View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21235_low_11 (Length: 565)

Name: NF21235_low_11
Description: NF21235
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21235_low_11
NF21235_low_11
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (40-557)||(1606126-1606643)
chr3 (40-557)||(1629424-1629941)
chr3 (40-557)||(10820757-10821274)
chr3 (58-550)||(1623255-1623747)
chr3 (201-262)||(2576071-2576132)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (45-557)||(18780942-18781454)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (81-524)||(12802541-12802984)
chr4 (200-274)||(8767056-8767130)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 478; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 1606643 - 1606126
Alignment:
Q  40 cacgagacataccctccaaaaataccgccggtccacacaagggtcaagctgtggcgctaagatcagcctccgatctctcagttttctatcggtgtgccat 139  Q
    |||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606643 cacgtgacataaccttccaaaataccgccggtccacacaagggtcaagcagtggcgctaagatcagcctccgatctctcagttttctatcggtgtgccat 1606544  T
Q  140 atcaggttatcaagacactctgatggctcatgcacaacgtcaattttatcgacaatgcttcatctatggcaccgtagacttcatctttggcaatgccgca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606543 atcaggttatcaagacactctgatggctcatgcacaacgtcaattttatcgacaatgcttcatctatggcaccgtagacttcatctttggcaatgccgca 1606444  T
Q  240 gtggttttccaaaattgtaacattttcgcaagaaaacctttagatggtcaagctaacatgatcacagcccaaggtcgaggtgacccattccaaaacactg 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606443 gtggttttccaaaattgtaacattttcgcaagaaaacctttagatggtcaagctaacatgatcacagcccaaggtcgaggtgacccattccaaaacactg 1606344  T
Q  340 gaatttcattccacaattgtcaaattagggctgcatcggatctaaagcctgttgttgacaagtacaaaaccttcttgggtaggccttggcaacaatattc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1606343 gaatttcattccacaattgtcaaattagggctgcatcagatctaaagcctgttgttgacaagtacaaaaccttcttgggcaggccttggcaacaatattc 1606244  T
Q  440 gagagttatggtgatgaaaactttcatggacactttagtgagcccccttggttggtctccatggggtgacactgattttgctcaagacacattgtattat 539  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1606243 aagagttatggtgatgaaaactttcatggacactttagtaagccccctgggttggtctccatggggtgacactgattttgctcaagacacattgtattat 1606144  T
Q  540 ggagagtatgagaattat 557  Q
    ||||||||||||||||||    
T  1606143 ggagagtatgagaattat 1606126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 1629941 - 1629424
Alignment:
Q  40 cacgagacataccctccaaaaataccgccggtccacacaagggtcaagctgtggcgctaagatcagcctccgatctctcagttttctatcggtgtgccat 139  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1629941 cacgagacataaccttccaaaataccgccggtccacacaagggtcaagctgtggcgctaagatcagcgtccgatctctcagttttctatcggtgtgccat 1629842  T
Q  140 atcaggttatcaagacactctgatggctcatgcacaacgtcaattttatcgacaatgcttcatctatggcaccgtagacttcatctttggcaatgccgca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1629841 atcaggttatcaagacactctgatggctcatgcacaacgtcaattttatcgacaatgcttcatctatggcaccgtagacttcatctttggcaacgccgca 1629742  T
Q  240 gtggttttccaaaattgtaacattttcgcaagaaaacctttagatggtcaagctaacatgatcacagcccaaggtcgaggtgacccattccaaaacactg 339  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1629741 gtggtattccaaaattgtaacattttcgcaagaaagcctttagatggccaagcaaacatgatcactgcccaaggtcgaggtgacccattccaaaacactg 1629642  T
Q  340 gaatttcattccacaattgtcaaattagggctgcatcggatctaaagcctgttgttgacaagtacaaaaccttcttgggtaggccttggcaacaatattc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  1629641 gaatttcattccacaattgtcaaattagggctgcatcagatctaaaacctgttgttgacaagtacaaaaccttcttgggcagaccttggcaacaatattc 1629542  T
Q  440 gagagttatggtgatgaaaactttcatggacactttagtgagcccccttggttggtctccatggggtgacactgattttgctcaagacacattgtattat 539  Q
     ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1629541 aagagtaatggtgatgaaaacttttatggacactttagtgagccccctaggttggtctccatggggtgacactgattttgctcaagacacattgtattat 1629442  T
Q  540 ggagagtatgagaattat 557  Q
    ||||||||||||||||||    
T  1629441 ggagagtatgagaattat 1629424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 557
Target Start/End: Original strand, 10820757 - 10821274
Alignment:
Q  40 cacgagacataccctccaaaaataccgccggtccacacaagggtcaagctgtggcgctaagatcagcctccgatctctcagttttctatcggtgtgccat 139  Q
    |||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| || ||||| |||||| | ||    
T  10820757 cacgtgacataaccttccaaaataccgccggtccacacaagggtcaagcagtggcgctccgatcagcctctgatctctccgtcttctaccggtgtacaat 10820856  T
Q  140 atcaggttatcaagacactctgatggctcatgcacaacgtcaattttatcgacaatgcttcatctatggcaccgtagacttcatctttggcaatgccgca 239  Q
    ||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  10820857 atcgggttaccaagacaccctcatggctcatgcacaacgtcaattttacagacaatgcttcatctatggcaccgtagacttcatctttggcaacgctgca 10820956  T
Q  240 gtggttttccaaaattgtaacattttcgcaagaaaacctttagatggtcaagctaacatgatcacagcccaaggtcgaggtgacccattccaaaacactg 339  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10820957 gtggtattccaaaattgcaacattttcgcaagaaaacctttagatggccaagctaacatgatcactgcccaaggtcgaggtgatccattccaaaacactg 10821056  T
Q  340 gaatttcattccacaattgtcaaattagggctgcatcggatctaaagcctgttgttgacaagtacaaaaccttcttgggtaggccttggcaacaatattc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  10821057 gaatttcattccacaattgtcaaattagggctgcatcagatctaaagcctgttgttgacaagtacaaaaccttcttaggaagaccttggcaacaatattc 10821156  T
Q  440 gagagttatggtgatgaaaactttcatggacactttagtgagcccccttggttggtctccatggggtgacactgattttgctcaagacacattgtattat 539  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10821157 aagagttatggtgatgaaaacttttatggacactttagtcagccccctaggttggtctccatggggtgacactgattttgctcaagacacattgtattat 10821256  T
Q  540 ggagagtatgagaattat 557  Q
    ||||||||||||||||||    
T  10821257 ggagagtatgagaattat 10821274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 58 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 1623747 - 1623255
Alignment:
Q  58 aaaataccgccggtccacacaagggtcaagctgtggcgctaagatcagcctccgatctctcagttttctatcggtgtgccatatcaggttatcaagacac 157  Q
    ||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  1623747 aaaatactgctggtcctcacaaaggccaagctgtggcgctccgatcagcctccgatctctctgtcttctatcggtgtgctatatcgggctatcaagacac 1623648  T
Q  158 tctgatggctcatgcacaacgtcaattttatcgacaatgcttcatctatggcaccgtagacttcatctttggcaatgccgcagtggttttccaaaattgt 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||    
T  1623647 tctgatggctcatgcacaacgtcaattctaccgacaatgcttcatctatggcaccgtagacttcatctttggcaacgctgcagtagtattccaaaactgt 1623548  T
Q  258 aacattttcgcaagaaaacctttagatggtcaagctaacatgatcacagcccaaggtcgaggtgacccattccaaaacactggaatttcattccacaatt 357  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1623547 aacattttcgcaagaaagcctttggatggccaagctaacatgatcacagcccaaggtcgtggtgacccattccaaaacactggaatttcattccacaatt 1623448  T
Q  358 gtcaaattagggctgcatcggatctaaagcctgttgttgacaagtacaaaaccttcttgggtaggccttggcaacaatattcgagagttatggtgatgaa 457  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  1623447 gtcaaattagggctgcatcagatctaaagcctgttgttgacaagtacaaaaccttcttgggaaggccttggcaacaattctcaagagttatggtgatgaa 1623348  T
Q  458 aactttcatggacactttagtgagcccccttggttggtctccatggggtgacactgattttgctcaagacacattgtattatggagagtatga 550  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1623347 aacttttatggacactttagtgagccccctaggttggtctccatggggtgacacagattttgctcaagatacattgtattatggagagtatga 1623255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 201 - 262
Target Start/End: Original strand, 2576071 - 2576132
Alignment:
Q  201 atctatggcaccgtagacttcatctttggcaatgccgcagtggttttccaaaattgtaacat 262  Q
    |||||||||||||| |||||||| || ||||| || || || ||||||||||||||||||||    
T  2576071 atctatggcaccgtcgacttcattttcggcaacgcagctgtagttttccaaaattgtaacat 2576132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 18781454 - 18780942
Alignment:
Q  45 gacataccctccaaaaataccgccggtccacacaagggtcaagctgtggcgctaagatcagcctccgatctctcagttttctatcggtgtgccatatcag 144  Q
    |||||| ||| | ||||||| || ||||| || || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |    
T  18781454 gacataaccttccaaaatactgctggtcctcataaaggtcaagctgtggcgctccgatcagcctccgatctctctgtcttctatcggtgtgctatatcgg 18781355  T
Q  145 gttatcaagacactctgatggctcatgcacaacgtcaattttatcgacaatgcttcatctatggcaccgtagacttcatctttggcaatgccgcagtggt 244  Q
    | || |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  18781354 gctaccaagacacccttatggcccatgcgcaacgtcaattttacagacaatgcttcatctatggcaccgtcgactttatctttggcaacgccgcagtagt 18781255  T
Q  245 tttccaaaattgtaacattttcgcaagaaaacctttagatggtcaagctaacatgatcacagcccaaggtcgaggtgacccattccaaaacactggaatt 344  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18781254 gttccaaaattgtaacattttcgcaagaaagcctttagatggccaagcaaacatgatcacggcccaaggtcgaggtgacccattccaaaacactggaatt 18781155  T
Q  345 tcattccacaattgtcaaattagggctgcatcggatctaaagcctgttgttgacaagtacaaaaccttcttgggtaggccttggcaacaatattcgagag 444  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  18781154 tcattccacaattgtcaaattatggctgcatcagatctaaagcctgttgttgacaagtacaaaaccttcttgggcaggccttggcaacaatattcaagag 18781055  T
Q  445 ttatggtgatgaaaactttcatggacactttagtgagcccccttggttggtctccatggggtgacactgattttgctcaagacacattgtattatggaga 544  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  18781054 ttatggtgatgaaaacttttatggacactttagtgagccccctaggttggtctccatggggtgacactgattttgctcaagacacattgtattatggcga 18780955  T
Q  545 gtatgagaattat 557  Q
    |||||||||||||    
T  18780954 gtatgagaattat 18780942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 81 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 12802984 - 12802541
Alignment:
Q  81 ggtcaagctgtggcgctaagatcagcctccgatctctcagttttctatcggtgtgccatatcaggttatcaagacactctgatggctcatgcacaacgtc 180  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| || || || || ||||| || ||| || |   ||| || |||||||| || |||| ||| ||||||||||    
T  12802984 ggtcaagcagtggcgcttcgatcagcctctgacctatctgtcttctaccgttgttcctttaaaggctaccaagacaccctcatggttcacgcacaacgtc 12802885  T
Q  181 aattttatcgacaatgcttcatctatggcaccgtagacttcatctttggcaatgccgcagtggttttccaaaattgtaacattttcgcaagaaaaccttt 280  Q
    |||||||  || |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || || ||||||||||| || |  ||| | |  ||||  |||||    
T  12802884 aattttacagagaatgttacatctatggcaccgttgacttcatctttggcaacgcagccgtagttttccaaaactgcatgattcttgttagaaggccttt 12802785  T
Q  281 agatggtcaagctaacatgatcacagcccaaggtcgaggtgacccattccaaaacactggaatttcattccacaattgtcaaattagggctgcatcggat 380  Q
    | | || ||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||||||| ||  | |||    
T  12802784 aaacggccaagcaaacatgatcacggcccaaggtcgtgatgacccatttcaaaacactggaatttcgattcacaactctcagattagggccgcgccagat 12802685  T
Q  381 ctaaagcctgttgttgacaagtacaaaaccttcttgggtaggccttggcaacaatattcgagagttatggtgatgaaaactttcatggacactttagtga 480  Q
     | ||||| ||||| |  || | ||| |||||||||||  |||| ||||||  ||| || |||||| |||| |||||| | |||||||| | ||| || |    
T  12802684 ttcaagcccgttgtcgggaaattcaacaccttcttgggccggccctggcaaagatactctagagttgtggtcatgaaatcattcatggataatttggtca 12802585  T
Q  481 gcccccttggttggtctccatggggtgacactgattttgctcaa 524  Q
    | ||  | ||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||    
T  12802584 gtccaatgggttggtctccatggggaggtactaattttgctcaa 12802541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 200 - 274
Target Start/End: Original strand, 8767056 - 8767130
Alignment:
Q  200 catctatggcaccgtagacttcatctttggcaatgccgcagtggttttccaaaattgtaacattttcgcaagaaa 274  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8767056 catctatggcacagttgatttcatctttggtaacgccgcggtagttttgcaaaattgtaacattttcgcaagaaa 8767130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University