View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21224_high_1 (Length: 866)

Name: NF21224_high_1
Description: NF21224
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21224_high_1
NF21224_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-851)||(49726480-49727330)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 806; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 806; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 49727330 - 49726480
Alignment:
Q  1 cagaaatgaaacgaaacaaaaattcccaacaacattaatctggattgaatttgtggcaagaatagagtataataatttgagtaatttgagatggtacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49727330 cagaaatgaaacgaaacaaaaattcccaacaacattaatctggattgaatttgtggcaagaatagagtataataatttgagtaatttgagatggtacctt 49727231  T
Q  101 accttgtttacaataaaactggccattgttatcaagtagacattgaccaccataaagatcatggcagctagaacaattctgagaaacttgtaatttgatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49727230 accttgtttacaataaaactggccattgttatcaagtagacattgaccaccataaagatcatggcagctagaacaattctgagaaacttgtaatttgatg 49727131  T
Q  201 gaaatttcaccgcttaacaccttaaaaagatcagcaggttcaagacggttaacctttgaatacgttggaagctcaacatttgaacaacctttaagatgat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49727130 gaaatttcaccgcttaacaccttaaaaagatcagcaggttcaagacggtcaacctttgaatacgttggaagctcaacatttgaacaacctttaagatgat 49727031  T
Q  301 tagaattggaaacagaatcagttacaaccacaatagttttattactctttatatccgaatccgaaacaccatacaaagtagtagtatcttctctacaaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49727030 tagaattggaaacagaatcagttacaaccacaatagttttattactctttatatccgaatccgaaacaccatacaaagtagtagtatcttctctacaaat 49726931  T
Q  401 ggagctagaattagaaacagaatagtattgttgaagatcgagtgagttgttgctgttgcatccgaaaacagttacgtaatattccaaacgagatgaaacc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49726930 ggagctagaattagaaacagaatagtattgttgaagatcgagtgagttgttgctgttgcatccgaaaacagttacgtaatattccaaacgagatgaaacc 49726831  T
Q  501 aaaggtgtattgaccgtgaacatggaatcatatgttagaatatcacagcttttttgtagcaaaatatcgtggagttggtcgtctttgattgtgattgtga 600  Q
    |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49726830 aaaggtgtgttgaccatgaacattgaatcatatgttagaatatcacagcttttttgtagcaaaagatcgtggagttggtcgtctttgattgtgattgtga 49726731  T
Q  601 atggttcgattttcagaatatcgaaccatcttttgttgttttgtattgnnnnnnnggattgtggttcatagtcttcacaaccatgtattactaacatgcc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49726730 atggttcgattttcagaatatcgaaccatcttttgttgttttgtattgtttttttggattgtggttcatagtcttcacaaccatgtattactaacatgcc 49726631  T
Q  701 acaatctggatgttgtgtgcttgtaaaagggaattcaatttctccgagaaatccacaggtaattgaagatggacagatacatgatgatagtagcagttgt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49726630 acaatctggatgttgtgtgcttgtaaaagggaattcaatttctccgagaaatccacaggtaattgaagatggacagatacatgatgatagtagcagttgt 49726531  T
Q  801 tgtataaggaggcatgaaaacaagaagaggtgttgtgagaacatgataaat 851  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49726530 tttataaggaggcatgaaaacaagaagaggtgttgtgagaacatgataaat 49726480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University