View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21266_high_3 (Length: 751)

Name: NF21266_high_3
Description: NF21266
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21266_high_3
NF21266_high_3
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-751)||(16538075-16538833)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 16538833 - 16538075
Alignment:
Q  1 gaagcttttttgaaggagtaaaaaatgctattttttaaaattaaaactgattaactcaca--tagtgatcttcactccactctttttgatcaaatcttca 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16538833 gaagcttttttgaaggagtaaaaaatgctattttttaaaattaaaattgattaactcacacatagtgatcttcactccactttttttgatcaaatcttca 16538734  T
Q  99 ctgaactttgagacatagattaatgagttaatgaattttttattagttgatttatttgcttaggtgaaatttgattcgatagtttgattttgcaccaatg 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16538733 ctgaactttgagacatagattaatgagttaatgaattttttattagttgatttatttgcttaggtgaaatttgattcgatagtttgattttgcaccaatg 16538634  T
Q  199 aaaagtcatccatgttagttaaatggcaactttgtgattaaacacaaaactttggactaaaataaaccaatctccactcttactcttcacctataaaacc 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16538633 aaaagtcatccatgttagttaaatggcaactttgtaattaaacacaaaactttggactaaaataaaccaatctccactcttactcttcacctataaaatc 16538534  T
Q  299 aattttagacaccaaagtttcatcacat--------tctcaaattcaacacaaacatnnnnnnnnnttaaaatggcttcacgctatgaagctgaagtgaa 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16538533 aattttagacaccaaagtttcatcacataatcacattctcaaattcaacacaaacataaaaaaa--ttaaaatggcttcacgctatgaagctgaagtgaa 16538436  T
Q  391 actttcatcagcttacaatctcaaaaacgtgaactggcgcaacggctcaaacaaaccatatggcgtcgtatggatcgatccaaagaacaaattctcaacc 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16538435 actttcatcagcttacaatctcaaaaacgtgaactggcgtaacggctcaaacaaaccatatggcgtcgtatggattgatccaaagaacaaattctcaacc 16538336  T
Q  491 aaagttgatgaaaatggagacacagaagcaaattgggaccaaactctcataatccccttaccacctcaacctattgaagatcttactctttacatcgaca 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16538335 aaagttgatgaaaatggagacacagaagcaaattgggaccaaactctcataatccctttaccacctcaacctattgaagatcttactctttacatcgaca 16538236  T
Q  591 tcgttcatgccggctcggagccagacaccaagccactcattggctcagctcggcttaaattagttgaagttctagatgatgttgggatcggcgagcgagc 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16538235 tcgttcatgccggctcggagccagacaccaagccactcatcggctcagctcggcttaaattagttgaagttctagatgatgttgggatcggcgagcgtgc 16538136  T
Q  691 cagccgatccctgacgttgaaaagaccatcaggaagaccacatgggaaagttgatgttaaa 751  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16538135 cagccgatccctaacgttgaaaagaccatcaggaagaccacatgggaaagttgatgttaaa 16538075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University