View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21225_low_1 (Length: 1031)

Name: NF21225_low_1
Description: NF21225
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21225_low_1
NF21225_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (10-1014)||(7904897-7905890)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 842; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 842; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1014
Target Start/End: Original strand, 7904897 - 7905890
Alignment:
Q  10 acatcatcaaagggaggtccatcatcaatgtggagacgacaagcataatcaagaggagtactaaccggtttacaagtggttaggcctgcatctgaaagta 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7904897 acatcatcaaagggaggtccatcatcaatgtgaagaagacaagcataatcaagaggagtactaaccgatttacaagtggttaggcctgcatctgaaagta 7904996  T
Q  110 agtcgaggcaatatttgcgttgacagagggatatacctttaaaccttttgaggaatgagcaacctccaagccaagaaagaacttgagctggccaaggtct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7904997 agtcgaggcaatatttgcgttgacagagggatatacct--------tttgaggaatgagcaacctccaagccaagaaagaacttgagctagcctaggtct 7905088  T
Q  210 ttgatacgaaaatgatgatcaagcaattgcttaatctcagcaaaagcagcaaggcagtcaccagccaatataatgtcattcacgtatattaataaagctg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905089 ttgatacgaaaatgatgatcaagcaattgcttaatctcagcaaaagcagcaaggcagtcaccagccaatataatgtcattcacgtatattaataaagctg 7905188  T
Q  310 tgaaagaagttggagaagcacgaattaaaaaggagtgatcagctgaagcttgcacaaaaccaatggtcaggaggagtgaaataagcttttcaaaccaacg 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905189 tgaaagaagttggagaagcacgaattaaaaaggagtgatcagctgaagcttgcacaaaaccaatggtcaggaggagtgaaataagcttttcaaaccaacg 7905288  T
Q  410 ccggctggcatgtttgaggccgtataaggacttgagcagcttacaaacctgcccaggcctaggaggagaaacaccttgaggagggtgcatgtagacatcc 509  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905289 ccggctggcttgtttgaggccgtataaggacttgagcagcttacaaacctgcccaggcctaggaggagaaacaccttgaggagggtgcatgtagacatcc 7905388  T
Q  510 tcttgaagatcaccgtgcaagaaggcgttgttaacgtctaattggtggagatgccatcgttttatagaagcaacaacaagcaacaatcaaacagttgaca 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  7905389 tcttgaagatcaccgtgcaagaaggtgttgttagcgtctaattggtggagatgccatcgtttaatagaagtaacagcaagcaacaatcaaacaattgaca 7905488  T
Q  610 gtttttccaccagagagagtgcnnnnnnnnnntccacgccttcgatttgattgtaacccttggctacaagacgtgctctatagcgctcaatagaaccatt 709  Q
    ||||| |||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||    
T  7905489 gttttgccaccagagagagtgtaaaaaaaaaatccacgccttcgatttgattgtaacccttggctacaagacatgcattatagcgctcaatagaaccatt 7905588  T
Q  710 ggcatgccgtttaatcttgaagacccatttgcttccaatgggagaaatattggggggaggatctacaaatatccatgttccagttgcttccaaagcacta 809  Q
    ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7905589 ggcataccgtttaatc-tgaagatccatttgcttccaatgggagaaatattggggggaggatctacaaatatccatgttccagttgcttccaaagcact- 7905686  T
Q  810 aagctcaggagacatagcaagttgccaacgtggatcactttgggcctgtttaaaagaagaaggttcaatgtctgatgagatggcaagagtgaagctacaa 909  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905687 aagctcaggggacatagcaagttgccaacgtggatcactttgggcctgtttaaaagaagaaggttcaatgtctgatgagatggcaagagtgaagctacaa 7905786  T
Q  910 tatgagggagataacgggtgataagacaaggaagcggagatgggaaagagctgagcaaacaaagtcttgaagatgagctggtgttgtacgagtacgagtg 1009  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905787 tatgagggagataacgggtgataagacaaggaagcggagatggg-aagagctgagcaaacaaagtcttgaagatgagctggtgttgtacgagtacgagtg 7905885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University