View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21269_low_17 (Length: 387)

Name: NF21269_low_17
Description: NF21269
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21269_low_17
NF21269_low_17
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (23-370)||(49190695-49191042)
chr3 (23-370)||(49201984-49202331)
chr3 (23-370)||(49187004-49187351)
chr3 (23-370)||(49206939-49207286)
chr3 (23-370)||(49211513-49211860)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (23-369)||(37030150-37030496)
chr1 (23-370)||(31526811-31527158)
chr1 (23-370)||(32593243-32593590)
chr1 (23-370)||(51823701-51824048)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (23-371)||(26755982-26756330)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 370
Target Start/End: Original strand, 49190695 - 49191042
Alignment:
Q  23 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatccc 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49190695 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatccc 49190794  T
Q  123 ttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49190795 ttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 49190894  T
Q  223 tgcatatagctctgcttcagcggcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 322  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49190895 tgcatatagctctgcttcagctgcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 49190994  T
Q  323 gcttctgcctccttttgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttgt 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49190995 gcttctgcctccttttgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttgt 49191042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 23 - 370
Target Start/End: Original strand, 49201984 - 49202331
Alignment:
Q  23 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatccc 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49201984 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatccc 49202083  T
Q  123 ttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  49202084 ttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattcagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctt 49202183  T
Q  223 tgcatatagctctgcttcagcggcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 322  Q
    ||| |||||||||||||| ||  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49202184 tgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcaagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 49202283  T
Q  323 gcttctgcctccttttgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttgt 370  Q
    ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49202284 gcttcagcctctttctgcttcttgtacagctcccagtttgcttcttgt 49202331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 23 - 370
Target Start/End: Original strand, 49187004 - 49187351
Alignment:
Q  23 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatccc 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  49187004 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtattgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgtcaccatttatcatcaagtaatccc 49187103  T
Q  123 ttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 222  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49187104 ttacagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcttgtccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 49187203  T
Q  223 tgcatatagctctgcttcagcggcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 322  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49187204 tgcataaagctctgcttcagctgcttgtttgctagcataaaatgttgcatctgccgacgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 49187303  T
Q  323 gcttctgcctccttttgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttgt 370  Q
    ||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49187304 gcttcagtctctttctgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttgt 49187351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 23 - 370
Target Start/End: Original strand, 49206939 - 49207286
Alignment:
Q  23 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatccc 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49206939 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatccc 49207038  T
Q  123 ttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  49207039 ttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcccctctgcctcttttttctt 49207138  T
Q  223 tgcatatagctctgcttcagcggcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 322  Q
    ||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |  ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49207139 tgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgcgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 49207238  T
Q  323 gcttctgcctccttttgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttgt 370  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||||| || ||||||    
T  49207239 gcttcagcctctttttgtttcttgtataattcccagttagcctcttgt 49207286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 23 - 370
Target Start/End: Original strand, 49211513 - 49211860
Alignment:
Q  23 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatccc 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49211513 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcagcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatccc 49211612  T
Q  123 ttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 222  Q
    |||| || || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  49211613 ttactgctgtatagttgtttccaagtgcattcagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctt 49211712  T
Q  223 tgcatatagctctgcttcagcggcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 322  Q
    ||| || ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49211713 tgcgtacagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgctttttgtgcttctgcctctgccttcttctcaaacagaatt 49211812  T
Q  323 gcttctgcctccttttgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttgt 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| || ||||||    
T  49211813 gcttctgcctccttttgtttcttgtataattcccagttagcctcttgt 49211860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 23 - 369
Target Start/End: Original strand, 37030150 - 37030496
Alignment:
Q  23 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatccc 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37030150 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtcctcgtattgcctcggcgttaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatccc 37030249  T
Q  123 ttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 222  Q
    | ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030250 tcacagctgtgtagtcgtttccaagtgcattaagaagtttacttacatacaccccttgagcttgtccaactgtcacaattccctctgcctcctttttctt 37030349  T
Q  223 tgcatatagctctgcttcagcggcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 322  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030350 tgcataaagctctgcttcagctgcttgtttgctagcataaaatgttgcatctgccgatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 37030449  T
Q  323 gcttctgcctccttttgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttg 369  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37030450 gcttctgcctctttctgttttttgtacagctcccagtttgcttcttg 37030496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 23 - 370
Target Start/End: Original strand, 31526811 - 31527158
Alignment:
Q  23 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatccc 122  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31526811 ttagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacgtaccgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatccc 31526910  T
Q  123 ttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 222  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  31526911 ttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctt 31527010  T
Q  223 tgcatatagctctgcttcagcggcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 322  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||| |||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31527011 tgcatatagctccgcttcggctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgacaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 31527110  T
Q  323 gcttctgcctccttttgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttgt 370  Q
    |||||||| || ||||||||| |||| |  |||||||| || ||||||    
T  31527111 gcttctgcttctttttgtttcctgtataattcccagttagcctcttgt 31527158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 23 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 32593590 - 32593243
Alignment:
Q  23 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatccc 122  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32593590 ttagtccaaatactaatcttaggttcaagtccatgtactgcctcagcattgatcttagccatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatccc 32593491  T
Q  123 ttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 222  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  32593490 ttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcattcccaagtgtcacaatcccttctgcctcttttttctt 32593391  T
Q  223 tgcatatagctctgcttcagcggcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 322  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32593390 tgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 32593291  T
Q  323 gcttctgcctccttttgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttgt 370  Q
    |||||||  || |||||||||||||| |  |||||||| || ||||||    
T  32593290 gcttctgattctttttgtttcttgtataattcccagttagcctcttgt 32593243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 23 - 370
Target Start/End: Original strand, 51823701 - 51824048
Alignment:
Q  23 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatccc 122  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51823701 ttagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacgtactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatccc 51823800  T
Q  123 ttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 222  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  51823801 ttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcatttccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctt 51823900  T
Q  223 tgcatatagctctgcttcagcggcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 322  Q
    ||| ||||| ||||||||||| |||||| |||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  51823901 tgcgtatagatctgcttcagctgcttgcttgcacgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcgtacagaatt 51824000  T
Q  323 gcttctgcctccttttgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttgt 370  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |  |||||||| || ||||||    
T  51824001 gcttctgcttctttttgtttcttgtataattcccagttagcctcttgt 51824048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 23 - 371
Target Start/End: Original strand, 26755982 - 26756330
Alignment:
Q  23 ttagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatccc 122  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  26755982 ttagtccaaatactaatcttaggttcaagtccgcgtatagcctcagcattaatcttcgcaatatctcgaaacatgccaccatttatcatcaagtagtccc 26756081  T
Q  123 ttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctt 222  Q
    ||||||| || || |    ||||||||| |||||||| | ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||    
T  26756082 ttacagctgtataatcacctccaagtgcgttgagaagggtacttacacacaccccttgaccattcccaagtgtcacgatcccctccgcctccttcttctt 26756181  T
Q  223 tgcatatagctctgcttcagcggcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgcttctgcctctgccttcttctcatacagaatt 322  Q
    |||||||||||||||||| || |||||  | ||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26756182 tgcatatagctctgcttcggctgcttgtttacgagcataaaatgttgcatttgccaatgctatctgtgcttctgcctctgtcttcttctcatacagaatt 26756281  T
Q  323 gcttctgcctccttttgtttcttgtacagctcccagtttgcttcttgtg 371  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26756282 gcttctgcctctttttgtttcttgtacagctcccagtttgcctcttgtg 26756330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University