View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21225_low_11 (Length: 368)

Name: NF21225_low_11
Description: NF21225
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21225_low_11
NF21225_low_11
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (238-357)||(39934890-39935015)
chr7 (66-232)||(46576242-46576419)
chr7 (66-230)||(33496506-33496681)
chr7 (1-65)||(39934834-39934898)
chr7 (70-232)||(48460664-48460830)
chr7 (66-232)||(30922710-30922887)
chr7 (67-134)||(52051-52118)
chr7 (66-231)||(38754897-38755071)
chr7 (144-231)||(31741049-31741136)
chr7 (155-232)||(38349559-38349636)
chr7 (143-232)||(42974466-42974555)
chr7 (155-232)||(28713682-28713759)
chr7 (165-231)||(47480123-47480188)
chr7 (66-134)||(28713790-28713859)
chr7 (156-232)||(51943-52019)
chr7 (154-230)||(11752604-11752680)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (66-232)||(13988252-13988429)
chr5 (66-232)||(36890382-36890558)
chr5 (66-232)||(11247197-11247374)
chr5 (154-232)||(15285334-15285412)
chr5 (157-232)||(43100310-43100385)
chr5 (181-234)||(8378347-8378400)
chr5 (66-134)||(20151488-20151556)
chr5 (155-216)||(12248294-12248355)
chr5 (155-231)||(35906000-35906076)
[»] chr2 (22 HSPs)
chr2 (58-232)||(13696957-13697142)
chr2 (58-232)||(36272653-36272838)
chr2 (66-232)||(32599248-32599425)
chr2 (64-242)||(17823574-17823763)
chr2 (66-232)||(40095268-40095444)
chr2 (66-231)||(36709192-36709367)
chr2 (66-232)||(33555362-33555540)
chr2 (145-212)||(42061321-42061388)
chr2 (143-232)||(23860252-23860341)
chr2 (66-134)||(14242524-14242592)
chr2 (167-232)||(14242627-14242692)
chr2 (180-232)||(14945861-14945913)
chr2 (154-232)||(3121615-3121693)
chr2 (144-231)||(24475790-24475877)
chr2 (64-102)||(23860196-23860234)
chr2 (65-134)||(4434591-4434660)
chr2 (64-101)||(42061235-42061272)
chr2 (145-232)||(33299984-33300071)
chr2 (143-232)||(5562941-5563030)
chr2 (155-216)||(40216430-40216491)
chr2 (65-132)||(3121715-3121783)
chr2 (160-232)||(4434695-4434767)
[»] chr4 (27 HSPs)
chr4 (64-232)||(37605689-37605868)
chr4 (66-232)||(17044008-17044184)
chr4 (58-232)||(45995887-45996071)
chr4 (66-232)||(55281213-55281390)
chr4 (66-232)||(25164471-25164648)
chr4 (66-232)||(43749097-43749276)
chr4 (63-232)||(3287089-3287265)
chr4 (154-232)||(5817479-5817557)
chr4 (143-234)||(41277218-41277309)
chr4 (158-232)||(51579325-51579399)
chr4 (66-134)||(39631010-39631078)
chr4 (66-125)||(5208425-5208484)
chr4 (66-232)||(24059135-24059310)
chr4 (61-130)||(51579698-51579767)
chr4 (172-232)||(32290219-32290279)
chr4 (143-231)||(42179225-42179313)
chr4 (158-232)||(20107115-20107190)
chr4 (172-232)||(25784025-25784085)
chr4 (144-232)||(50498215-50498303)
chr4 (178-232)||(32525145-32525199)
chr4 (188-232)||(39631271-39631315)
chr4 (66-114)||(51293082-51293130)
chr4 (160-216)||(51579601-51579657)
chr4 (61-134)||(48525439-48525513)
chr4 (65-130)||(5817379-5817444)
chr4 (154-231)||(26720000-26720077)
chr4 (156-232)||(36851232-36851308)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (59-244)||(48034801-48034998)
chr3 (64-232)||(38247803-38247981)
chr3 (64-232)||(50989208-50989387)
chr3 (64-232)||(51092340-51092519)
chr3 (68-232)||(12224006-12224180)
chr3 (66-232)||(9271115-9271294)
chr3 (152-231)||(8496712-8496791)
chr3 (154-232)||(23004761-23004839)
chr3 (143-232)||(33288137-33288226)
chr3 (68-134)||(8496821-8496887)
chr3 (154-232)||(8330691-8330769)
chr3 (160-232)||(36674624-36674696)
chr3 (160-231)||(39947262-39947333)
chr3 (165-229)||(54713532-54713596)
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (66-232)||(1994958-1995134)
chr1 (66-232)||(27325627-27325805)
chr1 (66-232)||(44797467-44797643)
chr1 (66-232)||(2402925-2403102)
chr1 (143-232)||(29637298-29637387)
chr1 (66-232)||(32267465-32267642)
chr1 (143-232)||(1673374-1673463)
chr1 (66-134)||(40030900-40030968)
chr1 (66-232)||(526909-527076)
chr1 (157-232)||(7178213-7178288)
chr1 (144-232)||(39858352-39858440)
chr1 (66-232)||(46845666-46845833)
chr1 (154-232)||(6487733-6487811)
chr1 (52-232)||(13276461-13276641)
chr1 (154-216)||(26040991-26041053)
chr1 (66-134)||(15066020-15066089)
chr1 (67-134)||(29637211-29637278)
chr1 (144-234)||(49430553-49430643)
chr1 (155-216)||(47571663-47571724)
chr1 (74-134)||(1673483-1673543)
chr1 (155-231)||(29731194-29731270)
chr1 (185-232)||(40030843-40030890)
chr1 (172-232)||(15225108-15225168)
chr1 (158-230)||(19989246-19989318)
chr1 (172-232)||(33502641-33502701)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (66-232)||(9045838-9046014)
chr6 (66-232)||(14313987-14314163)
chr6 (66-232)||(34792651-34792828)
chr6 (143-232)||(1244644-1244733)
chr6 (165-231)||(29429590-29429656)
chr6 (154-232)||(23915977-23916055)
chr6 (181-229)||(9521943-9521991)
chr6 (66-128)||(1244556-1244618)
chr6 (183-232)||(16717995-16718044)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (66-232)||(14342187-14342366)
chr8 (66-232)||(43065905-43066081)
chr8 (147-232)||(1993732-1993817)
chr8 (66-134)||(4076769-4076837)
chr8 (154-234)||(41075696-41075776)
chr8 (143-232)||(4077049-4077138)
chr8 (154-234)||(31774727-31774807)
chr8 (154-229)||(8368470-8368545)
chr8 (144-232)||(28898000-28898088)
chr8 (154-232)||(2599536-2599614)
chr8 (154-231)||(10391404-10391481)
chr8 (144-232)||(45413627-45413715)
chr8 (155-232)||(11904858-11904935)
chr8 (66-134)||(1993639-1993707)
chr8 (178-218)||(7313525-7313565)
chr8 (166-232)||(16465723-16465789)
chr8 (66-134)||(11904966-11905035)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (66-232)||(3056-3231)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (65-229)||(10231-10405)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 238 - 357
Target Start/End: Original strand, 39934890 - 39935015
Alignment:
Q  238 cttttttatttactgttgctgtgtgtgtgag------attgtgctttatggacatacctgtcgtggctggacatggcttcgccgcgtgtatcgtgttaaa 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39934890 cttttttatttactgttgctgtgtgtgtgtgtgtgtgattgtgctttatggacatacctgtcgtggctggacatggcttcgccgcgtgtatcgttttaaa 39934989  T
Q  332 ttcgatactttttaaagaaacttttg 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  39934990 ttcgatactttttaaagaaacttttg 39935015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 46576242 - 46576419
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||          |||||||| ||    
T  46576242 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 46576341  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  46576342 ggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 46576419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 66 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 33496681 - 33496506
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||          |||||||| ||    
T  33496681 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtggg 33496582  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatc 230  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  33496581 gggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatc 33496506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 65
Target Start/End: Original strand, 39934834 - 39934898
Alignment:
Q  1 cggaggaatgggaatatcagagcgaggtgagtgagtgagttaactaagcgctgttacttttttat 65  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39934834 cggaggaatgggaatatcagagcgaggtgagtgagtgagttaactaagcgctgttacttttttat 39934898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 70 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 48460830 - 48460664
Alignment:
Q  70 aatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-acctta--aatttgtgtgt-tgggggaccacaag 165  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||  | |||   ||| ||||||| || |||    
T  48460830 aatgttttatgtacacacttttttccacacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacgagttttattgtgtgggggatcataag 48460731  T
Q  166 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  48460730 gacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 48460664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 30922710 - 30922887
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaa----------tttgtgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || |          ||||||||| ||    
T  30922710 ggataatgtttcatgtacatacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggg 30922809  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||  |||||||| |  ||||||||||||    
T  30922810 gggactacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgaatgtacatgtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcac 30922887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 67 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 52118 - 52051
Alignment:
Q  67 gataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  52118 gataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactacatatgagagtgtgagaga 52051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 66 - 231
Target Start/End: Original strand, 38754897 - 38755071
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaatttg--------tgtgttgggg 156  Q
    ||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||| | | | |||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||| ||        |||||  |||    
T  38754897 ggataatatttcatgtacacctttttttccatacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttttgtgtgtggg 38754996  T
Q  157 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    || |||| |||||| ||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  38754997 gatcacatggacacatgtcataattatgtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 38755071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 31741136 - 31741049
Alignment:
Q  144 ttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    ||||||||  ||||| ||||  ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  31741136 ttgtgtgtgtggggagcacatagacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 31741049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 232
Target Start/End: Original strand, 38349559 - 38349636
Alignment:
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||| |||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||    
T  38349559 gggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcac 38349636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 232
Target Start/End: Original strand, 42974466 - 42974555
Alignment:
Q  143 tttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||  |||||||| | | |||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| | || ||||||||||    
T  42974466 tttgtgtgtgtggggaccatatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcac 42974555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 155 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 28713759 - 28713682
Alignment:
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||| |||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||| | || ||||||||||    
T  28713759 gggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcac 28713682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 165 - 231
Target Start/End: Original strand, 47480123 - 47480188
Alignment:
Q  165 ggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    |||||| ||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  47480123 ggacacatgtcacaattgtat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 47480188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 28713859 - 28713790
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccac-tccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    ||||||||||||||| | || ||||| || ||||||||| |||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  28713859 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacatattgtaccactttcatgtgagagtgtttgaga 28713790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 156 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 52019 - 51943
Alignment:
Q  156 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||| | | | ||||||| | ||||||  |||||||| | |||||||||||||    
T  52019 ggaccacaaggatacttgttaaaattgtatatagatgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcac 51943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 154 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 11752680 - 11752604
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatc 230  Q
    |||||||||  | |||| ||||| |||| | ||| |||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||    
T  11752680 ggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 13988429 - 13988252
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||          |||||||| ||    
T  13988429 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 13988330  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  13988329 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 13988252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 36890558 - 36890382
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaatttg--------tgtgt-tggg 155  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||| ||  || || ||        ||||| ||||    
T  36890558 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcgatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggg 36890459  T
Q  156 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  36890458 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 36890382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 11247374 - 11247197
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaa----------tttgtgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || |          ||||||||| ||    
T  11247374 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtagg 11247275  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| || ||||| |||||||||||||||    
T  11247274 gggatcacaaagacatttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcac 11247197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 154 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 15285412 - 15285334
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||| || ||||| | |||||||||||||    
T  15285412 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcac 15285334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 232
Target Start/End: Original strand, 43100310 - 43100385
Alignment:
Q  157 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||  |||||||||| || ||||||||||    
T  43100310 gaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcac 43100385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 181 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 8378400 - 8378347
Alignment:
Q  181 tgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcacca 234  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  8378400 tgtgtgtggatgtacaaatggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcacca 8378347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 66 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 20151556 - 20151488
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    ||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||| | | | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  20151556 ggataatatttcatgtacacctttttttccatacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgaga 20151488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 12248355 - 12248294
Alignment:
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaag 216  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12248355 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaag 12248294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 155 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 35906076 - 35906000
Alignment:
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    ||||| ||| |||||| ||||| |||||| | |||||||| ||||| |||||  |||||||| | ||||||||||||    
T  35906076 gggactacatggacacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatca 35906000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 22)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 58 - 232
Target Start/End: Original strand, 13696957 - 13697142
Alignment:
Q  58 ttttttatggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttg 146  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||          |||    
T  13696957 ttttttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttg 13697056  T
Q  147 tgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  13697057 tgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 13697142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 58 - 232
Target Start/End: Original strand, 36272653 - 36272838
Alignment:
Q  58 ttttttatggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttg 146  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||  || ||          |||    
T  36272653 ttttttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttg 36272752  T
Q  147 tgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  36272753 tgtgtgtggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 36272838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 32599248 - 32599425
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||  || ||          |||||||| |     
T  32599248 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgga 32599347  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  32599348 gggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 32599425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 64 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 17823763 - 17823574
Alignment:
Q  64 atggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaa----------tttgtgtgtt 152  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || |          |||||||||     
T  17823763 atggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg 17823664  T
Q  153 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcaccattcctttt 242  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||  || ||||| | || |||||||||| | |||||||    
T  17823663 gggggaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactcctttt 17823574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 40095444 - 40095268
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga------accttaaa-----tttgtgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||      || |  ||     ||||||||| ||    
T  40095444 ggataatgtttcatgtacaca-ttttttccatacatacactgtaccactctatgcgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttttgtgtgtggg 40095346  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  40095345 gggaccacaatgacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcac 40095268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 66 - 231
Target Start/End: Original strand, 36709192 - 36709367
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat---------ttgtgtgttggg 155  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||||| | ||  || ||         |||||||| |||    
T  36709192 ggataatgtttcatgtacacatttttttccatacaaacattgtaccactccatatgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttgtgtgtgggg 36709291  T
Q  156 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  36709292 ggaccacaatgacatttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacataccacctaagatggtctatgtatca 36709367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 33555362 - 33555540
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaa-----------tttgtgtgttg 153  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| | ||  || |           ||| ||||| |    
T  33555362 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttttttgtgtgg 33555461  T
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||| |  ||||||||||||    
T  33555462 ggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtgtgtaagtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcac 33555540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 145 - 212
Target Start/End: Original strand, 42061321 - 42061388
Alignment:
Q  145 tgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacc 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42061321 tgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacc 42061388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 143 - 232
Target Start/End: Original strand, 23860252 - 23860341
Alignment:
Q  143 tttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  23860252 tttgtgtgtggggggatcacaagaacacttgtcaaaatagtgtgtgagtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 23860341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 134
Target Start/End: Original strand, 14242524 - 14242592
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14242524 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtctgaga 14242592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 167 - 232
Target Start/End: Original strand, 14242627 - 14242692
Alignment:
Q  167 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  14242627 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcac 14242692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 180 - 232
Target Start/End: Original strand, 14945861 - 14945913
Alignment:
Q  180 ttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  14945861 ttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 14945913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 154 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 3121693 - 3121615
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||| || ||||| | |||||||||||||    
T  3121693 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcac 3121615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 144 - 231
Target Start/End: Original strand, 24475790 - 24475877
Alignment:
Q  144 ttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    ||||||||  |||||| ||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||  |||||||| | ||||||||||||    
T  24475790 ttgtgtgtgtggggactacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatca 24475877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 64 - 102
Target Start/End: Original strand, 23860196 - 23860234
Alignment:
Q  64 atggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacaca 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23860196 atggataatgtttcatgtacacacttttttccatacaca 23860234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 65 - 134
Target Start/End: Original strand, 4434591 - 4434660
Alignment:
Q  65 tggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  4434591 tggataatgtttcatgaacactattttttccatacacacattgtaccacctcatgtgagaatgtgtgaga 4434660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 101
Target Start/End: Original strand, 42061235 - 42061272
Alignment:
Q  64 atggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacac 101  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42061235 atggataatgtttcatgtacacacttttttccatacac 42061272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 145 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 33300071 - 33299984
Alignment:
Q  145 tgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||  |||||||||| | |||| ||||| |||||| | |||||||| || ||||||||| ||| |||| | |||||||||||||    
T  33300071 tgtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcac 33299984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 5563030 - 5562941
Alignment:
Q  143 tttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||  || |||||||  ||||| |||||||||| | | ||  |||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  5563030 tttgtgtgtgtggagaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcac 5562941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 40216491 - 40216430
Alignment:
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaag 216  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  40216491 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaag 40216430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 65 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 3121783 - 3121715
Alignment:
Q  65 tggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccact-ccatgtgagagtgtgtga 132  Q
    |||||||||||||||| | || ||||| | ||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3121783 tggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 3121715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 160 - 232
Target Start/End: Original strand, 4434695 - 4434767
Alignment:
Q  160 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||| |||||| ||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||| ||| |||| | |||||| ||||||    
T  4434695 cacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcac 4434767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 27)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 64 - 232
Target Start/End: Original strand, 37605689 - 37605868
Alignment:
Q  64 atggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgtt 152  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||  || ||          ||||||||     
T  37605689 atggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 37605788  T
Q  153 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  37605789 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 37605868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 17044184 - 17044008
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat--------ttgtgtgt-tggg 155  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||        || ||||| ||||    
T  17044184 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttttgtgtgtggg 17044085  T
Q  156 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  17044084 gaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 17044008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 58 - 232
Target Start/End: Original strand, 45995887 - 45996071
Alignment:
Q  58 ttttttatggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaatttg--------tg 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || || ||        ||    
T  45995887 ttttatatggataatgtttcatgtacacatttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttg 45995986  T
Q  149 tgt-tgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  45995987 tgtgtgggagaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcac 45996071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 55281390 - 55281213
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||  || ||          |||||||| ||    
T  55281390 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 55281291  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  55281290 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 55281213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 25164471 - 25164648
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||          |||||||| |     
T  25164471 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgga 25164570  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  25164571 ggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 25164648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 43749276 - 43749097
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgt-tg 153  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||  || ||          |||||||| ||    
T  43749276 ggataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccactccatgtaagagtgtgtgagggacaatatatgtgagcttttttgtgtgtgtg 43749177  T
Q  154 g-gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  43749176 gagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 43749097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 63 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 3287265 - 3287089
Alignment:
Q  63 tatggataatgtttcatgtaaacactttttt-ccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga------accttaaatttgtgtgttggg 155  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||      ||      ||| ||||| | |    
T  3287265 tatggataatgtttcatgtacacactttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagataatacgagttttttttgtgtggag 3287166  T
Q  156 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| | || ||||||||||    
T  3287165 agaccacaaggactcttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcac 3287089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 154 - 232
Target Start/End: Original strand, 5817479 - 5817557
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  5817479 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcac 5817557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 143 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 41277309 - 41277218
Alignment:
Q  143 tttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcacca 234  Q
    |||||||||  |||||||||| | |||| ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  41277309 tttgtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcacca 41277218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 158 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 51579399 - 51579325
Alignment:
Q  158 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  51579399 accacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 51579325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 66 - 134
Target Start/End: Original strand, 39631010 - 39631078
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39631010 ggataatgtttcatgtacatacttttttccatatacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgaga 39631078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 66 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 5208484 - 5208425
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagag 125  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5208484 ggataatgttttatgtacacactttttttcatacacatattgtaccactccatgtgagag 5208425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 24059135 - 24059310
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaa--------tttgtgtgttgggg 156  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||| ||| ||  ||||        ||| |||||  |||    
T  24059135 ggataatgttttatgtacacactttcttccatacacacattgtaccaccccatgtaagagtgtgtaagagacaataaatgatattttttttgtgtgtggg 24059234  T
Q  157 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
     |||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||| || |||||| || ||||| | |||||||||||||    
T  24059235 aaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcac 24059310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 61 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 51579767 - 51579698
Alignment:
Q  61 tttatggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgt 130  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||    
T  51579767 tttaaggataatgttttatgtaaacactttctttcatacacacattgtaccaccccatgtgagagtgtgt 51579698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 172 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 32290279 - 32290219
Alignment:
Q  172 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  32290279 tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcac 32290219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 231
Target Start/End: Original strand, 42179225 - 42179313
Alignment:
Q  143 tttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||| ||||| |||||||  |||||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||||||    
T  42179225 tttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatca 42179313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 20107190 - 20107115
Alignment:
Q  158 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggg-tgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  20107190 accacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 20107115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 172 - 232
Target Start/End: Original strand, 25784025 - 25784085
Alignment:
Q  172 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  25784025 tgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcac 25784085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 144 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 50498303 - 50498215
Alignment:
Q  144 ttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||   ||||||| |  ||||||||||||    
T  50498303 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcac 50498215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 232
Target Start/End: Original strand, 32525145 - 32525199
Alignment:
Q  178 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  32525145 aattgtgtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcac 32525199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 232
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631315
Alignment:
Q  188 gggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 39631315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 66 - 114
Target Start/End: Original strand, 51293082 - 51293130
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccact 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  51293082 ggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccact 51293130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 51579657 - 51579601
Alignment:
Q  160 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaag 216  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  51579657 cacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaag 51579601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 48525513 - 48525439
Alignment:
Q  61 tttatggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccac-tccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    |||||||||||||||||||| | || ||||  || ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  48525513 tttatggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgaga 48525439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 130
Target Start/End: Original strand, 5817379 - 5817444
Alignment:
Q  65 tggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgt 130  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||| | |||||||| |||||| | |||||||    
T  5817379 tggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtaccaccccatgtaaaagtgtgt 5817444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 231
Target Start/End: Original strand, 26720000 - 26720077
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    ||||||||||| ||||| ||| | |||||  |||||||||| |||||||||| | |||||||| | || |||||||||    
T  26720000 ggggaccacaaagacacatgttacaattgaatgtgggtgtagaagtggtacacgccacctaaggtggtttatgtatca 26720077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 156 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 36851308 - 36851232
Alignment:
Q  156 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||| ||| |||||| ||||| |||  || |||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||| |||||    
T  36851308 ggactacatggacacatgtcacaatcatgcgtgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcac 36851232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 84; Significance: 8e-40; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 59 - 244
Target Start/End: Original strand, 48034801 - 48034998
Alignment:
Q  59 tttttatggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaatttgtgtgtt----- 152  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || ||||| || ||         
T  48034801 tttttttggataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgt 48034900  T
Q  153 ------gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcaccattcctttttt 244  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| || ||||||    
T  48034901 gtgtgggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactcatttttt 48034998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 64 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 38247981 - 38247803
Alignment:
Q  64 atggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgtt 152  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| ||  || ||          ||||||||     
T  38247981 atggataatgtttcatgtacacacttttt-ccatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 38247883  T
Q  153 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  38247882 ggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 38247803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 64 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 50989387 - 50989208
Alignment:
Q  64 atggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaatttgtgtgtt---------- 152  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||| ||  || || || || ||              
T  50989387 atggataatgtttcatgtacacatttttttttatacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgttta 50989288  T
Q  153 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  50989287 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 50989208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 64 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 51092519 - 51092340
Alignment:
Q  64 atggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaatttgtgtgtt---------- 152  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||| ||  || || || || ||              
T  51092519 atggataatgtttcatgtacacatttttttttatacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgttta 51092420  T
Q  153 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  51092419 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 51092340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 68 - 232
Target Start/End: Original strand, 12224006 - 12224180
Alignment:
Q  68 ataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgttgggg 156  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||| || |||||||||||||||| ||  || ||          ||||||||  |||    
T  12224006 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacact-tgtaccacttcaggtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttcttgtgtgtgaggg 12224104  T
Q  157 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | || ||||||||||    
T  12224105 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcac 12224180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 9271294 - 9271115
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgt-tg 153  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||  ||  || ||          |||||||| ||    
T  9271294 ggataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccacttcatgtaagagtgtgtgagggacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgtg 9271195  T
Q  154 g-gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||    
T  9271194 gagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcac 9271115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 152 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 8496791 - 8496712
Alignment:
Q  152 tgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  8496791 tgggggaccacaaagacacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 8496712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 154 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 23004839 - 23004761
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||| | | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  23004839 ggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 23004761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 143 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 33288226 - 33288137
Alignment:
Q  143 tttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||  | ||||||||  ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||||||||    
T  33288226 tttgtgtgtgtgaggaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcac 33288137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 68 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 8496887 - 8496821
Alignment:
Q  68 ataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    ||||||||||||| | |||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  8496887 ataatgtttcatgcacacactttttttcatacacacattctaccactccatgtgagagtatgtgaga 8496821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 232
Target Start/End: Original strand, 8330691 - 8330769
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||| |||||  | ||| |||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||    
T  8330691 ggggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcac 8330769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 232
Target Start/End: Original strand, 36674624 - 36674696
Alignment:
Q  160 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||| |||||| ||||| |||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||    
T  36674624 cacatggacacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcac 36674696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 160 - 231
Target Start/End: Original strand, 39947262 - 39947333
Alignment:
Q  160 cacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    |||| |||||| | ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||| |||||    
T  39947262 cacatggacacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatca 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 165 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 54713596 - 54713532
Alignment:
Q  165 ggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtat 229  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||  | ||||||||||    
T  54713596 ggacacatgtcataattatgtgtggatgttcaagtggtacatgccacctaacgtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 84; Significance: 8e-40; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 1995134 - 1994958
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaatttg--------tgtgt-tggg 155  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || || ||        ||||| |||     
T  1995134 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgga 1995035  T
Q  156 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  1995034 ggaccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 1994958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 27325627 - 27325805
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtga-gagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgttg 153  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||  || ||          |||||||| |    
T  27325627 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 27325726  T
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  27325727 gggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 27325805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 44797467 - 44797643
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaatttg--------tgtgtt-ggg 155  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || || ||        |||||| |||    
T  44797467 ggataatgtttcatgtacacacttttttctatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtttggg 44797566  T
Q  156 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  44797567 ggaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 44797643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 2402925 - 2403102
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaatttg----------tgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| |||| ||  || || ||          ||||| ||    
T  2402925 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccattccatgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgtggg 2403024  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  2403025 gggaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcac 2403102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 143 - 232
Target Start/End: Original strand, 29637298 - 29637387
Alignment:
Q  143 tttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  29637298 tttgtgtgtgggaggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcac 29637387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 32267465 - 32267642
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgagaacct-taaat----------ttgtgtgttgg 154  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||  || ||          |||| ||| |     
T  32267465 ggataatatttcatgtacacacttttttccatacacacattgtactactccatgtgagagtgtgtgagagccaatacatgtgagtttttttgtatgtgga 32267564  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  32267565 aggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcac 32267642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 143 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 1673463 - 1673374
Alignment:
Q  143 tttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  1673463 tttgtatgtaggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcac 1673374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 40030968 - 40030900
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40030968 ggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 40030900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 526909 - 527076
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagaaccttaaatt--tgtgtgttgggggaccac 162  Q
    ||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||  |  | |  ||  ||||| |  |||||||||    
T  526909 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtga--atgtgagtttcttgtgtatgtggggaccac 527006  T
Q  163 aaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    | |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  527007 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 527076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 157 - 232
Target Start/End: Original strand, 7178213 - 7178288
Alignment:
Q  157 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  7178213 gaccacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 7178288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 144 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 39858440 - 39858352
Alignment:
Q  144 ttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||    
T  39858440 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcac 39858352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 46845666 - 46845833
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagaaccttaaatt--tgtgtgttgggggaccac 162  Q
    ||||||||||||||| | || ||||| | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||  |  | |  ||  ||||| |  |||||||||    
T  46845666 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacattatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga--atgtgagtttcttgtgtatgtggggaccac 46845763  T
Q  163 aaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    | |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||| | |||||||||||||    
T  46845764 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcac 46845833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 6487811 - 6487733
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||  |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||||    
T  6487811 ggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcac 6487733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 52 - 232
Target Start/End: Original strand, 13276461 - 13276641
Alignment:
Q  52 tgttacttttttatggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagaaccttaaatttgtgtg 150  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||| |         |||||||    
T  13276461 tgttactctttta-ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtg 13276559  T
Q  151 ttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |  ||| |||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||  |||||||| | |||||||||||||    
T  13276560 tgtgggtaccacatggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcac 13276641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 154 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 26041053 - 26040991
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaag 216  Q
    |||||||||  |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26041053 ggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaag 26040991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 66 - 134
Target Start/End: Original strand, 15066020 - 15066089
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactc-catgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    ||||||||||||||| | || |||||||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15066020 ggataatgtttcatgaacactcttttttccatacatacaatgtaccactctcatgtgagagtgtgtgaga 15066089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 134
Target Start/End: Original strand, 29637211 - 29637278
Alignment:
Q  67 gataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||  ||| |||||||||| ||||    
T  29637211 gataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccaccacatatgagagtgtgagaga 29637278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 234
Target Start/End: Original strand, 49430553 - 49430643
Alignment:
Q  144 ttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcacca 234  Q
    ||||||||  || ||||| | |||||| ||||| |||||||| | | |||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||    
T  49430553 ttgtgtgtgtggagaccagatggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacca 49430643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 155 - 216
Target Start/End: Original strand, 47571663 - 47571724
Alignment:
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaag 216  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  47571663 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaag 47571724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 1673543 - 1673483
Alignment:
Q  74 tttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| | ||||| ||||||| |||||    
T  1673543 tttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccatttcatgtaagagtgtatgaga 1673483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 29731270 - 29731194
Alignment:
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| | || |||||||||    
T  29731270 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 185 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 40030890 - 40030843
Alignment:
Q  185 tgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||||    
T  40030890 tgtgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcac 40030843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 172 - 232
Target Start/End: Original strand, 15225108 - 15225168
Alignment:
Q  172 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||| |||||  |||||||||| |||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  15225108 tgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 15225168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 158 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 19989318 - 19989246
Alignment:
Q  158 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatc 230  Q
    |||||| |||||| ||||| | |||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||    
T  19989318 accacatggacacatgtcacacttgtatgtggatgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatc 19989246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 172 - 232
Target Start/End: Original strand, 33502641 - 33502701
Alignment:
Q  172 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||    
T  33502641 tgtcacaattgcatgtaggtgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgtatcac 33502701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 9046014 - 9045838
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga------accttaaa---tttgtgtgt-tggg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||      || |  ||   ||||||||| |||     
T  9046014 ggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttgtgtgtgtgga 9045915  T
Q  156 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  9045914 ggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 9045838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 14313987 - 14314163
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||||| ||  || ||          |||||||| ||    
T  14313987 ggataatgtttcatgtacacacttttt-ccatacacacattgtaccactttatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 14314085  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  14314086 ggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 14314163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 34792651 - 34792828
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaatttg----------tgtgttgg 154  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || || ||          ||||| |     
T  34792651 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttgtgtgtgtaga 34792750  T
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  34792751 gagaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 34792828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 143 - 232
Target Start/End: Original strand, 1244644 - 1244733
Alignment:
Q  143 tttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||||||    
T  1244644 tttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgccaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcac 1244733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 29429656 - 29429590
Alignment:
Q  165 ggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||    
T  29429656 ggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 154 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 23916055 - 23915977
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||| |  ||||||||||||    
T  23916055 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcac 23915977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 229
Target Start/End: Original strand, 9521943 - 9521991
Alignment:
Q  181 tgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||    
T  9521943 tgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtat 9521991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 128
Target Start/End: Original strand, 1244556 - 1244618
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgt 128  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| | ||||| ||| ||| |||||||||    
T  1244556 ggataatgtttcatgtacacattttttttcatacacacattgtactacttcatatgagagtgt 1244618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 16718044 - 16717995
Alignment:
Q  183 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| | || ||||||||||    
T  16718044 tgtgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcac 16717995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 14342187 - 14342366
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat-----------ttgtgtgttg 153  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||           |||||| | |    
T  14342187 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgaattttttttgtgtatgg 14342286  T
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaa-ttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  14342287 ggggaccacaaggacacttgtcaaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 14342366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 43065905 - 43066081
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaatttg--------tgtgt-tggg 155  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||  || || ||        ||||| ||||    
T  43065905 ggataatgttttatgtacacatttttttccatacatacattgtaccattccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggg 43066004  T
Q  156 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  43066005 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 43066081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 147 - 232
Target Start/End: Original strand, 1993732 - 1993817
Alignment:
Q  147 tgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  1993732 tgtgtggggagaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 1993817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 66 - 134
Target Start/End: Original strand, 4076769 - 4076837
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4076769 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacatattgtaccactctatgtgagagtgtgtgaga 4076837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 154 - 234
Target Start/End: Original strand, 41075696 - 41075776
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcacca 234  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  41075696 ggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcacca 41075776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 143 - 232
Target Start/End: Original strand, 4077049 - 4077138
Alignment:
Q  143 tttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||  |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||||    
T  4077049 tttgtgttgtgggggaccacaagaacacttatcaaagttgtgtgtgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcac 4077138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 154 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 31774807 - 31774727
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcacca 234  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31774807 ggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcacca 31774727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 154 - 229
Target Start/End: Original strand, 8368470 - 8368545
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtat 229  Q
    |||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  8368470 ggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 144 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 28898088 - 28898000
Alignment:
Q  144 ttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||    
T  28898088 ttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcac 28898000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 2599614 - 2599536
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  2599614 ggggaccacatgaacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 2599536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 154 - 231
Target Start/End: Original strand, 10391404 - 10391481
Alignment:
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatca 231  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  10391404 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatgccacctaagatgatctatgtatca 10391481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 144 - 232
Target Start/End: Original strand, 45413627 - 45413715
Alignment:
Q  144 ttgtgtgttgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||  |||||||| | |||||| ||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  45413627 ttgtgtgtgtggggaccatatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 45413715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 11904935 - 11904858
Alignment:
Q  155 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||| | || ||||||||||    
T  11904935 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcac 11904858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 66 - 134
Target Start/End: Original strand, 1993639 - 1993707
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| | ||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  1993639 ggataatgtttcgtgtacacactttttttcatacacacattgtaccatttcatgtgagagtgtatgaga 1993707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 178 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 7313565 - 7313525
Alignment:
Q  178 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagat 218  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  7313565 aattgtgtgtgggtgtatcagtggtacatgtcacctaagat 7313525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 232
Target Start/End: Original strand, 16465723 - 16465789
Alignment:
Q  166 gacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtatcac 232  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| |  ||||| | |||||||||||||    
T  16465723 gacacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 11905035 - 11904966
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccac-tccatgtgagagtgtgtgaga 134  Q
    ||||||||||||||| | || ||||| || ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  11905035 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgaga 11904966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 66 - 232
Target Start/End: Original strand, 3056 - 3231
Alignment:
Q  66 ggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga------acct-taaatttgtgtgt-tggggg 157  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||      || | | ||||| | ||| || |||    
T  3056 ggataatgtttcatatacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtatgagagacaatacatatgaatttttttgtgtgaggg 3155  T
Q  158 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtc-tatgtatcac 232  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  3156 actacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcatctaagatggtcttatgtatcac 3231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 65 - 229
Target Start/End: Original strand, 10231 - 10405
Alignment:
Q  65 tggataatgtttcatgtaaacacttttttccatacacatactgtaccactccatgtgagagtgtgtgaga-accttaaat----------ttgtgtgttg 153  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||  || ||          ||||||||      
T  10231 tggataatgtttcatgtacgcacttttt-ccatacacacattgtaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtga 10329  T
Q  154 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaagatagtctatgtat 229  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| | ||||  | ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  10330 gaggaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgaatatacaagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtat 10405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University