View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21245_low_44 (Length: 259)

Name: NF21245_low_44
Description: NF21245
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21245_low_44
NF21245_low_44
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-241)||(6626567-6626807)
chr4 (1-241)||(6647157-6647400)
chr4 (11-240)||(6592997-6593229)
chr4 (1-238)||(6665573-6665810)
chr4 (11-237)||(6769565-6769794)
chr4 (29-238)||(6792472-6792684)
chr4 (54-240)||(6832434-6832620)
chr4 (5-240)||(6748942-6749177)
chr4 (118-236)||(6550296-6550414)
chr4 (30-239)||(6541253-6541465)
chr4 (195-240)||(6811916-6811961)
chr4 (29-105)||(6522404-6522480)
chr4 (187-236)||(6502242-6502291)
chr4 (138-218)||(6503446-6503524)
[»] scaffold0729 (1 HSPs)
scaffold0729 (29-238)||(5945-6157)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 6626567 - 6626807
Alignment:
Q  1 caacacacgtttccactcaagtgcgtcctttccatgcaaaaaccccccaagggctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgccta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6626567 caacacacgtttccactcaagtgcgtcctttccatgcaaaaactccccaagggctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgccta 6626666  T
Q  101 gaaagttcactgaaaccttgaggagttgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttatata 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6626667 gaaagttcactaaaaccttgaggagttgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaatcgattcactttcttccaattgtttcactttatata 6626766  T
Q  201 tatggtcaactccatgctccataagtagatgtctatctctg 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6626767 tatggtcaactccatgctccataagtagatgtctatctctg 6626807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 6647400 - 6647157
Alignment:
Q  1 caacacacgtttccactcaagtgcgtcctttccatgcaaaaaccccccaagggctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgccta 100  Q
    |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||     
T  6647400 caacacacgtttccactcaagtacttcttttccatgcaaaaaacccccaagtgctttaagagcaagaggcaatcccctagaataagcaactaattgtctt 6647301  T
Q  101 gaaagttcactgaaacctt---gaggagttgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttat 197  Q
    ||||||||||  |||||||   ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  6647300 gaaagttcaccaaaaccttctcgagaagttgttgcttggttgaatgcagcccaattaaaaagttcaattgattcactttcatccaattctttcactttat 6647201  T
Q  198 atatatggtcaactccatgctccataagtagatgtctatctctg 241  Q
    |||||||||||||||  |||||| | |||||||| |||||||||    
T  6647200 atatatggtcaactctgtgctccttgagtagatgcctatctctg 6647157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 11 - 240
Target Start/End: Original strand, 6592997 - 6593229
Alignment:
Q  11 ttccactcaagtgcgtcctttccatgcaaaaaccccccaagggctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgcctagaaagttcac 110  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||| ||||||   ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  6592997 ttccacttaagtgcttcctctccattcaaaaagaacccaagttctttaagagcaagaggcaatcccctagaataagcaactagctgtctagaaagttcac 6593096  T
Q  111 tgaaa---ccttgaggagttgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttatatatatggtc 207  Q
    | |||    |||| |||||||||||||||||||||||| |  |||||||||  | ||  ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  6593097 taaaatcttcttgtggagttgttgcttggctgaatgcagctaaattaaaaactttaagtgattcactttcatccaattctttcactctatatatatggtc 6593196  T
Q  208 aactccatgctccataagtagatgtctatctct 240  Q
    || |||||||| | | |||||||||||||||||    
T  6593197 aattccatgcttcttgagtagatgtctatctct 6593229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 6665810 - 6665573
Alignment:
Q  1 caacacacgtttccactcaagtgcgtcctttccatgcaaaaaccccccaagggctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgccta 100  Q
    |||||||| |||||||| |||| | ||  ||||||||||| ||  |||||||  || |||||||||||||||||||  | ||||||||||||  || |||    
T  6665810 caacacacctttccacttaagtacttcacttccatgcaaatacaacccaaggagttcaagagcaagaggcaatcccccacaataagcaactacctgtcta 6665711  T
Q  101 gaaagttcactgaaaccttgaggagttgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttatata 200  Q
    |||||||||   |||||||  ||      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  6665710 gaaagttcagcaaaaccttctggcaaacatgcttggttgaatgcagcccaattaaaaagctcatatgattcactttcttccaattctttcactctatata 6665611  T
Q  201 tatggtcaactccatgctccataagtagatgtctatct 238  Q
     ||||||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  6665610 catggtcaactccatgctccttgagaagatgtctatct 6665573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 11 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 6769794 - 6769565
Alignment:
Q  11 ttccactcaagtgcgtcctttccatgcaaaaaccccccaagggctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgcctagaaagttcac 110  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||   || || || || |||     
T  6769794 ttccactcaagtactttctttccatgcaaaaacctcccaagagctttaagagcaagaggccatcccctagaataagcaactctctgtctggatagatcaa 6769695  T
Q  111 tgaaacctt---gaggagttgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttatatatatggtc 207  Q
      ||| |||   |||||  ||||| ||||||||||||||  ||||| ||||| |||| |||||||||||  ||||  | ||||||| |||| ||||||||    
T  6769694 caaaatcttctggaggacgtgttgtttggctgaatgcactgcaattcaaaagatcaagcgattcacttttatccagctctttcactctataaatatggtc 6769595  T
Q  208 aactccatgctccataagtagatgtctatc 237  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  6769594 aactccatgctccttgagtagatgtctatc 6769565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 6792684 - 6792472
Alignment:
Q  29 tttccatgcaaaaaccccccaagggctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgcctagaaagttcactgaaa---ccttgaggag 125  Q
    |||||||||||||||  ||||||  |||||| | ||||||||| ||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||    |||||||||    
T  6792684 tttccatgcaaaaacttcccaagttctttaacaccaagaggcagtcccccagaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggag 6792585  T
Q  126 ttgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttatatatatggtcaactccatgctccataag 225  Q
     ||||||||||| |||  ||||   ||| |||||||||| |||||||||||| || | || ||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  6792584 ctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcactttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccatgctctttgag 6792485  T
Q  226 tagatgtctatct 238  Q
    |||||||||||||    
T  6792484 tagatgtctatct 6792472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 54 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 6832620 - 6832434
Alignment:
Q  54 ctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgcctagaaagttcactgaaaccttgaggagttgttgcttggctgaatgcaccccaatt 153  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| || |||||||||   ||| ||| |  ||  |||||||| |||||||||||| ||||    
T  6832620 ctttaagagcaagaggcaatcccccagaataagcaactacttgtctcgaaagttcaacaaaatctttaccagaagttgcttgtctgaatgcacccaaatt 6832521  T
Q  154 aaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttatatatatggtcaactccatgctccataagtagatgtctatctct 240  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||   || |||| |||||||||||| | | | |||||||||||||||||    
T  6832520 aaaaagctcaagcgattcactttcgtccagttgtttcactccgtagatatagtcaactccatgtttcttgagtagatgtctatctct 6832434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 5 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 6749177 - 6748942
Alignment:
Q  5 acacgtttccactcaagtgcgtcctttccatgcaaaaaccccccaagggctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgcctagaaa 104  Q
    |||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||| || ||||||||| || |||||||||||||||||||  | ||||||||||||  ||  | ||||    
T  6749177 acacctttccactcaagtacttcccttccatgcaaatactccccaagggattgaagagcaagaggcaatcccccacaataagcaactatctgttttgaaa 6749078  T
Q  105 gttcactgaaaccttgaggagttgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttatatatatg 204  Q
    |||||   |||||||    ||  |||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||  ||||||||||| |||| || ||||||| |||| |||||    
T  6749077 gttcagcaaaaccttcgtaagaagttgcttgcctgaaggcactccaattaaaaagcacaagtgattcactttcgtccagttctttcactctatagatatg 6748978  T
Q  205 gtcaactccatgctccataagtagatgtctatctct 240  Q
    ||||||  ||| |||| | ||||| |||||||||||    
T  6748977 gtcaacaacatactccttgagtagttgtctatctct 6748942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 118 - 236
Target Start/End: Original strand, 6550296 - 6550414
Alignment:
Q  118 ttgaggagttgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttatatatatggtcaactccatgc 217  Q
    |||||||  ||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||    
T  6550296 ttgaggatgtgttgtttgcctgaatgcaccgtaattaaaaagctcaagcgattcacttccgtccaattctttgactctatatatatggtcaaatccatgc 6550395  T
Q  218 tccataagtagatgtctat 236  Q
    ||| | || ||||||||||    
T  6550396 tccttgaggagatgtctat 6550414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 239
Target Start/End: Original strand, 6541253 - 6541465
Alignment:
Q  30 ttccatgcaaaaaccccccaagggctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgcctagaaagttcactgaaa---ccttgaggagt 126  Q
    |||||| |||||||  ||||||  |||  ||||||||||||||||||  ||||| || |||||||| ||||||| ||||||  |||     ||||| | |    
T  6541253 ttccattcaaaaacaacccaagttcttccagagcaagaggcaatccccaagaattagtaactaattccctagaaggttcaccaaaatattgttgagtatt 6541352  T
Q  127 tgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttatatatatggtcaactccatgctccataagt 226  Q
    ||||| | ||||| || |||||||||| |||||  |||  ||||||| ||| | || || ||||||  | |||||||||||||||||||||| | ||||     
T  6541353 tgttggtaggctgtatccaccccaattcaaaagtgcaagagattcacgttcgttcagttctttcacgctgtatatatggtcaactccatgctgcttaagc 6541452  T
Q  227 agatgtctatctc 239  Q
    ||| | |||||||    
T  6541453 agacgcctatctc 6541465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 195 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 6811961 - 6811916
Alignment:
Q  195 tatatatatggtcaactccatgctccataagtagatgtctatctct 240  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  6811961 tatatatatggtccactccatgctccttgagtagatgtctatctct 6811916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 105
Target Start/End: Original strand, 6522404 - 6522480
Alignment:
Q  29 tttccatgcaaaaaccccccaagggctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgcctagaaag 105  Q
    |||||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||  ||||||||  ||||| || ||||||||    
T  6522404 tttccatgcaaaaacgacccaagttcttcaagagcaagaggcaatcccccagaataagtgactaaatgtctagaaag 6522480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 187 - 236
Target Start/End: Original strand, 6502242 - 6502291
Alignment:
Q  187 tttcactttatatatatggtcaactccatgctccataagtagatgtctat 236  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||    
T  6502242 tttcactctatgtatatggtcaactccatgctccttgagcagatgtctat 6502291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 138 - 218
Target Start/End: Original strand, 6503446 - 6503524
Alignment:
Q  138 tgaatgcaccccaattaaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttatatatatggtcaactccatgct 218  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||| |||||||||||| || | || ||||||  | | ||||||||||||||||||||    
T  6503446 tgaatgcacctgaattaaaaagttcaagcgattcactttcgtctagttctttcac--tgtgtatatggtcaactccatgct 6503524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0729 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0729
Description:

Target: scaffold0729; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 238
Target Start/End: Original strand, 5945 - 6157
Alignment:
Q  29 tttccatgcaaaaaccccccaagggctttaagagcaagaggcaatcccttagaataagcaactaattgcctagaaagttcactgaaa---ccttgaggag 125  Q
    |||||||||||||||  ||||||  |||||| | ||||||||| ||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||    |||||||||    
T  5945 tttccatgcaaaaacttcccaagttctttaacaccaagaggcagtcccccagaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggag 6044  T
Q  126 ttgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaaccgattcactttcttccaattgtttcactttatatatatggtcaactccatgctccataag 225  Q
     ||||||||||| |||  ||||   ||| |||||||||| |||||||||||| || | || ||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  6045 ctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcactttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccatgctctttgag 6144  T
Q  226 tagatgtctatct 238  Q
    |||||||||||||    
T  6145 tagatgtctatct 6157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University