View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2122_low_1 (Length: 634)

Name: NF2122_low_1
Description: NF2122
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2122_low_1
NF2122_low_1
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (348-616)||(13904269-13904537)
chr3 (171-287)||(28356927-28357044)
chr3 (60-300)||(6427132-6427373)
chr3 (60-300)||(8977671-8977912)
chr3 (60-345)||(9541961-9542246)
chr3 (125-345)||(16478346-16478566)
chr3 (557-602)||(13079706-13079751)
chr3 (174-292)||(48983188-48983307)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (348-596)||(19764599-19764847)
chr5 (125-299)||(20952751-20952926)
chr5 (106-213)||(25368352-25368459)
chr5 (48-231)||(19381154-19381338)
chr5 (171-287)||(24417121-24417238)
chr5 (171-287)||(30449970-30450087)
chr5 (348-529)||(16740368-16740550)
chr5 (60-345)||(18384565-18384850)
chr5 (60-345)||(26197556-26197841)
chr5 (60-345)||(33944145-33944430)
chr5 (60-345)||(27416956-27417241)
chr5 (174-300)||(21922617-21922744)
chr5 (174-292)||(5605085-5605205)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (348-595)||(16968693-16968944)
chr1 (169-285)||(25731649-25731766)
chr1 (390-576)||(24748814-24749002)
chr1 (360-444)||(25975224-25975309)
chr1 (184-299)||(1987404-1987520)
chr1 (348-388)||(14957989-14958029)
chr1 (369-397)||(17443523-17443551)
chr1 (170-218)||(25723530-25723578)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (359-595)||(18814673-18814912)
chr8 (48-300)||(14886964-14887218)
chr8 (151-220)||(22835655-22835724)
chr8 (171-300)||(20748912-20749042)
chr8 (60-345)||(21208201-21208486)
chr8 (348-392)||(18427204-18427248)
chr8 (365-401)||(22912296-22912332)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (125-345)||(17156306-17156526)
chr4 (348-465)||(27919917-27920034)
chr4 (125-300)||(16269946-16270122)
chr4 (171-287)||(26816770-26816887)
chr4 (173-287)||(54695154-54695269)
chr4 (60-345)||(6697043-6697328)
[»] scaffold0764 (1 HSPs)
scaffold0764 (60-299)||(6155-6395)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (60-299)||(225-465)
scaffold0313 (60-299)||(14382-14622)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (361-529)||(1375695-1375863)
chr7 (48-299)||(18663697-18663950)
chr7 (152-289)||(8388261-8388399)
chr7 (48-345)||(9540471-9540769)
chr7 (60-345)||(8505874-8506159)
chr7 (60-345)||(16137415-16137700)
chr7 (60-345)||(44902182-44902467)
chr7 (60-345)||(46501939-46502224)
chr7 (51-345)||(5387146-5387441)
chr7 (60-345)||(6539302-6539587)
chr7 (60-345)||(26353530-26353815)
chr7 (171-287)||(15180024-15180140)
chr7 (125-345)||(32103270-32103490)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (390-581)||(21071039-21071230)
chr2 (48-299)||(22906957-22907210)
chr2 (125-300)||(27165255-27165431)
chr2 (60-345)||(18656043-18656328)
chr2 (361-443)||(19194800-19194881)
chr2 (60-345)||(9508995-9509280)
chr2 (152-300)||(22103430-22103579)
chr2 (125-345)||(45019240-45019460)
chr2 (174-292)||(1795470-1795589)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (48-299)||(153384-153637)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (360-496)||(63078-63214)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (361-583)||(23999199-23999421)
chr6 (361-583)||(23999881-24000103)
chr6 (361-583)||(24000563-24000785)
chr6 (60-345)||(16902771-16903056)
chr6 (352-446)||(19959727-19959820)
chr6 (60-345)||(31361644-31361929)
chr6 (558-603)||(19959582-19959627)
chr6 (177-300)||(27746343-27746467)
chr6 (60-300)||(24927440-24927681)
chr6 (557-603)||(25925978-25926024)
chr6 (366-402)||(25926180-25926216)
[»] scaffold0613 (1 HSPs)
scaffold0613 (375-601)||(4490-4714)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (48-346)||(30695-30994)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (48-346)||(83818-84117)
[»] scaffold0572 (1 HSPs)
scaffold0572 (125-299)||(269-444)
[»] scaffold0145 (1 HSPs)
scaffold0145 (106-300)||(33176-33371)
[»] scaffold0638 (2 HSPs)
scaffold0638 (433-594)||(2653-2813)
scaffold0638 (348-411)||(2593-2657)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (60-264)||(45735-45940)
[»] scaffold0611 (1 HSPs)
scaffold0611 (125-345)||(2837-3058)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (60-345)||(13208-13494)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (171-287)||(99668-99785)
[»] scaffold0142 (1 HSPs)
scaffold0142 (126-300)||(32181-32356)
[»] scaffold0233 (1 HSPs)
scaffold0233 (171-239)||(7185-7254)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 348 - 616
Target Start/End: Original strand, 13904269 - 13904537
Alignment:
Q  348 aagcctacactgttttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctga 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  13904269 aagcctacactgttttactttatatgtttttgatgatgtcccctagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcatgttaaagcacccaga 13904368  T
Q  448 atcaatgtgtcttagtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaacacacaatgaattgatt 547  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  13904369 atcaatgtgtcttagtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaacacacaatgaatcaatt 13904468  T
Q  548 catctaagactctgacttcaggtgaatcgattcacatctctttgaatcgattcatgaaagaatcgactc 616  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13904469 catctaagtctctgacttcaggtgaatcgattcacatctctttgaatcgattcatgaaagaatcgactc 13904537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 171 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 28357044 - 28356927
Alignment:
Q  171 ctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaatt 269  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||  | ||| | ||| |||| |||||| | ||    
T  28357044 ctaatcatgtgtttaaactcacaaaagcactatatggtcttaaacaagctcctcgagcttggtatgaaaggttaagcacgttcttaatcaaaaatgattt 28356945  T
Q  270 ttctagaggaaaaattga 287  Q
    ||||||||||||||||||    
T  28356944 ttctagaggaaaaattga 28356927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 300
Target Start/End: Original strand, 6427132 - 6427373
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | ||||||     
T  6427132 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcatag 6427230  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||  ||||    
T  6427231 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagcacatttttaat 6427330  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  6427331 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacacttttt 6427373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 300
Target Start/End: Original strand, 8977671 - 8977912
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  8977671 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 8977769  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  8977770 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagtacatttttaat 8977869  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  8977870 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacacttttt 8977912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 9541961 - 9542246
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| ||||||| || ||  | |||||||    
T  9541961 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcttttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcagccacctggattcataa 9542059  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  9542060 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagtacatttttaat 9542159  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  9542160 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 9542246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 125 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 16478566 - 16478346
Alignment:
Q  125 gaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactg 224  Q
    ||||||||| | |||||||| ||  | ||||||||  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| ||     
T  16478566 gaagtttatgtgagtcaaccacctggattcataaacaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctccta 16478467  T
Q  225 gagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatt 323  Q
    |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||| |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | |    
T  16478466 gagcttggtatgacagacttagtacatttttaattgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgact 16478368  T
Q  324 tacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | ||||| |||||||| |||||    
T  16478367 tgcttattgttcaagtatatgt 16478346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 557 - 602
Target Start/End: Original strand, 13079706 - 13079751
Alignment:
Q  557 ctctgacttcaggtgaatcgattcacatctctttgaatcgattcat 602  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13079706 ctctgactttatgtgaatcgattcacatctatttgaatcgattcat 13079751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 292
Target Start/End: Original strand, 48983188 - 48983307
Alignment:
Q  174 atcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagcttg-tatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttc 272  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| ||||  || || |||||| || ||||||| ||||||||  | ||  ||||  |||| |||||| | |||||    
T  48983188 atcatgtttttaaactaacaaaagcactatatggcctaaagcaagctcctcgagcttggtatgaaaggttaagtacatttttaatcaaaaataatttttc 48983287  T
Q  273 tagaggaaaaattgacacca 292  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  48983288 tagaggaaaaattgatacca 48983307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 348 - 596
Target Start/End: Original strand, 19764599 - 19764847
Alignment:
Q  348 aagcctacactgttttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctga 447  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||| | | |||||  ||||||||||| ||||||||||||       
T  19764599 aagcctacaaagttttactttatatgttttttatgatgttctttagtttagtttatcgtttcattaattgcaatatggttagcatgttaaagcacccaac 19764698  T
Q  448 atcaatgtgtcttagtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaacacacaatgaattgatt 547  Q
    ||| ||||||||| ||||||| || ||||| |||| ||| ||||||||| | |||||||||||| ||| |||||| |||||| || ||| ||||| || |    
T  19764699 atctatgtgtcttggtctaggattaacttgcgtcttgtgaaaaagtgtcattgttcatcttttggcatattgaatcgattcatcatacactgaatcgact 19764798  T
Q  548 catctaagactctgacttcaggtgaatcgattcacatctctttgaatcg 596  Q
    |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||||    
T  19764799 catctaagtctctgactacagatgaatcgattcacaactccttgaatcg 19764847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 125 - 299
Target Start/End: Original strand, 20952751 - 20952926
Alignment:
Q  125 gaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactg 224  Q
    ||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||| ||     
T  20952751 gaagtttatgtaagtcaacctcctggcttcataaataaagagaacccaaatcatgtttttaaactaactaaagcactttatggtcttaagcaagctccta 20952850  T
Q  225 gagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatactttt 299  Q
    |||||| |||||| ||||| ||| ||||| | ||| |||||   ||||| ||||||||||| || |||| ||||||    
T  20952851 gagcttggtatgatagacttagcacattcttgattgaaaatggtttttcaagaggaaaaatagataccacactttt 20952926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 106 - 213
Target Start/End: Original strand, 25368352 - 25368459
Alignment:
Q  106 aaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctat 205  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||  | ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25368352 aaatggtttcttaaatgaggaagtttatgtaagtcaacatcctggcttcataaataaagaaaaacctaatcatgtttttaaactcactaaagcactttat 25368451  T
Q  206 gatcttaa 213  Q
    | ||||||    
T  25368452 ggtcttaa 25368459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 19381338 - 19381154
Alignment:
Q  48 gcatatgttgca-ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacct 145  Q
    |||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||||    
T  19381338 gcatatgttgcacataaaagcattaaaatttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaacct 19381240  T
Q  146 cccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagcttg 231  Q
    |   | ||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| || |||||||    
T  19381239 cttggcttcataaataaagaaaaaccaaatcatgtttttaaactcactaaaacactctatggtctcaaacaagctcctagagcttg 19381154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 171 - 287
Target Start/End: Original strand, 24417121 - 24417238
Alignment:
Q  171 ctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaatt 269  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||  | ||  ||||| |||| |||||| | ||    
T  24417121 ctaatcatgtgtttaaactcacaaaagcactatatggtcttaaacaagctcctcgagcttggtatgaaaggttaagtacattcttaatcaaaaatgattt 24417220  T
Q  270 ttctagaggaaaaattga 287  Q
    ||||||||||||||||||    
T  24417221 ttctagaggaaaaattga 24417238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 171 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 30450087 - 30449970
Alignment:
Q  171 ctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaatt 269  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||  | ||  ||||| |||| |||||| | ||    
T  30450087 ctaatcatgtgtttaaactcacaaaagcactatatggtcttaaacaagctcctcgagcttggtatgaaaggttaagtccattcttaatcaaaaatgattt 30449988  T
Q  270 ttctagaggaaaaattga 287  Q
    ||||||||||||||||||    
T  30449987 ttctagaggaaaaattga 30449970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 348 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 16740550 - 16740368
Alignment:
Q  348 aagcctacactgttttactttatatgtttttgatgatgttcctt-agcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctg 446  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||  || ||||| ||||||| |||| | ||||| ||  || |||| | ||||||||||||      
T  16740550 aagcctacacatttttactttatatgttttttataatgtttttttagctttgtttatcgttttgaagattgtctagtgtttagtatgttaaagcacccaa 16740451  T
Q  447 aatcaatgtgtcttagtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattca 529  Q
     ||| ||||||||| |||| || ||||||||||| | ||| ||||||||| | |||||||||||  | | |||||||||||||    
T  16740450 catccatgtgtcttggtcttggattcacttgtgttttgtgcaaaagtgtcattgttcatcttttcacttgttgaattgattca 16740368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 18384565 - 18384850
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  18384565 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 18384663  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  18384664 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagtacatttttaat 18384763  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  18384764 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 18384850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 26197841 - 26197556
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  26197841 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 26197743  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  26197742 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagtacatttttaat 26197643  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  26197642 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 26197556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 33944145 - 33944430
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | ||| |||    
T  33944145 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcgtaa 33944243  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||  ||||    
T  33944244 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagcacatttttaat 33944343  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  33944344 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 33944430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 27416956 - 27417241
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | ||||||     
T  27416956 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcatag 27417054  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagcttg-tatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || |||||  | |||| ||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||| ||| ||||  ||||    
T  27417055 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctatttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagcacatttttaat 27417154  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  27417155 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 27417241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 300
Target Start/End: Original strand, 21922617 - 21922744
Alignment:
Q  174 atcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagcttg-tatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttc 272  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||| || |  || ||||||||| |  ||||||| ||||||||| | ||| | ||  ||||||||||||  ||||     
T  21922617 atcatgtttttaaattcaccaaagcactttacggactcaaacaagctccaagagcttggtatgaaagattaagcacctttttaattaaaaatcgtttttt 21922716  T
Q  273 tagaggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
     ||||||||||||||||| | |||||||    
T  21922717 aagaggaaaaattgacactacacttttt 21922744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 174 - 292
Target Start/End: Original strand, 5605085 - 5605205
Alignment:
Q  174 atcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaa-caagctactggagcttg-tatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaatttt 271  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| ||||  | |||| |||||| || ||||||| ||||||||  | ||  ||||  |||| |||||| | ||||    
T  5605085 atcatgtttttaaactaacaaaagcactatatgggcctaaagcaagctcctcgagcttggtatgaaaggttaagtacatttttaatcaaaaataattttt 5605184  T
Q  272 ctagaggaaaaattgacacca 292  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  5605185 ctagaggaaaaattgatacca 5605205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 95; Significance: 4e-46; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 348 - 595
Target Start/End: Original strand, 16968693 - 16968944
Alignment:
Q  348 aagcctacactgttttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctga 447  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| || ||| |||| ||||||||| |||||||||||| |     
T  16968693 aagccttcactcttttactttatatgtttttgatgatgttctttagctttgtttatcttttttataattaccttgtggttagcatgttaaagcacccagc 16968792  T
Q  448 atcaatgt----gtcttagtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaacacacaatgaatt 543  Q
    ||| ||||    ||||| ||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||| | |||||||||||| | | |||||| |||||| || ||| |||||     
T  16968793 atctatgtgtacgtctttgtctaggattcacttgtgtcttgtaaaaaagtgtcattgttcatcttttggcttgttgaatcgattcatcatacactgaata 16968892  T
Q  544 gattcatctaagactctgacttcaggtgaatcgattcacatctctttgaatc 595  Q
    || ||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||    
T  16968893 gactcatccaagtctctgacttcaaatgaatcgattcacaactccttgaatc 16968944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 169 - 285
Target Start/End: Original strand, 25731649 - 25731766
Alignment:
Q  169 atctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagcttg-tatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaa 267  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||| ||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||| ||| |||| |||||| ||||| ||    
T  25731649 atctaatcatgtttttaaatttactaaagcattttatggtcttaaacaagctcctagagtttgatatgaaagactaagcacatttctaattgaaaatgaa 25731748  T
Q  268 ttttctagaggaaaaatt 285  Q
    |||| |||||||||||||    
T  25731749 ttttttagaggaaaaatt 25731766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 390 - 576
Target Start/End: Original strand, 24748814 - 24749002
Alignment:
Q  390 ttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctg-aatcaatgtgtcttagtctagggttca-cttgtgtctcgtgt 487  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||  ||||| |||||||||||| | |||| |||||| || ||||  || |||  ||||||||| ||     
T  24748814 ttagcttagtttatctttttgatgattgtcttatgactagcatgttaaagcacccagaaatctatgtgtgttggtctttggatcattttgtgtctcttga 24748913  T
Q  488 aaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaacacacaatgaattgattcatctaagactctgacttcaggtgaatcg 576  Q
    |||||||||| ||||||||||||  | |||||||| || ||||||||   ||||| |||||||| ||| ||||||||| || |||||||    
T  24748914 aaaagtgtctgagttcatcttttagcttcttgaatcgactcaacacaatttgaatcgattcatccaagtctctgacttaagatgaatcg 24749002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 360 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 25975309 - 25975224
Alignment:
Q  360 ttttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattt-taatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccc 444  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || | ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  25975309 ttttactttatatatttttgatgatgttctttagtttagtttatcatttctattcattgcattatggttagcatgttaaagcaccc 25975224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 184 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 1987520 - 1987404
Alignment:
Q  184 taaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaa 282  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||| | ||| |||||   ||||| |||||||||    
T  1987520 taaactaactaaagcactttatggtcttaagcaagctcctagagcttggtatgatagacttagcacattcttgattgaaaatggtttttcaagaggaaaa 1987421  T
Q  283 attgacaccatactttt 299  Q
    || || |||| ||||||    
T  1987420 atagataccacactttt 1987404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 348 - 388
Target Start/End: Original strand, 14957989 - 14958029
Alignment:
Q  348 aagcctacactgttttactttatatgtttttgatgatgttc 388  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  14957989 aagcctacatagtcttactttatatgtttttgatgatgttc 14958029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 369 - 397
Target Start/End: Original strand, 17443523 - 17443551
Alignment:
Q  369 atatgtttttgatgatgttccttagctta 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17443523 atatgtttttgatgatgttccttagctta 17443551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 170 - 218
Target Start/End: Original strand, 25723530 - 25723578
Alignment:
Q  170 tctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaag 218  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| |||| |||| |||||||||||    
T  25723530 tctaatcatgtttttaaacttaccaaaacactttatggtcttaaacaag 25723578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 359 - 595
Target Start/End: Original strand, 18814673 - 18814912
Alignment:
Q  359 gttttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctgaatcaatgtgtc 458  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||   ||| |||||||    
T  18814673 gttttactttatatgttttttatgatgttctttagctcagtttatcattttaataattgccttatgattagcatgttaaaggacccaacatctatgtgtc 18814772  T
Q  459 ttagtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaacacacaatgaattgattcatc---taag 555  Q
     | ||||||| |||||||||||||  || ||||||||| | ||||||||| |  ||| ||||||  ||||  || ||| ||||| || |||||   ||||    
T  18814773 ctggtctaggattcacttgtgtcttatgaaaaagtgtcattgttcatcttgtagcatattgaatctattcttcagacattgaatcgaatcatctaataag 18814872  T
Q  556 actctgacttcaggtgaatcgattcacatctctttgaatc 595  Q
     |||||||| ||  |||||||||||||| ||| |||||||    
T  18814873 tctctgactacaaatgaatcgattcacaactccttgaatc 18814912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 48 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 14887218 - 14886964
Alignment:
Q  48 gcatatgttgca-ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacct 145  Q
    ||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||| |||||     
T  14887218 gcatatgctgcacataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagccaacca 14887120  T
Q  146 cccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactga 244  Q
    ||  | |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| || || |    
T  14887119 cctgggttcataaatgaagaaaaaccaaatcatgtttttaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacaggctta 14887020  T
Q  245 gcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
    || ||||  ||||| |||||  |||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  14887019 gcacatttttaattgaaaatggattttcaagaggaaaaattgataccacacttttt 14886964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 151 - 220
Target Start/End: Original strand, 22835655 - 22835724
Alignment:
Q  151 tttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagct 220  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22835655 tttcataaatgaagaaaaaccaaatcatgtttttaaactaactaaagcactttatgatcttaaacaagct 22835724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 171 - 300
Target Start/End: Original strand, 20748912 - 20749042
Alignment:
Q  171 ctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaatt 269  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||  | ||  ||||| |||| |||||| | ||    
T  20748912 ctaatcatgtgtttaaactcacaaaagcactatatggtcttaaacaagctcctcgagcttggtatgaaaggttaagtacattcttaatcaaaaattattt 20749011  T
Q  270 ttctagaggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
    |||||||||||||| ||| || || ||||||    
T  20749012 ttctagaggaaaaaatgaaacaatccttttt 20749042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 21208486 - 21208201
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  21208486 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 21208388  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  21208387 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagtacatttttaat 21208288  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  21208287 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 21208201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 348 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 18427248 - 18427204
Alignment:
Q  348 aagcctacactgttttactttatatgtttttgatgatgttcctta 392  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18427248 aagcctacataggtttactttatatgtttttgatgatgttcctta 18427204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 365 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 22912332 - 22912296
Alignment:
Q  365 ctttatatgtttttgatgatgttccttagcttagttt 401  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  22912332 ctttatatgtttttgatgatgtttcttagtttagttt 22912296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 125 - 345
Target Start/End: Original strand, 17156306 - 17156526
Alignment:
Q  125 gaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactg 224  Q
    ||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||     
T  17156306 gaagtttatgtaagtcaacctcctggcttcataaataaagaaaaaccaaatcatgtttttaaactcactaaagcactatatggtctcaaacaagctccta 17156405  T
Q  225 gagct-tgtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatt 323  Q
    |||||  |||||| ||||| ||| ||||  ||||| |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  |||||  || |||    
T  17156406 gagctcggtatgatagacttagcacatttttaattgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataattttgatt 17156504  T
Q  324 tacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  17156505 tacttattgttcaagtttatgt 17156526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 348 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 27920034 - 27919917
Alignment:
Q  348 aagcctacactgttttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctga 447  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||| |     
T  27920034 aagcctccacagttttactttatatgtttttgttgatgttctttagtttagtttatcgttttaataattgccttattgttagcatgttaaggcacccagc 27919935  T
Q  448 atcaatgtgtcttagtct 465  Q
    ||| |||||| |||||||    
T  27919934 atctatgtgttttagtct 27919917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 125 - 300
Target Start/End: Original strand, 16269946 - 16270122
Alignment:
Q  125 gaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactg 224  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||  | |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||     
T  16269946 gaagtttatgtaagccaaccacctggattcataaatgaagaaaaaccaaatcatgtttttaaattcacaaaagcactttatggtcttaaacaagctccta 16270045  T
Q  225 gagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
    |||||| |||||| ||||| ||| ||||  ||||| |||||   ||||| ||||||||| |||| |||| |||||||    
T  16270046 gagcttggtatgacagacttagcacatttttaattgaaaatggtttttcaagaggaaaacttgataccacacttttt 16270122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 171 - 287
Target Start/End: Original strand, 26816770 - 26816887
Alignment:
Q  171 ctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaatt 269  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||  | ||| | ||| |||| |||||| | ||    
T  26816770 ctaatcatgtgtttaaactcacaaaagcactatatggtcttaaacaagctcctcgagcttggtatgaaaggttaagcacgttcttaatcaaaaatgattt 26816869  T
Q  270 ttctagaggaaaaattga 287  Q
    ||||||||||||||||||    
T  26816870 ttctagaggaaaaattga 26816887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 173 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 54695269 - 54695154
Alignment:
Q  173 aatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaatttt 271  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||  | ||  ||||| |||| |||||| | ||||    
T  54695269 aatcatgtgtttaaactcacaaaagcactatatggtcttaaacaagctcctcgagcttggtatgaaaggttaagtacattcttaatcaaaaatgattttt 54695170  T
Q  272 ctagaggaaaaattga 287  Q
    ||||||||||||||||    
T  54695169 ctagaggaaaaattga 54695154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 6697043 - 6697328
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  6697043 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 6697141  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  6697142 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagtacatttttaat 6697241  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  6697242 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 6697328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0764 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0764
Description:

Target: scaffold0764; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 60 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 6395 - 6155
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | |||| |||||||||| |||||||||||||  | |||||||    
T  6395 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaggaagtttatgtaagtcaacctcctggcttcataa 6297  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    || |||||||  | ||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||| ||||    
T  6296 ataaagagaacccaaatcatgtttttaaactaaccaaagcactttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgatagacttagctcattcttaat 6197  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatactttt 299  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||| || |||| ||||||    
T  6196 taaaaatggattttcaagaggaaaaatagataccacactttt 6155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 60 - 299
Target Start/End: Original strand, 225 - 465
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | |||| |||||||||| |||||||||||||  | |||||||    
T  225 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaggaagtttatgtaagtcaacctcctggcttcataa 323  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    || |||||||  | ||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||| ||||    
T  324 ataaagagaacccaaatcatgtttttaaactaaccaaagcactttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgatagacttagctcattcttaat 423  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatactttt 299  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||| || |||| ||||||    
T  424 taaaaatggattttcaagaggaaaaatagataccacactttt 465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 60 - 299
Target Start/End: Original strand, 14382 - 14622
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | |||| |||||||||| |||||||||||||  | |||||||    
T  14382 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaggaagtttatgtaagtcaacctcctggcttcataa 14480  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    || |||||||  | ||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||| ||||    
T  14481 ataaagagaacccaaatcatgtttttaaactaaccaaagcactttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgatagacttagctcattcttaat 14580  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatactttt 299  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||| || |||| ||||||    
T  14581 taaaaatggattttcaagaggaaaaatagataccacactttt 14622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 361 - 529
Target Start/End: Original strand, 1375695 - 1375863
Alignment:
Q  361 tttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctgaatcaatgtgtctt 460  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||| |||| ||   ||| |||||||||    
T  1375695 tttactttatatgtttttgatgatgttctttagcttagtttatcgttttaataattgccttatggctagcatgttatagcatccatcatctatgtgtctt 1375794  T
Q  461 agtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattca 529  Q
      |||||| || ||||| |||| ||| ||||||||| | |||||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  1375795 gatctaggatttacttgcgtcttgtgcaaaagtgtcattgttcatcttttggcatattgaatcgattca 1375863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 48 - 299
Target Start/End: Original strand, 18663697 - 18663950
Alignment:
Q  48 gcatatgttgca-ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacct 145  Q
    |||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | |||| |||||||||| |||| ||||||    
T  18663697 gcatatattgcacataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaggaagtttatgtaagccaacct 18663795  T
Q  146 cccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactga 244  Q
    ||    |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||| |    
T  18663796 cctgacttcataaatgaagaaaaaccaaatcatgtttttaaactcactaaagcactttatggtcttaaacaagctcccagagcttggtatgatagactta 18663895  T
Q  245 gcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatactttt 299  Q
     | ||||  ||||| |||||  |||||| ||||||||||| || |||| ||||||    
T  18663896 tcacatttttaattgaaaatggattttcaagaggaaaaatagataccacactttt 18663950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 152 - 289
Target Start/End: Original strand, 8388261 - 8388399
Alignment:
Q  152 ttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcat 250  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| || |||||| |||||| ||||| | | | |    
T  8388261 ttcataaatgaagagaaaccaaatcatgttttcaaactcactaaagcactctatggtcctaaacaagctcctagagcttggtatgatagacttaacactt 8388360  T
Q  251 tcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgaca 289  Q
    |  ||||| |||||   ||||| ||||||||||||||||    
T  8388361 ttttaattgaaaatgttttttcaagaggaaaaattgaca 8388399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 48 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 9540769 - 9540471
Alignment:
Q  48 gcatatgttgca-ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacct 145  Q
    ||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| ||||||||||     
T  9540769 gcatatgatgcacataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttgtaaatgaagaagtttatgtaagtcaacca 9540671  T
Q  146 cccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagcttg-tatgaaagactga 244  Q
    ||  | |||||| |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||| |    
T  9540670 cctggattcatagacaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagactta 9540571  T
Q  245 gcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatg 344  Q
     | ||||  ||||| |||||  |||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | |||||||| |||||||| ||||    
T  9540570 acacatttttaattgaaaatggattttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttacttattgttcaagtatatg 9540472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 8505874 - 8506159
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  8505874 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 8505972  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||  ||||    
T  8505973 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagcacatttttaat 8506072  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  8506073 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 8506159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 16137700 - 16137415
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  16137700 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 16137602  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||  ||||    
T  16137601 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagcacatttttaat 16137502  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  16137501 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 16137415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 44902182 - 44902467
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  44902182 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 44902280  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||  ||||    
T  44902281 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagcacatttttaat 44902380  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  44902381 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 44902467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 46501939 - 46502224
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  46501939 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 46502037  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||  ||||    
T  46502038 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagcacatttttaat 46502137  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  46502138 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 46502224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 5387441 - 5387146
Alignment:
Q  51 tatgttgca-ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctccc 148  Q
    ||||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||     
T  5387441 tatgttgcacataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacct 5387343  T
Q  149 agtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcg 247  Q
     | ||||||||  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||      
T  5387342 ggattcataaacaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagta 5387243  T
Q  248 cattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    ||||  ||||| |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  5387242 catttttaattgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 5387146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 6539302 - 6539587
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  6539302 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 6539400  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  6539401 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagtacatttttaat 6539500  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  6539501 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 6539587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 26353815 - 26353530
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  26353815 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 26353717  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  26353716 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagtacatttttaat 26353617  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  26353616 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 26353530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 171 - 287
Target Start/End: Original strand, 15180024 - 15180140
Alignment:
Q  171 ctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaatt 269  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||  | ||  ||||| ||| | ||||| | ||    
T  15180024 ctaatcatgtgtttaaactcacaaaagcactatatggtcttaaacaagctcctcgagcttggtatgaaaggttaagtacattcttaa-tcaaaataattt 15180122  T
Q  270 ttctagaggaaaaattga 287  Q
    ||||||||||||||||||    
T  15180123 ttctagaggaaaaattga 15180140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 345
Target Start/End: Original strand, 32103270 - 32103490
Alignment:
Q  125 gaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactg 224  Q
    ||||||||| |||||||||| ||  | ||||||||  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| ||     
T  32103270 gaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataaacaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctccta 32103369  T
Q  225 gagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatt 323  Q
    |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||| |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | |    
T  32103370 gagcttggtatgacagacttagtacatttttaattgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgact 32103468  T
Q  324 tacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | ||||| |||||||| |||||    
T  32103469 tgcttattgttcaagtatatgt 32103490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 390 - 581
Target Start/End: Original strand, 21071039 - 21071230
Alignment:
Q  390 ttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctgaa-tcaatgtgtcttagtctagggttcacttgtgtctcgtgta 488  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||| ||| || ||||||||| |||| || ||| ||| |||||| || |    
T  21071039 ttagcttagtttatccttttgatgattgcct-atgattagcatgttaaagcacccagaaatctatgtgtcttggtcttggattctcttctgtctcatgaa 21071137  T
Q  489 aaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaacacacaatgaattgattcatctaagactctgacttcaggtgaatcgattca 581  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||| |||||| || |||| |||| |||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  21071138 aaagtgtcagagttcatcctttgtcattttgaatcgactcaatacactatgaatggattcatccaagtctctgacttctggtgaatcgattca 21071230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 48 - 299
Target Start/End: Original strand, 22906957 - 22907210
Alignment:
Q  48 gcatatgttgca-ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacct 145  Q
    |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | |||| |||||||||| |||||||||||    
T  22906957 gcatatgttgcacataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaggaagtttatgtaagtcaacct 22907055  T
Q  146 cccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagcttg-tatgaaagactga 244  Q
    ||  | ||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||| |    
T  22907056 cctggcttcataaattaagagaatccaaatcatgtttttaaactaattaaagcactttatggtcttaaacaagctcctagagcttgttatgatagactta 22907155  T
Q  245 gcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatactttt 299  Q
     | ||||| ||||| |||||  |||||| ||||||||||| || |||| ||||||    
T  22907156 tcacattcttaattgaaaatggattttcaagaggaaaaatagataccacactttt 22907210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 125 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 27165431 - 27165255
Alignment:
Q  125 gaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactg 224  Q
    ||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||| ||     
T  27165431 gaagtttatgtaagtcaacctcctggcttcataaataaagagaacccaaatcatgtttttaaactaactaaagcactttatggtcttaagcaagctccta 27165332  T
Q  225 gagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
    |||||| |||||| ||||| ||| ||||| | ||| |||||   ||||| ||||||||||| || |||| |||||||    
T  27165331 gagcttggtatgatagacttagcacattcttgattgaaaatggtttttcaagaggaaaaatagataccacacttttt 27165255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 18656043 - 18656328
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  18656043 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 18656141  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||  ||||    
T  18656142 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagcacatttttaat 18656241  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  18656242 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 18656328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 361 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 19194881 - 19194800
Alignment:
Q  361 tttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcacc 443  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||  || ||||||||||||| |||||||||||    
T  19194881 tttactttatatgtttttgattatgtttcttagcttagtttatc-ttttgatgcatgtcttatggttagcatgttaaagcacc 19194800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 9509280 - 9508995
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  9509280 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 9509182  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  9509181 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagtacatttttaat 9509082  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  9509081 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 9508995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 152 - 300
Target Start/End: Original strand, 22103430 - 22103579
Alignment:
Q  152 ttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcat 250  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||  |||| |||| ||||||||||||| || |||||| ||||||||||||  |  |||    
T  22103430 ttcataaatgaagaaaaaccaaatcatgttttcaaactcacaaagacactttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgaaagacttggtacat 22103529  T
Q  251 tcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
    || | ||| ||||   |||||| ||||||||||| || |||| |||||||    
T  22103530 tcttgattgaaaacggattttccagaggaaaaatagataccacacttttt 22103579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 345
Target Start/End: Original strand, 45019240 - 45019460
Alignment:
Q  125 gaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactg 224  Q
    ||||||||| |||||||||| ||  | |||||| |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| ||     
T  45019240 gaagtttatgtaagtcaaccacctggattcatagacaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctccta 45019339  T
Q  225 gagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatt 323  Q
    |||||| |||||| ||||| ||| ||||  ||||| |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | |    
T  45019340 gagcttggtatgacagacttagcacatttttaattgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgact 45019438  T
Q  324 tacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | ||||| |||||||| |||||    
T  45019439 tgcttattgttcaagtatatgt 45019460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 292
Target Start/End: Original strand, 1795470 - 1795589
Alignment:
Q  174 atcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagcttg-tatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttc 272  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| ||||  || || |||||| || ||||||| ||||||||  | ||  ||||  |||| |||||| | |||||    
T  1795470 atcatgtttttaaactaacaaaagcactatatggcctaaagcaagctcctcgagcttggtatgaaaggttaagtacatttttaatcaaaaataatttttc 1795569  T
Q  273 tagaggaaaaattgacacca 292  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  1795570 tagaggaaaaattgatacca 1795589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 48 - 299
Target Start/End: Original strand, 153384 - 153637
Alignment:
Q  48 gcatatgttgca-ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacct 145  Q
    |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | |||  ||||| |||| |||||||||||    
T  153384 gcatatgttgcacataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaattaggaagcttatgtaagtcaacct 153482  T
Q  146 cccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactga 244  Q
    ||  | ||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| |    
T  153483 cctggcttcataaataaagagaacccaaatcatgtttttaaactaactaaagcactttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgatagactta 153582  T
Q  245 gcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatactttt 299  Q
    || ||||| ||||| |||||  |||||| ||||||||||| || |||| ||||||    
T  153583 gcacattcttaattgaaaatggattttcaagaggaaaaatagataccacactttt 153637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 73; Significance: 5e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 360 - 496
Target Start/End: Original strand, 63078 - 63214
Alignment:
Q  360 ttttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctgaatcaatgtgtct 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||   ||| ||||||||    
T  63078 ttttactttatatgtttttgatgatgctctttagcctagtttattgttttaataattgccttatggttagcatgttaaagcacccaacatctatgtgtct 63177  T
Q  460 tagtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtc 496  Q
    | ||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  63178 tggtctaggattcacttgtatcttgtgaaaaagtgtc 63214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 71; Significance: 8e-32; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 361 - 583
Target Start/End: Original strand, 23999199 - 23999421
Alignment:
Q  361 tttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctgaatcaatgtgtctt 460  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||  |||||||  |||||||||| |||||| || |||||||||   ||  || ||||||    
T  23999199 tttactttttatgtttttgatgatgttatttagcttaatttattgttttaatagttgccttatgattagcatgtaaaagcacccaacatttatatgtctt 23999298  T
Q  461 agtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaacacacaatgaattgattcatctaagactct 560  Q
     ||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| | |||||||||||  |||  |||||||| ||| || ||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  23999299 ggtctaggtttcacttgagtcttgtgaaaaagtgtcattgttcatcttttagcatagtgaattgactcatcatacactgaatcgattcatctaagtctct 23999398  T
Q  561 gacttcaggtgaatcgattcaca 583  Q
     ||| ||  ||||||||||||||    
T  23999399 aactacatatgaatcgattcaca 23999421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 361 - 583
Target Start/End: Original strand, 23999881 - 24000103
Alignment:
Q  361 tttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctgaatcaatgtgtctt 460  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||  |||||||  |||||||||| |||||| || |||||||||   ||  || ||||||    
T  23999881 tttactttttatgtttttgatgatgttatttagcttaatttattgttttaatagttgccttatgattagcatgtaaaagcacccaacatttatatgtctt 23999980  T
Q  461 agtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaacacacaatgaattgattcatctaagactct 560  Q
     ||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| | |||||||||||  |||  |||||||| ||| |  ||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  23999981 ggtctaggtttcacttgagtcttgtgaaaaagtgtcattgttcatcttttagcatagtgaattgactcatcgtacactgaatcgattcatctaagtctct 24000080  T
Q  561 gacttcaggtgaatcgattcaca 583  Q
     ||| ||  ||||||||||||||    
T  24000081 aactacatatgaatcgattcaca 24000103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 361 - 583
Target Start/End: Original strand, 24000563 - 24000785
Alignment:
Q  361 tttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctgaatcaatgtgtctt 460  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||| |||||  |||||||  ||| |||||| |||||| || |||||||||   ||  || ||||||    
T  24000563 tttactttttatgtttttgatgatgttatttagtttaatttattgttttaatagttgtcttatgattagcatgtaaaagcacccaacatttatatgtctt 24000662  T
Q  461 agtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaacacacaatgaattgattcatctaagactct 560  Q
     ||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| | |||||||||||  |||  |||||||| ||| || ||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  24000663 ggtctaggtttcacttgagtcttgtgaaaaagtgtcattgttcatcttttagcatagtgaattgactcatcatacactgaatcgattcatctaagtctct 24000762  T
Q  561 gacttcaggtgaatcgattcaca 583  Q
     ||| ||  ||||||||||||||    
T  24000763 aactacatatgaatcgattcaca 24000785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 16902771 - 16903056
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  16902771 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 16902869  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||  ||||    
T  16902870 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagcacatttttaat 16902969  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  16902970 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 16903056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 352 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 19959820 - 19959727
Alignment:
Q  352 ctacactgttttactttatatgtttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctg 446  Q
    ||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  19959820 ctacactgtttaa-tttctatgttattgatgatgttccttagcttagtttatcggtttgatgattgtcttatagctagcatgttaaagcaccctg 19959727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Original strand, 31361644 - 31361929
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  31361644 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 31361742  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  31361743 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagtacatttttaat 31361842  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  31361843 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 31361929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 558 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 19959627 - 19959582
Alignment:
Q  558 tctgacttcaggtgaatcgattcacatctctttgaatcgattcatg 603  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19959627 tctgacttcatgtgaatcgattcacatctatttgaatcgattcatg 19959582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 177 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 27746467 - 27746343
Alignment:
Q  177 atgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctag 275  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||| |  |||||| |||||||||| | ||  | ||| |||||||||||   ||||| ||    
T  27746467 atgtttttaaactcaccaaagcactttatggactcaaacaagctccaagagcttggtatgaaagattaagtaccttcttaattaaaaatggtttttcaag 27746368  T
Q  276 aggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
    ||||||||||||||| | |||||||    
T  27746367 aggaaaaattgacactacacttttt 27746343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 60 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 24927681 - 24927440
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | ||||||     
T  24927681 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcatag 24927583  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagcttg-tatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||  || |||| ||||||||| ||| || ||||||| ||||| ||||| ||| ||||  ||||    
T  24927582 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagttctttatggtcttaaacacgctcctagagcttggtatgacagacttagcacatttttaat 24927483  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  24927482 tgaaaatggcttttcaagaggaaaaattgataccacacttttt 24927440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 557 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 25926024 - 25925978
Alignment:
Q  557 ctctgacttcaggtgaatcgattcacatctctttgaatcgattcatg 603  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  25926024 ctctgacgtcatgtgaatcgattcacatccatttgaatcgattcatg 25925978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 366 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 25926216 - 25926180
Alignment:
Q  366 tttatatgtttttgatgatgttccttagcttagttta 402  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25926216 tttatttgttttttatgatgttccttagcttagttta 25926180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0613 (Bit Score: 63; Significance: 5e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0613
Description:

Target: scaffold0613; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 375 - 601
Target Start/End: Original strand, 4490 - 4714
Alignment:
Q  375 ttttgatgatgttccttagcttagtttatcattttaatgattgccttatggttagcaagttaaagcaccctgaatcaatgtgtcttagtctagggttcac 474  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| | ||||| |||||  || |  ||||||| ||||   ||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  4490 ttttgatgatgttctttagtctagtttatcattttattaattgcattatgtctaact-gttaaagtacccaacatctatgtgtcttggtctaggtttcac 4588  T
Q  475 ttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaacacacaatgaattgattcatctaagactctgacttcaggtgaat 574  Q
    ||| |||| ||| ||||||||| | |||||| ||||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| || ||||||||| |||||| | ||| |||||    
T  4589 ttgagtcttgtg-aaaagtgtcattgttcatattttggcatattgaattgattcatcatacactgaatcgactcatctaagtctctgattacagatgaat 4687  T
Q  575 cgattcacatctctttgaatcgattca 601  Q
    | ||||||| |  ||||||||||||||    
T  4688 caattcacaaccttttgaatcgattca 4714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 61; Significance: 7e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 48 - 346
Target Start/End: Original strand, 30695 - 30994
Alignment:
Q  48 gcatatgttgca-ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacct 145  Q
    ||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||| ||||||    
T  30695 gcatatgctgcacataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgtttttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagccaacct 30793  T
Q  146 cccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactga 244  Q
    |   |||||||||||  ||| ||| |  |||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||| || |||||| |||||| ||||| |    
T  30794 catggtttcataaatagagaaaaaccagatcatgtttttaaactaacaaaagcactttatggtcttaagcaagctcctagagcttggtatgacagactta 30893  T
Q  245 gcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatg 344  Q
    || ||||  ||||| |||||  |||||| | |||||||||||| |||| || ||||||||||||  |||||   | | ||||||||||||||||||||||    
T  30894 gcacatttttaattgaaaatggattttcaaaaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataactctgacttacttatagttcaagtttatg 30992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 61; Significance: 7e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 48 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 84117 - 83818
Alignment:
Q  48 gcatatgttgca-ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacct 145  Q
    ||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||| ||||||    
T  84117 gcatatgctgcacataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgtttttttaaa-tggttttctaaatgaagaagtttatgtaagccaacct 84019  T
Q  146 cccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactga 244  Q
    |   |||||||||||  ||| ||| |  |||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||| || |||||| |||||| ||||| |    
T  84018 catggtttcataaatagagaaaaaccagatcatgtttttaaactaacaaaagcactttatggtcttaagcaagctcctagagcttggtatgacagactta 83919  T
Q  245 gcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatg 344  Q
    || ||||  ||||| |||||  |||||| | |||||||||||| |||| || ||||||||||||  |||||   | | ||||||||||||||||||||||    
T  83918 gcacatttttaattgaaaatggattttcaaaaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataactctgacttacttatagttcaagtttatg 83820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0572 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:

Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 125 - 299
Target Start/End: Original strand, 269 - 444
Alignment:
Q  125 gaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactg 224  Q
    ||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||| ||     
T  269 gaagtttatgtaagtcaacctcctggcttcataaataaagagaacccaaatcatgtttttaaactaactaaagcactttatggtcttaagcaagctccta 368  T
Q  225 gagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatactttt 299  Q
    |||||| |||||| ||||| ||| ||||| | ||| |||||   ||||| ||||||||||| || |||| ||||||    
T  369 gagcttggtatgatagacttagcacattcttgattgaaaatggtttttcaagaggaaaaatagataccacactttt 444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0145 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0145
Description:

Target: scaffold0145; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 106 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 33371 - 33176
Alignment:
Q  106 aaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctat 205  Q
    ||||||||| || ||||  ||||||||| |||| ||||| ||  | |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||| |||||||| |||    
T  33371 aaatggtttttttaatgaagaagtttatgtaagccaaccacctggattcataaatgaagaaaaaccaaatcatgtttttaaattcacaaaagcactttat 33272  T
Q  206 gatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
    | ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||| ||||  ||||| |||||   ||||| ||||||||| |||| |||| |||||||    
T  33271 ggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagcacatttttaattgaaaatggtttttcaagaggaaaacttgataccacacttttt 33176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0638 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0638
Description:

Target: scaffold0638; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 433 - 594
Target Start/End: Original strand, 2653 - 2813
Alignment:
Q  433 gttaaagcaccctgaatcaatgtgtcttagtctagggttcacttgtgtctcgtgtaaaagtgtcttagttcatcttttgtcatcttgaattgattcaaca 532  Q
    ||||||||||||   ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||||| || | |||||||||||| ||| |||||| ||||||  |    
T  2653 gttaaagcacccaacatctatgtgtcttagtctaggattcacctgtgtcgtgtgaaaaagt-tcattgttcatcttttggcatgttgaatcgattcataa 2751  T
Q  533 cacaatgaattgattcatctaagactctgacttcaggtgaatcgattcacatctctttgaat 594  Q
    |||| ||||| || |||||| || ||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||    
T  2752 cacactgaatcgactcatcttagtctctgacattagatgaatcgattcacatctccttgaat 2813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0638; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 411
Target Start/End: Original strand, 2593 - 2657
Alignment:
Q  348 aagcctacactgttttactttatatgtttttgatgatgttcctt-agcttagtttatcattttaa 411  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  2593 aagcccacacagttttactatatatgtttttgatgatgttctttaagcttagtttatcatgttaa 2657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 60 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 45940 - 45735
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||       ||| |||||| || |||| |||||||||| |  ||||||||||  | |||||||    
T  45940 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcatttttaaa-tggttttttaaatgaggaagtttatgtgtgtcaacctcctggcttcataa 45842  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagcttg-tatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    ||||||| ||| | |||||| |||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||  || ||||||| ||||| ||||| ||| ||||  ||||    
T  45841 atgaagaaaaaccaaatcatatttttaaactaactagagcactttatggtcttaaacaagcacctagagcttgatatgatagacttagcacatttttaat 45742  T
Q  258 taaaaat 264  Q
    |||||||    
T  45741 taaaaat 45735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0611 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0611
Description:

Target: scaffold0611; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 125 - 345
Target Start/End: Original strand, 2837 - 3058
Alignment:
Q  125 gaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactg 224  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||  | |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| | || |||||||| |||| ||||||||||| | ||     
T  2837 gaagtttatgtaagccaaccacctggattcataaatgaagaaaaaccaaatcatgtttttaaattaacaaaagcactttatggtcttaaacaagatccta 2936  T
Q  225 gagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatt 323  Q
    |||||| || ||| ||||| ||| ||||  ||||| |||||   ||||| ||||||||| |||| |||| |||||||||  ||||  ||||| | | | |    
T  2937 gagcttggtttgacagacttagcacatttttaattgaaaatggtttttcaagaggaaaacttgataccacacttttttattaaaacacataacactgact 3036  T
Q  324 tacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    ||||||| |||||||| |||||    
T  3037 tacttattgttcaagtatatgt 3058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 13494 - 13208
Alignment:
Q  60 ataaaagcatgatactttttcaaa-ggatgtgaaaagtgnnnnnnnaaaatggtttcttgaatgtggaagtttatttaagtcaacctcccagtttcataa 158  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||        |||||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||| ||  | |||||||    
T  13494 ataaaagcattaaactttttcaaatggatgtgaaaagtgcattttttaaatggttttctaaatgaagaagtttatgtaagtcaaccacctggattcataa 13395  T
Q  159 atgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaat 257  Q
    |  |||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||| || |||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  13394 acaaagaaaaaccaaatcatgttttcaaattaacaaaagctctttatggtcttaaacaagctcctagagcttggtatgacagacttagtacatttttaat 13295  T
Q  258 taaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttttagaaaaatgcataaaattcatttacttatagttcaagtttatgt 345  Q
    | |||||   ||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||  ||||| | | | || ||||| |||||||| |||||    
T  13294 tgaaaatggtttttcaagaggaaaaattgataccacac-tttttagaaaaacacataatactgacttgcttattgttcaagtatatgt 13208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 46; Significance: 6e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 171 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 99785 - 99668
Alignment:
Q  171 ctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaatt 269  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||  | ||| | ||| |||| |||||| | ||    
T  99785 ctaatcatgtgtttaaactcacaaaagtactatatggtcttaaacaagctcctcgagcttggtatgaaaggttaagcacgttcttaatcaaaaatgattt 99686  T
Q  270 ttctagaggaaaaattga 287  Q
    ||||||||||||||||||    
T  99685 ttctagaggaaaaattga 99668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0142 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0142
Description:

Target: scaffold0142; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 32356 - 32181
Alignment:
Q  126 aagtttatttaagtcaacctcccagtttcataaatgaagagaaatctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactgg 225  Q
    |||||||| ||||||||||||   | |||||||||||||| |||   |||||||||||||||| ||||||||||   | || | ||||||||||| |  |    
T  32356 aagtttatgtaagtcaacctcttggcttcataaatgaagaaaaacgaaatcatgtttttaaacccactaaagcaaattttggttttaaacaagctccaag 32257  T
Q  226 agctt-gtatgaaagactgagcgcattcctaattaaaaatcaattttctagaggaaaaattgacaccatacttttt 300  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| || |  ||||| |||||  |||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  32256 agcttagtatgacagacttagcacaattttaattgaaaatggattttcaagaggaaaaattgataccaaacttttt 32181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0233 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0233
Description:

Target: scaffold0233; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 171 - 239
Target Start/End: Original strand, 7185 - 7254
Alignment:
Q  171 ctaatcatgtttttaaactcactaaagcactctatgatcttaaacaagctactggagctt-gtatgaaag 239  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||    
T  7185 ctaatcatgtgtttaaactcacaaaagcactatatggtcttaaacaagctcctcgagcttggtatgaaag 7254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University