View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21233_high_53 (Length: 246)

Name: NF21233_high_53
Description: NF21233
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21233_high_53
NF21233_high_53
[»] chr8 (25 HSPs)
chr8 (21-228)||(20859058-20859265)
chr8 (18-225)||(30761074-30761281)
chr8 (18-228)||(34819412-34819622)
chr8 (18-226)||(40075502-40075710)
chr8 (18-226)||(35554635-35554843)
chr8 (18-228)||(5301121-5301319)
chr8 (27-228)||(15033570-15033777)
chr8 (33-225)||(1055574-1055772)
chr8 (33-225)||(23019098-23019296)
chr8 (33-225)||(26662495-26662693)
chr8 (18-228)||(39831547-39831763)
chr8 (33-225)||(42482317-42482515)
chr8 (37-225)||(486548-486742)
chr8 (54-228)||(52127-52301)
chr8 (29-196)||(12716091-12716257)
chr8 (118-228)||(41242986-41243096)
chr8 (33-225)||(22307-22505)
chr8 (129-228)||(43214429-43214528)
chr8 (27-127)||(34367429-34367529)
chr8 (27-121)||(41239359-41239453)
chr8 (24-225)||(45132787-45132985)
chr8 (18-96)||(21176138-21176216)
chr8 (157-234)||(5679900-5679977)
chr8 (182-226)||(39604334-39604378)
chr8 (182-226)||(34367576-34367620)
[»] chr4 (29 HSPs)
chr4 (18-228)||(50196375-50196585)
chr4 (18-228)||(50020500-50020710)
chr4 (18-228)||(8110196-8110406)
chr4 (18-228)||(51686159-51686369)
chr4 (27-228)||(21018397-21018604)
chr4 (27-228)||(30723546-30723753)
chr4 (23-226)||(21535045-21535248)
chr4 (18-226)||(14317656-14317864)
chr4 (33-225)||(6178615-6178813)
chr4 (22-228)||(71982-72188)
chr4 (33-225)||(1305945-1306143)
chr4 (27-225)||(49168559-49168763)
chr4 (27-228)||(40355223-40355429)
chr4 (33-225)||(31424788-31424986)
chr4 (33-225)||(49093470-49093668)
chr4 (27-225)||(41795844-41796048)
chr4 (18-225)||(46439068-46439268)
chr4 (36-228)||(10729814-10730006)
chr4 (36-228)||(10943583-10943775)
chr4 (27-228)||(50278199-50278385)
chr4 (27-225)||(37016409-37016606)
chr4 (27-159)||(50904435-50904567)
chr4 (18-228)||(41930861-41931068)
chr4 (64-224)||(11081487-11081647)
chr4 (33-162)||(44674656-44674791)
chr4 (158-228)||(44676926-44676996)
chr4 (42-217)||(55278613-55278785)
chr4 (18-90)||(13624332-13624404)
chr4 (168-228)||(13624485-13624545)
[»] chr7 (26 HSPs)
chr7 (18-225)||(16680507-16680714)
chr7 (18-225)||(17654743-17654950)
chr7 (18-228)||(47521773-47521989)
chr7 (18-228)||(41734773-41734983)
chr7 (33-228)||(34741766-34741958)
chr7 (21-226)||(37343297-37343502)
chr7 (27-228)||(5538356-5538563)
chr7 (18-228)||(27450487-27450699)
chr7 (33-201)||(19801572-19801740)
chr7 (33-225)||(48406406-48406604)
chr7 (18-228)||(16488418-16488628)
chr7 (27-228)||(15071088-15071295)
chr7 (33-225)||(9368213-9368411)
chr7 (33-225)||(35607202-35607400)
chr7 (33-225)||(41883588-41883786)
chr7 (27-228)||(17837998-17838205)
chr7 (33-225)||(17460073-17460271)
chr7 (33-225)||(17592943-17593141)
chr7 (76-228)||(42504788-42504946)
chr7 (33-228)||(10521875-10522076)
chr7 (18-228)||(36980603-36980801)
chr7 (32-228)||(13323079-13323280)
chr7 (66-226)||(11630143-11630291)
chr7 (18-96)||(9491787-9491865)
chr7 (18-88)||(47670002-47670072)
chr7 (167-228)||(47670154-47670215)
[»] chr3 (33 HSPs)
chr3 (18-228)||(20353586-20353796)
chr3 (18-221)||(11380834-11381037)
chr3 (18-228)||(44232756-44232966)
chr3 (18-228)||(6928170-6928380)
chr3 (18-228)||(48891562-48891772)
chr3 (27-228)||(2648377-2648584)
chr3 (55-228)||(17562171-17562351)
chr3 (47-228)||(599912-600090)
chr3 (33-225)||(34048473-34048671)
chr3 (33-225)||(42900967-42901165)
chr3 (34-228)||(49266177-49266377)
chr3 (18-187)||(16861568-16861743)
chr3 (33-225)||(50477584-50477782)
chr3 (33-225)||(54389173-54389371)
chr3 (18-228)||(42759700-42759898)
chr3 (33-225)||(46698122-46698320)
chr3 (27-228)||(2271857-2272064)
chr3 (18-225)||(41615309-41615510)
chr3 (27-225)||(46401753-46401957)
chr3 (27-228)||(16646540-16646747)
chr3 (27-228)||(4005215-4005419)
chr3 (27-228)||(47070987-47071195)
chr3 (27-226)||(9473326-9473528)
chr3 (33-228)||(50213974-50214175)
chr3 (24-146)||(48565948-48566069)
chr3 (27-228)||(52388414-52388606)
chr3 (33-225)||(49141337-49141523)
chr3 (27-227)||(36130531-36130722)
chr3 (21-96)||(18751921-18751996)
chr3 (29-96)||(30252898-30252965)
chr3 (18-96)||(42804756-42804834)
chr3 (167-228)||(30253041-30253102)
chr3 (36-88)||(26334789-26334841)
[»] chr1 (26 HSPs)
chr1 (18-228)||(45828620-45828830)
chr1 (18-228)||(51336949-51337159)
chr1 (18-228)||(22527039-22527255)
chr1 (27-226)||(19522092-19522288)
chr1 (18-228)||(47505385-47505601)
chr1 (32-228)||(23273217-23273413)
chr1 (18-228)||(11196907-11197117)
chr1 (18-228)||(38119961-38120171)
chr1 (29-228)||(47660917-47661116)
chr1 (27-228)||(13636805-13637012)
chr1 (27-228)||(19159065-19159272)
chr1 (27-228)||(52804912-52805119)
chr1 (33-228)||(21143974-21144175)
chr1 (33-225)||(26878757-26878955)
chr1 (33-225)||(3729154-3729352)
chr1 (27-228)||(50617697-50617905)
chr1 (27-228)||(31780472-31780673)
chr1 (27-216)||(35256217-35256406)
chr1 (30-228)||(94916-95108)
chr1 (157-228)||(49854958-49855029)
chr1 (27-86)||(470574-470633)
chr1 (24-95)||(16269596-16269667)
chr1 (18-96)||(49854816-49854894)
chr1 (183-228)||(16269758-16269803)
chr1 (32-111)||(8548257-8548336)
chr1 (129-171)||(470528-470570)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (18-228)||(5199805-5200021)
chr5 (18-228)||(38971086-38971296)
chr5 (27-228)||(42937467-42937668)
chr5 (33-228)||(38407662-38407863)
chr5 (27-228)||(8468-8675)
chr5 (35-228)||(30708092-30708291)
chr5 (33-225)||(28238544-28238742)
chr5 (20-199)||(511426-511606)
chr5 (18-225)||(42538841-42539041)
chr5 (27-228)||(8577344-8577551)
chr5 (35-219)||(7761597-7761787)
chr5 (27-228)||(28879643-28879850)
chr5 (27-225)||(19037968-19038172)
chr5 (18-226)||(40622807-40623015)
chr5 (21-225)||(15939692-15939893)
chr5 (157-228)||(8699367-8699438)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (24-228)||(26172962-26173165)
chr6 (18-200)||(24885435-24885617)
chr6 (27-228)||(22304275-22304482)
chr6 (18-228)||(18001607-18001817)
chr6 (18-193)||(2405853-2406027)
chr6 (33-225)||(6204197-6204395)
chr6 (33-225)||(11691164-11691362)
chr6 (33-225)||(30826429-30826627)
chr6 (27-225)||(27638796-27639000)
chr6 (27-228)||(31771112-31771308)
chr6 (33-228)||(3384473-3384667)
chr6 (18-228)||(2407281-2407479)
chr6 (18-209)||(3502038-3502243)
chr6 (157-228)||(32641802-32641873)
chr6 (157-228)||(32642936-32643007)
chr6 (18-96)||(32643071-32643149)
chr6 (32-96)||(32641674-32641738)
chr6 (18-96)||(24085623-24085701)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (29-228)||(36653303-36653508)
chr2 (33-225)||(30493772-30493970)
chr2 (23-219)||(39950542-39950744)
chr2 (27-228)||(28471573-28471782)
chr2 (33-225)||(43981569-43981767)
chr2 (33-225)||(5355019-5355217)
chr2 (33-225)||(15834304-15834502)
chr2 (27-228)||(29398410-29398617)
chr2 (33-225)||(43536515-43536713)
chr2 (18-142)||(6637888-6638012)
chr2 (36-225)||(10825732-10825927)
chr2 (27-225)||(17423514-17423706)
chr2 (178-225)||(45431553-45431600)
chr2 (18-96)||(40538705-40538783)
chr2 (33-94)||(3938350-3938411)
chr2 (18-96)||(7416962-7417040)
chr2 (157-228)||(7416827-7416898)
chr2 (41-92)||(25514873-25514924)
[»] scaffold0155 (1 HSPs)
scaffold0155 (21-90)||(12536-12605)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 25)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 21 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 20859265 - 20859058
Alignment:
Q  21 tgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccact 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20859265 tgctgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcttggtcaagatcggcgcgatttgctccctaagatggctcatggcctgaaaccact 20859166  T
Q  121 gctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20859165 gctgagggctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagtgtaggcaacaacggcactaaccatgtcataggtgtcagtcgagcttctcgcctcata 20859066  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  20859065 ccgctccc 20859058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Original strand, 30761074 - 30761281
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  30761074 tcctactgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggccaatatcggcgcgatctgctccctaacatggctcatggcctgaaacc 30761173  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  30761174 actgttgagggctcatgacctcctcctggcacatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcacctc 30761273  T
Q  218 ataccgct 225  Q
    ||||||||    
T  30761274 ataccgct 30761281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Original strand, 34819412 - 34819622
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||    
T  34819412 tcctgctgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaacatgggttatggcctgaaacc 34819511  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34819512 actgctgagggctcatgacctcctcctgacctatctgcgtatcagcgtaggcaacaacggcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctc 34819611  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     ||||||||||    
T  34819612 gtaccgctccc 34819622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Original strand, 40075502 - 40075710
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  40075502 tcctgctgatgttgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcatggtcaagatcggcgcgatctgctccctaacatgggtcatggcctgaaacc 40075601  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  40075602 actgctgagggctcatgacctcctcctggcctatctgcgcattagcgtaggcaacagtagcactaaccatgtcataggtgttaggcgagcttctcgcctc 40075701  T
Q  218 ataccgctc 226  Q
     ||||||||    
T  40075702 gtaccgctc 40075710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 35554843 - 35554635
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  35554843 tcctgctgatggtgctggtgcctcctcctcggcctctgtcctcgcctcctggtcaaaatcggcacgatctgctccctaacatgggtcatggcctgaaacc 35554744  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    | |||||||| ||||||| ||||||||| || || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  35554743 attgctgagggctcatgaactcctcctgacctatttgcgcatcagcgtaggcaacaacggcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttcttgcctc 35554644  T
Q  218 ataccgctc 226  Q
     ||||||||    
T  35554643 gtaccgctc 35554635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Original strand, 5301121 - 5301319
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  5301121 tcctgctgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctagtcaagatcggcgcgatctactccctaacatggatcatggcctgaaacc 5301220  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||            ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5301221 actgctgagggctcatgacctcctcctggcctaactgcgcat------------cagtggcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctc 5301308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 15033570 - 15033777
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| |||||||| |||||    
T  15033570 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactactgag 15033669  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15033670 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaattgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 15033769  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    | ||||||    
T  15033770 ctgctccc 15033777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 1055772 - 1055574
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  1055772 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 1055673  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1055672 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 1055574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 23019098 - 23019296
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  23019098 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 23019197  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23019198 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 23019296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 26662693 - 26662495
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  26662693 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 26662594  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26662593 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 26662495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Original strand, 39831547 - 39831763
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||    
T  39831547 tcctgctgatgctgctgttgcatcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaagataggcgcgatctgctcccaaagatggcttatggcctggaacc 39831646  T
Q  118 actgctgagg------actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttct 211  Q
    ||||||||||       |||||| ||||||||||||| | |||  ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| |||   |||||||||    
T  39831647 actgctgaggggtcatgctcatggcctcctcctggcctaactgctcatcagcataggcaacaacgccactaaccatgtcataggagtccagcgagcttct 39831746  T
Q  212 cgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||||||||||||||    
T  39831747 cgcctcataccgctccc 39831763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 42482317 - 42482515
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| |||||||||||||||         
T  42482317 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgaggggtca 42482416  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  42482417 tgctcatgacctcctcctggcataactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttatcgcctcataccgct 42482515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 37 - 225
Target Start/End: Original strand, 486548 - 486742
Alignment:
Q  37 gcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga------ct 130  Q
    |||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||| ||       ||    
T  486548 gcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgtggggtcatgct 486647  T
Q  131 catgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
    |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  486648 catgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 486742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 54 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 52301 - 52127
Alignment:
Q  54 tggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactcatgacctcctcctggcccatct 153  Q
    ||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  52301 tggcctcgcctcctggccaatatcggcgtgatctgctctttaacatggctcatggcctgaaaccattgctgagggctcatgacctcctccaggcccatct 52202  T
Q  154 gtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||||||| |||||||||| || | ||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||| ||||||||||    
T  52201 gtgcatcagagtaggcaacaacgccgctaaccatgtcatagatatcaggtgagcttctcgcctcgtaccgctccc 52127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 29 - 196
Target Start/End: Original strand, 12716091 - 12716257
Alignment:
Q  29 ctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga 128  Q
    |||||| |||| |||||| |||| |||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| || |||| |    
T  12716091 ctgctgttgccgcctcctcggcctctggcctcgcctccta-tcaatatcggcgcgatctgctccctaacatggctcatggcttgaaaccattgttgagaa 12716189  T
Q  129 ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggt 196  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12716190 ctcatgacctcctcctgacccatctgcgcatcagcataggcaatagcggcactaaccatgtcataggt 12716257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 118 - 228
Target Start/End: Original strand, 41242986 - 41243096
Alignment:
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41242986 actgttgagggcttatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagggtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctc 41243085  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     ||||||||||    
T  41243086 gtaccgctccc 41243096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 22307 - 22505
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| ||||  ||| ||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  22307 tggtgcctcctcctcggcctttgggctctcctccaggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 22406  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||  ||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  22407 tgctcatgacctcctccccgcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcctctcgcctcataccgct 22505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 129 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 43214528 - 43214429
Alignment:
Q  129 ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43214528 ctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgcctcataccgctccc 43214429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 27 - 127
Target Start/End: Original strand, 34367429 - 34367529
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| || ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34367429 tgctgatgctgcctcctcctcggcccctggcctcgcctcctggtcaaaatcagcgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactgctgag 34367528  T
Q  127 g 127  Q
    |    
T  34367529 g 34367529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 27 - 121
Target Start/End: Original strand, 41239359 - 41239453
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactg 121  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  41239359 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaaaatcggcacgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactg 41239453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 45132985 - 45132787
Alignment:
Q  24 tgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgct 123  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| | |||||| ||| ||||||| ||||||||| || | ||||| ||| |||| |  ||| ||||    
T  45132985 tgatgctgctggtgccgcctcctcggcctctggcctctcctcctggccaatatcggcgtgatctgctctcttacatggcgcatggcctcagtccattgct 45132886  T
Q  124 gaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccg 223  Q
     ||| |||||   | ||| ||| |||| |||  ||||||| ||||||| | || | ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||    
T  45132885 cagggctcat---cacctgctgacccaactgctcatcagcataggcaataacgccgctaaccatgtcataggcatcaggcgagcttctcgcctcgtaccg 45132789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 96
Target Start/End: Original strand, 21176138 - 21176216
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaa 96  Q
    ||||||||||| || || ||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  21176138 tcctgctgatgttgttgttgcctccaccttggcctctagcctcgcctcctggtcatgaacggcgcgatctgctccctaa 21176216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 157 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 5679977 - 5679900
Alignment:
Q  157 catcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccctatgct 234  Q
    ||||||| | |||||||||| || | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  5679977 catcagcatgggcaacagcgccagtgaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgcctcgtaccgctcccaatgct 5679900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 39604378 - 39604334
Alignment:
Q  182 aaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39604378 aaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgctc 39604334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 182 - 226
Target Start/End: Original strand, 34367576 - 34367620
Alignment:
Q  182 aaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34367576 aaccatgtcataggtttcaggcgagcttctcgcctcataccgctc 34367620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 159; Significance: 9e-85; HSPs: 29)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 50196585 - 50196375
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  50196585 tcctgctgatgttgttgatgcctcctcctcggcctctggcctcacctcctggtcaagatcggtgcgatctgctccctaagatggctcatggcctgaaacc 50196486  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  50196485 actgttaagggctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctc 50196386  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
    |||||||||||    
T  50196385 ataccgctccc 50196375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Original strand, 50020500 - 50020710
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||  |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  50020500 tcctgctgatgcttctggtgcctcctcctcagcctttggcctcgcctcctggtcaagatcggcgcgatttgctccataagatggctcatggcctgaaacc 50020599  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  50020600 actactgagggcccatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagtgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcaggcaagcttctcgcctc 50020699  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
    |||||||||||    
T  50020700 ataccgctccc 50020710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 8110406 - 8110196
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  8110406 tcctgctgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcccctcctggccaatatcggcgcgatctgctccctaacatggctcatggcctgaaacc 8110307  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8110306 actactgagagctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcataggcaacagcggcacgaaatatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctc 8110207  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
    |||||||||||    
T  8110206 ataccgctccc 8110196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 51686369 - 51686159
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||    
T  51686369 tcctgctgatgttgttggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcatggtcaagatcggcgcgatctgctccctaacatgggtcatggcctaaaacc 51686270  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51686269 actgttgagggcttatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctc 51686170  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
    |||||||||||    
T  51686169 ataccgctccc 51686159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 21018397 - 21018604
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  21018397 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgag 21018496  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21018497 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccattaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 21018596  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  21018597 ccgctccc 21018604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 30723546 - 30723753
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  30723546 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgag 30723645  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30723646 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 30723745  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  30723746 ccgctccc 30723753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 226
Target Start/End: Original strand, 21535045 - 21535248
Alignment:
Q  23 ctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgc 122  Q
    |||||| || || |||| |||||| |||| ||||||| || ||   ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || |||    
T  21535045 ctgatgttgttgttgccgcctcctcggcctctggccttgcctctgtgtcaatatcgacgcgatctgctccctaacatggctcatggcctgaaatcattgc 21535144  T
Q  123 tgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcatacc 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  21535145 tgagggctcatgacctcctcctaacccatttgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgcctcatacc 21535244  T
Q  223 gctc 226  Q
    ||||    
T  21535245 gctc 21535248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 14317864 - 14317656
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||    
T  14317864 tcctgttgatgctgctggtgcctcctcctcgtcctctggcctcgcctcctggccaacatcggcgcgatctgctctctaacatggctcatggcttgaaacc 14317765  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    | || ||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  14317764 attgttgagggctcatgacctccgcctggcccatctgcgcgtcagcgtaggcaacagcaccgctaacaatgtcataggtatcacgcgagcttctcgcctc 14317665  T
Q  218 ataccgctc 226  Q
     ||||||||    
T  14317664 gtaccgctc 14317656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 6178615 - 6178813
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  6178615 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 6178714  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6178715 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 6178813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 72188 - 71982
Alignment:
Q  22 gctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactg 121  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  ||| || |||| || | |||| ||| |||||| |||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  72188 gctgatgctgctagtgcctcctcctcagcctctagccttgccttctggccaatatcggcacgatctactctctaacatggctcatggcctgaaaccattg 72089  T
Q  122 ctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcatac 221  Q
    |||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  72088 ctgagggctcatgacctactcctgggccatctgtgcatcagcataggcaacaacgccgctaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgcctcgtac 71989  T
Q  222 cgctccc 228  Q
    |||||||    
T  71988 cgctccc 71982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 1305945 - 1306143
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  1305945 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 1306044  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  1306045 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcttaccgct 1306143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 27 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 49168763 - 49168559
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||| | |||||||||| |||| ||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  49168763 tgctgatggtgcctcctcctcggcctatgggctctcctcctggtcaaaatcgacgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgag 49168664  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49168663 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgccataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 49168564  T
Q  221 ccgct 225  Q
    |||||    
T  49168563 ccgct 49168559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 40355223 - 40355429
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||| | | |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  40355223 tgctgatggtgcctcctcctcggcctatgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctcc-tcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgag 40355321  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40355322 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacaacgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 40355421  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  40355422 ccgctccc 40355429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 31424986 - 31424788
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  31424986 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgtgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 31424887  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31424886 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcacaggtgtcagacgagcttctcgcctcataccgct 31424788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 49093668 - 49093470
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    ||||||||||||||  ||| |||| ||| | |||||||||  |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  49093668 tggtgcctcctcctcagcctctgggctctcctcctggtcagaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 49093569  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49093568 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 49093470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 225
Target Start/End: Original strand, 41795844 - 41796048
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||| |||| ||| | |||||||||  |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||| ||||    
T  41795844 tgctgatggtgcctccgcctcggcctctgggctctcctcctggtcagaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgttgag 41795943  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41795944 gggtcatgctcatgacctcctcttggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 41796043  T
Q  221 ccgct 225  Q
    |||||    
T  41796044 ccgct 41796048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 46439268 - 46439068
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| || |       |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  46439268 tcctgctgatactgctggtgcctcctcctcggtc-------tcgcctcctggtcaagatcgacgcgatctgctccctaacatgggtcatggcctgaaacc 46439176  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| | ||| |||||||||||||||||  | || || |||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46439175 actgttcagggctcatgacctcctcctgatctatatgcgcatcaacgcaggcaacaacgacactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctc 46439076  T
Q  218 ataccgct 225  Q
     |||||||    
T  46439075 gtaccgct 46439068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 36 - 228
Target Start/End: Original strand, 10729814 - 10730006
Alignment:
Q  36 tgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactcatga 135  Q
    |||| |||||| |||| |||||||| | || ||| ||| ||||||| |||||| ||||||| || |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||    
T  10729814 tgccgcctcctcggcctctggcctcacctcttggccaatatcggcgtgatctggtccctaacatagctcatggcctgaaaccattgttgagggctcatga 10729913  T
Q  136 cctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  10729914 cctccgcctggcccatctgcgcatcagcgtaggcaacaacgccgctaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgccttgtaccgctccc 10730006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 36 - 228
Target Start/End: Original strand, 10943583 - 10943775
Alignment:
Q  36 tgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactcatga 135  Q
    |||| |||||| |||| |||||||| | || ||| ||| ||||||| |||||| ||||||| || |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||    
T  10943583 tgccgcctcctcggcctctggcctcacctcttggccaatatcggcgtgatctggtccctaacatagctcatggcctgaaaccattgttgagggctcatga 10943682  T
Q  136 cctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  10943683 cctccgcctggcccatctgcgcatcagcgtaggcaacaacgccgctaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgccttgtaccgctccc 10943775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 50278385 - 50278199
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||  |||    
T  50278385 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctggccccgcctcctggtcaaaatcggctcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactgtagag 50278286  T
Q  127 gactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
    | |||||||||   |||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  50278285 ggctcatgacc---tcctggcccatctgtgcat------------cagcggcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgctc 50278201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 27 - 225
Target Start/End: Original strand, 37016409 - 37016606
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||| | || |||||| |||||||||||||||||||    
T  37016409 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctggcctcgccttctagtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatattgctcatggcctgaaaccactgctgag 37016508  T
Q  127 g------actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| |       |  ||||||||||||| |  ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37016509 gggtcatgctcatgacctcctcctggccta-------acgagcgtaggcaacaacaccataaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 37016601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 27 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 50904567 - 50904435
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| || |  |||| | || ||||||  || ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  50904567 tgctgatggtgcctcctcctcggtctttggcgttgcctcctggctaatatcggcgcgatatgctccctaacatggctcatggcctgataccactgctgag 50904468  T
Q  127 gactcatgacctcctcctggcccatctgtgcat 159  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  50904467 ggcccatgacctcctcctggcccatctgtgcat 50904435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Original strand, 41930861 - 41931068
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |  ||    
T  41930861 tcctgctgatgctgctggtgccgcctccttgacctctggcctcgcctcctggccaatatcagcgcgatctgctccctaacatggcgcatggcctcagtcc 41930960  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    | |||| | | |||||   | ||||||  |||| |||  ||||| | || |||||| || | |||||||||||| | || |||| |||||||||||||||    
T  41930961 attgctcatggctcat---cacctcctaacccaactgctcatcaacataagcaacaacgccgctaaccatgtcacaagtatcaggcgagcttctcgcctc 41931057  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     ||||||||||    
T  41931058 gtaccgctccc 41931068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 64 - 224
Target Start/End: Original strand, 11081487 - 11081647
Alignment:
Q  64 tcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagc 163  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||| |||| ||||||||||| | || |||  |||| ||||    ||| ||||| || |||||| |    
T  11081487 tcctggtcaatatcggcgtgatcttctccctaacatgggtcatggcctgaaaccattactcaggggtcataacctttgtctgacccatatgcgcatcaac 11081586  T
Q  164 gtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgc 224  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  11081587 gtaggcaacatcgccactaaccatgtcacaggtatcaggcgagcttctcgcctcgtaccgc 11081647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 33 - 162
Target Start/End: Original strand, 44674656 - 44674791
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagg----- 127  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| | ||||         
T  44674656 tggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctagtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactaccgaggggtca 44674755  T
Q  128 -actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcag 162  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  44674756 tgctcatgacctcctcctggcctaactgagcatcag 44674791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 158 - 228
Target Start/End: Original strand, 44676926 - 44676996
Alignment:
Q  158 atcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||||||||||||| |  ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  44676926 atcagcgtaggcaacaacaccataaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgctccc 44676996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 42 - 217
Target Start/End: Original strand, 55278613 - 55278785
Alignment:
Q  42 ctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactcatgacctcct 141  Q
    ||||| |||| | |||||||| || ||||||| ||||| | ||| |||||||||| ||||  ||| |||| |||||| |||| |||  |||| |||||||    
T  55278613 ctcctcggcctccggcctcgcctcttggtcaatatcggtgtgatatgctccctaatatggtgcatggcctcaaaccattgctcagggttcatcacctcct 55278712  T
Q  142 cctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
       | ||||||||  ||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||| || |||| ||||| |||||||||    
T  55278713 ---gacccatctgctcatcagcataggcaacaacaccactaaccatgtcataagtatcaggcgagcctctcgcctc 55278785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 90
Target Start/End: Original strand, 13624332 - 13624404
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgct 90  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| | ||||| ||| |||||||    
T  13624332 tcctgctggtgctgttggtgcctcctcctcggcatctggcctcgcctcctggtaatgatcgacgcaatctgct 13624404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 168 - 228
Target Start/End: Original strand, 13624485 - 13624545
Alignment:
Q  168 gcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  13624485 gcaacaacgccactaaccatatcataggtatcatgcgagcttctcgcctcgtaccgctccc 13624545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 26)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 16680714 - 16680507
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16680714 tcctgctaatgctgctggtgcctcctcctcggcctctgacctcgcctcctgatcaagatcggcgcgatctactccctaagatggctcatggcctgaaacc 16680615  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16680614 actgttgagggctcatgacctcctcctggctcatttgtgcatcagcgtagacaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagacgagcttctcgcctc 16680515  T
Q  218 ataccgct 225  Q
    ||||||||    
T  16680514 ataccgct 16680507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 17654950 - 17654743
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17654950 tcctgctaatgctgctggtgcctcctcctcggcctctgacctcgcctcctgatcaagatcggcgcgatctactccctaagatggctcatggcctgaaacc 17654851  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17654850 actgttgagggctcatgacctcctcctggctcatttgtgcatcagcgtagacaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagacgagcttctcgcctc 17654751  T
Q  218 ataccgct 225  Q
    ||||||||    
T  17654750 ataccgct 17654743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Original strand, 47521773 - 47521989
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  47521773 tcctgctgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaagacaggcgcgatctgctccctaagatggctcatggcctaaaacc 47521872  T
Q  118 actgctgagg------actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttct 211  Q
    |||| |||||       ||| |||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47521873 actgttgaggggtcatgctcgtgacctcctcctggcctaactgctcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttct 47521972  T
Q  212 cgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||||||||||||||    
T  47521973 cgcctcataccgctccc 47521989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 41734983 - 41734773
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  41734983 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttgacctatgaactcgcctcctggtcaagatcggcgcgatctgttccctaacatgggtcatggcctgaaacc 41734884  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  41734883 actgctgaaggctcatgacctcctcctgacctatatgcgcatcagcgtaggcaacaacgacactaaccatgtcataggtgtcagacgagcttctcacctc 41734784  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     ||||||||||    
T  41734783 gtaccgctccc 41734773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 33 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 34741958 - 34741766
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactca 132  Q
    ||||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  34741958 tggtgcctccttctcggcccctggcctcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactgctgagggctca 34741859  T
Q  133 tgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  34741858 tgacc---tcctggcccatctgtgcatcaacgtaggcaacaacgacactaaccatgtcataggtgtcagacgagcttctcgcctcataccactccc 34741766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 37343502 - 37343297
Alignment:
Q  21 tgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccact 120  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | |||  |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| | |||||||||||    
T  37343502 tgctgatgctactggtgcctcctcatcggcttctggcctcgcctcctagtcaagatcggcgcgatctgcttcctaacatgggtcatggtctgaaaccact 37343403  T
Q  121 gctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||    
T  37343402 gttgagggctcatgacctcctcctgacctatctgcgcatcagcgtaggcaacaacgacactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgccttgta 37343303  T
Q  221 ccgctc 226  Q
    ||||||    
T  37343302 ccgctc 37343297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 5538356 - 5538563
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5538356 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactgctgag 5538455  T
Q  127 g------actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5538456 gggtcatgctcatgacctcctcctagcctaactgcgcatcagcgtaggcaacaacaccacaaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 5538555  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  5538556 ccgctccc 5538563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Original strand, 27450487 - 27450699
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||   |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27450487 tcctgctgatgctgttggtgcctcctc---ggcctctggcctcgcctcctggtcaagataggcgcgatctgctccctaagatgactcatggcctgaaacc 27450583  T
Q  118 actgctgagg------actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttct 211  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||||||| | |||  ||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27450584 actgctgaggggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgctcataagcttaggcaacaac-gcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttct 27450682  T
Q  212 cgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||||||||||||||    
T  27450683 cgcctcataccgctccc 27450699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 33 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 19801740 - 19801572
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactca 132  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| ||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||| ||||    
T  19801740 tggtgcctcctcctcggcctctggccttgccccctggtcaagatcgacgcaatctgctccctaagatggttcatgacctgaaaccactactgagggctca 19801641  T
Q  133 tgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcag 201  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  19801640 tgacctcctcctggaccatctgtgcatcagcgtaggcaacagtgacactaaccatgtcataggtgtcag 19801572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 48406604 - 48406406
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| |||||||||||||||         
T  48406604 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgaggggtca 48406505  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48406504 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 48406406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 16488628 - 16488418
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||||||||||||| || |||| |||  | ||||  ||||||||| |||| ||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  16488628 tcctgctgatgctgttgttgccgccttgtcggcccttggcctcgcctcctagtcaagatcagcgtgatcggctccctaacatggctcatggcctgaaacc 16488529  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||    
T  16488528 actgttgagggctcatgacctcctcttgacccatctgtgcatcagcgtaggcaacaacgacactaaccatgtcatagctatcaggcgagcttctcgcatc 16488429  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     ||||||||||    
T  16488428 gtaccgctccc 16488418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 15071088 - 15071295
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||   |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  15071088 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcttatgggtcatggcctcaaaccactgctgag 15071187  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15071188 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagctccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 15071287  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  15071288 ccgctccc 15071295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 9368213 - 9368411
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  9368213 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 9368312  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9368313 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 9368411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 35607202 - 35607400
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  35607202 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 35607301  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35607302 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 35607400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 41883786 - 41883588
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  41883786 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 41883687  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41883686 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 41883588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 17838205 - 17837998
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||  ||| ||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17838205 tgctgatggtgccccctcctcggcctttgggctcgccttctggtcaaaatcagcgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactgctgag 17838106  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| |  || |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17838105 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaagtgcgcatcagcgtagacaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 17838006  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  17838005 ccgctccc 17837998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 17460073 - 17460271
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | ||||||| || |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| |||||||||||||||         
T  17460073 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtaaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgaggggtca 17460172  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17460173 tgctcatgacctcctcctggcctaactgctcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 17460271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 17593141 - 17592943
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | ||||||| || |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| |||||||||||||||         
T  17593141 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtaaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgaggggtca 17593042  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17593041 tgctcatgacctcctcctggcctaactgctcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 17592943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 76 - 228
Target Start/End: Original strand, 42504788 - 42504946
Alignment:
Q  76 tcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggc 169  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||    
T  42504788 tcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgaggggtcatgctcatgacctcctcctggcctaattgcgcatcagcgtaggc 42504887  T
Q  170 aacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42504888 aacaacgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgctccc 42504946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 33 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 10522076 - 10521875
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| ||||  ||| || || |||||||||| || ||||||||||| ||||| | ||||||||| |||| |||||||| ||||||         
T  10522076 tggtgcctcctcctcggcctatgggcttgcctcctggtcaaaattggcgcgatctggtccctcatatggctcatggcctcaaaccacttctgaggggtca 10521977  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
      |||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  10521976 tgctcatgacctcctcctggcctaaccgcgcatcagcgtaggcaacaacgctactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcacctcataccgctc 10521877  T
Q  227 cc 228  Q
    ||    
T  10521876 cc 10521875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 36980801 - 36980603
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||    
T  36980801 tcctgctgatgctgttcgtgcctcctcctcggcctctggtctcgcctcctggccaatatcggcgcgatcttctctctaacatggctcatggcctaaaacc 36980702  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||             |||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  36980701 attgttgagggctcatgacctcctcctggcccatctgtgcat------------tagcgccgctaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgcctc 36980614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 32 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 13323280 - 13323079
Alignment:
Q  32 ctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga--- 128  Q
    ||||||||||||||| || | ||  |||||| |||||||||  || ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||        
T  13323280 ctggtgcctcctcctcggtctctatcctcgcctcctggtcataattggcgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactactgaggggtc 13323181  T
Q  129 ---ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
       |||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  13323180 atgctcatgacctcctcctggtcaa-ctgcgcatcagcgtaggtaacagcgccaaaaaccatgtcataggtgtcaagtgagcttctcgcctcataccgct 13323082  T
Q  226 ccc 228  Q
    |||    
T  13323081 ccc 13323079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 66 - 226
Target Start/End: Original strand, 11630143 - 11630291
Alignment:
Q  66 ctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgt 165  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||          
T  11630143 ctggtgaagatcggcgcgatctgctccctaacatgggtcctgacctgaaaccactgctgagggctcatgacctccttctggcctaactgtgcat------ 11630236  T
Q  166 aggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  11630237 ------cagcggcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttttcgcctcataccgctc 11630291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 96
Target Start/End: Original strand, 9491787 - 9491865
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaa 96  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  9491787 tcctgctggtgctggtggtgcctcctcctcggcctttggcctcgcctcctggtaatgatcggcgcgatctgctgcctaa 9491865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 88
Target Start/End: Original strand, 47670002 - 47670072
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctg 88  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||| |  ||||||||||||||    
T  47670002 tcctgctgatgctactggtgcctcctcctcggcctctggcatcgcctcctggtaattatcggcgcgatctg 47670072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 228
Target Start/End: Original strand, 47670154 - 47670215
Alignment:
Q  167 ggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  47670154 ggcaacatcgccgctaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgcctcgtaccgctccc 47670215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 33)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 20353796 - 20353586
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  20353796 tcctgctgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgtctcctggtcatgatcggcgcgatctgctccccaagatgggtcatggcctgaaacc 20353697  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  20353696 actgatgagggctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaagcaacaacgacactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgtctc 20353597  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
    |||||||||||    
T  20353596 ataccgctccc 20353586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 11380834 - 11381037
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||    
T  11380834 tcctgttgatgctgctggtgcctcctcctcggcctttggcctcgcttcctagtcaagatcgccgcgatctgctccctaacatgggtcatgacctgaaacc 11380933  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  11380934 actgctgaggactcatgacctcctcctgtcctatctgcgcatcagcgtaggcaacaacggcactaaccatgtcataggtgttaggcgagcttcacgcctc 11381033  T
Q  218 atac 221  Q
    ||||    
T  11381034 atac 11381037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 44232966 - 44232756
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  44232966 tcctgctgatgctgctggtgcctcctcctcgacctatgggctcgcctcctggtcaagatcggcgcgttctgctccctaagatggcttatggcctgaaacc 44232867  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| |  ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  44232866 actgttgagggctcatgacctcctcctggcctaattgcacatcagcgtaggcaacaacggcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcacctc 44232767  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
    |||||||||||    
T  44232766 ataccgctccc 44232756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 6928380 - 6928170
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |||| ||||||||||    
T  6928380 tcctgctgatggtgctggtgcatcctccttggcatctggcctcgcctcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaacacgagtcatggcctgaaacc 6928281  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  6928280 actgctgagggatcatgacatcctcctgacctatctgcgcatcagcgtaggcaactacgacactaaccatgccataggtgtcaggcgaacttctcacctc 6928181  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     ||||||||||    
T  6928180 gtaccgctccc 6928170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 48891772 - 48891562
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| || | |||  ||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  48891772 tcctgatgatgctgctggtgcctcctcctcagcctctggccttgccttctgaccaatatcgacgcgatctgctctctaacatggctcatggcctgaaacc 48891673  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    | |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  48891672 attgctgagggctcatgacctccttctggctcatctgtgcatcagcgtaggcaacaacgccgctaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgcctc 48891573  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     ||||||||||    
T  48891572 gtaccgctccc 48891562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 2648377 - 2648584
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||| ||    
T  2648377 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctaag 2648476  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2648477 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 2648576  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  2648577 ccgctccc 2648584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 55 - 228
Target Start/End: Original strand, 17562171 - 17562351
Alignment:
Q  55 ggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga-------ctcatgacctcctcctggc 147  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||        |||||||||||||||||||    
T  17562171 ggcctcgcctcctggtcaagataggcgcgatctgctccctaagatggctcatggcctgaaaccattgctgagggggtcatgctcatgacctcctcctggc 17562270  T
Q  148 ccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    | | ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  17562271 ctaactgcgcatcagcgtaggcaacaacgccactaaccatgtcataggtgtcaagcgagcttctcgcctcataccgctccc 17562351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 47 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 600090 - 599912
Alignment:
Q  47 tggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactcatgacctcctcctgg 146  Q
    ||||| || ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |   ||    
T  600090 tggcctctagcctcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactgctgggggctcatgacctctt---gg 599994  T
Q  147 cccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
     ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  599993 gccaactgtgcatcagtgtaggcaacagcggcactaaccatgtcgtaggtgtcaggcgagcttctcgcctcgtaccgctccc 599912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 34048671 - 34048473
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  34048671 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 34048572  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34048571 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 34048473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 42900967 - 42901165
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  42900967 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 42901066  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42901067 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 42901165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 34 - 228
Target Start/End: Original strand, 49266177 - 49266377
Alignment:
Q  34 ggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga----- 128  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||          
T  49266177 ggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaagacaggcgcaatctgctccctaagatggctgatggcctgaaaccactgctaaggggtcat 49266276  T
Q  129 -ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctcc 227  Q
     |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  49266277 gctcatgacctcctcatggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacatcgccactaaccatgtcataagtgtcagacgagcttctcgcctaataccgctcc 49266376  T
Q  228 c 228  Q
    |    
T  49266377 c 49266377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Original strand, 16861568 - 16861743
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  16861568 tcctactgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctgttcaagatcagcgcaatctgctctctaagatggctcatggcctgaaacc 16861667  T
Q  118 actgctgagg------actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccat 187  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16861668 actgctgaggggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgtgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccat 16861743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 50477584 - 50477782
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  50477584 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcagcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 50477683  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  50477684 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 50477782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 54389371 - 54389173
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  54389371 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 54389272  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  54389271 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcataggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 54389173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 42759898 - 42759700
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| | |||| |||| ||||||||||    
T  42759898 tcctgctaatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcttggtcaagatcggcgcgatgtgctcccttacatgggtcatggcctgaaacc 42759799  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||| || ||||| ||||            ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  42759798 actgctgagggttcatgacctcctcctgacctatctgcgcat------------cagcggcactaaccatgtcatgggtgtcagacgagcttctcgcctc 42759711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 46698122 - 46698320
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  46698122 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 46698221  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46698222 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtatgcaatagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 46698320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 2271857 - 2272064
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||| |||| ||||| || |||| |||||||| ||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  2271857 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctcgcctcctagtcaaaattggcgtgatctgcttcctcatatggctcatggcctcaaaccactgctgag 2271956  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  2271957 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcataggcaacagcgccactaatcatgtcataggtgttaggcgagcttctcgcctcata 2272056  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  2272057 ccgctccc 2272064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 41615510 - 41615309
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41615510 tcctgctgatgttgttggtgcctcctcctcggcctctggcctcacctcctggtcaagatcggcgcaatctgctccctaagatggctcatggcctgaaacc 41615411  T
Q  118 actgctgaggact------catgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttct 211  Q
    |||| ||||| ||      |||||||||||||||||| | ||| ||||            ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41615410 actgttgagggctcatgcacatgacctcctcctggcctaactgcgcat------------cagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttct 41615323  T
Q  212 cgcctcataccgct 225  Q
    ||||||||||||||    
T  41615322 cgcctcataccgct 41615309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 27 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 46401957 - 46401753
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||| ||||  || | |||||||||  |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||| ||||    
T  46401957 tgctgatggtgcctccgcctcggcctctgggttctcctcctggtcagaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgttgag 46401858  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  46401857 ggatcatgctcatgacctcctcttggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 46401758  T
Q  221 ccgct 225  Q
    |||||    
T  46401757 ccgct 46401753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 16646747 - 16646540
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  16646747 tgctgatggtgcctcctcctcgacctctggcctcgcctcctggtcaaaatcggcacgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactgttgag 16646648  T
Q  127 g------actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| |  || ||||||| ||||| |||| |  ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16646647 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaattgcgcatcagtgtaggaaacaacaccataaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 16646548  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  16646547 ccgctccc 16646540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 4005215 - 4005419
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  4005215 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctggccttgcctcttggtcaagatcggcacgatctgctccctcatatgggtcatggcctgaaaccactgctgag 4005314  T
Q  127 gactcatg---acctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccg 223  Q
    |  |||||   |   |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  4005315 gggtcatgctcatgacctcatgggccaactgtgcatcagcgtaggcaacaacgccgctaaccatgtcgtaggcgtcaggcgagcttctcgcctcgtaccg 4005414  T
Q  224 ctccc 228  Q
    |||||    
T  4005415 ctccc 4005419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 47070987 - 47071195
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctg-aaaccactgctga 125  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  47070987 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctggcatcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaaccactgctga 47071086  T
Q  126 gg------actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcat 219  Q
    ||       |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||||| |  ||  || |||||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  47071087 ggggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgcaggcaacaacaccataaaacatgtcatagatgtcaggcgagtttctcgcctcat 47071186  T
Q  220 accgctccc 228  Q
    |||||||||    
T  47071187 accgctccc 47071195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 27 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 9473528 - 9473326
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||| |||||| ||    
T  9473528 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgacctcgcctcctagtcaagatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctgaaactactgctaag 9473429  T
Q  127 gactcatgacct---cctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccg 223  Q
    |  |||||  |    | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9473428 gggtcatgctcatgacatcctagcccaactgtgcatcagcgtaggcaacagcaccgctaaccatatcgtaggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccg 9473329  T
Q  224 ctc 226  Q
    |||    
T  9473328 ctc 9473326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 33 - 228
Target Start/End: Original strand, 50213974 - 50214175
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagg----- 127  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||||| ||||| |         
T  50213974 tggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctagtcaaaatcggcgcgatctgctctcttatatggctcatggcctgaaaccacagctgatgggtaa 50214073  T
Q  128 -actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
      || ||||||| ||||||||| | ||| |||||| ||||||||||| || ||| | ||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  50214074 tgcttatgaccttctcctggcctaactgcgcatcaacgtaggcaacaacgccacaatccatgtcataggtgttaggcgggcttctcgcctcataccgctc 50214173  T
Q  227 cc 228  Q
    ||    
T  50214174 cc 50214175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 24 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 48566069 - 48565948
Alignment:
Q  24 tgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgct 123  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||    
T  48566069 tgatgttgttggtgcctcctcctcggcctctggcctaccctcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaacatgggtcatggcctgcaaccactgct 48565970  T
Q  124 gaggactcatgacctcctcctgg 146  Q
    |||| ||||||| ||||||||||    
T  48565969 gagggctcatga-ctcctcctgg 48565948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 52388414 - 52388606
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||| ||    
T  52388414 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaagattggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctgaaaccactgctaag 52388513  T
Q  127 gactcatg---acctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccg 223  Q
    |  |||||   |   |||||||||||| ||||||||            || || | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  52388514 gggtcatgttcatgacctcctggcccaactgtgcat------------caacgccgctaaccatgtcgtaggtgtcaggcgagcttctcgcctcgtaccg 52388601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 49141337 - 49141523
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagg----- 127  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  49141337 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 49141436  T
Q  128 -actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||            ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  49141437 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcat------------cagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttcccgcctcataccgct 49141523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 27 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 36130722 - 36130531
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||| | |||||||||||||||||    
T  36130722 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctggccttgcatcttggtcaagatcggcgcgatctgctccctcatatgcgtcatggactgaaaccactgctgag 36130623  T
Q  127 gactcatg---acctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccg 223  Q
    |  |||||   |   |||||||||||| ||||||||            ||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  36130622 gggtcatgctcatgacctcctggcccaactgtgcat------------cagcgccgctaaccatgtcgtaggtgtcagacgagcttctcgcctcttaccg 36130535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 18751996 - 18751921
Alignment:
Q  21 tgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaa 96  Q
    |||||||| || || ||||||||||| |||| |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  18751996 tgctgatgttggtgttgcctcctcctcggcctctggccccgtttcctggtcatgatcggcgcgatctgcttcctaa 18751921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 29 - 96
Target Start/End: Original strand, 30252898 - 30252965
Alignment:
Q  29 ctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaa 96  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  30252898 ctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctccaggtaatgatcggcgcgatctgctgcctaa 30252965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 96
Target Start/End: Original strand, 42804756 - 42804834
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaa 96  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| | ||| |||||||||| || |||||    
T  42804756 tcctactgatgctgttggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtaatgattggcgcgatctactgcctaa 42804834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 228
Target Start/End: Original strand, 30253041 - 30253102
Alignment:
Q  167 ggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  30253041 ggcaacagcgccgctaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctagcctcgtaccgctccc 30253102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 36 - 88
Target Start/End: Original strand, 26334789 - 26334841
Alignment:
Q  36 tgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctg 88  Q
    |||| |||||| |||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  26334789 tgccgcctcctcggcctctggcctcgtctcctggtcaatatcggcgcgatctg 26334841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 26)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 45828830 - 45828620
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  45828830 tcctgctgatgctgctggtgccttctccttggcctctagcctcgcctcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaacatgggtcatggcctgaaacc 45828731  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| |||||||||||  | || || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45828730 actgttgagggctcatgacctcaccttgacctatctgcgcatcagcgtaggcaacatcggcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctc 45828631  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     ||||||||||    
T  45828630 gtaccgctccc 45828620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 51337159 - 51336949
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  51337159 tcctgctgatgctgctggtgcctcctcctcagcctctggcctcgcctcctggccaatatcggcgcgatctgctctctaacatggctcatggcctgaaacc 51337060  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  51337059 attgatgagggctcatgacctcctcctggccaatctatgcatcagcgtaggcaacagcgccgctaaccatgtcataggtatcatgcgagcttctcgcctc 51336960  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     ||||||||||    
T  51336959 gtaccgctccc 51336949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 22527255 - 22527039
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||     
T  22527255 tcctgctgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaagataggcgcgatctgctccttaagatggctcatggcctcaaacg 22527156  T
Q  118 actgctgagg------actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttct 211  Q
    ||||||||||       ||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22527155 actgctgaggggtcatgctcatgacctccttctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttct 22527056  T
Q  212 cgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||||||||| ||||    
T  22527055 cgcctcataccgttccc 22527039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 27 - 226
Target Start/End: Original strand, 19522092 - 19522288
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  19522092 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcttggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgactcatggcctgaaaccactgttgag 19522191  T
Q  127 gactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
    | ||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19522192 ggctcatg---tcctcctggcccatctgtgcatcagcataggcaacaacggcactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgctc 19522288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 47505601 - 47505385
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||| |||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  47505601 tcctgctgatgctgttggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcatggtcaagataggcgtgatctgctctctaatatggctcatggcctgaaacc 47505502  T
Q  118 actgctgagga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttct 211  Q
    |||| |||||       |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47505501 actgttgaggggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttct 47505402  T
Q  212 cgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||||||||||||||    
T  47505401 cgcctcataccgctccc 47505385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 32 - 228
Target Start/End: Original strand, 23273217 - 23273413
Alignment:
Q  32 ctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactc 131  Q
    |||||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  23273217 ctggtgccacctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaagattgacgcgatctgctccataacatgggtcatggcctgaaaccactgttgagggctc 23273316  T
Q  132 atgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  23273317 atgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggctacaacggcactaaccatgtcataggtgtctggcgagcttctcgcctcataccgctccc 23273413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 11197117 - 11196907
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| | |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  || |||| |||| ||||||||||    
T  11197117 tcctgctgatgttgttggtgcctcctcttcggcctctggcctcgcctcctagtcaagatcggcgcgatctgctcctcaacatggatcatggcctgaaacc 11197018  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| || | |||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  11197017 actgttgagggctcatgacctcctcctgacctaactgcacattagcgtaggcaacagcggcactaactatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctt 11196918  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     ||||||||||    
T  11196917 gtaccgctccc 11196907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Original strand, 38119961 - 38120171
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||| | ||||||||    
T  38119961 tcctactgatgctgccggtgcctcctcctcggcctttggcctagcctcctggtcaagatcggcacgatctggtccctaacatgggtcatcgtctgaaacc 38120060  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38120061 actgctgagggctcatgacctcctcttgacctatctgcgcatcagtgtaggcaacaacgacactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctc 38120160  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     |||| |||||    
T  38120161 gtaccactccc 38120171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 29 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 47661116 - 47660917
Alignment:
Q  29 ctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga 128  Q
    |||||||||||||||| | | ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||| |||||     
T  47661116 ctgctggtgcctcctcatcgacccatggcctcgcctcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaacatgggtcatggcctgaaaccgctgttgaggg 47661017  T
Q  129 ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47661016 ctcatgacctcctcctgacctatatgcgcatcagcataggcaacaacgacactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttcttgcctcgtaccgctccc 47660917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 13636805 - 13637012
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  13636805 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgtgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgag 13636904  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13636905 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 13637004  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  13637005 ccgctccc 13637012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 19159272 - 19159065
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  19159272 tgctgatggtgcctcctcctgggcctctgggctcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgag 19159173  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19159172 gggtcatgctcatgacctcctcctagcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcaccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 19159073  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  19159072 ccgctccc 19159065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 52805119 - 52804912
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| || |||||| |||||||||| | ||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  52805119 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaaaattggcgcggtctgctccctcatatggctcgtggcctgaaaccactactgag 52805020  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  52805019 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccacaaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 52804920  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  52804919 ccgctccc 52804912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 33 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 21144175 - 21143974
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||         
T  21144175 tggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaaaatcagcgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactactgaggggtcg 21144076  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  21144075 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacaacgccacaaaccatgtcataggtgtcaggcaagcttctcgcctcataccgctc 21143976  T
Q  227 cc 228  Q
    ||    
T  21143975 cc 21143974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 26878955 - 26878757
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  26878955 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 26878856  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26878855 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 26878757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 3729154 - 3729352
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  3729154 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaattggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 3729253  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3729254 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 3729352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 50617697 - 50617905
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| || ||| ||||||| |||| || ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  50617697 tgctgatgatgcatcctcctcggcctctagcctcgcctcctggtcaaaatcggtgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccacagctgag 50617796  T
Q  127 ga-------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcat 219  Q
    |        ||||||||||||||||| || | ||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  50617797 ggggtcatgctcatgacctcctcctgacctaactgcgcagcagcgtaggcaacagcgccacaaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcat 50617896  T
Q  220 accgctccc 228  Q
    |||||||||    
T  50617897 accgctccc 50617905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 31780472 - 31780673
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| || | ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||| |||||||||| |||    
T  31780472 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctaggctcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgttccctcatatggctcatggcctaaaaccactgccgag 31780571  T
Q  127 gactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
    |  |||||  |||||||||||| | |||  ||||||||||||||||| |  ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31780572 gggtcatgctctcctcctggcctaactgcacatcagcgtaggcaacaacaccataaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgctc 31780671  T
Q  227 cc 228  Q
    ||    
T  31780672 cc 31780673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 27 - 216
Target Start/End: Original strand, 35256217 - 35256406
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||| |||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||| |||| || |||||| || |||||||| || ||||    
T  35256217 tgctgttggtgtctcctcctcggcctctggcctcgcctccttgccaatatcggcgcgatctgctctctaacatagctcatggcttgaaaccattgttgag 35256316  T
Q  127 gactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcct 216  Q
    | |||||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||   ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  35256317 ggctcatgacctcctcctggccaatatgtgcatcaatgtaggcaacagcgctgctaaccatgtcataggtatcatgcgagcttctcgcct 35256406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 228
Target Start/End: Original strand, 94916 - 95108
Alignment:
Q  30 tgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagg-- 127  Q
    ||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||      
T  94916 tgctggtgcctcctcctcggcctctagcctcgcctcctggtcaagataggcgcgatctgctccctaagatggctcatggcctgaaaccactgttgagggg 95015  T
Q  128 ----actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccg 223  Q
         |||||||||||||||| ||| | ||| ||||            ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  95016 tcatgctcatgacctcctcctagcctaactgcgcat------------cagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccg 95103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 228
Target Start/End: Original strand, 49854958 - 49855029
Alignment:
Q  157 catcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||    
T  49854958 catcagcatgggcaacatcgccactaaccatgtcataggtatcaggggagcttctcgcctcgtaccgctccc 49855029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 470633 - 470574
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatc 86  Q
    ||||| || ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  470633 tgctgatgctgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatc 470574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 95
Target Start/End: Original strand, 16269596 - 16269667
Alignment:
Q  24 tgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctcccta 95  Q
    |||||||| || |||| ||| || | || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16269596 tgatgctgttgttgccgcctgctcgacctctggcctcgcgtcctggtcaagatcggcacgatctgctcccta 16269667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 18 - 96
Target Start/End: Original strand, 49854816 - 49854894
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaa 96  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||| || |||| | ||||||| ||||||||| |||||    
T  49854816 tcctgttgatgttgttggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcttggtaatgatcggcacgatctgctgcctaa 49854894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 183 - 228
Target Start/End: Original strand, 16269758 - 16269803
Alignment:
Q  183 accatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  16269758 accatgtcataggtatcaggcgagcttctcgcctcttaccgctccc 16269803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 8548336 - 8548257
Alignment:
Q  32 ctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcct 111  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||| ||| | |||||||||| |||| ||||||||||||||| | |||| |||| ||||    
T  8548336 ctggtgcctcctcctcggcctttgggctctcctcctggtcaaaatcgacgcgatctgctccctcatatgggtcatggcct 8548257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 129 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 470570 - 470528
Alignment:
Q  129 ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaa 171  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  470570 ctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaa 470528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 5200021 - 5199805
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  5200021 tcctgctgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcttcgcctcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatgacctgaaacc 5199922  T
Q  118 actgctgagg------actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttct 211  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5199921 actgctgagggctcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtagacaacggcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttct 5199822  T
Q  212 cgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||||||||||||||    
T  5199821 cgcctcataccgctccc 5199805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 38971296 - 38971086
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  38971296 tcctgctgatgctgctcgtgcctcctcctcggcctttggcctcgcctcttggtcaagatcggcgcgatctgctccctaacatgggtcatggcctgaaacc 38971197  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  38971196 actgttgagggctcatggcctcctcctgacctatctgcgcatcagcgtaggcaacaacggcactaaccatgtcataggtgtcagacgagcttctcgcttc 38971097  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
    ||| |||||||    
T  38971096 atatcgctccc 38971086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 42937467 - 42937668
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||| |||| |  || |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  42937467 tgctgatggtgcctcctcctcagcctctggcctcgcctccttgctaatatcggcgcaatctgctccctaacatggctcatggcctgataccactgttgag 42937566  T
Q  127 gactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
    | |||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  42937567 ggctcatgccctcctcctggcctatctgtgcattagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgcctcgtaccgctc 42937666  T
Q  227 cc 228  Q
    ||    
T  42937667 cc 42937668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 33 - 228
Target Start/End: Original strand, 38407662 - 38407863
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||         
T  38407662 tggtgcctcctcctcggcctatggcctcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactgctgaggggtca 38407761  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
      |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38407762 tgctcatgacctcctcttggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacaacgccacaaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgctc 38407861  T
Q  227 cc 228  Q
    ||    
T  38407862 cc 38407863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 8468 - 8675
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||| ||||    
T  8468 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgttgag 8567  T
Q  127 gactcatg------acctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |  |||||      |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8568 gggtcatgctcataacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcacaggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 8667  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  8668 ccgctccc 8675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 35 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 30708291 - 30708092
Alignment:
Q  35 gtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga------ 128  Q
    |||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| |||||||||||||||           
T  30708291 gtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgaggggtcatg 30708192  T
Q  129 ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30708191 ctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcataggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgctccc 30708092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 28238544 - 28238742
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactca 132  Q
    |||||||||||||  |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  28238544 tggtgcctcctccccggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgagggctca 28238643  T
Q  133 ------tgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
          |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28238644 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 28238742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 199
Target Start/End: Original strand, 511426 - 511606
Alignment:
Q  20 ctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccac 119  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||  |||| ||||||||||||    
T  511426 ctgctgatgctgctggtgccacctcctcggcctttggcctcgcctcctggtcaagatcggtgcgatctactccctaacatgagtcatggcctgaaaccac 511525  T
Q  120 tgc-tgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtc 199  Q
    ||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  511526 tgcttgaaggctcatgacctcctcctggcctatctgcgcattagtgtaggcaacaacggcactaaccatgtcataggtgtc 511606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 42539041 - 42538841
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||       |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||    
T  42539041 tcctgttgatgctgctggtgcctcctcctcgacc-------tcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccttaacatgggtcatggcctgaaacc 42538949  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||    
T  42538948 actgttgagggctcatgacctcctcctgacctatttgcgcatcagcgtaggcaacagcgacactaaccatgtcatttgtgtcaggagagcttctcgcctc 42538849  T
Q  218 ataccgct 225  Q
     |||||||    
T  42538848 gtaccgct 42538841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 8577344 - 8577551
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||| | |||| |||| |||| ||||||||| ||||    
T  8577344 tgctgatggtgcctcctcctcggcctttgggctcgcctcctggtcaaaatcggcacgatttgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgttgag 8577443  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8577444 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacaacgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 8577543  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  8577544 ccgctccc 8577551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 35 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 7761787 - 7761597
Alignment:
Q  35 gtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga------ 128  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||           
T  7761787 gtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaaaatcggtgcgatctgctccttcatatggctcatggcctgaaaccactgctgaggggtcatg 7761688  T
Q  129 ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcat 219  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7761687 ctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcaccataaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcat 7761597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 28879850 - 28879643
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  28879850 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatggatcatggcctcaaaccactgctgag 28879751  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  28879750 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggtaacaacgccactaaccatgtcgtaggtgtcagacgagtttctcacctcata 28879651  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  28879650 ccgctccc 28879643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 27 - 225
Target Start/End: Original strand, 19037968 - 19038172
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||| |||| ||| | |||||||||  |||||| ||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||| ||||    
T  19037968 tgctgatggtgcctccgcctcggcctctgggctctcctcctggtcagaatcggcacgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgttgag 19038067  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19038068 gggtcatgctcatgacctcctcttggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 19038167  T
Q  221 ccgct 225  Q
    |||||    
T  19038168 ccgct 19038172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Original strand, 40622807 - 40623015
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||| || |||||| ||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  40622807 tcctgctgatgttgttggtgcctcctcctcggcctctggccttgcctcctggccaatatcgccgcgatctgctctctaacatggctcatggcctgaaacc 40622906  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    | || ||||| ||||||||||||  ||| ||||||||  |||| || ||||||||| |    |||||||||||||| || |||  |||||||||||||||    
T  40622907 attgttgagggctcatgacctccgtctgacccatctgcacatctgcataggcaacaacactgctaaccatgtcatatgtatcaagcgagcttctcgcctc 40623006  T
Q  218 ataccgctc 226  Q
     ||||||||    
T  40623007 gtaccgctc 40623015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 15939893 - 15939692
Alignment:
Q  21 tgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccact 120  Q
    |||||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |  ||| |    
T  15939893 tgctgatgttgctggtgccgcctcctcggcctctggcctcgcctcctgaccaatatcggcgcgatctgctccctaacatggcgcatggcctcagtccatt 15939794  T
Q  121 gctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    ||| ||| |||||   | ||||||| |||| ||   ||||| | ||||||||| || | ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||    
T  15939793 gctcagggctcat---cacctcctgacccaactactcatcaacataggcaacaacgcctctaaccatgtcataggtatcatgcgagcttctcgcctcgta 15939697  T
Q  221 ccgct 225  Q
    |||||    
T  15939696 ccgct 15939692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 228
Target Start/End: Original strand, 8699367 - 8699438
Alignment:
Q  157 catcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8699367 catcagcatcggcaacagcgccgctaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgcctcgtaccgctccc 8699438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 24 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 26173165 - 26172962
Alignment:
Q  24 tgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgct 123  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  26173165 tgatgctgctggtgccttctcctcggcctctagcctcgcctcatgatcaagatcggcgcgatctgctcc-taagatggctcatggcctaaaaccactgct 26173067  T
Q  124 gaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccg 223  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26173066 gagggctcatgaccttctcctggccaatctgtgcatcagcgtaggcaacaacggcactaaccatgtcataggtgtcaggtgagcttctcgcctcataccg 26172967  T
Q  224 ctccc 228  Q
    |||||    
T  26172966 ctccc 26172962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 200
Target Start/End: Original strand, 24885435 - 24885617
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||| |||||||||     
T  24885435 tcctgctgatgctgctggtgcctccttctcggcctctggcctcgcctcctgctcaagatcggtgcgatccgctccctaacatgggtcatggcctgaaaca 24885534  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtca 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24885535 actgctgagggctcatgacctcctcctgacctatctgcgcatcatcgtaggcaacagcgacactaaccatgtcataggtgtca 24885617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 22304482 - 22304275
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  22304482 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgag 22304383  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22304382 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 22304283  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  22304282 ccgctccc 22304275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Original strand, 18001607 - 18001817
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||  |||||| |||||| ||| || |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  18001607 tcctgctgatgttgttggtgcctcctcctcggcctctaacctcgcctcctggccaatattggcgcgatctgctctctaacatggctcatggcctgaaacc 18001706  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||     
T  18001707 attgatgagggctcatgacctcttcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacatcgccgttaaccatgtcataggtatcaagcgagcttctcgcctt 18001806  T
Q  218 ataccgctccc 228  Q
     ||||||||||    
T  18001807 gtaccgctccc 18001817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 193
Target Start/End: Original strand, 2405853 - 2406027
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||    
T  2405853 tcctgctgatgttgctggtgcctcctcctcggcctctagcctcgcctcctggtcaagatcggcgcgatctgctccgtaacatgggtcatggcctgaaacc 2405952  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcata 193  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  2405953 actactgagggctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcaacgttgg-aacagcggcactaaccatgtcata 2406027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 6204395 - 6204197
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  6204395 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 6204296  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6204295 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 6204197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 11691362 - 11691164
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  11691362 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 11691263  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11691262 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 11691164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 30826429 - 30826627
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  30826429 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 30826528  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30826529 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 30826627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 27 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 27639000 - 27638796
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  27639000 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgag 27638901  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  27638900 gggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacaacgccactgaccatgtcataggtgtcaggcgaacttctcgcctcata 27638801  T
Q  221 ccgct 225  Q
    |||||    
T  27638800 ccgct 27638796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 31771308 - 31771112
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| || ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31771308 tgctgatgttgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaaaatcggcgtgatctgctccctaatatggctcatggcctgaaaccactgctgag 31771209  T
Q  127 gactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctc 226  Q
    |  |||||     ||||||||| | ||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||||    
T  31771208 gggtcatg-----ctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacaacgccacaaaccatgtcataggtgtcaagcgagtttctcacctcatactgctc 31771114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 33 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 3384667 - 3384473
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgaggactca 132  Q
    |||| |||| |||| |||| |||||||||| ||   ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  3384667 tggtacctcatcctaggcctctggcctcgcctctaagtcaagatcggggcgatttgctccctaacatggctcatggcctgaaaccactactgagggctca 3384568  T
Q  133 tgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||||||||||| || || |||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||    
T  3384567 tgacctcctcctgacctatttgtgcatcagcg-aggcaacaacaacactaaccatgtcataggtgtcaggccagcttctcgcctcgtatcgctccc 3384473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 2407479 - 2407281
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||| | ||||||||    
T  2407479 tcctgctgatgctgctagtgcctcctcctcggactctggcctcgcctcctggtcaagatcgacgcgatctgctctctaacatgggtcatggtctgaaacc 2407380  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctc 217  Q
    || | ||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||            || ||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||    
T  2407379 accggtgagggctcatgacctcctcctggcctaactgcgcat------------caacggcattaaccatgtcataggtgtgcggcgagcttctcgcttc 2407292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 3502243 - 3502038
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaa-- 115  Q
    ||||| ||||| || |||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||      
T  3502243 tcctgttgatgttgttggtgcttcctcctcggcctctggcctcgcctcctggtcaagataggcgtgatctgctccctaagatggctcatggcctgaaacc 3502144  T
Q  116 ------ccactgctgagg------actcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagcc 203  Q
          ||||||||||||       |||||||||||||||| ||| | ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |    
T  3502143 acgaaaccactgctgaggggtcatgctcatgacctcctcctagcctaactgcgcatcagtgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtggcaggc 3502044  T
Q  204 gagctt 209  Q
    ||||||    
T  3502043 gagctt 3502038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 228
Target Start/End: Original strand, 32641802 - 32641873
Alignment:
Q  157 catcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||||| | ||||||| || | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  32641802 catcagcatgggcaacaacgccgctaaccatgtcataggtatcaggcgagcttctcgcctcgtaccgctccc 32641873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 32643007 - 32642936
Alignment:
Q  157 catcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||    
T  32643007 catcagcatgggcaacaacgccactaaccatgtcataggtatcaggggagcttctcgcctcgtaccgctccc 32642936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 32643149 - 32643071
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaa 96  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  ||| || ||||||| || |||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  32643149 tcctgctggtgctgctggtgcctcctcctcagcctctagcctcgcctcatggtaatgatcggcgcgatctgctgcctaa 32643071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 32 - 96
Target Start/End: Original strand, 32641674 - 32641738
Alignment:
Q  32 ctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaa 96  Q
    ||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  32641674 ctggtgcctcctcctcggtctctggcctcgcctcctggtaatgatcggcgcgatctgctgcctaa 32641738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 18 - 96
Target Start/End: Original strand, 24085623 - 24085701
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaa 96  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||  || | ||||||||| ||||||| |||||    
T  24085623 tcctgctgatgttgctggtggctcctcctcggcctctggcctcgcctccaagtaatgatcggcgcaatctgctgcctaa 24085701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 29 - 228
Target Start/End: Original strand, 36653303 - 36653508
Alignment:
Q  29 ctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga 128  Q
    |||||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  36653303 ctgctggtgcctcctcctcggcctctagcctcgcctcctggtcaagatcagcgagatctgctcccaaagatggctcatggcctgaaaccactgctgaggg 36653402  T
Q  129 ctcatga------cctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcatacc 222  Q
     ||||||       |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  36653403 gtcatgatcatgttctcctcttggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgtctcctacc 36653502  T
Q  223 gctccc 228  Q
    ||||||    
T  36653503 gctccc 36653508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 30493772 - 30493970
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  30493772 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 30493871  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30493872 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 30493970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 23 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 39950744 - 39950542
Alignment:
Q  23 ctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgc 122  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||    
T  39950744 ctgatcctgctggtgcctcctcctcggcctctgggttcgcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaatcactgc 39950645  T
Q  123 tgagga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcct 216  Q
    |||||       |||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39950644 tgaggggtcatgctcatgacctcctcctagcctaactgcgcatcagcgtaggcaacaacgccactaaccatgtcataggtgtcagacgagcttctcgcct 39950545  T
Q  217 cat 219  Q
    |||    
T  39950544 cat 39950542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 28471782 - 28471573
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcc--tggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctg 124  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||| |||  | ||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||    
T  28471782 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctgggctcgcctccctttgtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctg 28471683  T
Q  125 agga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctca 218  Q
    |||       |||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28471682 aggggtcatgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcaacgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctca 28471583  T
Q  219 taccgctccc 228  Q
    ||||||||||    
T  28471582 taccgctccc 28471573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 43981767 - 43981569
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    ||||| |||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  43981767 tggtgtctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 43981668  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43981667 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 43981569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 5355217 - 5355019
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    ||||||||| |||| |||| || | ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  5355217 tggtgcctcatcctcggcctctaggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctcccttatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 5355118  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5355117 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 5355019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 15834502 - 15834304
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| | || |||| |||| ||||||||||         
T  15834502 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggttatggcctcaaacgactgctgaggggtca 15834403  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  15834402 tgctcatgacctcctcctggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagtttctcgcctcataccgct 15834304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 228
Target Start/End: Original strand, 29398410 - 29398617
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||| ||||||  ||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  29398410 tgctgatggtgcctcctcctcggcctctggcctcacctcctggtcaaaatcggcatgatatgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactgttgag 29398509  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29398510 gggtcatgctcatgacctcctcctagcctaactgcgcatcagcgtaggcaacagcgccgtaaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 29398609  T
Q  221 ccgctccc 228  Q
    ||||||||    
T  29398610 ccgctccc 29398617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 33 - 225
Target Start/End: Original strand, 43536515 - 43536713
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagga---- 128  Q
    ||||||||||||||  ||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| | |||||||||||||         
T  43536515 tggtgcctcctcctcagcctctggactctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcataccactgctgaggggtca 43536614  T
Q  129 --ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
      |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43536615 tgctcatgacctcctcatggcctaactgcgcatcagcgtaggcaacaacgccactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 43536713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 142
Target Start/End: Original strand, 6637888 - 6638012
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  6637888 tcctgctgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggtctcccctcctggtcaatatcggcgcgatctgctccctaacatggctcatggcctgaaacc 6637987  T
Q  118 actgctgaggactcatgacctcctc 142  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||    
T  6637988 actgttgagggctcatgacctcctc 6638012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 36 - 225
Target Start/End: Original strand, 10825732 - 10825927
Alignment:
Q  36 tgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgagg------ac 129  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||       |    
T  10825732 tgcctcctcctcggcctctggtctcgcctcctggtcaaaatcaacgcgatctgctccctcatatggctcatggcctgaaaccactgctgaggggtcatgc 10825831  T
Q  130 tcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
     ||||| |||||| ||||| | ||| |||||| ||||||||||| |  ||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  10825832 ccatgaactcctcttggcctaactgcgcatcaacgtaggcaacaacaccataaaccatgtcataggtgtcaggtgagcttctcgcctcataccgct 10825927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 27 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 17423706 - 17423514
Alignment:
Q  27 tgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaagatggctcatagcctgaaaccactgctgag 126  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||| |||| ||| | |||||||||  |||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  17423706 tgctgatggtgcctccgcctcggcctctgggctctcctcctggtcagaatcggcgcgatctgctccctcatatgggtcatggcctcaaaccactgctgag 17423607  T
Q  127 ga------ctcatgacctcctcctggcccatctgtgcatcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcata 220  Q
    |       |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||             |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17423606 gggtcatgctcatgacctcctcttggcctaactgcgcatcagcgc------------cactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcata 17423519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 178 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 45431600 - 45431553
Alignment:
Q  178 cactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgct 225  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45431600 cactaaccatgtcataggtgtcaggcgagcttctcgcctcataccgct 45431553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 40538783 - 40538705
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaa 96  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||| | |||||| |||||||||| |||||    
T  40538783 tcctgcttatgctgctggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctactggtaatgatcggtgcgatctgctgcctaa 40538705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 94
Target Start/End: Original strand, 3938350 - 3938411
Alignment:
Q  33 tggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccct 94  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3938350 tggtgcctcctcctcggcctctgggctctcctcctggtcaaaatcggcgcgatctgctccct 3938411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 18 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 7417040 - 7416962
Alignment:
Q  18 tcctgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctccctaa 96  Q
    |||| |||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| | | |||||||||||| |||| |||||    
T  7417040 tcctactgatgttgttggtgcctcctcctcggcctctggcctcgcctcctgataatgatcggcgcgatttgctgcctaa 7416962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 157 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 7416898 - 7416827
Alignment:
Q  157 catcagcgtaggcaacagcggcactaaccatgtcataggtgtcagccgagcttctcgcctcataccgctccc 228  Q
    ||||||| | ||||||| || || |||| || |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  7416898 catcagcatgggcaacatcgccagtaactatatcataggtatcaggcgagcttctcgcctcgtaccgctccc 7416827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 41 - 92
Target Start/End: Original strand, 25514873 - 25514924
Alignment:
Q  41 cctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgctcc 92  Q
    |||||| |||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  25514873 cctcctcggcctctggcctcgcctcctggccaatatcggcgcgatctgctcc 25514924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 21 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 12605 - 12536
Alignment:
Q  21 tgctgatgctgctggtgcctcctccttggccgctggcctcgcttcctggtcaagatcggcgcgatctgct 90  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| || |||| | |||||||||||||||||    
T  12605 tgctgatgctgctggtgcctcctcctcggcctctgccctcgcctcttggtaatgatcggcgcgatctgct 12536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University