View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21217_low_21 (Length: 250)

Name: NF21217_low_21
Description: NF21217
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21217_low_21
NF21217_low_21
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (1-238)||(45284322-45284559)
chr2 (1-238)||(45291685-45291922)
chr2 (1-238)||(29401290-29401528)
chr2 (1-238)||(36656036-36656273)
chr2 (2-238)||(20938049-20938283)
chr2 (2-238)||(3940415-3940650)
chr2 (2-238)||(43539424-43539658)
chr2 (2-238)||(5352115-5352352)
chr2 (2-238)||(30496633-30496870)
chr2 (2-238)||(15831278-15831515)
chr2 (1-238)||(10828711-10828953)
chr2 (1-171)||(45290783-45290953)
chr2 (7-238)||(43978677-43978907)
chr2 (130-238)||(25515495-25515603)
chr2 (130-182)||(31367308-31367360)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (1-238)||(20350796-20351031)
chr3 (3-238)||(17567750-17567985)
chr3 (5-238)||(41612523-41612754)
chr3 (4-234)||(2274604-2274837)
chr3 (2-238)||(54386275-54386510)
chr3 (2-238)||(46701711-46701946)
chr3 (7-238)||(42903876-42904107)
chr3 (7-238)||(46389115-46389348)
chr3 (2-238)||(29009011-29009246)
chr3 (2-238)||(34045527-34045763)
chr3 (2-238)||(49144148-49144384)
chr3 (1-234)||(16611224-16611460)
chr3 (1-234)||(22047793-22048029)
chr3 (2-226)||(2967623-2967847)
chr3 (6-238)||(52391082-52391313)
chr3 (39-238)||(50480470-50480668)
chr3 (10-195)||(36127566-36127752)
chr3 (181-238)||(36127766-36127823)
chr3 (42-203)||(4171993-4172158)
chr3 (130-203)||(4178083-4178156)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (1-238)||(50023229-50023468)
chr4 (1-238)||(50030347-50030586)
chr4 (2-238)||(6181476-6181712)
chr4 (1-238)||(44679761-44679998)
chr4 (2-232)||(49090572-49090801)
chr4 (2-238)||(31421849-31422084)
chr4 (3-238)||(50193629-50193865)
chr4 (1-238)||(3185778-3186013)
chr4 (21-238)||(9892954-9893168)
chr4 (4-238)||(49165188-49165420)
chr4 (1-238)||(3184105-3184343)
chr4 (2-238)||(30704177-30704410)
chr4 (2-176)||(41800694-41800868)
chr4 (51-226)||(55279941-55280119)
chr4 (130-226)||(41933321-41933417)
chr4 (178-238)||(41798681-41798741)
chr4 (155-238)||(11050209-11050292)
chr4 (30-108)||(47383688-47383766)
chr4 (42-90)||(11051244-11051292)
chr4 (207-238)||(3185570-3185601)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-238)||(21141176-21141414)
chr1 (3-238)||(50343655-50343888)
chr1 (2-238)||(8473937-8474172)
chr1 (2-238)||(3732067-3732300)
chr1 (2-238)||(19156165-19156402)
chr1 (1-238)||(97634-97872)
chr1 (3-233)||(2365388-2365618)
chr1 (2-238)||(26875809-26876044)
chr1 (2-238)||(38127169-38127412)
chr1 (65-238)||(13639709-13639882)
chr1 (6-195)||(470320-470509)
chr1 (177-238)||(47656196-47656257)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-238)||(20857429-20857672)
chr8 (4-238)||(26659599-26659833)
chr8 (2-238)||(1052675-1052911)
chr8 (2-238)||(23022007-23022243)
chr8 (7-238)||(22510696-22510927)
chr8 (7-237)||(34371553-34371786)
chr8 (7-238)||(25213-25444)
chr8 (1-221)||(2416293-2416514)
chr8 (130-238)||(35551944-35552052)
chr8 (21-238)||(5677241-5677457)
chr8 (130-238)||(45128028-45128136)
chr8 (16-184)||(24249648-24249816)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (2-238)||(30705287-30705523)
chr5 (2-238)||(27673339-27673576)
chr5 (2-238)||(19040803-19041039)
chr5 (45-238)||(5197168-5197360)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (2-238)||(11688266-11688502)
chr6 (2-238)||(30829338-30829573)
chr6 (2-238)||(27616866-27617102)
chr6 (11-238)||(6201308-6201535)
chr6 (7-232)||(26423139-26423374)
chr6 (65-238)||(22301395-22301567)
chr6 (120-238)||(3501438-3501556)
chr6 (1-107)||(3501301-3501407)
chr6 (130-238)||(24722207-24722315)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (1-238)||(5541226-5541465)
chr7 (2-238)||(45257137-45257375)
chr7 (7-238)||(9371072-9371303)
chr7 (2-238)||(17465407-17465644)
chr7 (2-238)||(17587570-17587807)
chr7 (2-238)||(35610102-35610337)
chr7 (1-215)||(16674921-16675137)
chr7 (1-215)||(17649289-17649505)
chr7 (2-238)||(41880639-41880877)
chr7 (4-238)||(48403508-48403744)
chr7 (11-238)||(41734323-41734550)
chr7 (121-238)||(46740233-46740351)
chr7 (130-238)||(556332-556440)
chr7 (7-108)||(10175598-10175699)
chr7 (8-59)||(46740386-46740437)
[»] scaffold0877 (1 HSPs)
scaffold0877 (56-234)||(4344-4523)
[»] scaffold0238 (1 HSPs)
scaffold0238 (130-236)||(18621-18727)
[»] scaffold0494 (1 HSPs)
scaffold0494 (2-48)||(11329-11375)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 181; Significance: 7e-98; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 45284322 - 45284559
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45284322 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctcaatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 45284421  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatg 200  Q
    ||||||||        |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45284422 tgtgtaggtgattttttttttaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 45284521  T
Q  201 tagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45284522 tagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 45284559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 45291685 - 45291922
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45291685 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctcaatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 45291784  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatg 200  Q
    ||||||||        |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45291785 tgtgtaggtgattttttttttaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 45291884  T
Q  201 tagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45291885 tagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 45291922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 29401528 - 29401290
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29401528 accaacttctccaatttcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 29401429  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa----tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataatta 196  Q
    ||||||||        ||||||||||    || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29401428 tgtgtaggttttt---ttttaaaaaaaaaatggtagttttcatatggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattg 29401332  T
Q  197 aatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29401331 aatgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 29401290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 36656273 - 36656036
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36656273 accaacttctcaaatttcgatttttgaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaattataatgttagtt 36656174  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatg 200  Q
    ||||||||         |  |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36656173 tgtgtaggttttttttataaaaaaaaaggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatatttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 36656074  T
Q  201 tagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36656073 tagtgactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 36656036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 20938049 - 20938283
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20938049 ccaacttctccaaattctatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 20938148  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||       |    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  20938149 gggtaggtttttttaaa--aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 20938246  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20938247 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagagtat 20938283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3940650 - 3940415
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3940650 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 3940551  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  3940550 gggtaggttttttt-tttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 3940452  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3940451 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 3940415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 43539658 - 43539424
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43539658 ccaacttcttcaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 43539559  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  43539558 gggtaggtttttt--tttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 43539461  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43539460 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 43539424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 5352115 - 5352352
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5352115 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 5352214  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnatttt----aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaa 197  Q
    | |||||        ||||    |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  5352215 gggtaggttttt---ttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattga 5352311  T
Q  198 atgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5352312 atgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 5352352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 30496870 - 30496633
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30496870 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 30496771  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnatttt----aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaa 197  Q
    | |||||        ||||    |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  30496770 gggtaggttttt---ttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattga 30496674  T
Q  198 atgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30496673 atgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 30496633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 15831278 - 15831515
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  15831278 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattgtttatcataatgttagttt 15831377  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnn-attttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatg 200  Q
    | |||||        |    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  15831378 gggtaggttttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatg 15831477  T
Q  201 tagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15831478 tagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 15831515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 10828953 - 10828711
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10828953 accaacttctccaatttcgatttttcagcaaaattaagtgcatcatcttcgtttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 10828854  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa----tgttagttttcat--gaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataat 194  Q
    || |||||        || |||||||    || ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10828853 tgggtaggttttttttttataaaaaaaaaatggtagttttcatatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataa- 10828755  T
Q  195 taaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10828754 tgaatgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 10828711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 45290783 - 45290953
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45290783 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctcaatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 45290882  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttt 171  Q
    ||||||||        |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45290883 tgtgtaggtgattttttttttaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttt 45290953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 7 - 238
Target Start/End: Original strand, 43978677 - 43978907
Alignment:
Q  7 ttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta 106  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43978677 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 43978776  T
Q  107 ggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagtta 206  Q
    |         ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||     
T  43978777 gtttttttt-ttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 43978875  T
Q  207 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43978876 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 43978907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 130 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25515603 - 25515495
Alignment:
Q  130 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 229  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  25515603 tagtttgcatgtggttagggttgatgtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttagttgatgtttgaatgatg 25515504  T
Q  230 ttagagtat 238  Q
    |||||||||    
T  25515503 ttagagtat 25515495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 182
Target Start/End: Original strand, 31367308 - 31367360
Alignment:
Q  130 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcat 182  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  31367308 tagtttgcatgtggttagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcat 31367360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 20350796 - 20351031
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20350796 accaacttatccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 20350895  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatg 200  Q
    | ||||||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20350896 tatgtaggtttttt--ttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattgaatg 20350993  T
Q  201 tagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20350994 tagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 20351031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 3 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 17567985 - 17567750
Alignment:
Q  3 caacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttg 102  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17567985 caacttctcccatttcaatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttg 17567886  T
Q  103 tgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgta 202  Q
    |||||             |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17567885 tgtagtttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgta 17567786  T
Q  203 gttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17567785 gttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 17567750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 5 - 238
Target Start/End: Original strand, 41612523 - 41612754
Alignment:
Q  5 acttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtg 104  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41612523 acttctcccatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtg 41612622  T
Q  105 taggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagt 204  Q
    ||||       |    |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41612623 taggttttttaaaa--aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtaggaattgaatttttgataattgcatgtagtttataattgaatgtagt 41612720  T
Q  205 tactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41612721 tactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 41612754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 4 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 2274837 - 2274604
Alignment:
Q  4 aacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgt 103  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  2274837 aacttctccaatttcgaattttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataacgttagtttgg 2274738  T
Q  104 gtaggnnnnnnnattttaaaaaa---tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatg 200  Q
    |||||        ||||||||||   || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  2274737 gtaggttttttttttttaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatg 2274638  T
Q  201 tagttactttaattgatgattgaatgatgttaga 234  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2274637 cagttgctttaattgatgattgaatgatgttaga 2274604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 54386275 - 54386510
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54386275 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 54386374  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnatttt---aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaa 198  Q
    | |||||        ||||   |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  54386375 gggtaggtttt----ttttaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 54386470  T
Q  199 tgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  54386471 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 54386510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 46701946 - 46701711
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46701946 ccaacttctccaaatttgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctctatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 46701847  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  46701846 gagtaggttttttt-tttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 46701748  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46701747 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 46701711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 42904107 - 42903876
Alignment:
Q  7 ttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta 106  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42904107 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 42904008  T
Q  107 ggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagtta 206  Q
    ||       |    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||     
T  42904007 ggtttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgatttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 42903908  T
Q  207 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42903907 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 42903876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 238
Target Start/End: Original strand, 46389115 - 46389348
Alignment:
Q  7 ttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta 106  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  46389115 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 46389214  T
Q  107 ggnnnnnnnattttaaaaaa--tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagt 204  Q
    ||        ||||||||||  || ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  46389215 ggttttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagt 46389314  T
Q  205 tactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46389315 tggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 46389348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 29009011 - 29009246
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  29009011 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgaatcattgtttatcataatgttagttt 29009110  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa---tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaa 198  Q
    | |||||        ||||||||||   || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  29009111 gggtaggtttt----ttttaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 29009206  T
Q  199 tgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29009207 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 29009246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 34045527 - 34045763
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34045527 ccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatattgactcatttttaatcataatgttagttt 34045626  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  34045627 gggtaggtatttttttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 34045726  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34045727 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 34045763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 49144384 - 49144148
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49144384 ccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatattgactcatttttaatcataatgttagttt 49144285  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  49144284 gggtaggtatttttttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 49144185  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49144184 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 49144148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 16611224 - 16611460
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16611224 accaacttctccaatttcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttcaatcataatgttagtt 16611323  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnatt---ttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaa 197  Q
    ||  ||||        ||     |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  16611324 tggataggttttttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtcggaattgaattttttatgattgcaagtagtttataattga 16611423  T
Q  198 atgtagttactttaattgatgattgaatgatgttaga 234  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  16611424 atgtagttgttttaatcgatgattgaataatgttaga 16611460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 22048029 - 22047793
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22048029 accaacttctccaatttcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttcaatcataatgttagtt 22047930  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnatt---ttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaa 197  Q
    ||  ||||        ||     |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  22047929 tggataggttttttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtcggaattgaattttttatgattgcaagtagtttataattga 22047830  T
Q  198 atgtagttactttaattgatgattgaatgatgttaga 234  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  22047829 atgtagttgttttaatcgatgattgaataatgttaga 22047793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 2 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 2967847 - 2967623
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2967847 ccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagttt 2967748  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        |   |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  2967747 gggtaggtttttttttaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 2967648  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatg 226  Q
    ||||  |||||||||||||||||||    
T  2967647 agttggtttaattgatgattgaatg 2967623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 6 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 52391313 - 52391082
Alignment:
Q  6 cttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgt 105  Q
    ||||| ||||||| | |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||    
T  52391313 cttcttcaatttcaaattttcagcaaaatcaagtgcatcatttccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttgtaatcataatgttagcttgggt 52391214  T
Q  106 aggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagtt 205  Q
    |||        ||  |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  52391213 aggttttttt-ttaaaaaaaatggtagttttgatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagtt 52391115  T
Q  206 actttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
      |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52391114 gttttaattgatgattgaatgatgttagtgtat 52391082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 50480668 - 50480470
Alignment:
Q  39 tgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttca 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||        ||| |||||||| |||||||||    
T  50480668 tgcatcatctccatttaatcacaagtaagtattttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttt-tttaaaaaaatggtagttttca 50480570  T
Q  139 tgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50480569 tgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 50480470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 195
Target Start/End: Original strand, 36127566 - 36127752
Alignment:
Q  10 tccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggn 109  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||     
T  36127566 tccaatttcgaattttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgattaatttgtaatcataatgttagtttgggtaggg 36127665  T
Q  110 nnnnnnatttt-aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataatt 195  Q
           |||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36127666 tttttttttttaaaaaaatggtagttttgatgtggttagggttgatataggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataatt 36127752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 181 - 238
Target Start/End: Original strand, 36127766 - 36127823
Alignment:
Q  181 atgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36127766 atgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatgattaaatgatgttagagtat 36127823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 42 - 203
Target Start/End: Original strand, 4171993 - 4172158
Alignment:
Q  42 atcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnatttta----aaaaatgttagttttc 137  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||     |||  |  |||||| |    
T  4171993 atcatctccattttatcacaagtaagtaggtttactaatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtttttttttttttttttaaattttgtagtttgc 4172092  T
Q  138 atgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtag 203  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  4172093 atgttgttagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcatgtagtttataaatgaatgtag 4172158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 130 - 203
Target Start/End: Original strand, 4178083 - 4178156
Alignment:
Q  130 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtag 203  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  4178083 tagtttgcatgctgttagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcatgtagtttataaatgaatgtag 4178156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 50023468 - 50023229
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50023468 accaacttctccaatttcgatttttgagcgaaatcaagtgcataatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 50023369  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa--tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaa 198  Q
    ||||||||        ||||||||||  || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  50023368 tgtgtaggttttttttttttaaaaaaaatggtagtttttatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 50023269  T
Q  199 tgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50023268 tgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 50023229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 50030586 - 50030347
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50030586 accaacttctccaatttcgatttttgagcgaaatcaagtgcataatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 50030487  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa--tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaa 198  Q
    ||||||||        ||||||||||  || ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  50030486 tgtgtaggttttttttttttaaaaaaaatggtagtttttatgtggttagggctgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 50030387  T
Q  199 tgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50030386 tgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 50030347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 6181712 - 6181476
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6181712 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 6181613  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  6181612 gggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 6181513  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6181512 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 6181476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 44679998 - 44679761
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44679998 accaacttctccaatttcgaattttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 44679899  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa---tgt-tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataatta 196  Q
    || |||||        ||||||||||   | | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||     
T  44679898 tgggtaggtttt----ttttaaaaaaaaatatatagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgatttttttatgattgcatgtagttcataattg 44679803  T
Q  197 aatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44679802 aatgtagttgctttgattgatgattgaatgatgttagagtat 44679761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 232
Target Start/End: Original strand, 49090572 - 49090801
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49090572 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 49090671  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  49090672 gggtaggttttttt-ttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 49090770  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgtta 232  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  49090771 agttggtttaattgatgattgaatgatgtta 49090801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 31421849 - 31422084
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31421849 ccaatttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaattaaatatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 31421948  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | ||||         |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  31421949 gggtagtttttttt-ttttaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgc 31422047  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31422048 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 31422084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 3 - 238
Target Start/End: Original strand, 50193629 - 50193865
Alignment:
Q  3 caacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttg 102  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50193629 caacttctcccatctcaatttttgagcaaaatcaagtacataatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttg 50193728  T
Q  103 tgtaggnnnnnnn-attttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    ||||||        ||   |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  50193729 tgtaggttttttttataaaaaaaaatggtagttttcatggggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtaatttataattgaatgt 50193828  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50193829 agttgctttaattgatgattgaataatgttagagtat 50193865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3186013 - 3185778
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3186013 accaagttctccaatttccttttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatctttactcatttttaatcataatgttagtt 3185914  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatg 200  Q
    || ||||        |    |||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3185913 tgggtagtttttttaaaa--aaaaaatggtagttttcatgtgtttatggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 3185816  T
Q  201 tagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3185815 tagtgactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 3185778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 9893168 - 9892954
Alignment:
Q  21 tttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnatttt 120  Q
    ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||        |||     
T  9893168 tttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttt---ttta 9893072  T
Q  121 aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgat 220  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  9893071 aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgat 9892972  T
Q  221 tgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  9892971 tgaatgatgttagggtat 9892954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 4 - 238
Target Start/End: Original strand, 49165188 - 49165420
Alignment:
Q  4 aacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgt 103  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  49165188 aacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttta-tcataatgttagtttgg 49165286  T
Q  104 gtaggnnnnnnnattttaaaaaa---tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatg 200  Q
    |||||        ||||||||||   || ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  49165287 gtaggtttt----ttttaaaaaaaattggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatg 49165382  T
Q  201 tagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49165383 tagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 49165420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 3184105 - 3184343
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  3184105 accaagttctccaatttcctttttt-agcaaattcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatttttactcatttttaatcataatgttagtt 3184203  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa--tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaa 198  Q
    || ||||         ||  ||||||  || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  3184204 tgggtagtttttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 3184303  T
Q  199 tgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3184304 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 3184343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 30704177 - 30704410
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30704177 ccaactcctccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 30704276  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    |||||||       |    |||||| | |||||| || | ||||||||||||||| |||||||||  ||  ||||||||||||| |||||| || || ||    
T  30704277 gtgtaggttttttaa---aaaaaaaaggtagtttgcacgtggttagggttgatgttggaattgaaaattcgatgattgcatgtattttatagttgaacgt 30704373  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
     ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30704374 tgttgctttaattgatgtttgaatgatgttagagtat 30704410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 41800868 - 41800694
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41800868 ccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaactaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagttt 41800769  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatga 176  Q
    | |||||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41800768 gggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatga 41800694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 55280119 - 55279941
Alignment:
Q  51 atttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnattt-taaaaaatgt--tagttttcatgaggttag 147  Q
    ||||||||||||  |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||| |||||||| |  |||||  |||| |||||     
T  55280119 atttaatcacaagtaagtagtttgactgatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtttttttttttataaaaaatttggtagttcgcatgtggttaa 55280020  T
Q  148 ggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatg 226  Q
    ||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||  | ||||||||| |||||||    
T  55280019 ggttgatgtaggaattgacattttgatgattgtatgtagtttataaatgaatgtagttgttgtaattgatgtttgaatg 55279941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 130 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 41933417 - 41933321
Alignment:
Q  130 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatg 226  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||  | ||||||||| |||||||    
T  41933417 tagtttgcatgtggatagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcatgtagtttataaatgaatgtagttgttgtaattgatgtttgaatg 41933321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 178 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 41798741 - 41798681
Alignment:
Q  178 tgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41798741 tgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 41798681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 155 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 11050292 - 11050209
Alignment:
Q  155 gtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||| || || |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  11050292 gtaggatttaaaattttgatgattgcatgtaatttataatttaatgtagttgttttaatttatgtttgaatgatgttagagtat 11050209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 47383766 - 47383688
Alignment:
Q  30 aaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtagg 108  Q
    |||||||| || ||||||||||||| |||||||  |||||  || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47383766 aaaatcaagtgaatcatctccattttatcacaagtaagtagttttacttatttttaattataatgttagtttgtgtagg 47383688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 42 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 11051292 - 11051244
Alignment:
Q  42 atcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcat 90  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  11051292 atcatctccatttaatcacaagtaagtaccttgactcatttttaatcat 11051244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 207 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3185601 - 3185570
Alignment:
Q  207 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3185601 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 3185570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 21141176 - 21141414
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21141176 accaacttctccaatttcgttttttgagcaaaatcaagatcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 21141275  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnatttt-aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaat 199  Q
    ||||||||        |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  21141276 tgtgtaggttttttgttttttaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaat 21141375  T
Q  200 gtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21141376 gtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 21141414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 3 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 50343888 - 50343655
Alignment:
Q  3 caacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttg 102  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  50343888 caacttctcccatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcaattttaatcataatgttagtttg 50343789  T
Q  103 tgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgta 202  Q
    ||||||       |    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  50343788 tgtaggtttttaaaaa--aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgta 50343691  T
Q  203 gttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
     | ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  50343690 ctgactttgattgatgattgaatgatgttagagtat 50343655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 8473937 - 8474172
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8473937 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 8474036  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  8474037 gggtaggttttttt-tttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 8474135  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8474136 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 8474172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3732300 - 3732067
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3732300 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 3732201  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | ||||         ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  3732200 gggtagtttttt---tttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 3732104  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3732103 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 3732067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 19156165 - 19156402
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19156165 ccaacttctccaatttcgatttttcagcaaaatcaagtgaatcatctccatttaatcacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagttt 19156264  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa----tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaa 197  Q
    | |||||        ||||||||||    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  19156265 gggtaggttttt---ttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattga 19156361  T
Q  198 atgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19156362 atgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 19156402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 97872 - 97634
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  97872 accaagttctccaatttccttttttgagcaaaaccaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 97773  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnat-tttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaat 199  Q
    || ||||         | ||| ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  97772 tgggtagttttttttttattttaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaat 97673  T
Q  200 gtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  97672 gtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 97634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 3 - 233
Target Start/End: Original strand, 2365388 - 2365618
Alignment:
Q  3 caacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttg 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2365388 caacttctccaatttcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagtttg 2365487  T
Q  103 tgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgta 202  Q
     |||||            |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  2365488 ggtaggttttttttaaaaaaaaaaaggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgta 2365587  T
Q  203 gttactttaattgatgattgaatgatgttag 233  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  2365588 gttggtttaattgatgattgaatgatgttag 2365618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 26875809 - 26876044
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26875809 ccaaattctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 26875908  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||       |    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  26875909 gggtaggttttttaaaaa-aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 26876007  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26876008 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 26876044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 38127412 - 38127169
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38127412 ccaactcctccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 38127313  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattt-------taaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataat 194  Q
    || ||||        |||        |||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||| |||||| |    
T  38127312 gtttaggtttttttttttaaaaaaaaaaaaaatggtagtttgcacgtggttagggttgatgttggaattgaaaatttgatgattgcatgtattttatagt 38127213  T
Q  195 taaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    | ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38127212 tgaatgttgttgctttaattgatgtttgaatgatgttagagtat 38127169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 65 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 13639882 - 13639709
Alignment:
Q  65 aagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattg 164  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13639882 aagtatcttgactcattttttatcataatgttagtttgggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattg 13639783  T
Q  165 aattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13639782 aattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 13639709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 6 - 195
Target Start/End: Original strand, 470320 - 470509
Alignment:
Q  6 cttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgt 105  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  470320 cttctccaatttcgaattttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaattacaagtaagtatcttgattcatttgtaatcataatgttagtttgggt 470419  T
Q  106 aggnnnnnnnatttta----aaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataatt 195  Q
    |||        |||||    ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  470420 aggtttt----ttttaaaataaaaatggtagttttgatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataatt 470509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 177 - 238
Target Start/End: Original strand, 47656196 - 47656257
Alignment:
Q  177 ttgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  47656196 ttgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatgtttgaatgatgttagagtat 47656257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 20857429 - 20857672
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20857429 accaaattctccaatttcgatttttgagcaaaaacaagtgcatcatctctatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 20857528  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnatttt------aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataat 194  Q
    ||||||||        ||||      |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20857529 tgtgtaggtttttttttttttttataaaaaaatggtagttttcatgtggttaaggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataat 20857628  T
Q  195 taaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20857629 tgaatgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 20857672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 4 - 238
Target Start/End: Original strand, 26659599 - 26659833
Alignment:
Q  4 aacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgt 103  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26659599 aacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgg 26659698  T
Q  104 gtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtag 203  Q
    |||||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  26659699 gtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtag 26659798  T
Q  204 ttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26659799 ttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 26659833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 1052675 - 1052911
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1052675 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 1052774  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||       |    |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  1052775 gggtaggtttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtaagaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 1052874  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1052875 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 1052911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 23022243 - 23022007
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23022243 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtattttgattcatttttaatcataatgttagttt 23022144  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||            |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  23022143 gggtaggttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 23022044  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23022043 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 23022007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 7 - 238
Target Start/End: Original strand, 22510696 - 22510927
Alignment:
Q  7 ttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta 106  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  22510696 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataacgttagtttgggta 22510795  T
Q  107 ggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagtta 206  Q
    ||        |   |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||     
T  22510796 ggtttttttttaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 22510895  T
Q  207 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22510896 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 22510927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 7 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 34371786 - 34371553
Alignment:
Q  7 ttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta 106  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34371786 ttctccaatttcgttttttaagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 34371687  T
Q  107 ggnnnnnnnattttaaaaaa---tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtag 203  Q
    ||         |  ||||||   || ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  34371686 ggttttttttataaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagagttgatttaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtag 34371587  T
Q  204 ttactttaattgatgattgaatgatgttagagta 237  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34371586 ttgctttaattgatgattgaatgatgttagagta 34371553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25444 - 25213
Alignment:
Q  7 ttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta 106  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25444 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 25345  T
Q  107 ggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagtta 206  Q
    ||            |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||     
T  25344 ggttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 25245  T
Q  207 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25244 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 25213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 2416293 - 2416514
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  2416293 accaacttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattgtttatcataatgttagtt 2416392  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa-tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaat 199  Q
    || |||||       |    |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  2416393 tgggtaggtttttttaaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaat 2416492  T
Q  200 gtagttactttaattgatgatt 221  Q
    ||||||  ||||||||||||||    
T  2416493 gtagttggtttaattgatgatt 2416514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 130 - 238
Target Start/End: Original strand, 35551944 - 35552052
Alignment:
Q  130 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 229  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  35551944 tagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttattattgcatgtagtttataattgaatgtagttgttttaattgatgtttgaatgatg 35552043  T
Q  230 ttagagtat 238  Q
    |||||||||    
T  35552044 ttagagtat 35552052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 21 - 238
Target Start/End: Original strand, 5677241 - 5677457
Alignment:
Q  21 tttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnatttt 120  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||    
T  5677241 ttttttagcaaaatcaagtgaatcatctccatttaattacaagtaagtaccttgattcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtttt----tttt 5677336  T
Q  121 a---aaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgat 217  Q
    |   |||| || |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| | |   ||||| || ||||||||    
T  5677337 aaataaaattggtagtctgcatgtggttagggttgatgtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagtttgtaaatgacaatagttgctataattgat 5677436  T
Q  218 gattgaatgatgttagagtat 238  Q
    | ||||||| |||||||||||    
T  5677437 gtttgaatggtgttagagtat 5677457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 130 - 238
Target Start/End: Original strand, 45128028 - 45128136
Alignment:
Q  130 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 229  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  45128028 tagtttgcatgtggttatggttgatgtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtcgttgctttaattgatgtttgaatgatg 45128127  T
Q  230 ttagagtat 238  Q
    |||||||||    
T  45128128 ttagagtat 45128136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 184
Target Start/End: Original strand, 24249648 - 24249816
Alignment:
Q  16 ttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnn 115  Q
    ||||||||| |||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||           
T  24249648 ttcgattttggagcaaaatcaagttaatcatatccatttaatcacaagtaagtaccttgactcatttttaatcatgatgttagtttgtgtaggttatttt 24249747  T
Q  116 attttaaaaaatg-ttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgt 184  Q
     ||||||||| ||  |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||   ||| ||||||||||||    
T  24249748 -ttttaaaaattgagtagtttgcatgtggttagggttgatataggaattgacaatttgatgattgcatgt 24249816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 30705287 - 30705523
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30705287 ccaacttctccaatttcgatttgtcagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttaattt 30705386  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||         |  |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  30705387 gggtaggttttttttataaaaaaaatggtagtttttatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 30705486  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30705487 agttgctttaattgatgattgaatgatgttagggtat 30705523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 27673576 - 27673339
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27673576 ccaacttctccaattttgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 27673477  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnn-attttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatg 200  Q
    | |||||        |    |||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  27673476 gggtagggtttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagagttgatataggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatg 27673377  T
Q  201 tagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27673376 tagttgctttaattgatgattgaatgatgttagggtat 27673339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 19041039 - 19040803
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19041039 ccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagttt 19040940  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        |   |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  19040939 gggtaggtttttttttaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 19040840  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19040839 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 19040803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 45 - 238
Target Start/End: Original strand, 5197168 - 5197360
Alignment:
Q  45 atctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnatt---ttaaaaaatgttagttttcatga 141  Q
    ||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||        ||   || ||||||| |||||||||||     
T  5197168 atctccatttaatcacaa----gtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgcaggttttttttttaattttaaaaatggtagttttcatgt 5197263  T
Q  142 ggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197264 ggttagggttgatgtatgaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 5197360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 11688266 - 11688502
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11688266 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 11688365  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  11688366 gggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 11688465  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11688466 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 11688502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 30829573 - 30829338
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30829573 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 30829474  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  30829473 gggtaggttttttt-ttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 30829375  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30829374 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 30829338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 27616866 - 27617102
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27616866 ccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagttt 27616965  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  27616966 gggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 27617065  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  27617066 agttggtttaattgatgattgaatggtgttagggtat 27617102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 238
Target Start/End: Original strand, 6201308 - 6201535
Alignment:
Q  11 ccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnn 110  Q
    |||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      
T  6201308 ccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtt 6201407  T
Q  111 nnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttacttt 210  Q
          ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||    
T  6201408 ttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggttt 6201507  T
Q  211 aattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6201508 aattgatgattgaatgatgttagggtat 6201535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 7 - 232
Target Start/End: Original strand, 26423139 - 26423374
Alignment:
Q  7 ttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaa---acaagt----atcttgactcatttttaatcataatgttagt 99  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26423139 ttctccaatttcattttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaattcacaagttagtatcttgactcatttttaatcataatgttagt 26423238  T
Q  100 ttgtgtaggnnnnnnnatttt---aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataatta 196  Q
    ||| ||||         ||||   ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26423239 ttgggtagttttttttttttttttaaaaaaaagtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattg 26423338  T
Q  197 aatgtagttactttaattgatgattgaatgatgtta 232  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  26423339 aatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgtta 26423374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 65 - 238
Target Start/End: Original strand, 22301395 - 22301567
Alignment:
Q  65 aagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattg 164  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22301395 aagtatcttgactcattttttatcataatgttagtttgggtaggttttttt-ttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattg 22301493  T
Q  165 aattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22301494 aattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 22301567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 120 - 238
Target Start/End: Original strand, 3501438 - 3501556
Alignment:
Q  120 taaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 219  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  3501438 taaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatga 3501537  T
Q  220 ttgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  3501538 ttgaatgatgttagagtat 3501556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Original strand, 3501301 - 3501407
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3501301 accaagttctccaatttcattttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 3501400  T
Q  101 tgtgtag 107  Q
    || ||||    
T  3501401 tgggtag 3501407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 238
Target Start/End: Original strand, 24722207 - 24722315
Alignment:
Q  130 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 229  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  24722207 tagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgattattgcatgtagtttataattgaatgtagtgtctttaattgatgtttgaatgatg 24722306  T
Q  230 ttagagtat 238  Q
    |||||||||    
T  24722307 ttagagtat 24722315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5541465 - 5541226
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5541465 accaagttctccaatttcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 5541366  T
Q  101 tgtgtagg---nnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaa 197  Q
    ||||||||          | ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |    
T  5541365 tgtgtaggttttttttttaattttaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaa-ttttgatgatttcatgtagtttataattga 5541267  T
Q  198 atgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5541266 atgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 5541226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 45257137 - 45257375
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45257137 ccaacttctccaatttcgaattttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 45257236  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa-----tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataatta 196  Q
    | |||||        ||||||||||     || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |     
T  45257237 gggtaggttttt---ttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcttgtagtttataactg 45257333  T
Q  197 aatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45257334 aatgtagttgctttaattgataattgaatgatgttagagtat 45257375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 9371303 - 9371072
Alignment:
Q  7 ttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta 106  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9371303 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 9371204  T
Q  107 ggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagtta 206  Q
    ||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||     
T  9371203 ggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 9371104  T
Q  207 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9371103 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 9371072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 17465644 - 17465407
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    |||||||||||||  ||| ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17465644 ccaacttctccaaaatcgttttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttttatcataatgttagttt 17465545  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa-tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatg 200  Q
    | |||||        |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  17465544 gggtaggttttttttttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatg 17465445  T
Q  201 tagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17465444 tagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 17465407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 17587570 - 17587807
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    |||||||||||||  ||| ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17587570 ccaacttctccaaaatcgttttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttttatcataatgttagttt 17587669  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaa-tgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatg 200  Q
    | |||||        |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  17587670 gggtaggttttttttttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatg 17587769  T
Q  201 tagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17587770 tagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 17587807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 35610337 - 35610102
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  35610337 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgaatcatttttagtcataatgttagttt 35610238  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | |||||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  35610237 gggtaggttttttt-ttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 35610139  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35610138 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 35610102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 16674921 - 16675137
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16674921 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgacttatttttaatcataatgttagtt 16675020  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnatttt--aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaa 198  Q
    |||||||         || |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  16675021 tgtgtagattttttttttataaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattggacttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 16675120  T
Q  199 tgtagttactttaattg 215  Q
    ||||||| |||||||||    
T  16675121 tgtagttgctttaattg 16675137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 17649289 - 17649505
Alignment:
Q  1 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17649289 accaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgacttatttttaatcataatgttagtt 17649388  T
Q  101 tgtgtaggnnnnnnnatttt--aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaa 198  Q
    |||||||         || |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  17649389 tgtgtagattttttttttataaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattggacttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 17649488  T
Q  199 tgtagttactttaattg 215  Q
    ||||||| |||||||||    
T  17649489 tgtagttgctttaattg 17649505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 41880639 - 41880877
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 101  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  41880639 ccaacttcttcaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattgtttatcataatgttagttt 41880738  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtag--gaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaat 199  Q
    | |||||        ||  |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  41880739 gggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagagttgatgtagctgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaat 41880838  T
Q  200 gtagttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41880839 gtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 41880877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 4 - 238
Target Start/End: Original strand, 48403508 - 48403744
Alignment:
Q  4 aacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcattttta--atcataatgttagttt 101  Q
    |||||||||||  ||| ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  48403508 aacttctccaaaatcgttttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttttttatcataatgttagttt 48403607  T
Q  102 gtgtaggnnnnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgt 201  Q
    | ||||         ||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  48403608 gggtagattttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgt 48403707  T
Q  202 agttactttaattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  48403708 agttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtat 48403744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 11 - 238
Target Start/End: Original strand, 41734323 - 41734550
Alignment:
Q  11 ccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnn 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  41734323 ccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtagttt 41734422  T
Q  111 nnnnnattttaaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttacttt 210  Q
         |    |||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||| |||||| || ||||| ||| ||||    
T  41734423 ttttaagagaaaaaaatggtagtttgcacgtggttagggttgatgttggaattgaaaatttgatgattgcatgtattttatagttgaatgttgttgcttt 41734522  T
Q  211 aattgatgattgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||||| || ||||| |||| |||||    
T  41734523 aattgatgtttcaatgacgttatagtat 41734550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 121 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 46740351 - 46740233
Alignment:
Q  121 aaaaaatgttagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaatttttt-atgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatga 219  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  46740351 aaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttttatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatga 46740252  T
Q  220 ttgaatgatgttagagtat 238  Q
    |||||||||||||||||||    
T  46740251 ttgaatgatgttagagtat 46740233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 130 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 556440 - 556332
Alignment:
Q  130 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 229  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  556440 tagttttcatgtggttaaggtttatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatatagttgctttaattgatgattggatgatg 556341  T
Q  230 ttagagtat 238  Q
    |||||||||    
T  556340 ttagagtat 556332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 7 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 10175699 - 10175598
Alignment:
Q  7 ttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta 106  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10175699 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 10175600  T
Q  107 gg 108  Q
    ||    
T  10175599 gg 10175598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 8 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 46740437 - 46740386
Alignment:
Q  8 tctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatca 59  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  46740437 tctccaattttaatttttcagcaaaatcaagtgcattatctccatttaatca 46740386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0877 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0877
Description:

Target: scaffold0877; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 56 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4523 - 4344
Alignment:
Q  56 atcacaaacaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggnnnnnnnattttaaaaaat-gttagttttcatgaggttagggttgat 154  Q
    |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||| | |||||| |||| ||| |||||||||    
T  4523 atcacaagtaagtaccttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggttttttttgtttaaaaaattggtagtttgcatgtggtaagggttgat 4424  T
Q  155 gtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatgttaga 234  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||   |||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||    
T  4423 gtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagattataaacgaatgtagttgttgtaattgatgtttgaatgatgttaga 4344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0238 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0238
Description:

Target: scaffold0238; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 130 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 18727 - 18621
Alignment:
Q  130 tagttttcatgaggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattaaatgtagttactttaattgatgattgaatgatg 229  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||| |||    
T  18727 tagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaaattttgattattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatttttgaatcatg 18628  T
Q  230 ttagagt 236  Q
    |||||||    
T  18627 ttagagt 18621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0494 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0494
Description:

Target: scaffold0494; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 11375 - 11329
Alignment:
Q  2 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatct 48  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  11375 ccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatct 11329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University