View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21217_low_11 (Length: 390)

Name: NF21217_low_11
Description: NF21217
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21217_low_11
NF21217_low_11
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-380)||(5348255-5348634)
chr4 (5-380)||(5425575-5425950)
chr4 (1-375)||(5410539-5410913)
chr4 (2-377)||(5352428-5352803)
chr4 (16-377)||(5500308-5500669)
chr4 (50-380)||(5376822-5377152)
chr4 (104-379)||(5391196-5391471)
chr4 (216-379)||(5399770-5399933)
chr4 (50-130)||(5399472-5399552)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (50-380)||(20326998-20327328)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 5348634 - 5348255
Alignment:
Q  1 ttttaatgactttcgttctgtgattcctcaagactttgataagctacaaaatttgatgtatctgaacttgtccaatgctggatttaagggacagatcccc 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5348634 ttttaatgattttcgttctgtgattcctcaagactttgataagctacaaaatttgatgtatctgaacttgtccaatgctggatttaagggacagatccct 5348535  T
Q  101 aaggaaatttctcacctcaaaaggttggtctctcttgatttgtcgtcttcatttacttcacatcacgtcctaaaacttgagcagccaaatataacaatgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5348534 aaggaaatttctcacctcaaaaggttggtctctcttgatttgtcgtcttcatttacttcacatcacgtcctaaaacttgagcagccaaatatagcaatgt 5348435  T
Q  201 ttattcaaaacctcgcagatatcacaaagttgtatttagatggtgtagcaatatctgccagcggagaagaatggggccgttctttgtcttcattgggggg 300  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5348434 ttattcgaaacctcacagatatcacaaagttgtatttagatggtgtagcaatatctgccagcggagaagaatggggccgttctttgtcttcattgggggg 5348335  T
Q  301 actccgtgttctgagcatgtcatcatgcaatctctctggacctattgattcttcactagctaggcttcagtcactctctg 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5348334 actccgtgttctgagcatgtcatcatgcaatctctctggacctattgattcctcactagttaggcttcagtcactctctg 5348255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 5 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 5425950 - 5425575
Alignment:
Q  5 aatgactttcgttctgtgattcctcaagactttgataagctacaaaatttgatgtatctgaacttgtccaatgctggatttaagggacagatccccaagg 104  Q
    |||||||||| |||| |||| ||||||||  |  || | || || ||||||| |||| ||||||| ||||| ||||| ||| | ||||||||||| | ||    
T  5425950 aatgactttcattctatgatgcctcaagagctgcatcaacttcagaatttgaggtatttgaacttctccaacgctggctttcaaggacagatccctacgg 5425851  T
Q  105 aaatttctcacctcaaaaggttggtctctcttgatttgtcgtcttcatttacttcacatcacgtcctaaaacttgagcagccaaatataacaatgtttat 204  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||   ||||||||    
T  5425850 aaatttttcacctcaaaaggttggtcactcttgatttgtcttcttcatttacttcacatcacgtcctcaaacttgagaatccaaatatagggatgtttat 5425751  T
Q  205 tcaaaacctcgcagatatcacaaagttgtatttagatggtgtagcaatatctgccagcggagaagaatggggccgttctttgtcttcattggggggactc 304  Q
      ||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| | | |||||||||| ||     
T  5425750 gaaaaacttcacagatatcacaaaattgtatctagatggtgtagcaatatcagccagtggagaagaatggggtcgttctttatatccattggggggcctt 5425651  T
Q  305 cgtgttctgagcatgtcatcatgcaatctctctggacctattgattcttcactagctaggcttcagtcactctctg 380  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  5425650 cgtgttctaagcatgtcatcatgcaatctctctggacctattgattcttcgctagcaaggcttcagtcactctctg 5425575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Original strand, 5410539 - 5410913
Alignment:
Q  1 ttttaatgactttcgttctgtgattcctcaagactttgataagctacaaaatttgatgtatctgaacttgtccaatgctggatttaagggacagatcccc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||| ||||||| |||| | |||||||| ||||| || |||||||||||| | ||     
T  5410539 ttttaatcactttcgttctgtgattccgcaagacttgcataggctacataatttgaggtatttaaacttgtctaatgccggctttaagggacaggttccg 5410638  T
Q  101 aaggaaatttctcacctcaaaaggttggtctctcttgatttgtcgtcttcatttacttcacatcacgtcctaaaacttgagcagccaaatataacaatgt 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||  ||||| |||||  ||   | ||||||||||| |||||||||||  ||||     
T  5410639 gaggaaatttctcacctcaaaaggttggtcattcttgatttttcttctaaatttatttcactgcagaacttaaaacttgagaagccaaatataggaatgc 5410738  T
Q  201 ttattcaaaacctcgcagatatcacaaagttgtatttagatggtgtagcaatatctgccagcggagaagaatggggccgttctttgtcttcattgggggg 300  Q
    || | ||||||||  ||||||| ||| | || ||| |||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| | | |||| |||| ||||  |||    
T  5410739 ttgtgcaaaaccttacagatattacagaattatatctagatggtgttgcaatatcagctaggggagaggaatggggtcatcctttatctttattgaaggg 5410838  T
Q  301 actccgtgttctgagcatgtcatcatgcaatctctctggacctattgattcttcactagctaggcttcagtcact 375  Q
     || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  5410839 gcttcgtgttttgagcatgtcatcatgcaatctctctggacctattgattcttcactagctaagcttcaatcact 5410913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 377
Target Start/End: Original strand, 5352428 - 5352803
Alignment:
Q  2 tttaatgactttcgttctgtgattcctcaagactttgataagctacaaaatttgatgtatctgaacttgtccaatgctggatttaagggacagatcccca 101  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||  ||||||||| |||||| ||||| ||  ||||||| ||| |||| ||  |||| |    
T  5352428 tttaatgactttcattctgtgattcctaaagacttgcataagctgaaaaatttgaggtatctcaacttttctgatgctggctttgagggtcaagtcccga 5352527  T
Q  102 aggaaatttctcacctcaaaaggttggtctctcttgatttgtcgtcttcatttacttcacatcacgtcctaaaacttgagcagccaaatata-acaatgt 200  Q
    | |||||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||| |||| | |||||||||||||   | ||||||||||| | ||||||||| | | | |    
T  5352528 aagaaatttctcaccttacaaggttggttactcttgatttgtcttctttaattacttcacatcagaacataaaacttgagaatccaaatatagagactct 5352627  T
Q  201 ttattcaaaacctcgcagatatcacaaagttgtatttagatggtgtagcaatatctgccagcggagaagaatggggccgttctttgtcttcattgggggg 300  Q
    || |  |||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||| |||||| ||  |||    
T  5352628 tt-tgaaaaacctcacagatatcacagaattgtatctagatggtgtagcaatatctgccagcggagaaaaatgggttcgtgctttatcttcactgaaggg 5352726  T
Q  301 actccgtgttctgagcatgtcatcatgcaatctctctggacctattgattcttcactagctaggcttcagtcactct 377  Q
     || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | |||||| |||||||    
T  5352727 tcttcgtgttttgagcatgtcatcatgcaatctctctggaccttttgattcttcactatccaagcttcaatcactct 5352803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 377
Target Start/End: Original strand, 5500308 - 5500669
Alignment:
Q  16 ttctgtgattcctcaagactttgataagctacaaaatttgatgtatctgaacttgtccaatgctggatttaagggacagatccccaaggaaatttctcac 115  Q
    ||||||||||||||| ||  |  |||| || || ||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||| |||| ||| ||||  | ||||||||||||    
T  5500308 ttctgtgattcctcatgagatgtataaactgcagaatttgaggtatctgaacttgtctgatgctggctttgaggggcaggtcccagaagaaatttctcac 5500407  T
Q  116 ctcaaaaggttggtctctcttgatttgtcgtcttcatttacttcacatcacgtcctaaaacttgagcagccaaatataacaatgtttattcaaaacctcg 215  Q
    || | |||||| ||   ||||||| |||| |||||| |||||||| |||||  ||||||||||  | |||||||||| |||||| || | |||||| ||     
T  5500408 ctaacaaggttagttattcttgatatgtcttcttcaattacttcagatcacagcctaaaacttaggaagccaaatattacaatgcttgtgcaaaacttca 5500507  T
Q  216 cagatatcacaaagttgtatttagatggtgtagcaatatctgccagcggagaagaatggggccgttctttgtcttcattggggggactccgtgttctgag 315  Q
    | ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| || |  || || |||||||||||    
T  5500508 ccgatatcacagaattatatttagatggtgtagcaatatctgccagcggagaggaatggggtcgtgctttatcttcgttagaaggtcttcgtgttctgag 5500607  T
Q  316 catgtcatcatgcaatctctctggacctattgattcttcactagctaggcttcagtcactct 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||| ||||    
T  5500608 catgtcatcatgcaatctctctggacccattgattcttcattaggtaagcttcagtccctct 5500669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 50 - 380
Target Start/End: Original strand, 5376822 - 5377152
Alignment:
Q  50 aatttgatgtatctgaacttgtccaatgctggatttaagggacagatccccaaggaaatttctcacctcaaaaggttggtctctcttgatttgtcgtctt 149  Q
    ||||||| |||||| ||||||||  ||||||| ||| |||| ||| |||| || |||||| ||||||| | |||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  5376822 aatttgaggtatctcaacttgtctgatgctggctttgaggggcaggtcccaaaagaaattgctcaccttacaaggttggttactcttgatttgtcttctt 5376921  T
Q  150 catttacttcacatcacgtcctaaaacttgagcagccaaatataacaatgtttattcaaaacctcgcagatatcacaaagttgtatttagatggtgtagc 249  Q
     | ||||||||| |||   ||||||||||||| | |||||||||  |||| || |  |||||||  ||||||||||| | |||||| |||| ||||||||    
T  5376922 taattacttcacgtcaaagcctaaaacttgagaatccaaatatagaaatgcttgtgaaaaaccttacagatatcacagaattgtatctagacggtgtagc 5377021  T
Q  250 aatatctgccagcggagaagaatggggccgttctttgtcttcattggggggactccgtgttctgagcatgtcatcatgcaatctctctggacctattgat 349  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||| ||| |||| |||| ||||| |||  | |||||| ||| |||||| || ||||||||||| ||| ||||||||    
T  5377022 aatatcttccagcggagatgaatggggtcgtgctttatctttattggagggtgttcgtgttttgaccatgtcgtcgtgcaatctctcaggagctattgat 5377121  T
Q  350 tcttcactagctaggcttcagtcactctctg 380  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5377122 tcttcactagctaagcttcagtcactctctg 5377152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 104 - 379
Target Start/End: Original strand, 5391196 - 5391471
Alignment:
Q  104 gaaatttctcacctcaaaaggttggtctctcttgatttgtcgtcttcatttacttcacatcacgtcctaaaacttgagcagccaaatataacaatgttta 203  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||| | |||| |||||||||   |||||||||||   ||| ||||||  | ||  ||     
T  5391196 gaaatttctcacctcacaaggttggttactcttgatttgtcatctacgtttatttcacatcagagcctaaaacttgcaaagcaaaatatggcgatacttg 5391295  T
Q  204 ttcaaaacctcgcagatatcacaaagttgtatttagatggtgtagcaatatctgccagcggagaagaatggggccgttctttgtcttcattggggggact 303  Q
    |  |||||||| || |||||| | | |||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||| ||| ||    
T  5391296 tgaaaaacctcacaaatatcatagaattgtatctagatggtgtggcaatatgtaccagcggagaggaatggggtcgtgctttatcttctttggagggtct 5391395  T
Q  304 ccgtgttctgagcatgtcatcatgcaatctctctggacctattgattcttcactagctaggcttcagtcactctct 379  Q
     |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||    
T  5391396 tcgtgttttaagcatgtcatcctgcaatctctctggacctattgattcgtcactagttaagcttcaatcactctct 5391471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 216 - 379
Target Start/End: Original strand, 5399770 - 5399933
Alignment:
Q  216 cagatatcacaaagttgtatttagatggtgtagcaatatctgccagcggagaagaatggggccgttctttgtcttcattggggggactccgtgttctgag 315  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| | | |||||||||| ||  |||| |||||    
T  5399770 cagatatcacaaaattgtatctagatggtgtagcaatatcagccagcgcagaagaatggggtcgttctttatatccattgggggggctttgtgtgctgag 5399869  T
Q  316 catgtcatcatgcaatctctctggacctattgattcttcactagctaggcttcagtcactctct 379  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  5399870 catgtcatcaagcaatctctctggacctatccatttttcgctagcaaggcttcagtcactctct 5399933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 50 - 130
Target Start/End: Original strand, 5399472 - 5399552
Alignment:
Q  50 aatttgatgtatctgaacttgtccaatgctggatttaagggacagatccccaaggaaatttctcacctcaaaaggttggtc 130  Q
    ||||||| |||| ||||||| |||||   ||| ||| | ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5399472 aatttgaggtatttgaacttctccaacattggctttgaaggacagatccctaaggaaatttttcacctcaaaaggttggtc 5399552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 50 - 380
Target Start/End: Original strand, 20326998 - 20327328
Alignment:
Q  50 aatttgatgtatctgaacttgtccaatgctggatttaagggacagatccccaaggaaatttctcacctcaaaaggttggtctctcttgatttgtcgtctt 149  Q
    ||||||| |||||| ||||||||  ||||||| ||| |||  ||| |||| || |||||| ||||||| | |||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  20326998 aatttgaggtatctcaacttgtctgatgctggctttgaggagcaggtcccaaaagaaattgctcaccttacaaggttggttactcttgatttgtcttctt 20327097  T
Q  150 catttacttcacatcacgtcctaaaacttgagcagccaaatataacaatgtttattcaaaacctcgcagatatcacaaagttgtatttagatggtgtagc 249  Q
     | ||||||||| |||   ||||||||||||| | |||||||||  |||| || |  |||||||  ||||||||||| | |||||| |||| ||||||||    
T  20327098 taattacttcacgtcaaaacctaaaacttgagaatccaaatatagaaatgcttgtgaaaaaccttacagatatcacagaattgtatctagacggtgtagc 20327197  T
Q  250 aatatctgccagcggagaagaatggggccgttctttgtcttcattggggggactccgtgttctgagcatgtcatcatgcaatctctctggacctattgat 349  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||| ||| |||| |||| ||||| |||  | |||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  20327198 aatatcttccagcggagatgagtggggtcgtgctttatctttattggagggtgttcgtgttttgagcatgtcgtcgtgcaatctctcaggacctattgat 20327297  T
Q  350 tcttcactagctaggcttcagtcactctctg 380  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20327298 tcttcactagctaagcttcagtcactctctg 20327328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University