View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21235_low_7 (Length: 690)

Name: NF21235_low_7
Description: NF21235
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21235_low_7
NF21235_low_7
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-679)||(27066129-27066789)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 27066789 - 27066129
Alignment:
Q  19 caacggtttatacaacgaaaaacacaacgaattcgcaagatacagcaaaatctccaccggccacaatgacagtttcaaaaactacgccttaaacaacaat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27066789 caacggtttatacaacgaaaaacacaacgaattcgcaagatacagcaaaatctccaccggccacaatgacagtttcaaaaactacgccttaaacaacaat 27066690  T
Q  119 gagggtgtgcaaaccttcaacagctacggcactaaatccatggctggattcggtgaattcaaagcctactctgaagaaagcaacattcctaacgtaaaat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27066689 gagggtgtgcaaaccttcaacagctacggcactaaatccatggctggattcggtgaattcaaagcctactctgaagaaagcaacattcctaacctaaaat 27066590  T
Q  219 tcaccacctacacagcctccgtgaccggaagagaacaatcattcgtaagctacagcgatggtgggaactccggtaaccaaagtttcgcaagttacggcaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27066589 tcaccacctacacagcctccgtgaccggaagagaacaatcattcgtaagctacagcgatggtggtaactccggtaaccaaagtttcgcaagttacggcaa 27066490  T
Q  319 agactctattcacgcagttaacggtttcactcagtatgcgaaaaatgctaacgtcttcaaatctgatttctctggatattcagaaaaaggctcaagcgct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27066489 agactctattcacgcagttaacggtttcactcagtatgcgaaaaatgctaacgtcttcaaatctgatttctctggatattcagaaaaaggctcaagcgct 27066390  T
Q  419 gtagatgctttcgtaagctatagcaagaatttgaacaaacctgagaatactttcaagaactatggtaaaggaagttttgctgctcaagagaaattcacca 518  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27066389 gtagatgctttcgtaagctatagtaagaatttgaacaaacctgagaatactttcaagaactatggtaaaggaagttttgctgctcaagagaaattcacca 27066290  T
Q  519 attacagagatggagctggttctggtgatgattctttcacttcgtatggtgagaattcgcagcgcggggtcaaggtggatttcaataactacggtcttaa 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  27066289 attacagagatggagctggttctggtgatgattctttcacttcgtatggtgagaattcgcagcgcggggtcaaggtggatttcaataactacggtcaaaa 27066190  T
Q  619 tccaggttatccaaaatctccaggaagtgaaactttcaaaggctatgctaaaggtgatgat 679  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27066189 tccagattatccaaaatctccaggaagtgaaactttcaaaggctatgctaaaggtgctgat 27066129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University