View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF21205_low_55 (Length: 254)
Name: NF21205_low_55
Description: NF21205
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF21205_low_55 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 232
Target Start/End: Original strand, 43076177 - 43076387
Alignment:
| Q |
19 |
attgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtacatattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctc |
118 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43076177 |
attgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtacatattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctc |
43076276 |
T |
|
| Q |
119 |
caagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaataagaagaatacgtgt |
218 |
Q |
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| T |
43076277 |
caagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaat---aagaatacgtgt |
43076373 |
T |
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| Q |
219 |
aaaatgaaacatta |
232 |
Q |
| |
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| T |
43076374 |
aaaatgaaacatta |
43076387 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 232
Target Start/End: Original strand, 43086404 - 43086614
Alignment:
| Q |
19 |
attgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtacatattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctc |
118 |
Q |
| |
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| T |
43086404 |
attgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtacatattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctc |
43086503 |
T |
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| Q |
119 |
caagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaataagaagaatacgtgt |
218 |
Q |
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| T |
43086504 |
caagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaat---aagaatacgtgt |
43086600 |
T |
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| Q |
219 |
aaaatgaaacatta |
232 |
Q |
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| T |
43086601 |
aaaatgaaacatta |
43086614 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 232
Target Start/End: Original strand, 43090075 - 43090285
Alignment:
| Q |
19 |
attgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtacatattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctc |
118 |
Q |
| |
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| T |
43090075 |
attgattcacctcaaatgacagtgttacaaacttacagtacatattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctc |
43090174 |
T |
|
| Q |
119 |
caagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaataagaagaatacgtgt |
218 |
Q |
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| T |
43090175 |
caagtgaatttttattctataacaataaattatatgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaat---aagaatacgtgt |
43090271 |
T |
|
| Q |
219 |
aaaatgaaacatta |
232 |
Q |
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| T |
43090272 |
aaaatgaaacatta |
43090285 |
T |
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