q  388 gactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctga 463  Q
    || |||||||| | ||||||   ||| ||||| || ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||    
T  4642650 gattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaatacccaaggcttcctttcaccattgtgctga 4642725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 82 - 464
Target Start/End: Original strand, 4671280 - 4671662
Alignment:
Q  82 ctatcctcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaactta 181  Q
    ||||| |||||||||| | |||| |||||  ||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| ||||||| |||||||| ||||| |    
T  4671280 ctatcttcctcactcaccaccaattgcaacacaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgagttccatcatcatgcaagcaactca 4671379  T
Q  182 aaaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgt 281  Q
    |  |||  |  |||||| ||| |||||||||||  || ||||||||  ||| ||| |  ||||  || | ||||||  |||||||||||| ||| ||| |    
T  4671380 acgccaacttgcaataatattccaaacactcacccgtgatagaatcccttaggaatgaatccagtatttgttcaatcgccacaccttcatcgtagcatct 4671479  T
Q  282 ttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtac 381  Q
    || |||||||  | | | ||| ||| | ||||||||||||   |||||||| || || || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||    
T  4671480 tttaaaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaaaggtggcctagcacacaacacttcaagaagtaccacaccgaatgagtac 4671579  T
Q  382 acatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctgac 464  Q
    ||||| || |||||||| | ||||||   ||| ||||| || ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||    
T  4671580 acatctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaatacccaaggcttcctttcaccattgtgctgac 4671662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 88 - 437
Target Start/End: Original strand, 4635503 - 4635852
Alignment:
Q  88 tcctcactcatctccaactgcaatgcaaactctaaagctccaacaacatcactcattgacattcgttgatttccatcgtcatgcaaacaacttaaaacca 187  Q
    |||||||||| | | || ||||| |||||||||||| | ||||| || | |||||||||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  4635503 tcctcactcaccactaattgcaacgcaaactctaaacccccaaccacttgactcattgagggtcgttgaattccatcatcatgcaaacaacttaacgcca 4635602  T
Q  188 tttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatcttttatgaacgggtccaccatatcttcaattaccacaccttcattgtaacatgtttgaaa 287  Q
      |  ||| || |||  |||||||| |  || || |||||| ||| ||| || |||||||| | ||||||  |||||||||| | ||| ||| |||  ||    
T  4635603 acttgcaaaaatattcaaaacactcgcccgtgatggaatctcttaggaatggatccaccatttgttcaatcgccacaccttcttcgtagcatcttttgaa 4635702  T
Q  288 ccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatca 387  Q
    ||||  | | | ||| ||| | ||||||||||||   |||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||     
T  4635703 ccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaaaggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgtct 4635802  T
Q  388 gactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaataccc 437  Q
    || || ||||| | ||||||   ||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  4635803 gatttaagagtaagcctttggaacatatagtactcaggatctaaataccc 4635852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 59; Significance: 8e-25; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 262 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 18927035 - 18926833
Alignment:
Q  262 acaccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtcttgcacacaacacctcaagaa 361  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||  | | | ||| ||  | |||||||| |||   |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||    
T  18927035 acaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaagaa 18926936  T
Q  362 gcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgct 461  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||||  |||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||    
T  18926935 gcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtgct 18926836  T
Q  462 gac 464  Q
    |||    
T  18926835 gac 18926833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University