View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21242_low_59 (Length: 341)

Name: NF21242_low_59
Description: NF21242
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21242_low_59
NF21242_low_59
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (19-331)||(10687705-10688018)
chr8 (19-331)||(35741722-35742035)
chr8 (19-331)||(18869111-18869424)
chr8 (19-331)||(33036374-33036687)
chr8 (19-331)||(26297715-26298028)
chr8 (19-331)||(26310972-26311285)
chr8 (19-331)||(26401791-26402103)
chr8 (19-331)||(19750977-19751290)
chr8 (19-331)||(16753652-16753965)
chr8 (19-331)||(28894240-28894553)
chr8 (19-331)||(4813618-4813931)
chr8 (19-331)||(25683383-25683696)
chr8 (19-331)||(28331371-28331684)
chr8 (130-302)||(14602864-14603033)
chr8 (67-249)||(33492324-33492506)
chr8 (116-178)||(15948415-15948477)
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (19-331)||(17750-18063)
scaffold0197 (19-331)||(12871-13184)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (19-331)||(21641023-21641336)
chr7 (19-331)||(24264764-24265077)
chr7 (19-331)||(18409990-18410303)
chr7 (19-331)||(12398088-12398401)
chr7 (19-327)||(16881260-16881569)
chr7 (19-331)||(9188586-9188899)
chr7 (19-331)||(21984466-21984775)
chr7 (19-320)||(24273357-24273659)
chr7 (37-331)||(25408890-25409184)
chr7 (19-331)||(7073527-7073840)
chr7 (19-297)||(3321180-3321459)
chr7 (19-331)||(25404133-25404446)
chr7 (21-178)||(30245882-30246040)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (19-331)||(28806163-28806476)
chr5 (19-331)||(31400433-31400746)
chr5 (19-331)||(33769372-33769685)
chr5 (19-331)||(37560034-37560347)
chr5 (19-331)||(27446156-27446469)
chr5 (19-331)||(43593454-43593767)
chr5 (19-331)||(43626248-43626561)
chr5 (19-331)||(28833392-28833705)
chr5 (19-331)||(25451233-25451546)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (19-331)||(18856909-18857222)
chr4 (19-331)||(9227773-9228086)
chr4 (19-331)||(16627433-16627746)
chr4 (19-331)||(5144243-5144556)
chr4 (19-331)||(3791574-3791886)
chr4 (19-237)||(15315887-15316106)
chr4 (107-237)||(16637731-16637861)
chr4 (107-178)||(4568972-4569043)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (19-331)||(19345611-19345924)
chr2 (19-331)||(39484090-39484403)
chr2 (19-331)||(31057291-31057605)
chr2 (19-331)||(17942297-17942610)
chr2 (19-331)||(22713626-22713939)
chr2 (19-331)||(39685723-39686036)
chr2 (19-331)||(2739681-2739994)
chr2 (19-178)||(20051154-20051314)
chr2 (279-331)||(39486648-39486700)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (19-331)||(2675661-2675974)
chr3 (19-327)||(8513427-8513736)
chr3 (19-327)||(32476673-32476982)
chr3 (19-331)||(1307204-1307517)
chr3 (19-331)||(22171749-22172062)
chr3 (20-331)||(16256403-16256715)
chr3 (19-331)||(3326930-3327243)
chr3 (19-320)||(4385827-4386129)
chr3 (19-228)||(9149868-9150069)
chr3 (37-331)||(54191984-54192278)
chr3 (19-331)||(47879281-47879594)
chr3 (37-124)||(6793514-6793601)
chr3 (116-331)||(16460940-16461155)
chr3 (66-169)||(25511862-25511965)
chr3 (19-331)||(10095198-10095511)
chr3 (19-331)||(10202084-10202397)
chr3 (19-178)||(10596140-10596300)
chr3 (107-331)||(10900485-10900709)
chr3 (254-331)||(9149792-9149869)
chr3 (56-96)||(6793477-6793517)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (19-327)||(830-1139)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (19-331)||(14741012-14741325)
chr6 (19-331)||(33334517-33334830)
chr6 (19-331)||(24714126-24714439)
chr6 (19-326)||(24434528-24434836)
chr6 (19-237)||(22345392-22345611)
chr6 (19-331)||(13882215-13882528)
chr6 (19-331)||(35202455-35202768)
chr6 (188-302)||(100554-100668)
chr6 (37-149)||(30516937-30517049)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (19-331)||(41391785-41392098)
chr1 (19-331)||(47702477-47702790)
chr1 (38-331)||(47101448-47101741)
chr1 (19-281)||(13599576-13599839)
chr1 (19-180)||(19360150-19360312)
chr1 (19-331)||(9525204-9525517)
chr1 (19-169)||(2394411-2394562)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (19-281)||(7373-7636)
scaffold0006 (19-69)||(6861-6912)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (25-330)||(33379-33685)
[»] scaffold1257 (1 HSPs)
scaffold1257 (107-237)||(628-758)
[»] scaffold1764 (1 HSPs)
scaffold1764 (107-331)||(195-419)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 10688018 - 10687705
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10688018 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 10687919  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687918 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 10687819  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687818 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 10687719  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  10687718 aaagttcgcctttg 10687705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 35741722 - 35742035
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35741722 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 35741821  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35741822 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 35741921  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35741922 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgcttacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 35742021  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  35742022 aaagttcgcctttg 35742035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 18869424 - 18869111
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  18869424 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccggtct 18869325  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18869324 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggatttaggacattgttgtatg 18869225  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18869224 gacaactttgtgtgatgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 18869125  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  18869124 aaagttcgcctttg 18869111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 33036687 - 33036374
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  33036687 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcatatgctaagtccggtct 33036588  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036587 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 33036488  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036487 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 33036388  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||| ||||    
T  33036387 aaagttcgcatttg 33036374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 26297715 - 26298028
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  26297715 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgccaatgcacaatactcggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataggctaagtccggtct 26297814  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26297815 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcgtagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcgaattgaggacattgttgtatg 26297914  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  26297915 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaatgctccaccacctttttcaaataactaagttgagataaga 26298014  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| |||| |||||    
T  26298015 aaagttcgtctttg 26298028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 26310972 - 26311285
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  26310972 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgccaatgcacaatactcggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataggctaagtccggtct 26311071  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26311072 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcgtagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcgaattgaggacattgttgtatg 26311171  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  26311172 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaatgctccaccacctttttcaaataactaagttgagataaga 26311271  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| |||| |||||    
T  26311272 aaagttcgtctttg 26311285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 26402103 - 26401791
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  26402103 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccgaatttgccataaaccga-tcacaatgctaaccgcataagctaagtccggtct 26402005  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  26402004 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttacatagggagtaccttccataaattgcttctcatccttggattgaggacattgttttatg 26401905  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  26401904 gataactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagttagacattctaaaacgctcaaccaccttcttcaaataactaaattgagataaga 26401805  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||| ||||||    
T  26401804 aaagttcacctttg 26401791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 19751290 - 19750977
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||  | ||    
T  19751290 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccttatttgccataatccgactcacaattctaaccgtataagctaagtcttgtct 19751191  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  19751190 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcaaagggagtacttgccatctcttgcttctcatcctcggattgaggacatagttttatg 19751091  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19751090 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagggtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagacaaga 19750991  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| |||| |||||    
T  19750990 aaagttcgtctttg 19750977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 16753652 - 16753965
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  16753652 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttaacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 16753751  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  16753752 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 16753851  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  ||||||||| ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  16753852 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctaaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 16753951  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  16753952 acaactcacctttg 16753965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 28894553 - 28894240
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  ||||  || || |  |||||||| ||    
T  28894553 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactaattgcgtaggataagtccggtct 28894454  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  28894453 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 28894354  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  28894353 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 28894254  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  28894253 acaactcacctttg 28894240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 4813618 - 4813931
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  4813618 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 4813717  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  4813718 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 4813817  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  4813818 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 4813917  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  4813918 acaactcacctttg 4813931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25683696 - 25683383
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  25683696 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 25683597  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  25683596 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 25683497  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  25683496 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 25683397  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  25683396 acaactcacctttg 25683383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 28331684 - 28331371
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||     ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  28331684 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcatttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 28331585  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || ||||||| |||||| || | |||     
T  28331584 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggatttaggacactgctttata 28331485  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  28331484 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 28331385  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  28331384 acaactcacctttg 28331371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 130 - 302
Target Start/End: Original strand, 14602864 - 14603033
Alignment:
Q  130 tccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatggacaactttgtg 229  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| || | ||||| |     ||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  14602864 tccatacatgatgcttccaacccaacttgtacagggaatatcctccattatcattttctcatgctcggattgagtacattgtttaatggacaactttgtg 14602963  T
Q  230 tggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataac 302  Q
    || | ||| |||| |||||  ||   ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  14602964 tgataacctaagg-agtgccaacc--tttagagtttgacattctaaaatactccaccaccttcttcaagtaac 14603033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 33492506 - 33492324
Alignment:
Q  67 atttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcctactacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcataggga 166  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || || |||||| |||||||||| ||||||  |||||||| ||||| |  |  || ||||    
T  33492506 atttgccataaaccgactcactatgctaaccgcatatgctaaatctggcctaatacaaaccatgccatacccgatgcttctaaccctagctttatgggga 33492407  T
Q  167 gtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatggacaactttgtgtggtgacccaagggagtgct 249  Q
    ||||| ||||||   |  |||| |||||| ||| |||||||||     |  |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  33492406 gtaccatccatcttctttttcttatcctcagatggaggacattacgtaaccgacaactttgtgtgatgacccaaaggagtgct 33492324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 15948477 - 15948415
Alignment:
Q  116 ctactacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatc 178  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||    
T  15948477 ctactacaaaccataacatacatgatgcttccaaaattacttggatagggagtaccttccatc 15948415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 18063 - 17750
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18063 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 17964  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17963 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 17864  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17863 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 17764  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  17763 aaagttcgcctttg 17750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 13184 - 12871
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13184 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 13085  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13084 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 12985  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12984 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaatctctccaccaccttcttcaaatatccaagttgagataaga 12885  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  12884 aaagttcgcctttg 12871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 21641023 - 21641336
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641023 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 21641122  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641123 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 21641222  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641223 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 21641322  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  21641323 aaagttcgcctttg 21641336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 24265077 - 24264764
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24265077 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 24264978  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264977 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 24264878  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264877 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 24264778  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  24264777 aaagttcgcctttg 24264764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 18409990 - 18410303
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  18409990 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataggctaagtccggtct 18410089  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410090 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgtttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 18410189  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18410190 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 18410289  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||||||||||||||    
T  18410290 aaaattcgcctttg 18410303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 12398088 - 12398401
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12398088 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccgaattttccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccggcct 12398187  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12398188 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttttatg 12398287  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12398288 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagttcgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 12398387  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    |||  |||||||||    
T  12398388 aaagatcgcctttg 12398401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 19 - 327
Target Start/End: Original strand, 16881260 - 16881569
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881260 tcaagtacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacacttcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 16881359  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  16881360 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattggggacattgttgtata 16881459  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16881460 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgcttacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccatgttgagataaga 16881559  T
Q  318 aaaattcgcc 327  Q
    ||| ||||||    
T  16881560 aaagttcgcc 16881569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 9188899 - 9188586
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||    
T  9188899 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccagatttgccataaaccgactcacaatgctaaccggataagctaagtccagtct 9188800  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9188799 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtattttccatctcttgcttctcatcctcggattgaggacattgttttatg 9188700  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9188699 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctgaaacgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 9188600  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  9188599 aaagttcgcctttg 9188586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 21984466 - 21984775
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  21984466 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccgaatttgccataaaccgacttacaatgctaaccgcataagctaagtccggtct 21984565  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  21984566 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacaatgttttatg 21984665  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21984666 gacaactttgtgtggtggcccaagggagtgctcacggttttagagtt----attctaaaccgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 21984761  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  21984762 aaagttcgcctttg 21984775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 19 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 24273659 - 24273357
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||  | ||    
T  24273659 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgtcaatgcacaatacccttatttgccataatccgactcacaattctaaccgtataagctaagtcttgtct 24273560  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  24273559 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttttgtg 24273460  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||    
T  24273459 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagttagacattctaaaacgctccaccaccttcttcaagtaaataaattgagataaga 24273360  T
Q  318 aaa 320  Q
    |||    
T  24273359 aaa 24273357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 37 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25409184 - 25408890
Alignment:
Q  37 cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcctactacaaaccattccatac 136  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| |||| |  |  ||||  || || |  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25409184 cttcaaagcttgccaatgcacttgacccggatttgccataaactgacttatcacactaattgcgtaggataagtccggcctactacaaaccataccatac 25409085  T
Q  137 atgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatggacaactttgtgtggtgac 236  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||      ||||| ||||||||||||||||| || | ||| || | ||||||||||||||    
T  25409084 atgatgcttctaaccccacttgcatagggagtaccttccatcttggttttctcttcctcggattgaggacactgctttatagatagctttgtgtggtgac 25408985  T
Q  237 ccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataagaaaaattcgcctttg 331  Q
    | |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||| || || ||||||    
T  25408984 caagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataagaacaactcacctttg 25408890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 7073840 - 7073527
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  7073840 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 7073741  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || ||||||||||||||||| | |||     
T  7073740 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgattttctcttcatcggattgaggacattgctttata 7073641  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || ||||||||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  7073640 gataactttgtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 7073541  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  7073540 acaactcacctttg 7073527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 297
Target Start/End: Original strand, 3321180 - 3321459
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  3321180 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 3321279  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  3321280 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 3321379  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaa 297  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  ||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  3321380 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctaaaccgctccaccactttcctcaa 3321459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25404446 - 25404133
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  25404446 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 25404347  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  25404346 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 25404247  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  25404246 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 25404147  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  25404146 acaactcacctttg 25404133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 21 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 30246040 - 30245882
Alignment:
Q  21 aaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcctac 119  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||| ||||| |  |  ||||   | || |  ||||| |  ||||    
T  30246040 aaatatctcaaaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaatcgacttatcacactaattacgtaggataagtctgttctac 30245941  T
Q  120 tacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatc 178  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30245940 tacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatc 30245882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 28806476 - 28806163
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28806476 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 28806377  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28806376 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 28806277  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28806276 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 28806177  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  28806176 aaagttcgcctttg 28806163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 31400746 - 31400433
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31400746 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 31400647  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31400646 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttttatg 31400547  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31400546 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacagttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 31400447  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  31400446 aaagttcgcctttg 31400433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 33769372 - 33769685
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33769372 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 33769471  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33769472 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 33769571  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33769572 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgcttacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 33769671  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  33769672 aaagttcgcctttg 33769685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 37560347 - 37560034
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37560347 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaactgcataagccaagtccggcct 37560248  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37560247 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 37560148  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37560147 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 37560048  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  37560047 aaagttcgcctttg 37560034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 27446156 - 27446469
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27446156 tcaaatacctcaatacccacttcaaggcttgccaatgcacaattcccgggttcgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccggcct 27446255  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446256 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 27446355  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27446356 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgatataaga 27446455  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  27446456 aaagttcgcctttg 27446469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 43593454 - 43593767
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  43593454 tcaaatacctcaatacccacttcaaggcttgccaatgcacaattcccgggttcgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtctggcct 43593553  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43593554 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 43593653  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43593654 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 43593753  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  43593754 aaagttcgcctttg 43593767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 43626248 - 43626561
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  43626248 tcaaatacctcaatacccacttcaaggcttgccaatgcacaattcccgggttcgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtctggcct 43626347  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43626348 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 43626447  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43626448 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 43626547  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  43626548 aaagttcgcctttg 43626561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 28833392 - 28833705
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  28833392 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccggtct 28833491  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  28833492 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagagagtaccttccatcaattgcttctcatcctcagatcgaggacattgttttatg 28833591  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28833592 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttaaagtttgacattctaaaacgctccacgaccttcttcaaataactaagttgagataaga 28833691  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| |||| |||||    
T  28833692 aaagttcgtctttg 28833705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25451546 - 25451233
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| || ||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||| | ||    
T  25451546 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgtacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccagtct 25451447  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  25451446 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 25451347  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | | | ||||||||||| || |||||||| | |  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  25451346 gatagcatagtgtggtgaccaaaaggagtgctaatgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 25451247  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  25451246 acaactcacctttg 25451233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 18856909 - 18857222
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18856909 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 18857008  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857009 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 18857108  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857109 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 18857208  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  18857209 aaagttcgcctttg 18857222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 9228086 - 9227773
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9228086 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccggcct 9227987  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227986 actacaaaccattccatacatgatgctttcaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 9227887  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227886 gaaaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaatgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 9227787  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| || |||||||    
T  9227786 aaagtttgcctttg 9227773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 16627746 - 16627433
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  16627746 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcgcaatacccggatttttcataaaccgactcacaatgctaaccacataagctaagtccggtct 16627647  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  16627646 acttcaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatccttggattgaggacattgttttatg 16627547  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16627546 gacaactttgtgtggtgtcccaagggagtgctcacggttttagagttagacattctaaaatgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 16627447  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||||||||||||||    
T  16627446 aaaattcgcctttg 16627433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 5144243 - 5144556
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  5144243 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccagatttgccataaaccgacttacaatgctaaccgcataagctaagtctggtct 5144342  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  5144343 actacaaaactttccatacatgatgcttccagccccacttgcacagggagtaccttccatcaattgtttctcatcctcgcattgaggacattgttttatg 5144442  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5144443 gacaactttgtgtggtggcccaagggagtgctcacggttttagagttagacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 5144542  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  5144543 aaagttcgcctttg 5144556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 3791886 - 3791574
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  3791886 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaataccagaatttaccataaaccgactaacaatgctaaccgcataagctaagtccggtct 3791787  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3791786 actacaaactattctatacatgatacttccaaccccacttgcatagg-agtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttttatg 3791688  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3791687 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtactcacagttttagagttagacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 3791588  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  3791587 aaagttcgcctttg 3791574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15316106 - 15315887
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  ||||  || || |  |||||||| ||    
T  15316106 tcaaatatctcagaacccactttaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactaattgcgtaggataagtccggtct 15316007  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  15316006 agtacaaaccataccatacatgatgcttccaaccctacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttatt 15315907  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacc 237  Q
    || | |||||||||||||||    
T  15315906 gatagctttgtgtggtgacc 15315887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 107 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 16637861 - 16637731
Alignment:
Q  107 aagtccggcctactacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggac 206  Q
    |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |   ||||| || ||||||||||||     
T  16637861 aagttcggtctactacaaaccataccatacatgatgcttccaaccctacttgcatagggagtaccctccatcttacttttctcttcatcggattgaggaa 16637762  T
Q  207 attgttgtatggacaactttgtgtggtgacc 237  Q
    | | || ||| |||||||||||||| |||||    
T  16637761 actattttattgacaactttgtgtgatgacc 16637731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 107 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 4569043 - 4568972
Alignment:
Q  107 aagtccggcctactacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatc 178  Q
    |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4569043 aagtccggtctactacaaatcataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccatccatc 4568972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 19345611 - 19345924
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19345611 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 19345710  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19345711 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 19345810  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19345811 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgcttacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 19345910  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  19345911 aaagttcgcctttg 19345924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 39484090 - 39484403
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||    
T  39484090 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgtcaatgcacaatactcggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccgatct 39484189  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39484190 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccgcacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttttatg 39484289  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39484290 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 39484389  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  39484390 aaagttcgcctttg 39484403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 31057291 - 31057605
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  31057291 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccagatttgccataaaacgactcaaaatgctaaccgcataagctaagtccggtct 31057390  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgta-t 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  31057391 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttttatt 31057490  T
Q  217 ggacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataag 316  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  31057491 ggacaactttgtgtggttccccaagggagtgctcacggttttagagttagacattttaaaacgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataat 31057590  T
Q  317 aaaaattcgcctttg 331  Q
    |||| ||||||||||    
T  31057591 aaaagttcgcctttg 31057605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 17942610 - 17942297
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  ||||  || || |  ||||||| |||    
T  17942610 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccaatgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactaattgcgtaggataagtccgacct 17942511  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| ||||||||||||||||| |  | |||     
T  17942510 actacaaaccataccatacataatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcctcggattgaggacactactttata 17942411  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||||||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||| | ||||||||||    
T  17942410 gatagctttgtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccatgctgagataaga 17942311  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  17942310 acaactcacctttg 17942297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 22713626 - 22713939
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  22713626 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 22713725  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  22713726 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 22713825  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  22713826 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 22713925  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  22713926 acaactcacctttg 22713939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 39686036 - 39685723
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  39686036 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 39685937  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  39685936 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 39685837  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  39685836 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 39685737  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  39685736 acaactcacctttg 39685723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 2739994 - 2739681
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||     |||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  ||||| || ||    
T  2739994 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgatccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtctggtct 2739895  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  2739894 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 2739795  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
     | | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  2739794 tatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 2739695  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  2739694 ataactcacctttg 2739681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 178
Target Start/End: Original strand, 20051154 - 20051314
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  ||||  || || |  |||||| | ||    
T  20051154 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactaattgcgtaggataagtccagtct 20051253  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatc 178  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  20051254 actgcaaaccataccatacatgatgcttccaaccccactttcatagggagtaccctccatc 20051314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 279 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 39486700 - 39486648
Alignment:
Q  279 gctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataagaaaaattcgcctttg 331  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  39486700 gctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataagaaaagttcgtctttg 39486648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 2675974 - 2675661
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675974 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 2675875  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675874 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 2675775  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2675774 gacaactttgtgtggtgtcccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaatacccaagttgagataaga 2675675  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  2675674 aaagttcgcctttg 2675661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 19 - 327
Target Start/End: Original strand, 8513427 - 8513736
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8513427 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 8513526  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8513527 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 8513626  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8513627 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccgagttgagataaga 8513726  T
Q  318 aaaattcgcc 327  Q
    ||| ||||||    
T  8513727 aaagttcgcc 8513736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 19 - 327
Target Start/End: Original strand, 32476673 - 32476982
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32476673 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcctggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 32476772  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32476773 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 32476872  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32476873 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccgagttgagataaga 32476972  T
Q  318 aaaattcgcc 327  Q
    ||| ||||||    
T  32476973 aaagttcgcc 32476982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 1307204 - 1307517
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  1307204 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccggattttccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccggtct 1307303  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1307304 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 1307403  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1307404 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 1307503  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  1307504 aaagttcgcctttg 1307517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 22172062 - 22171749
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  22172062 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccagatttgccataaaccgactcacaatgctaatcgcataagctaagtccggcct 22171963  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22171962 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttttcattctcggattgaggacattgttgtatg 22171863  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171862 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 22171763  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | | ||||||||||    
T  22171762 agagttcgcctttg 22171749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 20 - 331
Target Start/End: Original strand, 16256403 - 16256715
Alignment:
Q  20 caaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggccta 118  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||    
T  16256403 caaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccagtcta 16256502  T
Q  119 ctacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatgg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16256503 ctacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattccttctcatcctcggattgaggacattgttttatgg 16256602  T
Q  219 acaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataagaa 318  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  16256603 acaactttgtgtggtgtcccaagggagtgctcacggttttagagttagacattctaaagcactccaccaccttcttcaaataactaaattgagataagaa 16256702  T
Q  319 aaattcgcctttg 331  Q
    || ||||||||||    
T  16256703 aagttcgcctttg 16256715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 3327243 - 3326930
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  3327243 tcaagtacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccggatttgccgtaaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccggtct 3327144  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3327143 actacaaatcattccatacatgatgcttccaacccaacttgcatagggagtaccttccattaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttttatg 3327044  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3327043 gacaactttgtgtggtgccccaagagagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataacaaagttgagataaga 3326944  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | | ||||||||||    
T  3326943 acagttcgcctttg 3326930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 19 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 4386129 - 4385827
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||   |||| || ||    
T  4386129 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccggattttccataaaccgactcacgatgctaaccacataagttgagtctggtct 4386030  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||| |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||   | || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  4386029 actgcaaaccctttcatacatgatgctttcaaccccacttgcatagggagtattttccatcgctttctcctcatcctcggtttgaggacgttgttttatg 4385930  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||  |||||||||||||    
T  4385929 gacaactttgtgtggtgatccaagggagtgctaacggttttagagtttgacactctaaaacgctccaccaacttcttacaataacttagttgagataaga 4385830  T
Q  318 aaa 320  Q
    |||    
T  4385829 aaa 4385827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 9150069 - 9149868
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  || |||||||||||||| ||||| || ||    
T  9150069 tcaaatacctcaacacccacatcaaagcttgccaatgcacaatacccagatttgccataaaccaactca--atactaaccgcataagctaagtctggtct 9149972  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||| |||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||  |||||||     |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9149971 actataaataattccatacatgatgcctccaacaccacttgcataggaagtac--tccatca-----ttctcatcctcggattgaggacattgttttatg 9149879  T
Q  218 gacaactttgt 228  Q
    |||||||||||    
T  9149878 gacaactttgt 9149868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 37 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 54192278 - 54191984
Alignment:
Q  37 cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcctactacaaaccattccatac 136  Q
    ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  54192278 cttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtctactacaaaccataccatac 54192179  T
Q  137 atgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatggacaactttgtgtggtgac 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||| || |||||||||||||| || | ||| || | ||||||||||||||    
T  54192178 atgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttattgatagctttgtgtggtgac 54192079  T
Q  237 ccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataagaaaaattcgcctttg 331  Q
    | |  ||||||||  ||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||| || || ||||||    
T  54192078 caagaggagtgctagcgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataagaacaactcacctttg 54191984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 47879281 - 47879594
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  47879281 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 47879380  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  47879381 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 47879480  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  47879481 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 47879580  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  47879581 acaactcacctttg 47879594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 37 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 6793601 - 6793514
Alignment:
Q  37 cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcctactacaa 124  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||    
T  6793601 cttcaaagcttgtcaatgcacaatacccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgtataagctaagtccggtctactacaa 6793514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 116 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 16461155 - 16460940
Alignment:
Q  116 ctactacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgta 215  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| |||| ||    
T  16461155 ctactacaaaccataccatacatgatgcttccaaacccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgtttta 16461056  T
Q  216 tggacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataa 315  Q
    | || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  ||||||||||    
T  16461055 tagatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgttgagataa 16460956  T
Q  316 gaaaaattcgcctttg 331  Q
    ||| || || ||||||    
T  16460955 gaacaactcacctttg 16460940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 66 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 25511965 - 25511862
Alignment:
Q  66 gatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcctactacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcataggg 165  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25511965 gatttgccataaacagactaacaatgctaaccgcataggaaaagttcggcctactacgaaccatgtcatacatgatgcttccaactccacttgcataggg 25511866  T
Q  166 agta 169  Q
    ||||    
T  25511865 agta 25511862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 10095198 - 10095511
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| || ||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  10095198 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgtacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 10095297  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |      || || || ||||||||||||||||| | |||     
T  10095298 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccaccttgcttttttcttcatcggattgaggacattgctttata 10095397  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  10095398 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 10095497  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  10095498 acaactcacctttg 10095511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 10202084 - 10202397
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| || ||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  10202084 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgtacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 10202183  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      || || || |||||||||||||| || | |||     
T  10202184 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttttcttcatcggattgaggacactgctttata 10202283  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  10202284 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 10202383  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  10202384 acaactcacctttg 10202397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 178
Target Start/End: Original strand, 10596140 - 10596300
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||| ||||||||||||||||||| |  |  ||||  || || |  ||||| || ||    
T  10596140 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccagatttgccataaaccgacttatcacactaattgcgtaggataagtctggtct 10596239  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatc 178  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10596240 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatc 10596300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 107 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 10900709 - 10900485
Alignment:
Q  107 aagtccggcctactacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggac 206  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||      ||||| || ||||||||||| |    
T  10900709 aagtccggtctactacaaaccataccatacatcatgcttccaaccccacttgcattgggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgagggc 10900610  T
Q  207 attgttgtatggacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaag 306  Q
    | || | ||| || | ||||||||||||||| |  |||||||  |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  |    
T  10900609 actgctttatagatagctttgtgtggtgaccaagaggagtgccaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctg 10900510  T
Q  307 ttgagataagaaaaattcgcctttg 331  Q
     ||||||||||| || || ||||||    
T  10900509 ctgagataagaacaactcacctttg 10900485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 254 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 9149869 - 9149792
Alignment:
Q  254 gttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataagaaaaattcgcctttg 331  Q
    |||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||  | | |||||||||||| ||||||||||    
T  9149869 gttttagagtttgacattctaaaatgtctcaccaccttcttcaaataactcaatcgagataagaaaagttcgcctttg 9149792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 56 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 6793517 - 6793477
Alignment:
Q  56 acaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaac 96  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6793517 acaatacccggatttgccataaaccgactcacaatgctaac 6793477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 19 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 1139 - 830
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1139 tcaaatacctcaaaacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 1040  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1039 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 940  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  939 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgcttacggttttagagtttgacattctaaaccgctccaccaccttcttcaaataaccgagttgagataaga 840  T
Q  318 aaaattcgcc 327  Q
    ||| ||||||    
T  839 aaagttcgcc 830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 14741325 - 14741012
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14741325 tcaaatacctcattacccacttcaaagcttgtcaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccggcct 14741226  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14741225 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 14741126  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14741125 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 14741026  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  14741025 aaagttcgcctttg 14741012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 33334830 - 33334517
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33334830 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 33334731  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33334730 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattaaggacattgttgtatg 33334631  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33334630 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgcttacggttttaaagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 33334531  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||| ||||||    
T  33334530 aaagttcccctttg 33334517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 24714126 - 24714439
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||    
T  24714126 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacctgtatttgccataaatcgactcacaatgctaatcggataagctaagtccggtct 24714225  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  24714226 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtactttccatctcttgcttctcaccctcggattgaggacattgttttatg 24714325  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  24714326 gacaactttgtgtggtgctccaagggagtgcacacagttttaaagtttgacattctaaaacactccaccacctttttcaaataactaagttgagataaga 24714425  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||| ||||||    
T  24714426 aaagttcacctttg 24714439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 24434836 - 24434528
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||    
T  24434836 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccgaatttgccataaactgactcacaatgttaaccgcataagcaaagtctggtct 24434737  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||   | ||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  24434736 actacaaaaaattccatacatgatgcttccaaccccactagaataaggagtactttccatctctttcttctcatccttggattgaggacatttttttatg 24434637  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24434636 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaactctcctccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 24434537  T
Q  318 aaaattcgc 326  Q
    ||| |||||    
T  24434536 aaagttcgc 24434528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Original strand, 22345392 - 22345611
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||||||||| | |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  ||||  || || |  ||||| || ||    
T  22345392 tcaaatatctcaaaacccacatcaaagcttgctagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactaattgcgtaggataagtctggtct 22345491  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  22345492 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcttgtttttctcttcatcggattgaggacactgctttatt 22345591  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacc 237  Q
    || ||||||||||| |||||    
T  22345592 gataactttgtgtgatgacc 22345611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 13882528 - 13882215
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  13882528 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 13882429  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  13882428 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 13882329  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  13882328 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 13882229  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  13882228 acaactcacctttg 13882215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 35202455 - 35202768
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  35202455 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 35202554  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  35202555 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 35202654  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  35202655 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 35202754  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  35202755 acaactcacctttg 35202768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 188 - 302
Target Start/End: Original strand, 100554 - 100668
Alignment:
Q  188 tcatcctcggattgaggacattgttgtatggacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccacca 287  Q
    |||||| |||||| ||||||||| |  | ||||||||||||| | | |||||| |||||||| ||   |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  100554 tcatccccggattaaggacattgcttaaaggacaactttgtgcgataacccaaaggagtgctaacaaatttagagtttgacaatctaaaacgctccacca 100653  T
Q  288 ccttcttcaaataac 302  Q
    |||| ||||||||||    
T  100654 ccttattcaaataac 100668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 30517049 - 30516937
Alignment:
Q  37 cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcctactacaaaccattccatac 136  Q
    |||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||| || |||| || ||||||| | |||| || |||||||  ||| ||||||  |  | ||||    
T  30517049 cttcaaagcttgccaatgaataatttccagatttgccatatactgacttactatgctaatcacatatgctaagtccgatctaatacaaattaaacaatac 30516950  T
Q  137 atgatgcttccaa 149  Q
    |||||||||||||    
T  30516949 atgatgcttccaa 30516937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Original strand, 41391785 - 41392098
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||    
T  41391785 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgccaatggacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagttcggtct 41391884  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41391885 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 41391984  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41391985 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 41392084  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| ||||||||||    
T  41392085 aaagttcgcctttg 41392098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 47702790 - 47702477
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  47702790 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgtcaatgcacaatacccgaatttgccataaaccgaatgacaatgctaaccgcataagctaagtccgacct 47702691  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  47702690 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtacctttcatcaattgattctcatccttggattgaggacattgttttatg 47702591  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47702590 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagttagacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataaga 47702491  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    ||| | ||||||||    
T  47702490 aaagtccgcctttg 47702477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 38 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 47101741 - 47101448
Alignment:
Q  38 ttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcctactacaaaccattccataca 137  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  47101741 ttcaaagcttttcaatgtacaatacccggattcgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagttcggtctactacaaaccattccataca 47101642  T
Q  138 tgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatggacaactttgtgtggtgacc 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||    
T  47101641 tgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccctcaattgcttcttatcctcggattgaggacattgttttgtggacaactttgtgtggtgccc 47101542  T
Q  238 caagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataagaaaaattcgcctttg 331  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  47101541 caagggagtgctcacggctttagagtttgacattctaaaatgctccaccaccttcttcaaataactaagttgagataagaaaagttcgtctttg 47101448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 281
Target Start/End: Original strand, 13599576 - 13599839
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  13599576 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccggattcggcataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccggtct 13599675  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13599676 actacaaaccattccatacattatgcttccaaccccacttgcatagggagtacctttcatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttttatg 13599775  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgct 281  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13599776 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagttagacattctaaaacgct 13599839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 19360312 - 19360150
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  19360312 tcaaatacctcaatacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccaaatttaccataaaccgactaacaatgctaaccgcataagctaagtccggtct 19360213  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaa 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19360212 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaa 19360150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 9525517 - 9525204
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  || || |  |||||||| ||    
T  9525517 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacactgattgcgtaggataagtccggtct 9525418  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||| || |||||||||||||| || | |||     
T  9525417 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttgcttttctcttcatcggattgaggacactgctttata 9525318  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataaga 317  Q
    || | ||| ||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||||||||    
T  9525317 gatagcttagtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctgctgagataaga 9525218  T
Q  318 aaaattcgcctttg 331  Q
    | || || ||||||    
T  9525217 acaactcacctttg 9525204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 169
Target Start/End: Original strand, 2394411 - 2394562
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |  |  || |  ||||| |  |||||||| ||    
T  2394411 tcaaatatctcagaacccacttcaaagcttgccagtgcacttgacccggatttgccataaaccgacttatcacacttattgcataggataagtccggtct 2394510  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagta 169  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2394511 actacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagta 2394562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 281
Target Start/End: Original strand, 7373 - 7636
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcct 117  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  7373 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccggattcggcataaaccgactcacaatgctaaccgcataagctaagtccggtct 7472  T
Q  118 actacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7473 actacaaaccattccatacattatgcttccaaccccacttgcatagggagtacctttcatcaattgcttctcatcctcggattgaggacattgttttatg 7572  T
Q  218 gacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgct 281  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7573 gacaactttgtgtggtgccccaagggagtgctcacggttttagagttagacattctaaaacgct 7636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 69
Target Start/End: Original strand, 6861 - 6912
Alignment:
Q  19 tcaaatacctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatt 69  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6861 tcaaatacctcaacacccacttcaaagcttgccaatgcacaatacccggatt 6912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 175; Significance: 3e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 25 - 330
Target Start/End: Original strand, 33379 - 33685
Alignment:
Q  25 acctcaaaaccc-cttcaaagcttgccaatgcacaattcccggatttgccataaaccgactcacaatgctaaccgcataagccaagtccggcctactaca 123  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||  |  ||||| ||||||||    
T  33379 acctcaacacccacttcaaagcttaccaatgcacaatacccggattttcaataatccaactcacaatgctaaccgcataagttatatccggtctactaca 33478  T
Q  124 aaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggacattgttgtatggacaac 223  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  33479 aaccataccatacatgatgcttccaatcccacttgcatagggagtactttccattacttccttctcatcctcggattgaggacattattttatggacaac 33578  T
Q  224 tttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaagttgagataagaaaaatt 323  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||    
T  33579 tttgtgtggtgacccaaggaagtgctaacggttttagagtctgacattcttaaacattccaccaccttcttaaaataacttagttgagataagaaaagtt 33678  T
Q  324 cgccttt 330  Q
    |||||||    
T  33679 cgccttt 33685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1257 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold1257
Description:

Target: scaffold1257; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 107 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 758 - 628
Alignment:
Q  107 aagtccggcctactacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggac 206  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||  ||||| || |||||||||||||    
T  758 aagtccggtctactacaaaccataccatatatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccctccatcttatttttctcttcatcggattgaggac 659  T
Q  207 attgttgtatggacaactttgtgtggtgacc 237  Q
    | || | ||| || | ||||||||| |||||    
T  658 actgctttattgatagctttgtgtgatgacc 628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1764 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold1764
Description:

Target: scaffold1764; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 107 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 419 - 195
Alignment:
Q  107 aagtccggcctactacaaaccattccatacatgatgcttccaaccccacttgcatagggagtaccttccatcaaatgcttctcatcctcggattgaggac 206  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||      ||||| || |||||||||||||    
T  419 aagtccggtctactacaaaccataccatacatgatgcttccaaccccacttgtatagggagtacccttcatcttgcttttctcttcatcggattgaggac 320  T
Q  207 attgttgtatggacaactttgtgtggtgacccaagggagtgctcacggttttagagtttgacattctaaaacgctccaccaccttcttcaaataaccaag 306  Q
    | || | ||| || | ||||||||||||||| |  |||||||| |||  |||||| | |  |||||| || ||||||||||| ||| |||| || ||  |    
T  319 actgctttatagatagctttgtgtggtgaccaagaggagtgctaacgactttagaatctttcattctgaaccgctccaccactttcctcaagtacccctg 220  T
Q  307 ttgagataagaaaaattcgcctttg 331  Q
     ||||||||||| || || ||||||    
T  219 ctgagataagaacaactcacctttg 195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University