View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21256_low_12 (Length: 392)

Name: NF21256_low_12
Description: NF21256
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21256_low_12
NF21256_low_12
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (16-376)||(2330522-2330882)
chr7 (16-376)||(2338378-2338738)
chr7 (16-373)||(2321908-2322265)
chr7 (16-367)||(3954370-3954721)
chr7 (16-367)||(1556618-1556969)
chr7 (20-367)||(1089253-1089600)
chr7 (20-367)||(1604980-1605327)
chr7 (21-357)||(1597007-1597343)
chr7 (20-367)||(1540573-1540920)
chr7 (20-367)||(1106593-1106940)
chr7 (41-367)||(1563874-1564200)
chr7 (133-355)||(2326313-2326537)
chr7 (20-376)||(1549789-1550145)
chr7 (16-356)||(3853230-3853570)
chr7 (93-367)||(2335141-2335419)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (26-360)||(18738460-18738794)
chr8 (26-360)||(18743424-18743758)
chr8 (20-360)||(18748391-18748731)
chr8 (20-287)||(18722812-18723079)
[»] scaffold0491 (1 HSPs)
scaffold0491 (20-360)||(5232-5572)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 16 - 376
Target Start/End: Original strand, 2330522 - 2330882
Alignment:
Q  16 tggttgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagtt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330522 tggttgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagtt 2330621  T
Q  116 agcatcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgta 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2330622 agcatcgactcaagggatgaaattatgtgaagtattagaccaacgtctcccacttccaaataatgtaaaggttttactggacataattcgtgttgccgta 2330721  T
Q  216 gtagcatttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  2330722 gtagcatttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtcatagagcttgcaccactaaacattccgt 2330821  T
Q  316 tgagtgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaagaattattgcatattgt 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  2330822 tgagtgaaatttcagtgcagcaactcatgagtcatgaactcaaagcattattgcatattgt 2330882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 16 - 376
Target Start/End: Original strand, 2338378 - 2338738
Alignment:
Q  16 tggttgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagtt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  2338378 tggttgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagtagtggcacttgaaactttaatgggaagacaccctggtgatatactatcatagcttcagtt 2338477  T
Q  116 agcatcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2338478 agcatcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgta 2338577  T
Q  216 gtagcatttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||    
T  2338578 gtagcatttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtcccagagattgcaccattaaactttctgt 2338677  T
Q  316 tgagtgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaagaattattgcatattgt 376  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  2338678 tgggtgaaatttcagtgcagcaactcatgagtcaagaattcaaagcattattccatattgt 2338738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 16 - 373
Target Start/End: Original strand, 2321908 - 2322265
Alignment:
Q  16 tggttgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagtt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321908 tggttgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagctttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagtt 2322007  T
Q  116 agcatcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgta 215  Q
    |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  2322008 agcatcaactcaaggcattaagttatgtgaagtattagaccaacgtcttctacttccgaataatgtgatggttttacttgacataattcgtgttgccaca 2322107  T
Q  216 gtagcatttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgt 315  Q
     |||||||||  |||||||||||||| |||| | |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||  |   || ||| ||||||||| |||||| |    
T  2322108 atagcatttgcttgcttaaatctcaatcctttctctcgaccaacaatgaaatgtgcgtcacagagtttttccactgaacttacaccattaagcattcctt 2322207  T
Q  316 tgagtgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaagaattattgcatat 373  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||| |||||| |||||    
T  2322208 tgagtgaaatttctgtgcagcaactgatgagtcaagaattaaaagcattatttcatat 2322265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 16 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 3954721 - 3954370
Alignment:
Q  16 tggttgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagtt 115  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| || |  || ||| ||||||||||||| ||    
T  3954721 tggttgtaagtgaaaaatgtgatgtatatagttttggagtagtggcacttgaaattttagtgggaagatatcccgaggaaatattgtcatcacttcaatt 3954622  T
Q  116 agcatcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgta 215  Q
    | |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||    
T  3954621 aacatcaactcaagacatcaaattatgtgaagtattagaccaacgtctcccacttccaaatgatgtgaaagttttacttgacataattcatgttgttgta 3954522  T
Q  216 gtagcatttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgt 315  Q
    ||||||| || |||||||||||  || |||| | || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||  |   ||| || ||||||||| |||||| |    
T  3954521 gtagcatctgcatgcttaaatccaaatccttcctctagaccaacaatgaaaagtgtgtcacaaagtttttccattgaggttacaccattaagcattcctt 3954422  T
Q  316 tgagtgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaagaattatt 367  Q
    |||| |||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||| ||||||    
T  3954421 tgagagaaatttcagtgaagcaactcgtgaatcaagaactcaaagcattatt 3954370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 1556969 - 1556618
Alignment:
Q  16 tggttgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagtt 115  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||  | ||||| ||| ||||||||||||||||||     
T  1556969 tggttgtgaatgaaaagtgtgatgcatatagttttggtgttgtagcacttgaaactttagttggaaggcatcctggagatttactgtcatcacttcagtc 1556870  T
Q  116 agcatcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgta 215  Q
    | ||||||| | | |  | ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  ||| ||| ||||||||||| ||||| |||     
T  1556869 aacatcgacacgaagtgtcaaactatgtcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataatgacatagttatacgtgacataattcatgttgtcgtg 1556770  T
Q  216 gtagcatttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgt 315  Q
    || ||||||| |||||||||| |||| |||    |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||   || ||| ||||||||| |||||| |    
T  1556769 gttgcatttgcatgcttaaatatcaatcctcattctcgaccaacaatgaaacgtgtgtcacaaagttttgtcactgaacttacaccattaagcattcctt 1556670  T
Q  316 tgagtgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaagaattatt 367  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||    
T  1556669 tgagtgaaatttcagtgcaacaactaatgagtgaagaactcaatgcattatt 1556618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 20 - 367
Target Start/End: Original strand, 1089253 - 1089600
Alignment:
Q  20 tgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagca 119  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||  ||||||  |||||| ||||||| ||||| | | ||    
T  1089253 tgtgagtgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagttggaaggcaccctgaagatatattgtcatcccttcaatcaaca 1089352  T
Q  120 tcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtag 219  Q
    ||||| ||| | || ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |  |  | | | | ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  1089353 tcgacacaaagtatcaaattatgtcaagtattagaccaacgtcttccacttccaagtaaagaaatagctatccatgacataattcatgttgccgtggtag 1089452  T
Q  220 catttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttgag 319  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| |  |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |   |||||  |||||||||  | ||| |||||    
T  1089453 catttgcatgcttaaatctcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaacgtgtgtcacaaagttttgccactgagctgacaccattaagaactcctttgag 1089552  T
Q  320 tgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaagaattatt 367  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  1089553 tgaaatttcaatgcagcaactcttgagtcaagaactcaaagcattatt 1089600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 20 - 367
Target Start/End: Original strand, 1604980 - 1605327
Alignment:
Q  20 tgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagca 119  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| | |||||  ||||||  |||||| ||||||||||||| | |       
T  1604980 tgtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaagctttagttggaaggcaccctgaggatatattgtcatcacttcaatcaaat 1605079  T
Q  120 tcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatg-tgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagta 218  Q
    ||||| ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || || || ||| ||||||||||| ||||||||| ||     
T  1605080 tcgacacaaagtgtcaaactatgtcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataacgatgtag-ttatacgtgacataattcatgttgccgtggtt 1605178  T
Q  219 gcatttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttga 318  Q
    ||||||| |||||||||| |||| ||| |  |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||   |||||  ||||||||| |||||| ||||    
T  1605179 gcatttgcatgcttaaatatcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaacgtgtgtcacaaagttttgtcacggagctcacaccattaagcattcctttga 1605278  T
Q  319 gtgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaagaattatt 367  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  1605279 gtgaaatttcagtgcaacaactcatgagtcaagaactgaaaggattatt 1605327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 357
Target Start/End: Original strand, 1597007 - 1597343
Alignment:
Q  21 gtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 120  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||| || ||||||||||||| | | |||    
T  1597007 gtgaatgaaaagtgtgatgtatatagctttggcgtggtggcacttgaaactttagttggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcatcat 1597106  T
Q  121 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtagc 220  Q
    |||| ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||  ||| ||| | ||||||||| ||||||| |||| ||    
T  1597107 cgacacaaagtctcaaactatgtcaagtattagaccaacgtcttccacttccaaataatgagatagttatacgtcacataattcatgttgccatagttgc 1597206  T
Q  221 atttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttgagt 320  Q
    ||||| |||||||| | |  | ||| |  |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||   |||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  1597207 atttgcatgcttaactattgatcctcgttctcgaccaacaatgaaacgtgtgtcacaaagttttgtcaccgagcttacaccattaagcattcctttgagt 1597306  T
Q  321 gaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactca 357  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  1597307 gaaatttccgtgcagcaactaatgagtgaagaactca 1597343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 1540920 - 1540573
Alignment:
Q  20 tgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagca 119  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| | |||||  ||||||| ||| || ||||||||||||| | | ||    
T  1540920 tgtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtgacacttgaaactttagttggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaaca 1540821  T
Q  120 tcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtag 219  Q
    |||||   | |  | ||| || || ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |  ||| ||| ||||||||||| |||| || | ||||    
T  1540820 tcgacaagaagtgtcaaactacgtcaagtattagaccaacgtcttccacttccaaataatgacatagttatacgtgacataattcatgtttccctggtag 1540721  T
Q  220 catttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttgag 319  Q
    |||||| ||||||||||  ||| ||| |  |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||   |||||| |||| || | |||||| |||||    
T  1540720 catttgcatgcttaaatggcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaacgtgtgtcacaaagttttgtcaccgagcttacaccgtttagcattcctttgag 1540621  T
Q  320 tgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaagaattatt 367  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||    
T  1540620 tgaaatttcagtggagcaactaatgagtgaagaactcaaagcattatt 1540573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 20 - 367
Target Start/End: Original strand, 1106593 - 1106940
Alignment:
Q  20 tgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagca 119  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| | |||||  ||||||  |||||| ||||||||||||| | |       
T  1106593 tgtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaagctttagttggaaggcaccctgaggatatattgtcatcacttcaatcaaat 1106692  T
Q  120 tcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtag 219  Q
    ||| | ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |     ||| ||| ||||||||||| ||||||||| || |    
T  1106693 tcgccacaaagtgtcaaactatgtcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataacgacgtagttatacgtgacataattcatgttgccgtggttg 1106792  T
Q  220 catttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttgag 319  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||| |  |||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||   |||||  ||||||||| |||||| |||||    
T  1106793 catttgcatgcttaaatatcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaacgtgtctcacaaagttttgtcacggagctcacaccattaagcattcctttgag 1106892  T
Q  320 tgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaagaattatt 367  Q
    ||||||||||||||| ||||| | | |||||||||| |||| ||||||    
T  1106893 tgaaatttcagtgcaacaactcacgggtcaagaactgaaaggattatt 1106940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 41 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 1564200 - 1563874
Alignment:
Q  41 atatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcatcgactcaaggcatgaaatta 140  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||||||||| | |||||  | ||||| |||||| ||||||||||||| | | ||||||| ||| | || ||||||    
T  1564200 atatagttttggtgtagtgacacttgaaactttagttggaaggaaacctggagatatattgtcatcacttcaatcaacatcgacacaaagtatcaaatta 1564101  T
Q  141 tgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtagcatttggatgcttaaatctca 240  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |  |  ||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| | | ||||||||||    
T  1564100 tgtcaagtattagaccaacgtcttcgacttccaaataacgaaatagttatacgtgacataattcatgttgccgtggtagcatttgcaagtttaaatctca 1564001  T
Q  241 acccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttgagtgaaatttcagtgcagcaact 340  Q
    | ||| |  |||||||| |||||||| |||| |||||  |||||| |   |||||  |||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1564000 atcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgtatcacaatgttttgccactgagctgacaccgttaagccttcctttgagtgaaatttcagtgcagcaact 1563901  T
Q  341 tatgagtcaagaactcaaagaattatt 367  Q
     |||||| |||||||| ||| ||||||    
T  1563900 aatgagtgaagaactcgaagcattatt 1563874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 133 - 355
Target Start/End: Original strand, 2326313 - 2326537
Alignment:
Q  133 tgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacata--attcgtgttgccgtagtagcatttggatgc 230  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||| || |    
T  2326313 tgaagttatgtgaagtattagaccaacgtctcccacttctgaataatatgatggttttacttgacatataattcgtgttgccttagtagcatttgcatac 2326412  T
Q  231 ttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttgagtgaaatttcag 330  Q
    ||||||||||| |||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |   || | | |||||| ||  ||||  | ||||||||||||||    
T  2326413 ttaaatctcaatcctttctctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcacagagttttgccattgaacctacaccatcaagtattctttcgagtgaaatttcag 2326512  T
Q  331 tgcagcaacttatgagtcaagaact 355  Q
    |||||||||| ||||||||||||||    
T  2326513 tgcagcaactcatgagtcaagaact 2326537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 1550145 - 1549789
Alignment:
Q  20 tgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagca 119  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| | ||||   ||||||  |||||| || |||||||||| |   ||    
T  1550145 tgtgaatgagaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaacattagttggaaagcaccctgaggatatattggcatcacttcaatctcca 1550046  T
Q  120 tcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtag 219  Q
    ||||| ||| | || ||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||  |  ||| ||| |||||||||||  |||||||| ||||    
T  1550045 tcgacacaaagtatcaaattatgtcaagtattagaccaacgtattccacttccaaataatgaaatagttatacgtgacataattcaagttgccgtggtag 1549946  T
Q  220 catttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttgag 319  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||| || |||||||| |||||||| |||||||| | |||||||     ||  |  |||||||||| | ||  |||||    
T  1549945 catttgcatgtttaaatctcaatcctcgctctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcagaaagttttgctactgaattgacaccattaaaaactcttttgag 1549846  T
Q  320 tgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaagaattattgcatattgt 376  Q
    |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  1549845 tgaaatttcattgcagcaactcttgagtcaagaactcaaagcgttatttcatattgt 1549789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 356
Target Start/End: Original strand, 3853230 - 3853570
Alignment:
Q  16 tggttgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagtt 115  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||| |||||||| | ||||  || ||| ||||||||||||| ||    
T  3853230 tggttgtaagtgaaaagtgtgatgtatatagttttggggtaatggcacttgaaattttattgggaagacatcctgaggaaatattgtcatcacttcaatt 3853329  T
Q  116 agcatcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgta 215  Q
    | |||| ||||||| ||| ||| || |||||||| ||||| | ||||||| || ||||||||||| || ||||| |||| |||| ||||  ||||| ||     
T  3853330 aacatcaactcaagacatcaaactacgtgaagtactagacaaacgtctccaacgtccaaataatgagatggtttcacttcacattattcaggttgctgtc 3853429  T
Q  216 gtagcatttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgt 315  Q
    |||||||||| ||| ||||| || | ||  | | |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||  |    || ||  |||||||| |||||| |    
T  3853430 gtagcatttgcatgtttaaacctaagcctgtcctctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcacaaagtttttccactcagattataccattaagcattcctt 3853529  T
Q  316 tgagtgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactc 356  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||  | |||||||||||||    
T  3853530 tgagtgaattttcagcgcatcaacacacgagtcaagaactc 3853570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 93 - 367
Target Start/End: Original strand, 2335141 - 2335419
Alignment:
Q  93 gatatactgtcatcacttcagttagcatcgactcaaggcatgaaatta---tgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttt 189  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||||| ||||  ||||||||||||   |||||||||||||| || | || || | ||||||||||||||| |||||    
T  2335141 gatatattgtcatcacttcaatttgcatcaactctcggcatgaaattattatgtgaagtattagaacaacatcccctatttccaaataatgtgatggttt 2335240  T
Q  190 tacttgacataattcgtgttgccgtagtagcatttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtca-cagagttttgtcc 288  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||| | | ||||  ||||||||  |     
T  2335241 tacttgacataattcgtgttgtcattgtagcatttgcatgcttaaatctcaatccttgctcttgaccaacaatgaaatgcgcgtcatgagagtttttcca 2335340  T
Q  289 gagagcttgcaccattaaacattccgttgagtgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaagaattatt 367  Q
      || | | |||||||||  ||||| |||||||| |||||| || ||||||| || ||| ||||||| |||| ||||||    
T  2335341 ttgaacgtacaccattaagtattcctttgagtgatatttcaatgtagcaactaattagtgaagaactaaaagcattatt 2335419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 26 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 18738794 - 18738460
Alignment:
Q  26 tgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcatcgact 125  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||| || ||||||||||||| | | |||||||     
T  18738794 tgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagttggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaacatcgaca 18738695  T
Q  126 caaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtagcatttg 225  Q
    ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |  ||| ||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  18738694 caaagtctcaaactatgtcaagtattagaccaccgtcttccacttccaaataatgacatagttatacgtgacataattcatgctgccgtggtagcatttg 18738595  T
Q  226 gatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttgagtgaaat 325  Q
     |||||||||| |||| ||| |  |||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||   |||||| ||| |||||  ||||| || ||||||||    
T  18738594 catgcttaaatgtcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcgcaaagttttgtcaccgagcttccacgattaagtattcctttcagtgaaat 18738495  T
Q  326 ttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaag 360  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  18738494 ttcagtgcagcaactaatgagtgaagaacttaaag 18738460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 26 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 18743758 - 18743424
Alignment:
Q  26 tgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcatcgact 125  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||| || ||||||||||||| | | |||||||     
T  18743758 tgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagttggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaacatcgaca 18743659  T
Q  126 caaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtagcatttg 225  Q
    ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |  ||| ||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  18743658 caaagtctcaaactatgtcaagtattagaccaccgtcttccacttccaaataatgacatagttatacgtgacataattcatgctgccgtggtagcatttg 18743559  T
Q  226 gatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttgagtgaaat 325  Q
     |||||||||| |||| ||| |  |||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||   |||||| ||| |||||  ||||| || ||||||||    
T  18743558 catgcttaaatgtcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcgcaaagttttgtcaccgagcttccacgattaagtattcctttcagtgaaat 18743459  T
Q  326 ttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaag 360  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  18743458 ttcagtgcagcaactaatgagtgaagaacttaaag 18743424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 18748731 - 18748391
Alignment:
Q  20 tgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagca 119  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||   |||||  ||||||| ||| || ||||||||||||| | | ||    
T  18748731 tgtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagctggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaaca 18748632  T
Q  120 tcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtag 219  Q
    ||||| ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| ||| | ||||||||| | ||||||| || |    
T  18748631 tcgacacaaagtgtcaaactatgtcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataatgaaatggttatacgtaacataattcattttgccgttgttg 18748532  T
Q  220 catttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttgag 319  Q
    | |||| |||||||||| |||| ||| |  |||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||   |||||| ||| |||||  ||||| || ||    
T  18748531 cctttgcatgcttaaatgtcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcgcaaagttttgtcaccgagcttccacgattaagtattcctttcag 18748432  T
Q  320 tgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaag 360  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18748431 tgaaatttcagtgcagcaactaatgagtgaagaactcaaag 18748391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 20 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 18723079 - 18722812
Alignment:
Q  20 tgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagca 119  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||   |||||  ||||||| ||| || ||||||||||||| | | ||    
T  18723079 tgtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagctggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaaca 18722980  T
Q  120 tcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtag 219  Q
    || || ||| |  | ||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| ||| | ||||||||| | ||||||| || |    
T  18722979 tcaacacaaagtgtcaaactatatcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataatgaaatggttatacgtaacataattcattttgccgttgttg 18722880  T
Q  220 catttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtc 287  Q
    | |||| |||||||||| |||| ||| |  |||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||    
T  18722879 cctttgcatgcttaaatgtcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcgcaaagttttgtc 18722812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 121; Significance: 7e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 5572 - 5232
Alignment:
Q  20 tgtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagataccctggtgatatactgtcatcacttcagttagca 119  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||   |||||  ||||||| ||| || ||||||||||||| | | ||    
T  5572 tgtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagctggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaaca 5473  T
Q  120 tcgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtag 219  Q
    ||||| ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| ||| | ||||||||| | ||||||| || |    
T  5472 tcgacacaaagtgtcaaactatgtcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataatgaaatggttatacgtaacataattcattttgccgttgttg 5373  T
Q  220 catttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtccgagagcttgcaccattaaacattccgttgag 319  Q
    | |||| |||||||||| |||| ||| |  |||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||   |||||| ||| |||||  ||||| || ||    
T  5372 cctttgcatgcttaaatgtcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcgcaaagttttgtcaccgagcttccacgattaagtattcctttcag 5273  T
Q  320 tgaaatttcagtgcagcaacttatgagtcaagaactcaaag 360  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  5272 tgaaatttcagtgcagcaactaatgagtgaagaactcaaag 5232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University