View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21227_high_1 (Length: 1062)

Name: NF21227_high_1
Description: NF21227
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21227_high_1
NF21227_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-1043)||(42027974-42029010)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 855; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 855; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1043
Target Start/End: Original strand, 42027974 - 42029010
Alignment:
Q  13 aatattaaactatgatttgtaagtttcaccgattcgattgtggtccaattctaacaacattcattcaagaccatcattcatgatcatataagatatgcag 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42027974 aatattaaactatgatttgtaagtttcaccgattcgattgtggtccaattctaacaacattcattcaagaccatcattcatgatcatataagatatgcag 42028073  T
Q  113 gcagatacttacttacaatgaagggcatgaaaaggagtaaattaatttgtacatgaacatgacgaagaagaagttattattatatcataaacataggaac 212  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42028074 gcagatacttacttacattgatgggcatgaaaaggagtaaattaatttgtacatgaacatgacgaagaagaagttattattatatcataaacataggaac 42028173  T
Q  213 atatatgtggttggaataccaatgtgtatgtggnnnnnnnnnnnnnnn----gcggcagatgtgggggagaggagctagaaagggacgtgtgcatggggt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42028174 atatatgtggttggaataccaatgtgtatgtgggagagagagagagagagaggcggcagatgtgggggagaggagctagaaagggacgtgtgcatggggt 42028273  T
Q  309 gatagctttcacacactcacctgttgttttcaatagttaaagagggtcttgtcttgtggtgttggttgatctcaaaacaactttttcaaataaattttcc 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42028274 gatagctttcacacactcacctgttgttttcaatagttaaagagggtcttgtcttgtggtgttggttgatctcaaaacaactttttcaaataaattttcc 42028373  T
Q  409 taaatttccgaacaaaggaacaaccaaaaccccactaggcaccagcgaaaccctaaataaacacactatctctcttccgtttccttagggctcctcgttc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42028374 taaatttccgaacaaaggaacaaccaaaaccccactaggcaccagtgaaaccctaaataaacacactatctctcttccgtttccttagggctcctcgctc 42028473  T
Q  509 attcaacagtcagtgcaactatagaaactccataatagcttctccataacaccatataatattattatttatgaaaaagagataaacatgcaagttttac 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42028474 attcaacagtcagtgcaactatagaaactccataatagcttctccataacaccatataatattattatttatgaaaaagagataaacatgcaagttttac 42028573  T
Q  609 ttttcttgatttgacaactccctctcgctgccctaacacagttctgatacgcatttaagtcagtaaaaaacatctcagtgtgcagactttcctcttcctc 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42028574 ttttcttgatttgacaactccctctcgctgccctaacacagttctgatacgcatttaagtcagtaaaaaacatctcagtgtgcagactttcctcttcctc 42028673  T
Q  709 ctccttaccacctttgtcctttactatatttctannnnnnnnnncacttacctaattataatagcttactccacaaacttagaaaattagaatcttttca 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42028674 ctccttaccacctttgtcctttactatatttctattttttttttcacttacctaattataatagcttactccacaaacttagaaaattagaatcttttca 42028773  T
Q  809 cattttaaattttggtgaaattgatgcttgtcaactgttttcatgatccatatattgatttgaagggagatccgatc-agaaaccacttcatcatctcta 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42028774 cattttaaattttggtgaaattgatgcttgtcaactgttttcatgatccatatattgatttgaagggagatccgatcaagaaaccacttcatcatctcta 42028873  T
Q  908 cgctcttgtaaactagcttctgggattccctcatccc-nnnnnnnnnnnnnncaatagtgtcatcaataattcatttgtgatttgttctaaatatatagt 1006  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||               |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42028874 tgctcttgtaacctagcttctgggattcccttatcccaaaaaagaaaaaaaacaatagtgtcatcattaattcatttgtgatttgttctaaatatatagt 42028973  T
Q  1007 agtataggtcaaggtgcttaattcgatatatgccaag 1043  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42028974 agtataggtcaaggtgcttaattcgatatatgccaag 42029010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University