View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21238_high_1 (Length: 1479)

Name: NF21238_high_1
Description: NF21238
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21238_high_1
NF21238_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-1469)||(26276254-26277715)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (823-982)||(39398737-39398897)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 1395; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 1395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1469
Target Start/End: Complemental strand, 26277715 - 26276254
Alignment:
Q  1 tatacaattgcgccatctaactctcaaagtccaaggaactgcaatgtgttgagagaaagctttcaccaccataagtgagtccgtttcaatccatatgtcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26277715 tatacaattgcgccatctaactctcaaagtccaaggaactgcaatgtgttgagagaaagctttcaccaccataagtgagtccgtttcaatccatatgtcc 26277616  T
Q  101 gaccaattcagctccacagctttctcaattgcaaacatagcggtgcacagctcagctacaaacgcagaggaatgcccaatattcaggacaaaacctgcca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26277615 gaccaattcagctccacagctttctcaattgcaaacatagcggtgcacagctcagctacaaacgcagaggaatgcccaatattcaggacaaaacctgcca 26277516  T
Q  201 aaaaagttccctcccagtcacgaacagccacaccaatagcaccacaagaaggagaacccaaagtggagccatccacattaatttttcgacagcccctgtg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26277515 aaaaagttccctcccagtcacgaacagccacaccaatagcaccacaagaaggagaacccaaagtggagccatccacattaattttccgacagcccctgtg 26277416  T
Q  301 aggaaggatccagaaaaccgaagaggaagaaatctgcctactaggacgaggggccagctggaaaagcgcacctatacgtaagtcaaaactggaagtgttt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26277415 aggaaggatccagaaaaccgaagaggaagaaatctgcctactgggacgaggggccagctggaaaagcgcacctatacgtaagtcaaaactggaagtgttt 26277316  T
Q  401 cttgctccaaacatcatagcagcgctacactttacctcagtcgtaactgtaccaataagctgatacatttaggactctttatcactgaagtacctgcggt 500  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26277315 cttgctccaaacatcatagcagtgctacactttacctcagtcgtaactgtaccaataagctgatacatttaggactctttatcactgaagtacctgcggt 26277216  T
Q  501 ttcgctcaatccaaatctgccatataacatataacatgggagactgcagagatcagaacctgatgagtaaatctgctacccttatcaaagcaactggaca 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26277215 ttcgctcaatccaaatctgccatataacat-------gggagactgcagagatcagaacctgatgagtaaatctgctacccttatcaaagcaactggaca 26277123  T
Q  601 gcagattcacgccactagaattgtccaaatgttgggccacatctttcaaccaactccacaacatccctgtttccgggcagttcaggaagatatgatcaga 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26277122 gcagattcacgccactagaattgtccaaatgttgggccacatctttcaaccaactccacaacatccctgtttccgggcagttcaggaagatatgatcaga 26277023  T
Q  701 ggactccaattggcctttacagaagcagcacctagaaacaatcacgcaccctctcttcaaaggcagatcaaaagctcatcatttccgacctattgtggac 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26277022 ggactccaattggcctttacagaagcagcacctagaaacaatcacgcaccctctcttcaaaggcagatcaaaagctcatcatttccgacctattgtggac 26276923  T
Q  801 agaatcaaagtcaaattggctgtttggaaaggcttgctgttatctataatggggagagtacaacttgtcaattctgtgataaatagtatgttgctgtact 900  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26276922 ataatcaaagtcaaattggctgtttggaaaggcttgctgttatctataatggggagagtacaacttgtcaattctgtgataaatagtatgctgctgtact 26276823  T
Q  901 catttcatgtttatccttggcctgctaatcttttgaagcagttaaccaagatgataaagacctttatttggagcggtgatatcactcaggcaaaaatttg 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26276822 catttcatgtttatccttggcctgctaatcttttgaagcagttaaccaagatgataaagacctttatttggagcggtgatatcactcaggcaaaaatttg 26276723  T
Q  1001 tacggtggcttggagggatttatgtaaaccaaatgaggaaggaagtctatctgttaaggacccaaggttggtcaattcatcctccctgctgcagctttgt 1100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26276722 tacggtggcttggagggatttatgtaaaccaaatgaggaaggaggtctatctgtgaaggacccaaggctggtcaattcatcctccctgctgcagctttgt 26276623  T
Q  1101 tggtctttagtcacttctgacgagcaatggacacaaatgtgtagaacccggtacttaaagaatggaaagcctatcacctacaatagagcgtcttcagttt 1200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26276622 tggtctttagtcacttctgacgagcaatggacacaaatgtgtagaacccggtacttaaagaatggaaagcctatcacctacaatagagcgtcttcatttt 26276523  T
Q  1201 ggtcgggaatgagagtccatctcagaatgattgctgagcaatcctcatggtcaataggtaatgggaacactgtcaacttctggacagataaatggttaga 1300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26276522 ggtcgggaatgatagtccatctcagaatgaatgctgagcaatcctcatggtcaataggtaatgggaacactgtcaacttctggacagacaaatggttaga 26276423  T
Q  1301 acaatctattgtggaatctcttaatatccctctgcacatgcaccctgcccttaacatgaaggtagcagattacattctggatggtaattggaatatcccc 1400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26276422 acaatctattgtggaatctcttaatatccctctgcacatgcaccctgcccttaacatgaaggtagcagattacattctggatggtaattggaatatcccc 26276323  T
Q  1401 atgtatctgatacaaaagtctaaagagttagcaaagcaaattctcacggttaccctctctattgatgat 1469  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26276322 atgtatctgatacaaaagtctaaagagttagcaaagcaaattctcacggttaccctctctattgatgat 26276254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 57; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 823 - 982
Target Start/End: Complemental strand, 39398897 - 39398737
Alignment:
Q  823 tttggaaaggcttgctgttatctataatggggagagtacaacttgtcaattctgtgataaatagtatgttgctgtactcatttcatgtttatccttggcc 922  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||  |||| || || |||||||| ||||| | ||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  39398897 tttggaaaggcttattgttatctataatgggacgagttcagctggtcaattcggtgattagtagtatgttactttactcgtttcatgtttatctttggcc 39398798  T
Q  923 tgctaatcttttgaagc-agttaaccaagatgataaagacctttatttggagcggtgatat 982  Q
    | | |||||| || ||| |  ||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||    
T  39398797 taccaatcttctgcagcaacctaaccaagatgataaagaattttatttagagcggggatat 39398737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University