View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2120R-Insertion-2 (Length: 1009)

Name: NF2120R-Insertion-2
Description: NF2120R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2120R-Insertion-2
NF2120R-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-979)||(38915794-38916743)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (937-976)||(3016053-3016092)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 739; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 739; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 979
Target Start/End: Original strand, 38915794 - 38916743
Alignment:
Q  9 cacaagacttgaaattgagcacgacccagattctacttcaaggcgtagaagctaaaactcaccatgggaaactaaacaggtttgctttttctatcttaac 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38915794 cacaagacttgaaattgagcacgacccagattctacttcaaggcgtagaagcaaaaactcaccatgggaaactaaacaggtttgccttttctatcttaac 38915893  T
Q  109 ttactcgcatgcagtatcaccaacacaatgcacttaaactgttcgaagaaattcctcaaccactttttatttccattcttcatctttttcaagctactaa 208  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38915894 ctactcgcatgcagtgtcaccaacacaatgcacttaaactgttcgaagaaattcctcaaccactttttatttccattcttcatctttttcaagctactaa 38915993  T
Q  209 tatagcctttatgaggtctcaagttcaaatactccagatgccaacaatttctgtgttgagtcggtccatacgtagctttgctctggctccagcggatcca 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38915994 tatagcctttatgaggtctcaagttcaaatactccagatgccaacaatttctgtgttgagtctgtccatacgtagctttgctctggctccagcggatcga 38916093  T
Q  309 tccttgagccggatacagagtttaaaacaaataaaaataaagccttatcataacaatactatgagtgagtttcaatgcccagcactaacaaggnnnnnnn 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||           
T  38916094 tccttgagccggatacagagtttaaaacaaataaaaataaacccttatcataacaatactatgagtgagtttcaatgcccaacactaacaagg--ttttt 38916191  T
Q  409 natgttgatttcaggttagtaagtaggcatcagcatcattttatattgatatggataataatgcacaagactttcaaagttttcttcagattcttccccc 508  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38916192 tatgttgatttcaggttagtaagtaggcatcagcatcattttatattgatatggataataatgcacaagactttcaaagttttcttcagattcttccccc 38916291  T
Q  509 tgttgagtttgcttgcgtttatggatcatctcttcatccaaccaatcatgacaaggtcttcttttgtttcatgcccattcattttatttgctatattgtt 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  38916292 tgttgagtttgcttgcgtttatggatcatctcttcatccaaccaatcatgacaaggtcttcttttgtttcatgcccattcattttatttgc--------- 38916382  T
Q  609 ttgatatttgttctcattatgtgtttttggctttgtagacaaccatggttgattatattcttggtgtttctgaccctatacaatggcattctgaggtact 708  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38916383 ----tatttgttctcattatgtgtttttggctttgtagacaaccatggttgattatattcttggtgtttctgaccctatacaatggcattctgaggtact 38916478  T
Q  709 gatttgtcatgatgtgtctgtttatgccacctgttaaatgagttgcttaatatttgaatgtctttactgatataattttacannnnnnnnccttgtcttg 808  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||         | |||||||    
T  38916479 gatttgtcatgatgtgtctg-ttatgccacctgttaaatgagttgcataatatttgaatgtc-ttactgatataattttacatttttttctc-tgtcttg 38916575  T
Q  809 nnnnnnnaatgtcatcaatcaagaatctgcaaatgaaataagcatcactatgcgtcatggatggtgcaccttgggtggagagaggctggtacttgccttc 908  Q
           |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||    
T  38916576 tttttttaatgtcatcaatcaagaatctgaaaatg-aataagcatcactatgcgtcatggatggtgcacctt-ggtggagagaggctggtacttgc--tc 38916671  T
Q  909 tc-atttaactattcatttaattttgggctaattgcatgttcggttccttaagtttattttaggtttcatgt 979  Q
    || ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38916672 tcaatttaactattcatttaattttggctaaattgcatgttcggttccttaagtttattttaggtttcatgt 38916743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 937 - 976
Target Start/End: Complemental strand, 3016092 - 3016053
Alignment:
Q  937 taattgcatgttcggttccttaagtttattttaggtttca 976  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  3016092 taattgcatgtttggtcccttaagtttattttaggtttca 3016053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University