View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21248_low_5 (Length: 589)

Name: NF21248_low_5
Description: NF21248
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21248_low_5
NF21248_low_5
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (5-574)||(42492005-42492567)
chr4 (4-534)||(52364618-52365132)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (5-574)||(9935611-9936171)
chr5 (5-530)||(6696157-6696671)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (4-574)||(39345315-39345872)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (278-422)||(21936339-21936483)
chr2 (33-234)||(21935843-21936034)
chr2 (254-286)||(21936048-21936080)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 42492567 - 42492005
Alignment:
Q  5 aatgaatgatgtaattccaattttacccgtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaactgggaaaagaaaattctactaaagaaacattc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||    
T  42492567 aatgaatgatgtaattccaattttacccgtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaactggaataagaaaattctac-aaagaaacattc 42492469  T
Q  105 aaggaaatcaatcagcaagtaaccacatgtaaatgatgtcaat-cgatcctttctgcattattatttttatgcatatgctttacgaaaatggagcctagt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42492468 aaggaaatcaatcagcaagtaaccacatgtaaatgatgtcaatacgatcctttctgcattattatttttatgcatatgctttacgaaaatggagcctagt 42492369  T
Q  204 ccatgtagacaataaagcaacttatacgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaagaacttatacgtactctattatttatacactggtgatgcaatt 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42492368 ccatgtagacaataaagcaacttattcgtaa-------ttatttttttttgggtcaagaacttatacgtactctattatttatacactagtgatgcaatt 42492276  T
Q  304 gctgttagtattagacagttttcaatcactttattgtctcattaactaacattaattcaacaatataagggatcctcatcatttcagtatcttagtatgt 403  Q
    ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42492275 gcatttagtattagagagttttcaatcactttattgtctcattaactaacattaattcaacaatataagggatcctcatcatttcagtatcttagtatgt 42492176  T
Q  404 tacgatggtgaaattaaagggtaataatgggttttcatttcatctcatgggtttatggttaccgggaataaagttttcccaaccccatctcatgggaata 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42492175 tacgatggtgaaattaaagggtaataatgggttttcatttcatctcatgggtttatggttaccgggaataaagttttcccaaccccatctcatgggaata 42492076  T
Q  504 aaattgaggagaacgtgggtaaacatgggtgnnnnnnngttcccgggaattatttattcctgggcttattt 574  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  42492075 aaattgaggagaacgtgggtaaacatgggtgtttttttgttcctgggaattatttattcctgagcttattt 42492005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 534
Target Start/End: Original strand, 52364618 - 52365132
Alignment:
Q  4 aaatgaatgatgtaattccaattttacccgtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaactgggaaaagaaaattctactaaagaaacatt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  52364618 aaatgaatgatgtaattccaattttacccgtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaactggaaaaagaaaattctac-aaagaagcatt 52364716  T
Q  104 caaggaaatcaatcagcaagtaaccacatgtaaatgatgtcaatc-gatcctttctgcattattatttttatgcatatgctttacgaaaatggagcctag 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52364717 caaggaaatcaatcagcaagtaaccacatgtaaatgatgtcaatccgatcctttctgcattattatttttatgcatatgctttacgaaaatggagcctag 52364816  T
Q  203 tccatgtagacaataaagcaacttatacgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaagaacttatacgtactctattatttatacactggtgatgcaat 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  52364817 tccatgtagacaataaagcaacttatacgtaa--------tttttttttttgggtcaagaacttatacgtactctattatttatacaccggtgatgcaat 52364908  T
Q  303 tgctgttagtattagacagttttcaatcactttattgtctcattaactaacattaattcaacaatataagggatcctcatcatttcagtatcttagtatg 402  Q
    |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||        ||| ||    
T  52364909 tgcatttagtattagagagttttcaatcactttattgactcattaactaacattaattcaacaatataagggattctcatcatttc--------agtttg 52365000  T
Q  403 ttacgatggtgaaattaaagggtaataatgggttttcatttcatctcatgggtttatggttaccgggaataaagttttcccaaccccatctcatgggaat 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  52365001 ttacgatggtgaaattaaagggtaataatgggttttcatttcatctcatgggtttatggttaccgggaataaagttttcccaaccccatctcataggaat 52365100  T
Q  503 aaaattgaggagaacgtgggtaaacatgggtg 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52365101 aaaattgaggagaacgtgggtaaacatgggtg 52365132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 574
Target Start/End: Original strand, 9935611 - 9936171
Alignment:
Q  5 aatgaatgatgtaattccaattttacccgtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaactgggaaaagaaaattctactaaagaaacattc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||    
T  9935611 aatgaatgatgtaattccaattttacccgtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaactggaataagaaaattctac-aaagaaacattc 9935709  T
Q  105 aaggaaatcaatcagcaagtaaccacatgtaaatgatgtcaat-cgatcctttctgcattattatttttatgcatatgctttacgaaaatggagcctagt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9935710 aaggaaatcaatcagcaagtaaccacatgtaaatgatgtcaatacgatcctttctgcattattatttttatgcatatgctttacgaaaatggagcctagt 9935809  T
Q  204 ccatgtagacaataaagcaacttatacgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaagaacttatacgtactctattatttatacactggtgatgcaatt 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9935810 ccatgtagacaataaagcaacttattcgtaa--------tttttttttttgggtcaagaacttatacgtactctattatttatacactagtgatgcaatt 9935901  T
Q  304 gctgttagtattagacagttttcaatcactttattgtctcattaactaacattaattcaacaatataagggatcctcatcatttcagtatcttagtatgt 403  Q
    ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9935902 gcatttagtattagagagttttcaatcactttattgtctcattaactaacattaattcaacaatataagggatcctcatcatttcagtatcttagtatgt 9936001  T
Q  404 tacgatggtgaaattaaagggtaataatgggttttcatttcatctcatgggtttatggttaccgggaataaagttttcccaaccccatctcatgggaata 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9936002 tacgatggtgaaattaaagggtaatcatgggttttcatttcatctcatgggtttatggttaccgggaataaagttttcccaaccccatctcatgggaata 9936101  T
Q  504 aaattgaggagaacgtgggtaaacatgggtgnnnnnnngttcccgggaattatttattcctgggcttattt 574  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||        |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  9936102 aaattgaggagaacgtgggtaaacatgggtgttttttt-ttcctgggaattatttattcctgagcttattt 9936171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 6696671 - 6696157
Alignment:
Q  5 aatgaatgatgtaattccaattttacccgtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaactgggaaaagaaaattctactaaagaaacattc 104  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||    
T  6696671 aatgaatgatgtaattccaat---acccgtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaactggaataagaaaattctac-aaagaaacattc 6696576  T
Q  105 aaggaaatcaatcagcaagtaaccacatgtaaatgatgtcaat-cgatcctttctgcattattatttttatgcatatgctttacgaaaatggagcctagt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6696575 aaggaaatcaatcagcaagtaaccacatgtaaatgatgtcaatacgatcctttctgcattattatttttatgcatatgctttacgaaaatggagcctagt 6696476  T
Q  204 ccatgtagacaataaagcaacttatacgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaagaacttatacgtactctattatttatacactggtgatgcaatt 303  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  6696475 ccatgtagacaataaaacaacttattcgtaa--------tttttttttttgggtcaagaacttatacgtactctattatttatacagtagtgatgcaatt 6696384  T
Q  304 gctgttagtattagacagttttcaatcactttattgtctcattaactaacattaattcaacaatataagggatcctcatcatttcagtatcttagtatgt 403  Q
    ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6696383 gcatttagtattagagagttttcaatcactttattgtctcattaactaacattaattcaacaatataagggatcctcatcatttcagtatcttagtatgt 6696284  T
Q  404 tacgatggtgaaattaaagggtaataatgggttttcatttcatctcatgggtttatggttaccgggaataaagttttcccaaccccatctcatgggaata 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6696283 tacgatggtgaaattaaagggtaataatgggttttcatttcatctcatgggtttatggttaccgggaataaagttttcccaaccccatctcatgggaata 6696184  T
Q  504 aaattgaggagaacgtgggtaaacatg 530  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  6696183 aaattgaggagaacgtgggtaaacatg 6696157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 39345872 - 39345315
Alignment:
Q  4 aaatgaatgatgtaattccaattttacccgtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaactgggaaaagaaaattctactaaagaaacatt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  39345872 aaatgaatgatgtaattccaattttacccgtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaactggaaaaagaaaattctac-aaagaagcatt 39345774  T
Q  104 caaggaaatcaatcagcaagtaaccacatgtaaatgatgtcaat-cgatcctttctgcattattatttttatgcatatgctttacgaaaatggagcctag 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39345773 caaggaaatcaatcagcaagtaaccacatgtaaatgatgtcaatccgatcctttctgcattgttatttttatgcatatgctttacgaaaatggagtctag 39345674  T
Q  203 tccatgtagacaataaagcaacttatacgtaacnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaagaacttatacgtactctattatttatacactggtgatgcaat 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39345673 tccatgtagacaataaagcaacttatacgtaa-----ttttttttttttttgggtcaagaacttatacgtactctattatttatacactggtgatgcaat 39345579  T
Q  303 tgctgttagtattagacagttttcaatcactttattgtctcattaactaacattaattcaacaatataagggatcctcatcatttcagtatcttagtatg 402  Q
    |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||    
T  39345578 tgcatttagtattagagagttttcaatcactttattgactcattaactaacattaattcaacaatataagggatcctcatcatttc--------agtttg 39345487  T
Q  403 ttacgatggtgaaattaaagggtaataatgggttttcatttcatctcatgggtttatggttaccgggaataaagttttcccaaccccatctcatgggaat 502  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39345486 ttacgatggtgaaataaaagggtaataatggattttcatttcatctcatgggtttatggttaccgggaataaagttttcccaaccccatctcatgggaat 39345387  T
Q  503 aaaattgaggagaacgtgggtaaacatgggtgnnnnnnngttcccgggaattatttattcctgggcttattt 574  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |       |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  39345386 aaaattgaggagaacgtgggtaaacatgggcgtttttttgttcctaggaattatttattcctgggcttattt 39345315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 106; Significance: 9e-53; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 278 - 422
Target Start/End: Original strand, 21936339 - 21936483
Alignment:
Q  278 attatttatacactggtgatgcaattgctgttagtattagacagttttcaatcactttattgtctcattaactaacattaattcaacaatataagggatc 377  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  21936339 attatttatatactggtgatgcaattgcatttagtattagagagttttcaatcactttattgtctcattaactaaccataattcaacaatataa-ggatc 21936437  T
Q  378 ctcatcatttcagtatcttag-tatgttacgatggtgaaattaaag 422  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21936438 ctcatcatttcagtatcttagttatgttacgatggtgaaattaaag 21936483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 33 - 234
Target Start/End: Original strand, 21935843 - 21936034
Alignment:
Q  33 gtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaactgggaaaagaaaattctactaaagaaacattcaaggaaatcaatcagcaagtaaccacat 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||              |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  21935843 gtttaataagaaatagaaaaccaactaattaaacatgaa-tcggaaaa--------------agaaacattca--gaaatcaatcagcaagtaaccacat 21935925  T
Q  133 gtaaatgatgtcaatc-------gatcctttctgcattattatttttatgcatatgctttacgaaaatggagcctagtccatgtagacaataaagcaact 225  Q
    ||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  21935926 gtaaatgatgtcaatccgaatccgatcctttctgcattattatttttatgcatatgctttacgaaaatggagcgtagttcatgtagacaataaagcaact 21936025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 254 - 286
Target Start/End: Original strand, 21936048 - 21936080
Alignment:
Q  254 gggtcaagaacttatacgtactctattatttat 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21936048 gggtcaagaacttatacgtactctattatttat 21936080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University