View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21245_low_58 (Length: 237)

Name: NF21245_low_58
Description: NF21245
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21245_low_58
NF21245_low_58
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (1-222)||(6626237-6626458)
chr4 (1-210)||(6812267-6812476)
chr4 (7-207)||(6522057-6522257)
chr4 (1-175)||(6647509-6647683)
chr4 (3-208)||(6832778-6832983)
chr4 (1-208)||(6501757-6501964)
chr4 (1-220)||(6665919-6666138)
chr4 (69-209)||(6540908-6541048)
chr4 (44-209)||(6792864-6793029)
chr4 (84-209)||(6592670-6592795)
chr4 (44-209)||(6769956-6770127)
chr4 (13-186)||(6549882-6550055)
chr4 (3-204)||(6749292-6749493)
[»] scaffold0729 (1 HSPs)
scaffold0729 (44-209)||(5600-5765)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 6626458 - 6626237
Alignment:
Q  1 tgtttctttaacgggatggaccaaaattatgtactctgtacaataaataggtcaacacaatgcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagcc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6626458 tgtttctttaacgggatggaccaaaattatgtactccgtacaataaataggtcaacacaatgcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagcc 6626359  T
Q  101 ttttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagtaataagactgatca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6626358 ttttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagtaataagactgatca 6626259  T
Q  201 ggtgagtggcagtgtatataat 222  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  6626258 ggtgagtggcagtgtatgtaat 6626237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 6812267 - 6812476
Alignment:
Q  1 tgtttctttaacgggatggaccaaaattatgtactctgtacaataaataggtcaacacaatgcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagcc 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||  | || ||||||||  || ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6812267 tgtttctttaaagggatggaccaaaatgttgtactccatgcattaaataggcaaatacaatgcgcaagttttcaaataagtctccttgaagacaagagcc 6812366  T
Q  101 ttttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagtaataagactgatca 200  Q
    || || |||||| | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||    
T  6812367 ttgtagccattgataagaataacaagcttgaaatacatgttctgctacaagccatggcaagagatatcattaagagggaatcaagtaatatgtctaatca 6812466  T
Q  201 ggtgagtggc 210  Q
    ||||||||||    
T  6812467 ggtgagtggc 6812476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 7 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 6522257 - 6522057
Alignment:
Q  7 tttaacgggatggaccaaaattatgtactctgtacaataaataggtcaacacaatgcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagccttttaa 106  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||||   ||| |||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  6522257 tttatcgggatgaaccaaaatgatgtactcaaaacattaaatatgtcaacacaatccacaactcttcaaataaatctccttgaagacaagagccttgtaa 6522158  T
Q  107 ccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagtaataagactgatcaggtgag 206  Q
    |||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6522157 ccattgatgagaataacaggcttcaaatgcatgttcttctacaagccatggcaagagatatcattacgagggaatcaagtaataagactaatcaggtgag 6522058  T
Q  207 t 207  Q
    |    
T  6522057 t 6522057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 175
Target Start/End: Original strand, 6647509 - 6647683
Alignment:
Q  1 tgtttctttaacgggatggaccaaaattatgtactctgtacaataaataggtcaacacaatgcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagcc 100  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| ||||||||  |||  |||||||||||||||| ||| |   ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6647509 tgtttctttaataggatggaccaaaatgatgtactccataccttaaataggtcaacacagtgctcagctcttctaataagtctccttgaagacaagagcc 6647608  T
Q  101 ttttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaaga 175  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  6647609 ttgtaaccattgatgagaataacaagcttgaaatgcatggtcttctacaagccatggcaagagatatcattaaga 6647683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 3 - 208
Target Start/End: Original strand, 6832778 - 6832983
Alignment:
Q  3 tttctttaacgggatggaccaaaattatgtactctgtacaataaataggtcaacacaatgcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagcctt 102  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  6832778 tttctttatcgggatgaaccaaaatgatgtactcgaaacattaaataggtcaacacaatgcacagatcttcaaataagtctccttcaagacaagagcttt 6832877  T
Q  103 ttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagtaataagactgatcagg 202  Q
     ||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||| | |||||||| ||| |||||| |||  |||||||||||||||| |||||||    
T  6832878 gtaaccatcgatgagaataacaatcttcaaatgcatgttttgctacaatccatggcaagagatgtcattaggaggaaatcaagtaataagaccgatcagg 6832977  T
Q  203 tgagtg 208  Q
    ||||||    
T  6832978 tgagtg 6832983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 6501964 - 6501757
Alignment:
Q  1 tgtttctttaacgggatggaccaaaattatgtactctgtacaataaataggtcaacacaatgcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagcc 100  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||| |||||||    ||| |||||||||||| |||| || | | ||||||||||| |  |||||||||||| |||     
T  6501964 tgtttctttatcgggatgagccaaaatgatgtacttcaaacattaaataggtcaatacaacgcgcaactcttcaaataaattgccttgaagacaaaagct 6501865  T
Q  101 ttttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagtaataagactgatca 200  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||    
T  6501864 ttgtaaccattgatgagaataacaagcttcaaatgcatgttctgctacaagccatggcaagagatatcattaacagagaatcaagtaataagaccaatca 6501765  T
Q  201 ggtgagtg 208  Q
    ||||||||    
T  6501764 ggtgagtg 6501757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 6665919 - 6666138
Alignment:
Q  1 tgtttctttaacgggatggaccaaaattatgtactctgtacaataaataggtcaacacaatgcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagcc 100  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||    ||| |||| | |||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6665919 tgtttccttatcgggatgaaccaaaatgatgtactacaaacattaaacatgtcaatgcaatgcacaactcttcaaataagtctccttgaagacaagagct 6666018  T
Q  101 ttttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagtaataagactgatca 200  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||||| |||||||| |||||| |||  ||  |||||||||| |||||||||||    
T  6666019 ttgtaaccattgatgagaataacaagcttcaaatgcatgttatgcaacaagccatggcaagagatatcgttacaaggcaatcaagtaagaagactgatca 6666118  T
Q  201 ggtgagtggcagtgtatata 220  Q
    | ||||||| ||| ||||||    
T  6666119 gatgagtggtagtatatata 6666138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 69 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 6541048 - 6540908
Alignment:
Q  69 tcttcaaataagtctccttgaagacaagagccttttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatc 168  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| || ||||||||| | |||||||||| |||||||| | |||     
T  6541048 tcttcaaataagtctccttgaagacaagagccttataaccattgatgaggataacaagattcaaatgcatgttatgctacaagccatggcaagaggtata 6540949  T
Q  169 attaagagagaatcaagtaataagactgatcaggtgagtgg 209  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  6540948 attaagagagaatcaagtcaaaagaccgatcaggtgagtgg 6540908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 44 - 209
Target Start/End: Original strand, 6792864 - 6793029
Alignment:
Q  44 taaataggtcaacacaat--gcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagccttttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggt 141  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||  ||||||||||| |  ||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  6792864 taaataggtcaacacaatctgcagca--cttcaaataaggcgtcttgaagacaagagctttctaaccattgatgagaataacaagcttggaatgcatgtt 6792961  T
Q  142 ctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagtaataagactgatcaggtgagtgg 209  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||  |||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  6792962 ctgctacaagccatggcaagagacatcattaagaaggaatcaagaaataagacagataaggtgagtgg 6793029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 84 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 6592795 - 6592670
Alignment:
Q  84 ccttgaagacaagagccttttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatca 183  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||    
T  6592795 ccttgaagacaagagctttctaaccattgacgagaataacaagcttggaattcatgttctgctacaagccatggcgagagatatcattaaaagaaaatca 6592696  T
Q  184 agtaataagactgatcaggtgagtgg 209  Q
    || ||||| |||||||||||||||||    
T  6592695 agcaataacactgatcaggtgagtgg 6592670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 44 - 209
Target Start/End: Original strand, 6769956 - 6770127
Alignment:
Q  44 taaataggtcaacacaatgcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaaga------gccttttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgca 137  Q
    |||||| ||||||||||| | |   |||||||||| |||| |||||||||||||      ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  6769956 taaataagtcaacacaatacgcagctcttcaaatatgtctgcttgaagacaagatctagagccttgtaaccattgatgagaataacaagattgaaatgaa 6770055  T
Q  138 tggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagtaataagactgatcaggtgagtgg 209  Q
    || | |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  6770056 tgttttgctacaagccatggcaaggtatatcactaagaggcaatcaagtaatttgcctgatcaggtgagtgg 6770127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 13 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 6550055 - 6549882
Alignment:
Q  13 gggatggaccaaaattatgtactctgtacaataaataggtcaacacaatgcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagccttttaaccattg 112  Q
    |||||| |||||||| ||||||||   ||| | |||||||||||||||||  |   ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  6550055 gggatgaaccaaaatgatgtactccaaacattgaataggtcaacacaatgtgcagctcttcaaataaatctcctcgaagacaagagctttttaactattg 6549956  T
Q  113 gtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagt 186  Q
     | |||| ||||| ||||||||||| |   |||||||||| |||||||  ||||| |||||||| ||| |||||    
T  6549955 ataagaaaaacaaccttgaaatgcaagtcgtgctacaagccatggcaaaagatattattaagagtgaaacaagt 6549882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 3 - 204
Target Start/End: Original strand, 6749292 - 6749493
Alignment:
Q  3 tttctttaacgggatggaccaaaattatgtactctgtacaataaataggtcaacacaatgcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagcctt 102  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||||| ||| |||    || ||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6749292 tttctctaatgggatggacaaaaattttgtgctccaatcattaaatagctcaacacaatacacaactcttcaaataagtctccttgaagacaagagcttt 6749391  T
Q  103 ttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggtctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagtaataagactgatcagg 202  Q
     |||| || | ||| || |||||  || |||||  ||   | |||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||  ||||||  |||||||||    
T  6749392 gtaacaatagatgacaaaaacaaaattcaaatgtctgtagttctacaagccatggcaagagatatcattaagatggaatcacataataattctgatcagg 6749491  T
Q  203 tg 204  Q
    ||    
T  6749492 tg 6749493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0729 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0729
Description:

Target: scaffold0729; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 44 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 5765 - 5600
Alignment:
Q  44 taaataggtcaacacaat--gcaccagtcttcaaataagtctccttgaagacaagagccttttaaccattggtgagaataacaagcttgaaatgcatggt 141  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||  ||||||||||| |  ||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  5765 taaataggtcaacacaatctgcagca--cttcaaataaggcgtcttgaagacaagagctttctaaccattgatgagaataacaagcttggaatgcatgtt 5668  T
Q  142 ctgctacaagcgatggcaagggatatcattaagagagaatcaagtaataagactgatcaggtgagtgg 209  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||  |||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  5667 ctgctacaagccatggcaagagacatcattaagaaggaatcaagaaataagacagataaggtgagtgg 5600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University