View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21207_low_3 (Length: 499)

Name: NF21207_low_3
Description: NF21207
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21207_low_3
NF21207_low_3
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (17-485)||(37863000-37863468)
chr3 (17-485)||(37858974-37859442)
chr3 (23-484)||(39030116-39030577)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-477)||(35250863-35251330)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (23-483)||(5310443-5310903)
chr7 (23-483)||(5289313-5289773)
chr7 (23-483)||(5302542-5303002)
chr7 (20-483)||(46706601-46707064)
chr7 (23-483)||(5284354-5284814)
chr7 (23-483)||(5315157-5315617)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (23-471)||(44128632-44129080)
chr1 (23-471)||(44132837-44133285)
chr1 (23-471)||(44141259-44141707)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (35-480)||(1478048-1478493)
chr5 (23-480)||(1505026-1505483)
chr5 (35-483)||(1482239-1482687)
chr5 (35-483)||(1492214-1492662)
chr5 (23-483)||(1509170-1509630)
chr5 (36-483)||(1499286-1499733)
chr5 (270-480)||(1486719-1486929)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (55-483)||(24163438-24163866)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 469; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 485
Target Start/End: Original strand, 37863000 - 37863468
Alignment:
Q  17 agatggaatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggct 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863000 agatggaatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggct 37863099  T
Q  117 tctcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactagg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863100 tctcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactagg 37863199  T
Q  217 tccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtccca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863200 tccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtccca 37863299  T
Q  317 ccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacac 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863300 ccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacac 37863399  T
Q  417 cacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctttg 485  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863400 cacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctttg 37863468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 17 - 485
Target Start/End: Original strand, 37858974 - 37859442
Alignment:
Q  17 agatggaatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggct 116  Q
    ||||||||||| || ||  |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  37858974 agatggaatgtaagcccgacttcacgaaggtgaccgtcaattgctccttcactatctggaaggatcgtttgtgcagtccataccaattcaaacaagggtt 37859073  T
Q  117 tctcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactagg 216  Q
    ||||||||| ||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  37859074 tctcaacttgtggtaatgggtctgaacctacgatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcttgccccacaaggctatcaagatgagtgtcactggg 37859173  T
Q  217 tccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtccca 316  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  37859174 tccacggaaagtaactgcagttatctctgaacaaactaccaacacacgagcacctttgttgttttcagccaagtctttagccaaacgaagcaccgtgcca 37859273  T
Q  317 ccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacac 416  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |    
T  37859274 ccagcaaaacaaccttgttggtacatcatgtaacgcttcacatatggacgaaggcccaagagctttgtcagctgatagtcggcaccgggcatgtccacgc 37859373  T
Q  417 cacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctttg 485  Q
    |||| ||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37859374 cactggtggtgcaaaagatgaggtgggtaatcttggacttaggttgaccccattccttgatggcctttg 37859442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 23 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 39030577 - 39030116
Alignment:
Q  23 aatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaa 122  Q
    ||||| ||||||||||||| |  |||| | | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39030577 aatgttagtcctgcttctctagtgtgagctttaatagctccttcactatctggaatgatggtttgtgcagtccataccaattcaaacaaaggcttctcaa 39030478  T
Q  123 cttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacg 222  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39030477 cttctggcaacgggtctgaaccaacaatcacagctgccgcaccatctccaaacaatgcccgtcccataagactatcaagatcagtatcactaggtccacg 39030378  T
Q  223 gaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagca 322  Q
     ||| ||| | |  | ||||| |||| ||||| ||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  || || ||||||||    
T  39030377 aaaattaaataccctaatctctgaactaaccatcaacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagca 39030278  T
Q  323 aaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttg 422  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  39030277 aaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttg 39030178  T
Q  423 tggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagccttt 484  Q
      |||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39030177 aagtgcaaaatatgagatgagtaaccattgacttaggttgaccccattcattgatagccttt 39030116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 17 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 35251330 - 35250863
Alignment:
Q  17 agatggaatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggct 116  Q
    ||||||||||| |||||  | || ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||  | |  |||||||||||      
T  35251330 agatggaatgttagtccaacctcacgaaggtgaccatcaatagctccttgactatcaggaaggattgtttgtgcagtccactctagctcaaacaaaggtc 35251231  T
Q  117 tctcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgc----tgca---ccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtat 209  Q
    ||||||| || || || |||||||||||||| |||||||||||    ||||   ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || |    
T  35251230 tctcaacctcaggtaatggatctgaaccaacgatcacagctgcaggctgcagcgccatctccaaacaatgcttgtcccacgagactatcaagatgggtgt 35251131  T
Q  210 cactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcac 309  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35251130 cactagggccacgaaaagtcactgcagtgatctctgaacaaaccacaagaacacgagcacctttattgttctcagccaaatctttagccaaacgaagaac 35251031  T
Q  310 cgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcata 409  Q
    | | |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||  |||| ||||| || |  |  |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35251030 cataccaccagcgaaacacccttgttggtacatcatataacgtttcaccgacggacgaagtcctagcaattttgtgagctgataatcagcaccaggcata 35250931  T
Q  410 tccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgat 477  Q
    ||||||||||| ||  ||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  35250930 tccacaccactagtaatgcaaaatatgaggtgagtgatcttggactttggttgaccccattccttgat 35250863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 23 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 5310903 - 5310443
Alignment:
Q  23 aatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaa 122  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| | ||| |||||||    
T  5310903 aatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaa 5310804  T
Q  123 cttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacg 222  Q
     |||||| |  || || ||||||||||| | ||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |  ||||||||||| || |||||    
T  5310803 tttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacaatgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacg 5310704  T
Q  223 gaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagca 322  Q
     || || || || ||||  || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  5310703 aaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgca 5310604  T
Q  323 aaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttg 422  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  5310603 aaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaaggcccaagagttttgtgagttgataatcagctccaggcatgtctacaccacttg 5310504  T
Q  423 tggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 483  Q
    |||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  5310503 tggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagcctt 5310443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 23 - 483
Target Start/End: Original strand, 5289313 - 5289773
Alignment:
Q  23 aatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaa 122  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| | ||| |||||||    
T  5289313 aatgttagtccagcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatccggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaa 5289412  T
Q  123 cttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacg 222  Q
     |||||| |  || || ||||||||||| | ||| || || ||||||||||||| ||| ||||| ||||| || || |  ||||||||||| || |||||    
T  5289413 tttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacg 5289512  T
Q  223 gaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagca 322  Q
    ||| || || || ||||  || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  5289513 gaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgca 5289612  T
Q  323 aaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttg 422  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| || ||||||||||    
T  5289613 aaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttg 5289712  T
Q  423 tggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 483  Q
    |||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  5289713 tggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagcctt 5289773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 23 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 5303002 - 5302542
Alignment:
Q  23 aatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaa 122  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| | ||| |||||||    
T  5303002 aatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaa 5302903  T
Q  123 cttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacg 222  Q
     |||||| |  || || || |||||||| | ||| || || ||||||||||| | ||| || || |||||||| || |  |||||||||||||| |||||    
T  5302902 tttctggtacggggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgagtatcactagggccacg 5302803  T
Q  223 gaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagca 322  Q
     || || || || |||| ||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  5302802 aaatgtgacagcggtgacctctgaacatacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagctagatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgca 5302703  T
Q  323 aaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttg 422  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || |  |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||  | ||||| || ||||||||||    
T  5302702 aaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcagcttcgggcatgtctacaccacttg 5302603  T
Q  423 tggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 483  Q
    |||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  5302602 tggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagcctt 5302542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 20 - 483
Target Start/End: Original strand, 46706601 - 46707064
Alignment:
Q  20 tggaatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttct 119  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||  ||||| | ||| ||||    
T  46706601 tggaatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagcaattgtttgtgaagtccaaaccatctcaaatataggtttct 46706700  T
Q  120 caacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtcc 219  Q
    ||| |||||| |  ||||| ||||||||||| |  || || || |   ||||||||| ||| ||||| ||||| || || |  |||||||||||||| ||    
T  46706701 caatttctggtactggatcagaaccaacaataagtgcagcagctctgactccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggcc 46706800  T
Q  220 acggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccacca 319  Q
     ||||| || ||||||||||  || |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||     
T  46706801 gcggaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaaccaatacacgggcacctttgttgttctcagccaaatcgttagccaaacgaagccccgtgcctcct 46706900  T
Q  320 gcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccac 419  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||    
T  46706901 gcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagaccgaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccac 46707000  T
Q  420 ttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 483  Q
    | || |||||||  ||||  || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  46707001 tagtagtgcaaacgattaagtgggtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagcctt 46707064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 5284814 - 5284354
Alignment:
Q  23 aatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaa 122  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| | |||  ||||||    
T  5284814 aatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtctctcaa 5284715  T
Q  123 cttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacg 222  Q
     |||||| |  || || || |||||||| | ||| || || ||||||||||| | ||| || || |||||||| || |  |||||||| ||||| |||||    
T  5284714 tttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacg 5284615  T
Q  223 gaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagca 322  Q
     || || || || ||||  || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  5284614 aaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgca 5284515  T
Q  323 aaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttg 422  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || |  |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || ||||||||||    
T  5284514 aaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttg 5284415  T
Q  423 tggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 483  Q
    |||||||||  ||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||    
T  5284414 tggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttggccccattcttttatagcctt 5284354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 5315617 - 5315157
Alignment:
Q  23 aatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaa 122  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||| |    
T  5315617 aatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcta 5315518  T
Q  123 cttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacg 222  Q
     |||||| |  || || || |||||||| | ||| || || ||||||||||| | ||| || || ||||| || || |  |||||||||||||| |||||    
T  5315517 tttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacg 5315418  T
Q  223 gaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagca 322  Q
     || || || || ||||  || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  5315417 aaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgca 5315318  T
Q  323 aaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttg 422  Q
    || || |||||||| |||||||| || |  |||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||| || || |||||||| || ||||||||||    
T  5315317 aagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccacttg 5315218  T
Q  423 tggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 483  Q
    |||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  5315217 tggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagcctt 5315157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 173; Significance: 8e-93; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 44129080 - 44128632
Alignment:
Q  23 aatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaa 122  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| |  || |||||||    
T  44129080 aatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaa 44128981  T
Q  123 cttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacg 222  Q
     |||||| |  ||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||| |  ||||| || ||||| || || |  |||||||||||||| || ||    
T  44128980 tttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcg 44128881  T
Q  223 gaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagca 322  Q
     || || ||||||||||  || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || |||    
T  44128880 aaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgca 44128781  T
Q  323 aaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttg 422  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  44128780 aagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttg 44128681  T
Q  423 tggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattc 471  Q
    |||||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44128680 tggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattc 44128632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 44133285 - 44132837
Alignment:
Q  23 aatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaa 122  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| |  || |||||||    
T  44133285 aatgttagtccagcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaa 44133186  T
Q  123 cttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacg 222  Q
     |||||| |  ||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||| |  ||||| || ||||| || || |  |||||||||||||| || ||    
T  44133185 tttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcg 44133086  T
Q  223 gaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagca 322  Q
     || || ||||||||||  || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || |||    
T  44133085 aaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgca 44132986  T
Q  323 aaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttg 422  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  44132985 aagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttg 44132886  T
Q  423 tggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattc 471  Q
    |||||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44132885 tggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattc 44132837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 23 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 44141707 - 44141259
Alignment:
Q  23 aatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaa 122  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| |  || |||||||    
T  44141707 aatgttagtccagcttcacgaaggtgaccgtcaatggccccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaa 44141608  T
Q  123 cttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacg 222  Q
     |||||| |  ||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||| | ||| || || ||||| || || |  |||||||||||||| || ||    
T  44141607 tttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcg 44141508  T
Q  223 gaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagca 322  Q
     || || ||||||||||  || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || |||    
T  44141507 aaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgca 44141408  T
Q  323 aaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttg 422  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  44141407 aagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttg 44141308  T
Q  423 tggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattc 471  Q
    |||||||||  || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44141307 tggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattc 44141259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 162; Significance: 3e-86; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 35 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 1478493 - 1478048
Alignment:
Q  35 gcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaacttctggcaacg 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||||| |||||| |  |    
T  1478493 gcttcacgaaggtgaccatcaatggctccctcactgtctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtattg 1478394  T
Q  135 gatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgc 234  Q
    | || ||||||||||| |  || || |||||||||||||| | ||| || || |||||||| || | ||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  1478393 ggtcagaaccaacaatgagtgcagcagcaccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgc 1478294  T
Q  235 agtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgt 334  Q
    ||| |  || |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  1478293 agtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgt 1478194  T
Q  335 tgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaa 434  Q
    || ||||||||||| | ||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |    
T  1478193 tggtacatcatatacctcttcacatatggacgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagcgccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaaaga 1478094  T
Q  435 ttagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagc 480  Q
    | |  || ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||    
T  1478093 tcaagtgtgtaatctttgattttggttggccccattcttttatagc 1478048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 23 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 1505483 - 1505026
Alignment:
Q  23 aatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaa 122  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||    
T  1505483 aatgttagtccagcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgcgattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataggtttctcaa 1505384  T
Q  123 cttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacg 222  Q
     |||||| |  ||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||| |  || || || ||||| || || |  |||||||||||||| || ||    
T  1505383 tttctggtattggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcg 1505284  T
Q  223 gaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagca 322  Q
     || || ||||||||||  || ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  1505283 aaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgca 1505184  T
Q  323 aaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttg 422  Q
    ||||| ||||| || |||||||| || | ||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  1505183 aaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttg 1505084  T
Q  423 tggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagc 480  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||    
T  1505083 tggtgcaaacaattaagtgagtaatctttgactttggctgaccccattcttttatagc 1505026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 35 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 1482687 - 1482239
Alignment:
Q  35 gcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaacttctggcaacg 134  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||||| |||||| |  |    
T  1482687 gcttcacgaagatgaccgtcaatggccccctcactgtctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtattg 1482588  T
Q  135 gatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgc 234  Q
    | || ||||||||||| |  || || || ||||||||||| | ||| || || |||||||| || | ||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  1482587 ggtcagaaccaacaatgagtgcagcagctccatctccaaagagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgc 1482488  T
Q  235 agtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgt 334  Q
    ||| |  || |||||||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  1482487 agtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattattctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaagcatccttgt 1482388  T
Q  335 tgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaa 434  Q
    || |||||||| || | ||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || || || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |    
T  1482387 tggtacatcatgtatctcttcacatatggacgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgtctacaccacttgtggtacaaaata 1482288  T
Q  435 ttagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 483  Q
    |||  || ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||    
T  1482287 ttaagtgtgtaatctttgattttggttggccccattcttttatagcctt 1482239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 35 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 1492662 - 1492214
Alignment:
Q  35 gcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaacttctggcaacg 134  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||| ||  ||||| | ||| || |||| |||||| | ||    
T  1492662 gcttcacgaagatgaccatcaatggcaccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccg 1492563  T
Q  135 gatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgc 234  Q
    |||| || |||||||| |  || ||||| ||||||||||| | ||| || || |||||||| || |  || |||||||| || ||||| || || |||||    
T  1492562 gatcagacccaacaataagtgcagctgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgc 1492463  T
Q  235 agtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgt 334  Q
    |||||  || |||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||     
T  1492462 agtgacttcagaacaaacaactaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgc 1492363  T
Q  335 tgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaa 434  Q
    || |||||||| || |  || ||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || ||||| |||||||||||||  |    
T  1492362 tggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtggtgcaaacga 1492263  T
Q  435 ttagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 483  Q
    |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  1492262 ttaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagcctt 1492214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 23 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 1509630 - 1509170
Alignment:
Q  23 aatgtcagtcctgcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaa 122  Q
    ||||| |||||  |||| ||||||||||| ||||| || |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| | ||  |||||||    
T  1509630 aatgttagtccaacttcacgaaggtgaccgtcaatggcaccttcactatttggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatatagatttctcaa 1509531  T
Q  123 cttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacg 222  Q
     |||||| |  || || | ||||||||| |  || || || ||||||||||| ||||| || || |||||||| || | ||||||||||| ||| ||||     
T  1509530 tttctggtacagggtcagtaccaacaatgagtgcagcagctccatctccaaataatgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcaccagggccaca 1509431  T
Q  223 gaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagca 322  Q
     || || |||||| |||  |  |||||||| ||||| ||||||||  ||| ||| |||||||||||||| || |||||| ||||||| || ||||| |||    
T  1509430 aaatgtgactgcaatgactttagaacaaacaaccaacacacgagcatcttggttattttcagccaaatcctttgccaaatgaagcacagtgccacctgca 1509331  T
Q  323 aaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttg 422  Q
    ||||| | |||||| |||||||| || |  || ||||| ||| ||||||| || || || || || ||||| | ||| |||| |||||| ||||||||||    
T  1509330 aaacacctttgttggtacatcatgtacctttttacatatgggtgaagacctaaaagtttggtaagttgataatgagctccagacatatcaacaccacttg 1509231  T
Q  423 tggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 483  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||| || || || |||||||| || ||||||||    
T  1509230 tggtgcaaaagattaaatgtgtaatctttgattttggctggccccattcttttatagcctt 1509170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 36 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 1499733 - 1499286
Alignment:
Q  36 cttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaacttctggcaacgg 135  Q
    |||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| ||| || |   |    
T  1499733 cttcacgaagttgaccacaaatagctccttcactatcagaagcaattgtttgtgcagtccaaactaactcaaataaaggtttctcaatttcaggtactag 1499634  T
Q  136 atctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgca 235  Q
     || || |||||||| || || || || ||||||||||| | ||| || || |||||  | |  || ||||||| |||||||||||  || |  | ||||    
T  1499633 gtcagagccaacaatgactgccgcagctccatctccaaatattgcttgtccaacaagtttgtgtaggtgagtattactaggtccacaaaatgagattgca 1499534  T
Q  236 gtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgtt 335  Q
    ||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||| || || || ||||||||||| || || ||||| ||| |||| ||| |||    
T  1499533 gtgatttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctgcataacaccctagtt 1499434  T
Q  336 gatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaat 435  Q
    | |||||||| || |  |||||||| |||  |||||| ||||| ||||| || || || || ||||||||||| || ||||||||   ||||||||||||    
T  1499433 ggtacatcatgtaccttttcacatatgggttaagacctaagagttttgttagttggtaatccgcaccaggcatgtctacaccactataggtgcaaaaaat 1499334  T
Q  436 tagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 483  Q
    || ||| ||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  1499333 taaatgtgtaatatttgacttcggttgaccccattcttcgatagcctt 1499286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 270 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 1486929 - 1486719
Alignment:
Q  270 ctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaag 369  Q
    |||| ||||| |||||||| || || ||| |||| || || || || || ||||| || |||||||| || |||||||| || ||||||| ||||| |||    
T  1486929 ctttattgttctcagccaagtccttggcctaacgtagaacagtgccccctgcaaagcatccttgttggtatatcatataccgtttcacatccgggcaaag 1486830  T
Q  370 acccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 469  Q
    ||| ||||| |||||||| || || || |||||||||||  | | ||||||  |||||||||| ||||  || |||||||||||||| ||||| ||| ||    
T  1486829 acctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgcctataccactcatggtgcaaaatattaagtgtgtaatctttgactttggttggccctat 1486730  T
Q  470 tccttgatagc 480  Q
    || || |||||    
T  1486729 tcttttatagc 1486719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 55 - 483
Target Start/End: Original strand, 24163438 - 24163866
Alignment:
Q  55 aatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcaca 154  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| || ||||| | ||| ||||||| |||  | |  || || || |||||||| ||     
T  24163438 aatagctccttcactatttggagcgattgtttgtgctgtccaaactaactcaaatagaggtttctcaatttcctgtattgggtcagagccaacaatgact 24163537  T
Q  155 gctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaacca 254  Q
    || || || ||||||||||| |  || || || |||||  | || |  |||||||| || |||||||  || || | ||| || |  || |||||||| |    
T  24163538 gcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggttgtctaagtgagtatcgcttggtccacaaaatgtgattgcggtaacttcagaacaaacaa 24163637  T
Q  255 ccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgctt 354  Q
    |||| |||||||  ||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |  ||    
T  24163638 ccaacacacgagaacctttgttgttctcagccaagtccttggccaagcgaagtaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatatacctttt 24163737  T
Q  355 cacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgac 454  Q
     ||| | ||||||||||| ||||| |||||||| || || || |||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||  || || |||||||||    
T  24163738 tacacatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatatctacaccacttatagtgcaaaatattaagtgtgtgatctttgac 24163837  T
Q  455 ttaggttgaccccattccttgatagcctt 483  Q
    || ||||| |||||||| || ||||||||    
T  24163838 tttggttggccccattcttttatagcctt 24163866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University