View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21260_low_1 (Length: 875)

Name: NF21260_low_1
Description: NF21260
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21260_low_1
NF21260_low_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (10-875)||(5283496-5284361)
chr8 (11-875)||(5290992-5291856)
chr8 (11-875)||(14950311-14951176)
chr8 (11-873)||(5305244-5306103)
chr8 (27-875)||(15124491-15125339)
chr8 (26-875)||(5312454-5313301)
chr8 (10-105)||(11832544-11832639)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (27-875)||(31527010-31527858)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (83-429)||(11806334-11806670)
chr4 (75-159)||(39523012-39523096)
chr4 (394-454)||(39522631-39522692)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (75-271)||(6076195-6076391)
chr1 (388-457)||(6076593-6076663)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (75-166)||(33002144-33002235)
chr5 (388-454)||(33002541-33002608)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 826; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 826; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 875
Target Start/End: Original strand, 5283496 - 5284361
Alignment:
Q  10 catcatcattgtttatctcttcatcaagcaaaaagttattaagacgatcaaacgaaactttcacttgaatcataatggaaagagcctctgggatcaattt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5283496 catcatcattgtttatctcttcatcaagcaaaaagttattaagacgatcaaacgaaactttcacctgaatcataatggaaagagcctctgggatcaattt 5283595  T
Q  110 aaatggttctcccatgttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggtttcagcattcaatgttgcacttttggaaacagcacatccaaggaaaacaacg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5283596 aaatggttctcccatgttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggtttcagcattcaatggtgcacttttggaaacagcacatccaaggaaaacaacg 5283695  T
Q  210 gcggatataacagtaggagacatccaataaagaaatgaactagaagctctcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgact 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5283696 gcggatataacagtaggagacatccaataaagaaatgaactagaagctctcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgact 5283795  T
Q  310 cgattaagttcttaaannnnnnnncccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaat 409  Q
    ||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5283796 cgattaagttcttaaattttttttcccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaacttccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaat 5283895  T
Q  410 cataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtacattgaggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacct 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5283896 cataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtacattgaggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacct 5283995  T
Q  510 acaacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaagcccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaa 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5283996 acaacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaagcccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaa 5284095  T
Q  610 ctacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgccgagctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatct 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5284096 ctacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgccgagctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccataagagctgatct 5284195  T
Q  710 cattttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatgtctttgagacagagaatcaactaatttggttagaattaaaataccaactatggaaagacct 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284196 cattttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatgtctttgagacagagaatcaactaatttggttagaattaaaataccaactatggaaagacct 5284295  T
Q  810 tgtttgagatctgcctcagttctatttgagtagttaacaaaagcataaagtataagaggtgaaact 875  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284296 tgtttgagatctgcctcagttctatttgagtagttaacaaaagcataaagtataagaggtgaaact 5284361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 875
Target Start/End: Original strand, 5290992 - 5291856
Alignment:
Q  11 atcatcattgtttatctcttcatcaagcaaaaagttattaagacgatcaaacgaaactttcacttgaatcataatggaaagagcctctgggatcaattta 110  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||| ||||| || ||||||| | ||    
T  5290992 atcatcattgtttagttcttcatcaagcaaaaaattagtaagacgatcgaacgaaaccttaacttgaatcagaatggatagagcttcagggatcattcta 5291091  T
Q  111 aatggttctcccatgttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggtttcagcattcaatgttgcacttttggaaacagcacatccaaggaaaacaacgg 210  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||  |||||||| |    
T  5291092 acaggttctcccatgttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaatggtttcagcatttaatggtgcactcttggtaacagcacatccaacaaaaacaacag 5291191  T
Q  211 cggatataacagtaggagacatccaataaagaaatgaactagaagctctcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactc 310  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||| | ||||    
T  5291192 cagatacaactgtaggagacatccaatagagaaatgaattagtagctttcaggatctgtgccttcgacaaccatacaaactctttatcgcgtaacaactc 5291291  T
Q  311 gattaagttcttaaannnnnnnncccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatc 410  Q
     | ||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5291292 aactaagttcttgaatttttcttcccatgactgtaacttaatgatcttcatactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgcaatc 5291391  T
Q  411 ataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtacattgaggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaataccta 510  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |    
T  5291392 ataaactgtgactgacagttttgtaggatccttgcaaatggtacattgaggagtccacatataagaagagggactaaaccaggaagagcaccaacaccga 5291491  T
Q  511 caacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaagcccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaac 610  Q
    |||||||||| || | |  ||| || | || || ||||| |||| ||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5291492 caacaccaaagaggacactaatggaaagaataagttgaaatgcacaagtccatgttgtatgaaaccaccatggaaattctcccattctgtatgcatcaac 5291591  T
Q  611 tacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgccgagctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctc 710  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||  |||||||| ||||||||||||    
T  5291592 tgcaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtctctgccttgccgagctagaaagctttaactgctttcggtaaaccgccaccataagagctgatctc 5291691  T
Q  711 attttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatgtctttgagacagagaatcaactaatttggttagaattaaaataccaactatggaaagacctt 810  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||  | |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5291692 attttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatgcctttgagataaagactcaaaaactttggtgagaatcaaaataccaactatggaaagacctt 5291791  T
Q  811 gtttgagatctgcctcagttctatttgagtagttaacaaaagcataaagtataagaggtgaaact 875  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5291792 gtttgagatctgcctcggttctatttgagtagttaacaaaagcatagagtataagaggtgaaact 5291856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 875
Target Start/End: Original strand, 14950311 - 14951176
Alignment:
Q  11 atcatcattgtttatctcttcatcaagcaaaaagttattaagacgatcaaacgaaactttcacttgaatcataatggaaagagcctctgggatcaattta 110  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||| |||| || | ||    
T  14950311 atcatcattgtttagttcttcagcaagcaaaaagcttttaagacgatcaaacgaaaccttaacttgaatcatagtggatagagcctcagggaacattata 14950410  T
Q  111 aatggttctcccatgttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggtttcagcattcaatgttgcacttttggaaacagcacatccaaggaaaacaacgg 210  Q
    |  || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  14950411 ataggctctcccatgttccccaatgttgcaagaactgtgaaaatggtttcagcattcaatggtgcactcttggtaacagcacatccaaggaaaacaacag 14950510  T
Q  211 cggatataacagtaggagacatccaataaagaaatgaactagaagctctcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactc 310  Q
    | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||| |||| |||| ||| |||||  ||||||||||  |||||||||||    
T  14950511 cagatataactgtaggagacatccaaaaaagaaatgaactataagatttcaggatttgtgtcttagacaaccatatgaactctttattgcgtagcgactc 14950610  T
Q  311 gattaagttcttaaannnnnnnncccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatc 410  Q
     | ||||||||| ||        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  14950611 cactaagttcttgaatttttcttcccatgattgtaacttgatgatcttcatactatttagaatctctgaagttgatcgaagacgttcatcctgtgcaatc 14950710  T
Q  411 ataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtacattgaggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaataccta 510  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  14950711 ataaactgtgaccgacaattttgtaggacccttcctaatggtacgttgagaagtccacatataagaagagggactaaaccaggaagagcaccaataccaa 14950810  T
Q  511 caacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaagcccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaac 610  Q
    |||||  |||||| | |  |||||| | ||||| ||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14950811 caacaaaaaaaaggacaccaatagaaagaacaagttgcaatacagaagtccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctataagcatcaac 14950910  T
Q  611 tacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgccgagctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctc 710  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  14950911 tgcaatgtaattcacaatttctccggccgagtgcctcatccttgccgagcttgaaagctttagctgcttttgataaactgctaccattagagctgatctc 14951010  T
Q  711 attttcattcctgacctc-cttgagttaaaaaaccaatgtctttgagacagagaatcaactaatttggttagaattaaaataccaactatggaaagacct 809  Q
    |||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| || | ||  |||| |||||||||||||||||||    
T  14951011 attttcatacctgacctcttttgagttaaaaaaccaatgtctttgagacagagactcaaagactttagtgacaaccaaaaaaccaactatggaaagacct 14951110  T
Q  810 tgtttgagatctgcctcagttctatttgagtagttaacaaaagcataaagtataagaggtgaaact 875  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  14951111 tgtttgagatcttcctcagttctatttgagtagttaacaaaagcatagagtatcagaggtgaaact 14951176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 5306103 - 5305244
Alignment:
Q  11 atcatcattgtttatctcttcatcaagcaaaaagttattaagacgatcaaacgaaactttcacttgaatcataatggaaagagcctctgggatcaattta 110  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||| |||||||| |||||||| || |||||||||| |||||| |||||||| |||||||   ||    
T  5306103 atcatcattgtttagttcttcatcaagcagaaggttattgagacgatcgaacgaaaccttaacttgaatcagaatggatagagcctcagggatcatccta 5306004  T
Q  111 aatggttctcccatgttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggtttcagcattcaatgttgcacttttggaaacagcacatccaaggaaaacaacgg 210  Q
    |  |||||| ||||||||||||||| | |||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5306003 acaggttctgccatgttcctcaatgctacaagaattgtgaaaatgatttcagcattcaatggtgcactcttggaaacagcacatccaaggaaaacaacag 5305904  T
Q  211 cggatataacagtaggagacatccaataaagaaatgaactagaagctctcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactc 310  Q
       | ||||| |||||||||| ||||||||||||||| | | ||||| | ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||    
T  5305903 ---aaataactgtaggagacagccaataaagaaatgatccaaaagctttaaggatctgtgcctttgacaaccatacaaactctttatgacgtaacaactc 5305807  T
Q  311 gattaagttcttaaannnnnnnncccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatc 410  Q
     ||||||||||| ||        ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  5305806 aattaagttcttgaatttttcttcccatgactgtaacttaataatcttcatactattcagaatctctgaagttgatcgaagacgttcgtcttgtgcaatc 5305707  T
Q  411 ataaactgtgactgacaattttgtaggatccttgcaaatggtacattgaggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaataccta 510  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5305706 ataaactgtgactggcaattttgtaggatccttgctgacggtacattgagaagtccacatataagaagagggactaaaccaggaagagcaccaataccta 5305607  T
Q  511 caacaccaaaaagaataaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaagcccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaac 610  Q
    ||||||||||||| |||| ||| || | ||||| ||| | |||| ||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5305606 caacaccaaaaaggataacaatggaaagaacaagttgcaatgcacaagtccatgttatatgaaaccaccatgggaattctcccattctatatgcatcaac 5305507  T
Q  611 tacaatgtaattcacaatttcaccggccgagtgtcttgtccttgccgagctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctc 710  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||    
T  5305506 tacaatgtaattcacaatttcgccggccaagtgtcttgttcttgccgggctagaaagctttagctgcttttgataaactgctgccatcaaagctgatctc 5305407  T
Q  711 attttcattcctgacctccttgagttaaaaaaccaatgtctttgagacagagaatcaactaatttggttagaattaaaataccaactatggaaagacctt 810  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || |  | |||| | ||||| | || || |||||||| ||||||||    
T  5305406 attttcattcctgacctccttgagttgaaaaaccaatgtctctgagacaaagactccaaaactttgttgagaatcagaaaacaaactatggtaagacctt 5305307  T
Q  811 gtttgagatctgcctcagttctatttgagtagttaacaaaagcataaagtataagaggtgaaa 873  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5305306 gtttgagatctgcctcagttctatttgagtagttaacaaaagcatagagtataagaggtgaaa 5305244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 875
Target Start/End: Complemental strand, 15125339 - 15124491
Alignment:
Q  27 tcttcatcaagcaaaaagttattaagacgatcaaacgaaactttcacttgaatcataatggaaagagcctctgggatcaatttaaatggttctcccatgt 126  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||   | |||  |||||||||||||    
T  15125339 tcttcatcaagaaaaaagttattaagacgatcgaatgaaaccttagcttgaatcatattggatagagcctctgggatagttctaacaggttctcccatgt 15125240  T
Q  127 tcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggtttcagcattcaatgttgcacttttggaaacagcacatccaaggaaaacaacggcggatataacagtagg 226  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  |||| |||| ||||||||||||| || || |  |  | |||    
T  15125239 tccttaatgttgcaagaactgtgaaaatggtttcagcattcaatggtgcacttttagtgacagaacatgcaaggaaaacaacagcagaaaccattgcagg 15125140  T
Q  227 agacatccaataaagaaatgaactagaagctctcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttcttaaan 326  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||     
T  15125139 agatatccaataaagaaatgaaccagaagctttcaggatctgtgccttagacaaccatacaaactctttatcgcgcagcgactcgactaagttcttgaat 15125040  T
Q  327 nnnnnnncccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgac 426  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15125039 ttttcttcccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaatctctgaagttgttcgaagacgttcgtcctgtgcaatcataaactgtgactgac 15124940  T
Q  427 aattttgtaggatccttgcaaatggtacattgaggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaagaat 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||     
T  15124939 aattttgtaggatccttgcaaatggtatattgaaaagtccacatataagaagaggcactaaaccaggaagagcaccaataccaacaacaataaagagaac 15124840  T
Q  527 aaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaagcccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcaca 626  Q
    |    | || | || || ||| | |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  15124839 actggtggaaagaaaaagttgcaatgcagaagtccatgttatatgaaaccaccatggaaattctcccattctataagaatcaactgcaatgtaattcaca 15124740  T
Q  627 atttcaccggccgagtgtcttgtccttgccgagctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctcattttcattcctgacc 726  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  15124739 atttctccgaccgagtgtcttttccttgccgagctagaaagctttagctgcttttgataaactgctaccattagagctgatctcattttcatacctgacc 15124640  T
Q  727 tccttgagttaaaaaaccaatgtctttgagacagagaatcaactaatttggttagaattaaaataccaactatggaaagaccttgtttgagatctgcctc 826  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||  | ||| || | ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15124639 tccttgagttaaaaaaccaatgtctttgagataccgactcaaagactttagtgacaaccaaaaaaccaactatggaaagaccttgtttgagatcttcctc 15124540  T
Q  827 agttctatttgagtagttaacaaaagcataaagtataagaggtgaaact 875  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  15124539 agttctatttgagtagttaacaaaagcatagagtattagaggtgaaact 15124491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 875
Target Start/End: Complemental strand, 5313301 - 5312454
Alignment:
Q  26 ctcttcatcaagcaaaaagttattaagacgatcaaacgaaactttcacttgaatcataatggaaagagcctctgggatcaatttaaatggttctcccatg 125  Q
    |||||||||||||| |||  | || ||||||||||| ||||| || ||||||||| | || || ||||||||||||||||    ||  || |||||||||    
T  5313301 ctcttcatcaagcataaatgtgttgagacgatcaaaggaaaccttaacttgaatcgttatagatagagcctctgggatcataagaacaggatctcccatg 5313202  T
Q  126 ttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggtttcagcattcaatgttgcacttttggaaacagcacatccaaggaaaacaacggcggatataacagtag 225  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||| |||||| ||| |||     ||||||||||| ||||| || |  ||||| ||||    
T  5313201 ttcctcaatgttgcaagaactgtaaaaatggtatcggcattcaatggtgcactattgaaaaatatgcatccaaggaagacaacagcaggaataactgtag 5313102  T
Q  226 gagacatccaataaagaaatgaactagaagctctcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttcttaaa 325  Q
    |||||| ||||||||||||||  |   ||||| |||||| ||||  |||  ||||||||   || || || || ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  5313101 gagacagccaataaagaaatgttccgaaagctttcaggaactgtatctttgacagccatttgaattccttttctcgtagggactcgattaagttctttaa 5313002  T
Q  326 nnnnnnnncccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactga 425  Q
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||  ||||    
T  5313001 tttttcttcccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaatctctgaagttgatctaagccgttcatcctgtgcaatcataaactgtacctga 5312902  T
Q  426 caattttgtaggatccttgcaaatggtacattgaggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaagaa 525  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5312901 caattttgtaggatccttgcaagtggtacattgagaagtccacagatgagaagaggcactaaaccgggaagagcaccaataccaacaacaccaaaaagaa 5312802  T
Q  526 taaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaagcccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcac 625  Q
    ||  ||| |||| ||||| ||| | |||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||     
T  5312801 tagcaatggacagaacaagttgcaatgcacaagtccatgttatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaattgcaatgtaattcaa 5312702  T
Q  626 aatttcaccggccgagtgtcttgtccttgccgagctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctcattttcattcctgac 725  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5312701 aatttcgccggttgagtgtcttgtccttgccatgcttgaaagctttagctgctttcgataaactgccaccatcaaagctgatctcattttcattcctgac 5312602  T
Q  726 ctccttgagttaaaaaaccaatgtctttgagacagagaatcaactaatttggttagaattaaaataccaactatggaaagaccttgtttgagatctgcct 825  Q
    |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5312601 ctccttgag--aaaaaaccaatgtcgttgagacagagactcgaccaatttggtgagaatcagaaaaccaactattgaaagaccttgtttgagatctgcct 5312504  T
Q  826 cagttctatttgagtagttaacaaaagcataaagtataagaggtgaaact 875  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5312503 cagttctatttgcgtagttaacaaaagcatagagtattagaggtgaaact 5312454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 11832639 - 11832544
Alignment:
Q  10 catcatcattgtttatctcttcatcaagcaaaaagttattaagacgatcaaacgaaactttcacttgaatcataatggaaagagcctctgggatca 105  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11832639 catcatcattgtatatttcttcatcaagcaaaaagttattaagacgatcgaacaaaactttaacttgaatcataatggaaagagcctctgggatca 11832544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 875
Target Start/End: Original strand, 31527010 - 31527858
Alignment:
Q  27 tcttcatcaagcaaaaagttattaagacgatcaaacgaaactttcacttgaatcataatggaaagagcctctgggatcaatttaaatggttctcccatgt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||| || ||||| ||||| |||| |||||  || |||||||||     
T  31527010 tcttcatcaagcaaaaagttattaagacgatcaaaggaaaccttaacttgaatcaaaatcgatagagcttctggaatcattttaacaggatctcccatgc 31527109  T
Q  127 tcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggtttcagcattcaatgttgcacttttggaaacagcacatccaaggaaaacaacggcggatataacagtagg 226  Q
    |  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||  |||||    
T  31527110 ttttcaatgttgcaagaactgtgaaaatggtttgagcattcaatggtgcgctattggaaatagcacatccaaggaaaacaacagatgatataattgtagg 31527209  T
Q  227 agacatccaataaagaaatgaactagaagctctcaggatctgtgccttatacagccatacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttcttaaan 326  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||| ||||  ||||| | ||||||||||||     
T  31527210 agacatccaaaaaagaaatgaactagaagctttcaggatctgcgacttagacaaccatacaaactctttatcgcgtaaggactcaactaagttcttaaat 31527309  T
Q  327 nnnnnnncccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaacctccgaagttgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgac 426  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31527310 ttttcttcccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaatctcggaagttgatctaagacgttcgtcctgtgcaatcataaactgtgactgac 31527409  T
Q  427 aattttgtaggatccttgcaaatggtacattgaggagtccacatataagaagagggactaaacctggaagagcaccaatacctacaacaccaaaaagaat 526  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |     
T  31527410 aattttgtaggatccttgcaaatggtacgttgagaagtccacatataacaagagggactaaaccaggaagagcaccaataccaacaacaccgaaaaggac 31527509  T
Q  527 aaaaatagacaaaacaatttgaagtgcagaagcccatgccatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactacaatgtaattcaca 626  Q
    |  ||| |||| ||||| ||| |||  | ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31527510 agcaatggacagaacaagttgtagtatacaagtccatgttatatgaaaccaccatggaaattctcccattctatatgcatcaactgcaatgtaattcaca 31527609  T
Q  627 atttcaccggccgagtgtcttgtccttgccgagctagaaagctttagttgcttttgataaattgccaccatcagagctgatctcattttcattcctgacc 726  Q
    ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31527610 atttcaccggccgagtgtcttatctttcccgagctagaaagctttagctgcttctcataaactgccaccatcagagctgatctcattttcattcctaacc 31527709  T
Q  727 tccttgagttaaaaaaccaatgtctttgagacagagaatcaactaatttggttagaattaaaataccaactatggaaagaccttgtttgagatctgcctc 826  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || | ||| || ||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||| | |||||| | ||||    
T  31527710 tccttgagttaaaaaaccaatgtctctgggaaaaagactcgactaatttggtgagaatcagaaaaccaactatggaaagaccttctctgagatttccctc 31527809  T
Q  827 agttctatttgagtagttaacaaaagcataaagtataagaggtgaaact 875  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||| || || |||||| |||||    
T  31527810 ggttctacttgagtagttaacaaaagcatagagaattagaggtaaaact 31527858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 3e-63; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 83 - 429
Target Start/End: Original strand, 11806334 - 11806670
Alignment:
Q  83 aatggaaagagcctctgggatcaatttaaatggttctcccatgttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggtttcagcattcaatgttgcacttttg 182  Q
    |||||| |||||||| ||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| | |||    
T  11806334 aatggatagagcctcagggatcattctaacaggttctcccatgttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaatggtttcagcatttaatggtgcattcttg 11806433  T
Q  183 gaaacagcacatccaaggaaaacaacggcggatataacagtaggagacatccaataaagaaatgaactagaagctctcaggatctgtgccttatacagcc 282  Q
    | |||| |||||||||  |||||||  || | ||||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||    
T  11806434 gtaacaacacatccaacaaaaacaaaagcaggtataaccataggagacatccaatagagaaatgaattagcagctttcaggatctgtgccttagacaacc 11806533  T
Q  283 atacaaactctttatcacgtagcgactcgattaagttcttaaannnnnnnncccatgattgtaacttaatgatcttcatactatttagaacctccgaagt 382  Q
    |||||||||||||||| |||| |  ||| | ||||||||| ||        ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||     
T  11806534 atacaaactctttatcgcgtaacagctcaactaagttcttgaatttttcttcccatgactgtaacttaatgatcttcatattatttacaatctctgaagg 11806633  T
Q  383 tgatcgaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaat 429  Q
    |          |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11806634 t----------gttcgtcctgtgcaatcataaactgtgactgacaat 11806670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 39523096 - 39523012
Alignment:
Q  75 tgaatcataatggaaagagcctctgggatcaatttaaatggttctcccatgttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggttt 159  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||| | |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39523096 tgaatcataatggatagtgcctcagggatcattctaacaggttctcccatgctcctcaatgttgcaagaactgtgaaaatggttt 39523012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 394 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 39522692 - 39522631
Alignment:
Q  394 gttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaa-ttttgtaggatccttgcaaatggtac 454  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||    
T  39522692 gttcgtcctgtgcaatcataaattgtgactgacaatttttgtttgatccttgaaaatggtac 39522631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 271
Target Start/End: Original strand, 6076195 - 6076391
Alignment:
Q  75 tgaatcataatggaaagagcctctgggatcaatttaaatggttctcccatgttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggtttcagcattcaatgttg 174  Q
    |||||||||||||| || ||||| |  |||| | |||  |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||        
T  6076195 tgaatcataatggatagtgcctcagtaatcattctaacaggttctcccatgctcctcaatgttgcaaggactgtgaaaatggtttcagcatttaatagga 6076294  T
Q  175 cacttttggaaacagcacatccaaggaaaacaacggcggatataacagtaggagacatccaataaagaaatgaactagaagctctcaggatctgtgc 271  Q
       | | || |||| |||||| ||  |||||||  || | |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  6076295 tggtgtaggtaacaacacatcaaacaaaaacaaaagcaggtataaccgtaggagacttccaatagagaaatgaattagtagctttcaggatctgtgc 6076391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 388 - 457
Target Start/End: Original strand, 6076593 - 6076663
Alignment:
Q  388 gaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaa-ttttgtaggatccttgcaaatggtacatt 457  Q
    |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  6076593 gaaggcgttcgtcctgtccaatcataaactgtgactgacaatttttgtttgatccttgaaaatggtacatt 6076663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 48; Significance: 6e-18; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 166
Target Start/End: Original strand, 33002144 - 33002235
Alignment:
Q  75 tgaatcataatggaaagagcctctgggatcaatttaaatggttctcccatgttcctcaatgttgcaagaactgtgaaaacggtttcagcatt 166  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||| | |||  |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33002144 tgaatcataatggatagtgcctcagggatcattctaacaggttctcccatgctcttcgatgttgcaagaactgtgaaaatggtttcagcatt 33002235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 388 - 454
Target Start/End: Original strand, 33002541 - 33002608
Alignment:
Q  388 gaagacgttcgtcctgtgaaatcataaactgtgactgacaa-ttttgtaggatccttgcaaatggtac 454  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||    
T  33002541 gaaggcgttcgtcctgtgcaatcataaattgtgactgacaatttttgtttgatccttgaaaatggtac 33002608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University