View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2123-Insertion-1 (Length: 914)

Name: NF2123-Insertion-1
Description: NF2123
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2123-Insertion-1
NF2123-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-914)||(51799877-51800784)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 816; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 816; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 914
Target Start/End: Original strand, 51799877 - 51800784
Alignment:
Q  8 gtctcgtgggtgcgccattagttttttctactctaaaataagtcacaaatgtttctcaagtgccaaccatgtcaacaaagtcaaattgatccattcctct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51799877 gtctcgtgggtgcgccattagttttttctactctaaaataagtcacaaatgtttctcaagtgccaaccatgtcaacaaagtcaaattgatccattcctct 51799976  T
Q  108 ttggaacttgaaaacattattacattacatgctaatgccaactatattacattttccttattaagtagaaatgcttacaccgataggtgtttaattttgt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51799977 ttggaacttgaaaacattattacattacatgctaatgccaactatattacattttccttattaagtagaaatgcttacaccgataggtgtttaattttgt 51800076  T
Q  208 gtttgttaccagtttggttgactattttatagtgcatcagttaggtctatctggtaatgtacatttcataatctatgataaaccagtcattttccacttt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51800077 gtttgttaccagtttggttgactattttatagtgcatcagttaggtctatctggtaatgtacatttcataatctatgataaaccagtcattttccacttt 51800176  T
Q  308 aggtattcaatttaattttgtatttgcacaatttcttgtttcaactttcaaccggtactaaaacggttattgatcaaattttacttatgtttagactgat 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  51800177 aggtattcaatttaattttgtatttgcacaatttcttgtttcaactttcaaccggtactaaaacggttattgatcaaattttacttatctttagactgaa 51800276  T
Q  408 gtttagattactatggcctaactcacctcaaaatcgaagagttaagat-nnnnnnnnctggtatgttattcttctaacaagcatcaattacttttgattg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51800277 gtttagattactatggcctaactcacctcaaaatcgaagagttaagataaaaaaaaactggtatgttattcttctaacaagcatcaattacttttgattg 51800376  T
Q  507 gagtgatttcttagtaaaaatcatgtattccaccc-ttttttattgtctgttgataagagaagcgaaaatcacaagaatatatgatagatattatacaat 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51800377 gagtgatttcttagtaaaaatcatgtattccacccttttttttttgtctgttgataagagaagcgaatatcacaagaatatatgatagatattatacaat 51800476  T
Q  606 tctgtttataagtctgacttaatttagttatcatttatagtccatcaaacaatagaatatgcagtgattattaaatgaataaatctgctgttgtatgctc 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51800477 tctgtttataagtctgacttaatttagttatcatttatagtccatcaaacaatagaatatgcagtgattattaaatgaataaatctgctgttgtatgctc 51800576  T
Q  706 ctattgtacttaaacaggaacatgcctgtcctgatattagcttcttctcacagctaagcatgctttataagttgataccttctgtctttttctttgagaa 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51800577 ctattgtacttaaacaggaacatgcctgtcctgatattagcttcttctcacagccaagcatgctttataagttgataccttctgtctttttctttgagaa 51800676  T
Q  806 tgaaaatactattcttcttatatatcgaaccttgtcaccnnnnnnnctccttctctttattaagggctctcctccaccatgccagaactaaagaaatgtt 905  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51800677 tgaaaatactattcttcttatatatcgaaccttgtcacctttttttctccttctcttt-ttaagggctctcctccaccatgccagacctaaagaaatgtt 51800775  T
Q  906 tgttgtatt 914  Q
    |||||||||    
T  51800776 tgttgtatt 51800784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University