View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21266_low_4 (Length: 576)

Name: NF21266_low_4
Description: NF21266
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21266_low_4
NF21266_low_4
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (19-552)||(44924207-44924732)
chr4 (19-448)||(6908338-6908759)
chr4 (21-195)||(6901518-6901692)
chr4 (268-416)||(6901713-6901855)
chr4 (27-121)||(44927080-44927174)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (19-448)||(202226-202649)
chr3 (21-416)||(206482-206871)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (21-311)||(24652745-24653035)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (27-341)||(29514427-29514747)
chr1 (31-307)||(43626140-43626417)
chr1 (105-245)||(43997926-43998065)
chr1 (311-481)||(43632255-43632417)
chr1 (373-481)||(43997781-43997894)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 44924732 - 44924207
Alignment:
Q  19 ctttcggcggtggtcttcctgatcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgacggtgatgaggaggatgaagatta 118  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924732 ctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagtgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgacggtgatgaggaggatgaagatta 44924633  T
Q  119 aattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccattttccat 218  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924632 aattatgatttcattttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccattttccat 44924533  T
Q  219 ccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgnnnnnnnatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatctt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924532 ccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttg-ttttttatcctttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatctt 44924434  T
Q  319 tgtgataattgaaccttttacttgatgctgcgtgtaagagaacattatttaggctttagctgtttgatattgcttattttgatggtatacccgtgtatcc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44924433 tgtgataattgaaccttttacttgatgctgcgtgtaagagaatatta-------tttagctgtttgatattgcttattttgatggtatacctgtgtatcc 44924341  T
Q  419 aaccgaaactttgatccaactatgcttcatacggtgtaggtctttcctgtgccttttgagaacttataattgtgaaacttgcattaatgatctgcttgat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924340 aaccgaaactttgatccaactatgcttcatatggtgtaggactttcctgtgccttttgagaacttataactgtgaaacttgcattaatgatctgcttgat 44924241  T
Q  519 ctttatactagttagttggatgatatagtctgtg 552  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924240 ctttatactagttagttggatgatatagtctgtg 44924207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 6908759 - 6908338
Alignment:
Q  19 ctttcggcggtggtcttcctgatcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgacggtgatgaggaggatgaagatta 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6908759 ctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaaacgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagatta 6908660  T
Q  119 aattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccatttt-cca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6908659 aattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttccca 6908560  T
Q  218 tccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgnnnnnnnatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatct 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908559 tccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcaagacatgttg-tttttgatcttttcttttctaagtatt-agttttgctccaatacatttgatgatct 6908462  T
Q  318 ttgtgataattgaaccttttacttgatgctgcgtgtaagagaacattatttaggctttagctgtttgatattgcttattttgatggtatacccgtgtatc 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||       ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  6908461 ttgtgataattgaactttttacttgatgctgtgtgtaagagaatatta-------tttagctgtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtatc 6908369  T
Q  418 caaccgaaactttgatccaactatgcttcat 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908368 caaccgaaactttgatccaactatgcttcat 6908338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 21 - 195
Target Start/End: Original strand, 6901518 - 6901692
Alignment:
Q  21 ttcggcggtggtcttcctgatcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgacggtgatgaggaggatgaagattaaa 120  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6901518 ttcggtggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgtaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaa 6901617  T
Q  121 ttatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgc 195  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6901618 ttatgattttcattttcttagatccttgctctcgcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgc 6901692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 268 - 416
Target Start/End: Original strand, 6901713 - 6901855
Alignment:
Q  268 atcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttg-atgatctttgtgataattgaaccttttacttgatgctgcgtgtaagagaacattat 366  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||     
T  6901713 atcttttcttttccaagtattaagttttgctccaatacatttgaattatctttgttataattgaaccttttacctgatggtgtgtgtaagagaatatta- 6901811  T
Q  367 ttaggctttagctgtttgatattgcttattttgatggtatacccgtgtat 416  Q
          |||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  6901812 ------tttagcagtttgatattgcatgttttgatggtatatccgtgtat 6901855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 27 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 44927174 - 44927080
Alignment:
Q  27 ggtggtcttcctgatcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgacggtgatgaggaggatgaagattaaat 121  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  44927174 ggtggtcttcctggtcgcgtgaagtgaaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggagatgaggaggatgaagattaaat 44927080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Original strand, 202226 - 202649
Alignment:
Q  19 ctttcggcggtggtcttcctgatcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgacggtgatgaggaggatgaagatta 118  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  202226 ctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagatta 202325  T
Q  119 aa-ttatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccatttt-cc 216  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  202326 aatttatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttccc 202425  T
Q  217 atccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgnnnnnnnatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202426 atccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttg-tttttgatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatc 202524  T
Q  317 tttgtgataattgaaccttttacttgatgctgcgtgtaagagaacattatttaggctttagctgtttgatattgcttattttgatggtatacccgtgtat 416  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  202525 tttgtgatgattgaaccttttacttgatgctctgtgtaagagaatatta-------tttagctgtttgatattgcttgttttgatggtatacccgtgtat 202617  T
Q  417 ccaaccgaaactttgatccaactatgcttcat 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202618 ccaaccgaaactttgatccaactatgcttcat 202649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 21 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 206871 - 206482
Alignment:
Q  21 ttcggcggtggtcttcctgatcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgacggtgatgaggaggatgaagattaaa 120  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  206871 ttcggtggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgtaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaa 206772  T
Q  121 ttatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccatttt-ccatc 219  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  206771 ttatgattttcattttcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccgttttcccatc 206672  T
Q  220 cctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgnnnnnnnatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacattt-gatgatctt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  206671 cctgtttattgtgtgaggaaatctttgcttgagacatgttg-tttttgatcttttcttttccaagtattaagttttgctccaatacatttaaatgatctt 206573  T
Q  319 tgtgataattgaaccttttacttgatgctgcgtgtaagagaacattatttaggctttagctgtttgatattgcttattttgatggtatacccgtgtat 416  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||       |||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  206572 tgttataattgaaccttttacttgatggtgtgtgtaagagaatatta-------tttagcagtttgatattgcatgttttgatggtatatccgtgtat 206482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 21 - 311
Target Start/End: Original strand, 24652745 - 24653035
Alignment:
Q  21 ttcggcggtggtcttcctgatcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgacggtgatgaggaggatgaagattaaa 120  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24652745 ttcggtggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgtaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaa 24652844  T
Q  121 ttatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccatttt-ccatc 219  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  24652845 ttatgattttcattttcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccgttttcccatc 24652944  T
Q  220 cctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgnnnnnnnatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttga 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24652945 cctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcaaaacatgttg-tttttgatcttttcttttccaagtattaagttttgctccaatacatttga 24653035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 27 - 341
Target Start/End: Original strand, 29514427 - 29514747
Alignment:
Q  27 ggtggtcttcctgatcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgacggtgatgaggaggatgaagattaa------a 120  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||      |    
T  29514427 ggtggtcttcccggtcgcgtgaagcgaaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttctggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaatttaaa 29514526  T
Q  121 ttatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccattttcc-atc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  29514527 ttatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctcttgatatctgtcctagactttagattttctatcatgcatatgacttttaccattttcctatc 29514626  T
Q  220 cctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgnnnnnnnatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatcttt 319  Q
    | ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||        | ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29514627 cttgtttattgtgcgagtaaatctttgctcgagagatgtt-ctttttgagcttttcttttccaagtatagagttttgctccaatacatttgatgatcttt 29514725  T
Q  320 gtgataattgaaccttttactt 341  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  29514726 atgataattgaaccttttactt 29514747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 31 - 307
Target Start/End: Original strand, 43626140 - 43626417
Alignment:
Q  31 gtcttcctgatcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctg-cagccaagaaggcttccggtggtgacggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattt 129  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43626140 gtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaaccttaagactggcagccaagaaggcttccggtggtcatgttgacgaggaggatgaaggttaaattatgattt 43626239  T
Q  130 tcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccatttt--ccatccctgttta 227  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||   ||||| ||||||    
T  43626240 tcttttacttagatccttgctctagcctttt--tatctgtcctagactttagattttctatgatgcatatgacttttaccatttttctcatccttgttta 43626337  T
Q  228 ttgtgtgaggaaatctttgctc-gagacatgttgnnnnnnnatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacat 307  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||       |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  43626338 ttgtgtaaggaaatcttttctcagagacgtgttg-ttttttatctcttcttttccaaatattaagttttgctccaatacat 43626417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 105 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 43998065 - 43997926
Alignment:
Q  105 gaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgactt 204  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  43998065 gaggatgaaggttaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttt--tagctgtcctagactttagattttctatgatgcatatgactt 43997968  T
Q  205 ttaccatttt-ccatccctgtttattgtgtgaggaaatcttt 245  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43997967 ttaccattttcccatccttgtttattgtgtgaggaaatcttt 43997926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 311 - 481
Target Start/End: Original strand, 43632255 - 43632417
Alignment:
Q  311 atgatctttgtgataattgaaccttttacttgatgctgcgtgtaagagaacattatttaggctttagctgtttgatattgcttattttgatggtataccc 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||          |||   ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  43632255 atgatctttgtgataattgaaccttttacttgatgttgtatgtaagaa---------tag---ttagcagtttgattttgcatattttgatggtataccc 43632342  T
Q  411 gtgtat----ccaaccgaaactttgatccaactatgcttcatacggtgtaggtctttcctgtgccttttgagaac 481  Q
    ||||||    |||||| |||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  43632343 gtgtatccaaccaaccaaaactttgaatcaactgtgcttcatatggtgtaggtctttcccgtgccttttgcgaac 43632417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 373 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 43997894 - 43997781
Alignment:
Q  373 tttagctgtttgatattgcttattttgatggtataccc-gtgtatccaaccga----aactttgatccaactatgcttcatacggtgtaggtctttcctg 467  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |    ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  43997894 tttagcagtttgattttgcatattttgatggtataccccgtgtatccaaccaaccaaaactttgaatcaactatgcttcatatggtgtaggtctttcccg 43997795  T
Q  468 tgccttttgagaac 481  Q
    ||||||||| ||||    
T  43997794 tgccttttgggaac 43997781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University