View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21217_low_5 (Length: 490)

Name: NF21217_low_5
Description: NF21217
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21217_low_5
NF21217_low_5
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (16-474)||(22830840-22831307)
chr7 (16-447)||(22898081-22898512)
chr7 (16-447)||(22814836-22815276)
chr7 (16-439)||(22889101-22889533)
chr7 (16-436)||(22893762-22894182)
chr7 (16-474)||(22839861-22840328)
chr7 (16-447)||(22875731-22876165)
chr7 (16-447)||(22805127-22805558)
chr7 (16-401)||(22858268-22858665)
chr7 (16-447)||(22809450-22809893)
chr7 (160-436)||(22885559-22885830)
chr7 (16-158)||(22826067-22826209)
chr7 (16-249)||(22880400-22880642)
chr7 (16-138)||(22913483-22913605)
chr7 (265-474)||(22880631-22880840)
chr7 (228-437)||(22913698-22913907)
chr7 (310-411)||(22842264-22842365)
chr7 (245-327)||(22922209-22922291)
chr7 (241-327)||(22933300-22933386)
chr7 (16-82)||(22885434-22885500)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-447)||(21150465-21150905)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (230-288)||(15628278-15628336)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 474
Target Start/End: Original strand, 22830840 - 22831307
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaa---------caacattaattggagctaaagta 106  Q
    |||||| |||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| |||   |||||| ||||||||          ||||| ||| ||||||||| |||    
T  22830840 atacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaactggagctaaggta 22830939  T
Q  107 acatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataat 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22830940 acatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataat 22831039  T
Q  207 atcctgcatgagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaag 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22831040 atcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatgattatcattgatatcatcaaactcaaaatttttacgagtgtcaag 22831139  T
Q  307 ctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtagga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831140 ctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtagga 22831239  T
Q  407 gaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagt 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22831240 gaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaatacaaaagt 22831307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 16 - 447
Target Start/End: Original strand, 22898081 - 22898512
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898081 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatc 22898180  T
Q  116 tttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcat 215  Q
    ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |||||  |||||| ||| | ||||| || |||||||||||||||||     
T  22898181 tttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccattaacatcataatatcctgcag 22898280  T
Q  216 gagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacacc 315  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | |   |  ||| ||||| ||||||||    
T  22898281 gagttgatttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataatagtatcaagttcaacacc 22898380  T
Q  316 aaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaaca 415  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  22898381 aaaaacatggttgctactatttccattgttggatttgttaaagagaccaaggtattgactttgtagtgaatttggtagcccttttgtaggagagacaaca 22898480  T
Q  416 aaaacaattccatggccactaatagatggata 447  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  22898481 aaaacaattccatggccactaagagttggata 22898512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 16 - 447
Target Start/End: Original strand, 22814836 - 22815276
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaa---------caacattaattggagctaaagta 106  Q
    |||||| |||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||          ||||| | |||||||||||||||    
T  22814836 atacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacactcattggagctaaagta 22814935  T
Q  107 acatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||| | ||||||| |||||  ||||| |||||    
T  22814936 acatcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgtataggaaatccattggaaagggataactccctgaattgaccatgatcattataat 22815035  T
Q  207 atcctgcatgagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaag 306  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  22815036 atcctgcaggagttgaattagctgatttcaaataattgatatcgataccaacatggttatcattgatatcatcaaactgcaaatcttgacgagtgtcaag 22815135  T
Q  307 ctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtagga 406  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22815136 ctcaacaccaaaaacatggttgttactgtttccattgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcccttttgtagga 22815235  T
Q  407 gaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggata 447  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  22815236 gaaagaacaaaaacaattccttggccactaaaaggtggata 22815276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 16 - 439
Target Start/End: Original strand, 22889101 - 22889533
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaa---------caacattaattggagctaaagta 106  Q
    |||||| |||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||          ||||| | ||||| |||||||||    
T  22889101 atacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacactcattggtgctaaagta 22889200  T
Q  107 acatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataat 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||| | ||||| |||||  | |||||||||    
T  22889201 acatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcatagggtatccactggaaagggataaatccttgaattgaccataaccatcataat 22889300  T
Q  207 atcctgcatgagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaag 306  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22889301 atcctgcaggagttgaatcagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcgttgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaag 22889400  T
Q  307 ctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtagga 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  22889401 ctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccactgttggaatcgttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatctggtagcccttttgttgga 22889500  T
Q  407 gaaagaacaaaaacaattccatggccactaata 439  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22889501 gaaataacaaaaacaattccatggccaccaata 22889533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 16 - 436
Target Start/End: Original strand, 22893762 - 22894182
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatc 115  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22893762 atacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatc 22893861  T
Q  116 tttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcat 215  Q
    ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||  || |||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||     
T  22893862 tttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggatagccactgataaggcttatattcttgaattgaccattaccatcataatatcctgcag 22893961  T
Q  216 gagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacacc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |  ||| ||||| ||||||||    
T  22893962 gagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcacgattttcaatagtatcaagttcaacacc 22894061  T
Q  316 aaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaaca 415  Q
    |||||| |||||||||   |||||| ||||||| | || ||||||||||| ||||  |  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22894062 aaaaacgtggttgctaggatttccattgttggaatcgtcaaagagaccaaggtatgaaccttggagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaaca 22894161  T
Q  416 aaaacaattccatggccacta 436  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  22894162 aaaacaattccatggccacta 22894182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 16 - 474
Target Start/End: Original strand, 22839861 - 22840328
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaa---------caacattaattggagctaaagta 106  Q
    |||||| |||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| |||   |||||| ||||||||          ||||| ||| ||||||||| |||    
T  22839861 atacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaaatggagctaaggta 22839960  T
Q  107 acatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataat 206  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||  |   ||||| ||||    
T  22839961 acatcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactggagagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaat 22840060  T
Q  207 atcctgcatgagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaag 306  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || || |||| |||||    
T  22840061 atcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaagagtatcaag 22840160  T
Q  307 ctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtagga 406  Q
     |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22840161 ttcaacaccaaaaacatggttgccaccgtttccaatgttggattggttaaagagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtagcccttttgtagga 22840260  T
Q  407 gaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaaattcaaaagt 474  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||    |||||||||| |||| |||||||    
T  22840261 gaaataacgaaaacaattccatggccactaagagttggatatgaagattttatggaaaatacaaaagt 22840328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 447
Target Start/End: Original strand, 22875731 - 22876165
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttta--acaa-cattaattggagctaaagtaacatca 112  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||  || | |||  |||||||||||||||||||||    
T  22875731 atacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcatctattggagctaaagtaacatca 22875830  T
Q  113 atctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctg 212  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||  |   ||||| ||||||||||    
T  22875831 atcttttttttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctg 22875930  T
Q  213 catgagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaac 312  Q
     |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||  | |   |  ||  ||||| |||||    
T  22875931 tagaagttgaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaacagaatcaagttcaac 22876030  T
Q  313 accaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaaga 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  22876031 accaaaaacatggttgctactgtttccattgtttgaattgttaaagagaccaaggtattgacgtggtagtgagtttggtagcccttttgtaggagaaaca 22876130  T
Q  413 acaaaaacaattccatggccactaatagatggata 447  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  22876131 acaaaaacaattccatcaccactaatagttggata 22876165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 447
Target Start/End: Original strand, 22805127 - 22805558
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatc 115  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||  | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  22805127 atacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcattgataacgaaggtcctgttggtttaacaacataaactggagctaaagtaacatcaatc 22805226  T
Q  116 tttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcat 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||   | |||| | |||||  |||||| |||||  |||||     
T  22805227 tttttcttcactccatcataatcaatccatacctgtataggatttccactggaaaggtctactgttctgatttgaccatgatcatcgtaataggctgcag 22805326  T
Q  216 gagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacacc 315  Q
     ||||||   | ||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  |  | |||| |||||||||||| || |  ||||||||| ||||||||    
T  22805327 tagttgagacaactgatttcagatcattgatattaataccatcgtggttattgtcaacatcaccaaactcaaaatctttagaagtgtcaagttcaacacc 22805426  T
Q  316 aaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaaca 415  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22805427 aaaaacatggttgccactgtttccattgttggaatcattaaagagaccaaggtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgttggagaaagaaca 22805526  T
Q  416 aaaacaattccatggccactaatagatggata 447  Q
    |||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  22805527 aaaacaattccatggccagtaaaaggtggata 22805558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 401
Target Start/End: Original strand, 22858268 - 22858665
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacatta------------attggagctaaa 103  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||| | || ||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||            |||||||||||     
T  22858268 atacattctattgttgagaattggagaaagatctttcgtgaatgataacaaaggtcgtgctggtttaacaacattacaaccaaaattaattggagctaat 22858367  T
Q  104 gtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcat 203  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||| |   ||||||||||| || ||| ||    
T  22858368 gtaacatcaatatttttcttcactccatcatattctatccatacctgcataggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgaccaatagcattat 22858467  T
Q  204 aatatcctgcatgagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtc 303  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  ||||||    
T  22858468 agtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccagcatggttattattgatatcatcaaactcaagatcttgaatagtgtc 22858567  T
Q  304 aagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttg 401  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  22858568 aagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgttggaatcgttaaagggaccaaggtattggtttggaagtgaatctggtagcccttttg 22858665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 16 - 447
Target Start/End: Original strand, 22809450 - 22809893
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaa------------ttggagctaaa 103  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||            |||||||||||    
T  22809450 atacatactagtgttaagaattggagaaagatctttggtgaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacattaattggagctaaa 22809549  T
Q  104 gtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcat 203  Q
    ||| ||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||  ||||   | |||| ||||| ||||| ||  |||||    
T  22809550 gtagcatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatagccactgaaaaggctcatattcttgaattgaccattactatcat 22809649  T
Q  204 aatatcctgcatgagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtc 303  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | || || |||| ||    
T  22809650 aatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaagagtatc 22809749  T
Q  304 aagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgta 403  Q
     || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||  |||||| ||| |  ||||||||| ||||||||||||    
T  22809750 tagttcaacaccgaaaacatggttactactgtttccattgttggattggttaaagagaccaagatattgacttgcttttgaatttggcagcccttttgta 22809849  T
Q  404 ggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggata 447  Q
    || |||| |||||| ||||||||||||  ||||| || ||||||    
T  22809850 ggtgaaacaacaaatacaattccatgggaactaagagttggata 22809893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 160 - 436
Target Start/End: Original strand, 22885559 - 22885830
Alignment:
Q  160 tccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcatgagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaaca 259  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22885559 tccactggaaagggataaattcctgaatc---cataatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaata 22885655  T
Q  260 tggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaaga 359  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | |||  |||    
T  22885656 tggttatcattgatttcatcaaactcaaaattttgatcagtgtcaagctcaataccaaaaacatggctgctactgtttccattgttggaattgtt--aga 22885753  T
Q  360 gaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccacta 436  Q
    |||||| ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22885754 gaccaaggtattaatattgtagtgaatttggtagcccttttgtaggtgaaataacaaaaacaattccatggccacta 22885830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 158
Target Start/End: Original strand, 22826067 - 22826209
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatc 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22826067 atacatactattgttcaaaattggaggaagatctctggtcaatgaaaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatc 22826166  T
Q  116 tttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggat 158  Q
    ||||| ||  | ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  22826167 tttttattttcaccatcatattctatccatacctgcataggat 22826209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 249
Target Start/End: Original strand, 22880400 - 22880642
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaa---------caacattaattggagctaaagta 106  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||          ||||| |||| |||||||| |||    
T  22880400 atacatactattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgacaacaaatgtcgtgttggtttattattaaaaccaacactaatcggagctaatgta 22880499  T
Q  107 acatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataat 206  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||| ||||||||||| | |||||||| ||  |||||||||||    
T  22880500 acctcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactggaaagggataaatccttgaatcgatcataatcatcataat 22880599  T
Q  207 atcctgcatgagttgaattagctgatttcaaatcattgatatc 249  Q
    ||||||||  | |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22880600 atcctgcagaaattgaatttactgatttcaaatcattgatatc 22880642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 138
Target Start/End: Original strand, 22913483 - 22913605
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatc 115  Q
    |||||||||| |||| | ||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913483 atacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggtttaacaacattaattggagctaaagtaacatcaatc 22913582  T
Q  116 tttttcttcactccatcatattc 138  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  22913583 tttttcttcactccatcatattc 22913605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 265 - 474
Target Start/End: Original strand, 22880631 - 22880840
Alignment:
Q  265 atcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagacca 364  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |   || ||||||||||    
T  22880631 atcattgatatcgtcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctaatgtttccagtgttgaaagtgtcaaagagacca 22880730  T
Q  365 aagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggatacatggattttatggtaa 464  Q
    | ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| || |||| | ||||| |||| ||    
T  22880731 aggtatttacttggtagcgaatttggtagcccttttgttggtgaaacaacaaaaacaagtccatggccacaagtagctgtatacctagatttgatggcaa 22880830  T
Q  465 attcaaaagt 474  Q
    || |||||||    
T  22880831 atacaaaagt 22880840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 228 - 437
Target Start/End: Original strand, 22913698 - 22913907
Alignment:
Q  228 ctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 327  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||   |||   |  ||| |||||||| | |||||||||||||||    
T  22913698 ctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactccgtattcataatagtatcaagctccaaaccaaaaacatggtt 22913797  T
Q  328 gctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaaagaacaaaaacaattcca 427  Q
      |  |||||||| |||| || |  || || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22913798 attgttgtttccattgtttgattcattgaatagaccaaggtattgacttggtagtgaatttggtaacccttttgttggagaaagaacaaaaacaattcca 22913897  T
Q  428 tggccactaa 437  Q
    ||||||||||    
T  22913898 tggccactaa 22913907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 310 - 411
Target Start/End: Original strand, 22842264 - 22842365
Alignment:
Q  310 aacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtaggagaa 409  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  22842264 aacaccaaaaacatggttgctactatttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgacctggtagtgaatttggttgcccttttgtaggtgaa 22842363  T
Q  410 ag 411  Q
    ||    
T  22842364 ag 22842365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 245 - 327
Target Start/End: Original strand, 22922209 - 22922291
Alignment:
Q  245 atatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 327  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  22922209 atatctataccaacatggttatcattaatatcaccaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaagatggtt 22922291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 241 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 22933386 - 22933300
Alignment:
Q  241 attgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 327  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||  |||||||| ||| ||| |||||| ||||||    
T  22933386 attgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaactcaaagtcttgagcagtgtcaaactcgacagcaaaaatatggtt 22933300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 16 - 82
Target Start/End: Original strand, 22885434 - 22885500
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttta 82  Q
    |||||| |||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  22885434 atacattctattgttgagtattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggttta 22885500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 16 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 21150905 - 21150465
Alignment:
Q  16 atacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggagctaaagta 106  Q
    ||||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |  ||||||         | ||||| |||||||||||||||||    
T  21150905 atacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggagctaaagta 21150806  T
Q  107 acatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgtataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataat 206  Q
    |||| |||||| |||||  | |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||  |||||||||||   |||||| | || ||||||||||||    
T  21150805 acattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatcatcataat 21150706  T
Q  207 atcctgcatgagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaag 306  Q
    | ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  21150705 agcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttattattgatatcatcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaag 21150606  T
Q  307 ctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgttggagtagttaaagagaccaaagtattgatttggtagtgaatttggtagcccttttgtagga 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21150605 ctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccattgttggaattgttaaagagaccaaggtattgtgttggtagtgaatttggtagctcttttgtagga 21150506  T
Q  407 gaaagaacaaaaacaattccatggccactaatagatggata 447  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  21150505 gaaataacaaaaacaattccatggccaccaagagttggata 21150465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 230 - 288
Target Start/End: Original strand, 15628278 - 15628336
Alignment:
Q  230 gatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaa 288  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  15628278 gatttcaaaccattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaacccaaa 15628336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University