View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21236_high_12 (Length: 275)

Name: NF21236_high_12
Description: NF21236
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21236_high_12
NF21236_high_12
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (19-262)||(44548016-44548259)
chr8 (94-262)||(44547572-44547740)
chr8 (50-262)||(44547776-44547994)
chr8 (19-232)||(44547560-44547779)
chr8 (19-257)||(44547823-44548061)
chr8 (19-262)||(44547734-44547983)
chr8 (19-262)||(44547416-44547659)
chr8 (50-232)||(44547722-44547916)
chr8 (43-231)||(44547405-44547593)
chr8 (50-232)||(44548004-44548192)
chr8 (37-262)||(44547494-44547725)
chr8 (19-189)||(44547369-44547539)
chr8 (73-262)||(44547938-44548127)
chr8 (173-232)||(44548202-44548261)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 44548259 - 44548016
Alignment:
Q  19 cttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccacccttcctagctcttgagcctgaggatcagccactacccttcctagcttttgagtctgag 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44548259 cttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgagcctgaggaccagccactacccttcctagcttttgagtctgag 44548160  T
Q  119 aaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccaccct 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44548159 aaccagtcaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaaccaccct 44548060  T
Q  219 tcctagctcttgaggttgagcatgtggagcagccaccacccttc 262  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44548059 tcccagctcttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttc 44548016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 94 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 44547740 - 44547572
Alignment:
Q  94 acccttcctagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggtt 193  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  44547740 acccttcctagctcttgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggct 44547641  T
Q  194 gagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcagccaccacccttc 262  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| |||| |||||    
T  44547640 gagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaaccatccttc 44547572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 50 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 44547994 - 44547776
Alignment:
Q  50 cagccaccacccttcctagctcttgagc------ctgaggatcagccactacccttcctagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctaactc 143  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||       ||| ||| |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44547994 cagccaccacccttcctagcttttgaggttgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctagctc 44547895  T
Q  144 ttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgt 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||  ||||| ||     
T  44547894 ttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagcttga 44547795  T
Q  244 ggagcagccaccacccttc 262  Q
    |||  ||| ||||||||||    
T  44547794 ggactagcaaccacccttc 44547776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 44547779 - 44547560
Alignment:
Q  19 cttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccacccttcctagctcttgagcctgaggatcagccactacccttcctagcttttgagtctgag 118  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||  ||||    
T  44547779 cttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgag 44547680  T
Q  119 a------accagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaac 212  Q
           ||| ||||||||| |||||| || |||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44547679 cttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaac 44547580  T
Q  213 cacccttcctagctcttgag 232  Q
    || |||||||||||||||||    
T  44547579 catccttcctagctcttgag 44547560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 44548061 - 44547823
Alignment:
Q  19 cttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccacccttcctagctcttgagcctgaggatcagccactacccttcctagcttttga------g 112  Q
    ||||| ||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||      |    
T  44548061 cttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatctcttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttggg 44547962  T
Q  113 tctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaac 212  Q
    |||| | | |||| |||||| ||| || || ||||| |      |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| || ||| |||| ||    
T  44547961 tctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgagtc------tgagaaccagccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccac 44547868  T
Q  213 cacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcagccaccac 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44547867 cacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccac 44547823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 44547983 - 44547734
Alignment:
Q  19 cttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccacccttcctagctcttgagcctgaggatcagccactacccttcctagcttttgagtctgag 118  Q
    ||||| |||| |||||| || || ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||| | ||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||    
T  44547983 cttcctagcttttgaggttgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctagctcttgaggctgag 44547884  T
Q  119 a------accagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaac 212  Q
           ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| || ||| || ||||||| ||| |||||| |||||  ||||| || |||  ||||||    
T  44547883 cttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaac 44547784  T
Q  213 cacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcagccaccacccttc 262  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| | ||||||||||    
T  44547783 cacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttc 44547734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 44547659 - 44547416
Alignment:
Q  19 cttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccacccttcctagctcttgag------cctgaggatcagccactacccttcctagcttttgag 112  Q
    ||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||      |||| ||| |||| || | ||||||||||| |||||    
T  44547659 cttcctagcttttgaggctgagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgag 44547560  T
Q  113 tctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaac 212  Q
      |||| |||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||||||||||| ||||  |||||      || |||| ||    
T  44547559 catgaggaccagctaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttgatcttgag------gaccagctac 44547466  T
Q  213 cacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcagccaccacccttc 262  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||    
T  44547465 caccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttc 44547416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 50 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 44547916 - 44547722
Alignment:
Q  50 cagccaccacccttcctagctcttgagcctgag------gatcagccactacccttcctagcttttgagtctgagaac------cagccaccaccattcc 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||      || ||||||| ||||||||||||| |||||  |||| |       || |||||||  || |    
T  44547916 cagccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttc 44547817  T
Q  138 taactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 232  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44547816 tagctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttgag 44547722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44547593 - 44547405
Alignment:
Q  43 tgtggagcagccaccacccttcctagctcttgagcctgaggatcagccactacccttcctagcttttgagt------ctgagaaccagccaccaccattc 136  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||| |||||       ||||| | ||  ||||||| |||    
T  44547593 tgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgaggaccagctaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttc 44547494  T
Q  137 ctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttga 231  Q
    ||| |||||||       ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  44547493 ctagctcttgat------cttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttga 44547405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 50 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 44548192 - 44548004
Alignment:
Q  50 cagccaccacccttcctagctcttgagcctgaggatcagccactacccttcctagcttttgagtctgaga------accagccaccaccattcctaactc 143  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||| ||| |||||| || ||||| |||||       ||||||||||||| |||||| ||     
T  44548192 cagccactacccttcctagcttttgagtctgagaaccagtcaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctt 44548093  T
Q  144 ttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 232  Q
    |||||| ||||| || |||  ||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  44548092 ttgaggttgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatctcttgag 44548004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 44547725 - 44547494
Alignment:
Q  37 tgagtttgtggagcagccaccacccttcctagctcttgag------cctgaggatcagccactacccttcctagcttttgagtctgagaac------cag 124  Q
    ||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||      | |||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |       |||    
T  44547725 tgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagcag 44547626  T
Q  125 ccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctag 224  Q
    ||| |||| |||||| || |||||| ||| | || ||| |||| |||| ||||||||||| |||||  ||||      || |||| ||||||||||||||    
T  44547625 ccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgag------gaccagctaccacccttcctag 44547532  T
Q  225 ctcttgaggttgagcatgtggagcagccaccacccttc 262  Q
    ||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||    
T  44547531 ctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttc 44547494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 44547539 - 44547369
Alignment:
Q  19 cttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccacccttcctagctcttgagcctgaggatcagccactacccttcctagct------tttgag 112  Q
    ||||| ||||||||||| ||||  || ||||||  |||||||||||||||||||||| | |||||| |||| || |||||| ||||||       |||||    
T  44547539 cttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaggttgag 44547440  T
Q  113 tctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttga 189  Q
     ||||| ||||||||||||| |||||| ||||      ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  44547439 cctgaggaccagccaccacccttcctagctct------tgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttga 44547369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 73 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 44548127 - 44547938
Alignment:
Q  73 tgagcctgaggatcagccactacccttcctagcttttgagtctgaga------accagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccag 166  Q
    ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||       |  ||| |||||| |||| | ||||||||| ||||| || |||  ||    
T  44548127 tgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaag 44548028  T
Q  167 ccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcagccaccacccttc 262  Q
    ||||||||||||||| || |||||      |||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||    
T  44548027 ccaccacccttcctatctcttgag------cctgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgggtctgtggagcagcaaccacccttc 44547938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 173 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 44548261 - 44548202
Alignment:
Q  173 cccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 232  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  44548261 cccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgag 44548202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University