View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21240_low_1 (Length: 529)

Name: NF21240_low_1
Description: NF21240
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21240_low_1
NF21240_low_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (18-519)||(1092677-1093178)
chr8 (23-154)||(26395976-26396107)
chr8 (18-147)||(26168372-26168501)
chr8 (18-155)||(25224881-25225018)
chr8 (204-306)||(25225067-25225169)
chr8 (204-306)||(26168213-26168315)
chr8 (204-284)||(26395846-26395926)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (22-379)||(29462555-29462910)
chr7 (18-375)||(19890171-19890526)
chr7 (18-354)||(19844333-19844669)
chr7 (24-91)||(19877557-19877624)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (22-375)||(49465271-49465622)
chr4 (18-155)||(8349121-8349258)
chr4 (204-306)||(8348970-8349072)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 1093178 - 1092677
Alignment:
Q  18 acattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1093178 acattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgt 1093079  T
Q  118 tgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtggaat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1093078 tgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtggaat 1092979  T
Q  218 cttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggtttcc 317  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092978 tttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggtttcc 1092879  T
Q  318 tctaattggtttgtgtttttcaccaccatgttgagagggagaaacaacaccagaatagaagtgtattatgactctaacaaagcatggaattactacctat 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092878 tctaattggtttgtgtttttcaccaccatgttgagagggagaaacaacaccagaatggaagtgtattatgactctaacaaagcatggaattactacctat 1092779  T
Q  418 agaattggacaggagagaacattaaaatagactgggcaaagaagaccaatgtattaaaattacacaaatagtaaagaaataaatgtgattgttttgtctc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1092778 agaattggacaggagagaacattaaaatagactgggcaaagaagaccaatgtattaaaattacacaaatagtaaagaaataaatgtgattgttttgtctc 1092679  T
Q  518 tg 519  Q
    ||    
T  1092678 tg 1092677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 23 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 26396107 - 26395976
Alignment:
Q  23 aatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgttgtgt 122  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |  |||||| || ||||||| | ||||||||| | ||| ||||||||||    |||     
T  26396107 aatgggaatttcatgattaatcacttgaaaaaatccccactccttacatgcagttcgaatttgactaattacctcaatacgacgagctggatcaacgtga 26396008  T
Q  123 atgtctttgaggtctatgatgggaatactcaa 154  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  26396007 atgcccttgaggtctatgatgggaacactcaa 26395976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 26168501 - 26168372
Alignment:
Q  18 acattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgt 117  Q
    |||| |||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||| | ||||||  || | ||||||  |||||| || ||||| ||||  ||||       
T  26168501 acatcaatgggaattccatgattaatcacttgaaaaaatccccactccttgcatgcggttcggatttggttaattacttcaacacgacgagagggatcaa 26168402  T
Q  118 tgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaa 147  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26168401 tgtggatgtctttgaggtctatgatgggaa 26168372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 155
Target Start/End: Original strand, 25224881 - 25225018
Alignment:
Q  18 acattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgt 117  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| |  |||||||||||| |||| | ||||||   | ||||||||  |||||| || ||||| ||||  ||||       
T  25224881 acattaattggaattccatgattaatcacttgaaaaaatccctactccttgcatgcggatcgaatttggttaattacttcaacacgacgagaaggatcaa 25224980  T
Q  118 tgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaac 155  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  25224981 tgtggatgtctttgaagtctatgatgggaacactcaac 25225018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 306
Target Start/End: Original strand, 25225067 - 25225169
Alignment:
Q  204 aacatgcgtggaatcttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtgg 303  Q
    |||||||| || ||||| | |||||||  |||||  | |||| | ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||    
T  25225067 aacatgcgcgggatctttgtcaccccacgctccataagacctctaacaccaagtttcgaatcatcaaaagctttcacttcaacatttctatcatatgtgg 25225166  T
Q  304 aat 306  Q
    |||    
T  25225167 aat 25225169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 26168315 - 26168213
Alignment:
Q  204 aacatgcgtggaatcttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtgg 303  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||  |||||  | |||| | ||||| | |||||||||||||||| |||||| |||| | | ||||||||| ||||    
T  26168315 aacatgcgtgggatctttgtcaccccacgctccataagacctcttacaccaagttttgaatcatcaaaaactttcaattcatcatttctatcatatgtgg 26168216  T
Q  304 aat 306  Q
    |||    
T  26168215 aat 26168213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 204 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 26395926 - 26395846
Alignment:
Q  204 aacatgcgtggaatcttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttca 284  Q
    ||||||||||| ||||| |  ||||||  |||||| | |||| | ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  26395926 aacatgcgtgggatctttgttaccccactctccacaagacctcttacaccaacttttgattcttcaaaagctttcacttca 26395846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 22 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 29462910 - 29462555
Alignment:
Q  22 taatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgttgtg 121  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  29462910 taataggaatttcatgattaatcacctgaaaaaatccccactcatggcatgcacttcgaatttggtcaattacctctacacgctgagctggattgatgtg 29462811  T
Q  122 tatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtggaatcttc 221  Q
    ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |  ||| |||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||     
T  29462810 tatatctttgaggtctacgataggaatactcaacttggagtcactagctgtgctttcagagatttccaacttcctagtgtagaacatgcgtggaatcttt 29462711  T
Q  222 gacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggtttcctcta 321  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| | ||| ||||| ||    
T  29462710 gacaccccagaatccaccaaacctttgacaccaacttttgaatcatcaaaagctttaacttcggcttctctatcataagtgaaatcactggattccttta 29462611  T
Q  322 attggtttgtgtttttcaccaccatgttgagagggagaaacaacaccagaatagaagt 379  Q
    ||||||||| |||||  |||||||| |||| |||   |||||||||||||||| ||||    
T  29462610 attggtttgagttttctaccaccatattgatagg--caaacaacaccagaataaaagt 29462555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 19890526 - 19890171
Alignment:
Q  18 acattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgt 117  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||  ||||| ||| |     
T  19890526 acatcaatgggaatatcatgattaattacctgaaaaaatccacccacatgacatgcactttgaatttgttcaattacctcgacacgctgagcttgatcga 19890427  T
Q  118 tgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtggaat 217  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| || || |||||||| |||| |||   ||| |||| ||| || ||||| || ||||| || ||    
T  19890426 tgtgtatatctttgaggtctacgatgggaacactcaatttagaatcactagccgagttttcaccgatatccaacttaccggtatgaaaaatgcgcgggat 19890327  T
Q  218 cttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggtttcc 317  Q
    ||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||  ||||||||| | || ||||||||||||||||||||| | ||||    
T  19890326 ctttgacaccccatgctccaccaaacctctgacaccagcttttgaatcatcaaaatttttcacttctgtttttctatcataagtggaattagtagattcc 19890227  T
Q  318 tctaattggtttgtgtttttcaccaccatgttgagagggagaaacaacaccagaatag 375  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||   ||||||||||| |||||    
T  19890226 tctaactgatttgtgttttttaccaccatattgagagg--aaaacaacaccaaaatag 19890171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 19844669 - 19844333
Alignment:
Q  18 acattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgt 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||| |||||||     
T  19844669 acattgatgggaatttcatgattaatcacctgaaaaaatccccactcatgacatgcacttcgaattttgccaattacctcttcacgcagagttggattga 19844570  T
Q  118 tgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtggaat 217  Q
    ||| |||  |||||||||| |||||||||||| ||||||| || |||| |  ||| | |   |  || |||| | || || ||||||||||  |||| ||    
T  19844569 tgtctatacctttgaggtcaatgatgggaatattcaacttagagtcacaaattgactttgtagcaatgtccaacatctcattatggaacatctgtgggat 19844470  T
Q  218 cttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggtttcc 317  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||| ||      
T  19844469 cttcgacactccggactccaccaaacctctcacaccagcttttgaatcatcaaaagctttcacttcattgtatctatcataagtggaattagtggatttt 19844370  T
Q  318 tctaattggtttgtgtttttcaccaccatgttgagag 354  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  19844369 tctacttggtttgagttttttaccaccatattgagag 19844333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 24 - 91
Target Start/End: Original strand, 19877557 - 19877624
Alignment:
Q  24 atgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaat 91  Q
    ||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||    
T  19877557 atggggatttcatgattaatcacttgaaaaaatccccactcattgcaggctctttgaatctggccaat 19877624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 22 - 375
Target Start/End: Original strand, 49465271 - 49465622
Alignment:
Q  22 taatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgttgtg 121  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  49465271 taatgggaatttcatgattaatcacctgaaaaaatccccactcatggcatgcacttcgaatttgatgaattacatctacacgttgagctggattgttgtg 49465370  T
Q  122 tatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaacttggactcactagctgagtcttcggagatttccatcttcccagtatggaacatgcgtggaatcttc 221  Q
    |||||||||||||||||  || |||| |||||||||||| |||| || ||||| |||   ||| |||| |||||| | |||||| | |||||| |||||     
T  49465371 tatgtctttgaggtctacaatcggaacactcaacttggagtcacaagttgagttttcaccgatgtccaacttcccggcatggaaaaagcgtgggatcttt 49465470  T
Q  222 gacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtggaattagtggtttcctcta 321  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  49465471 gaaaccccagactcaaccaaaccattgacgcctgctcgtgaatcatcaaaagctttcacttcagcttttctatcataagtggaatcagtggcttcctcta 49465570  T
Q  322 attggtttgtgtttttcaccaccatgttgagagggagaaacaacaccagaatag 375  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||    
T  49465571 attgatttgtgttttttaccaccatgttgagaag--gaaacaaaaccagaatag 49465622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 8349258 - 8349121
Alignment:
Q  18 acattaatgggaatttcatgattaattatctgaaaaaatccccactcatggcatgcactttgaatttggccaattacctctacacgtcgagctggattgt 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |  | ||||||||||||||| | ||||||| || ||||||||  |||||| || ||||| ||||  ||||       
T  8349258 acattaatgggaattccatgattaatcactttaaaaaatccccactccttgcatgcagttcgaatttggttaattacttcaacacgacgagaaggataaa 8349159  T
Q  118 tgtgtatgtctttgaggtctatgatgggaatactcaac 155  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  8349158 tgtggatgtctttgagatctatgataggaacactcaac 8349121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 204 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 8349072 - 8348970
Alignment:
Q  204 aacatgcgtggaatcttcgacaccccagactccaccaaacctttgacacctacttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcttctctatcataagtgg 303  Q
    ||||||||||| ||||| |  ||||||  |||||  | |||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  8349072 aacatgcgtgggatctttgttaccccacgctccataagacctctaacaccaagttttgaatcatcaaaagctttcacttcagcatttctatcatatgtgg 8348973  T
Q  304 aat 306  Q
    |||    
T  8348972 aat 8348970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University