View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21270_low_3 (Length: 742)

Name: NF21270_low_3
Description: NF21270
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21270_low_3
NF21270_low_3
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (15-726)||(4841701-4842412)
chr4 (15-708)||(5173113-5173800)
chr4 (14-726)||(5182441-5183153)
chr4 (100-726)||(5214087-5214716)
chr4 (14-711)||(5195838-5196544)
chr4 (58-709)||(5160243-5160895)
chr4 (241-726)||(4856198-4856686)
chr4 (463-709)||(7142792-7143041)
chr4 (37-239)||(7142398-7142606)
chr4 (14-215)||(4856686-4856890)
chr4 (271-371)||(7142617-7142717)
chr4 (58-110)||(5203293-5203345)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 4842412 - 4841701
Alignment:
Q  15 tatcaatataatttgatactgatggacctctctagcaacaatattggctcactcccaagttggttgataaataatgatggcatacaatatttggatctat 114  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4842412 tatcaatataatttgatagtgatggacctctctagcaacaatattggctcactcccaagttggttgataaataatgttggcatacaatatttggatctat 4842313  T
Q  115 caaacaacaattttagtggtttgcttccggaagatattggtatattccttcctagtattacctatttgaacttttcaatgaatagctttgaaggaaatat 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||   |||| |||||||||||||||    
T  4842312 caaacaacaattttagtggtttgcttccagaagatattggtatattccttcctagtgttacctatatgaatttttcatcaaataactttgaaggaaatat 4842213  T
Q  215 accttcatcaattggtaagatgaaaaatcttgagtactttgacctctctcataataatttctcaggtgtgttacctaaacaactggccacagattgcgat 314  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  4842212 accttcatcaatttgtaagatgaaaaaacttaagtacttggacctctctcagaatcatttctcaggtgagttacctaaacaactggccgcagattgcaat 4842113  T
Q  315 aatttacaacacttgattctctccaacaactctctacgtgggaatattcctaaatttgtgaatatggaagttttatttctcaataataacaactttagtg 414  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4842112 aatttacaatacttgattctctccaacaactctctatgtgggaatattcctaaatttgtgaatatggtagttttatttctcaataataacaactttagtg 4842013  T
Q  415 gaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagttcaattgg 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  4842012 gaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatagaagattaatattgctatccatatccaataactcaatcacaggcaaaattcctagttcaattgg 4841913  T
Q  515 gatgttttctaacatggaagtccttcttatgtctgaaaatctattagaaggtgagatccctattgggatttccaacatgtccagtcttgaaatgttggat 614  Q
    |||||||||| ||||| |  ||||| |||||  | |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |  | ||| | || ||||||    
T  4841912 gatgttttctcacatgcagttcctttttatgggtcaaaatcaattagaaggtcagatccctattgagatttccaacatgccatggcttcatattttggat 4841813  T
Q  615 ctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttgagtagttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaacagaatgatctctctggatcaaagc 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841812 ctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttgagtagttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaacagaatgatctctctggatcaaagc 4841713  T
Q  715 aatctgaactct 726  Q
     |||||||||||    
T  4841712 catctgaactct 4841701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 708
Target Start/End: Original strand, 5173113 - 5173800
Alignment:
Q  15 tatcaatataatttgatactgatggacctctctagcaacaatattg---gctcactcccaagttggttgataaataatgatggcatacaatatttggatc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5173113 tatcaatataatttgatactgatggacctctctagcaacaatattgttggctcactcccaagttggttgataaataatgatgccatacaatatttggatc 5173212  T
Q  112 tatcaaacaacaattttagtggtttgcttccggaagatattggtatattccttcctagtattacctatttgaacttttcaatgaatagctttgaaggaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  5173213 tatcaaacaacaattttagtggtttgcttccagaagatat------attccttccaagtattacctatttgaacttttcatggaatagctttgaaggaaa 5173306  T
Q  212 tataccttcatcaattggtaagatgaaaaatcttgagtactttgacctctctcataataatttctcaggtgtgttacctaaacaactggccacagattgc 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  5173307 tataccttcatcaattggtaagatgaaaaatcttgagtactttgacctctctcataataatttctcaggtgagttacctaaacaactggccacatattgc 5173406  T
Q  312 gataatttacaacacttgattctctccaacaactctctacgtgggaatattcctaaatttgtgaatatggaagttttatttctcaataataacaacttta 411  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  5173407 gataatttacaatacttgattctctccaacaactctctacgtgggaatattcctaaatttgtgagtatggaagttttattactgaataataacaacttta 5173506  T
Q  412 gtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagttcaat 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  5173507 gtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagaatactaatgctatccatatccaataactcgatcacaggcagaattcctagttcaat 5173606  T
Q  512 tgggatgttttctaacatggaagtccttcttatgtctgaaaatctattagaaggtgagatccctattgggatttccaacatgtccagtcttgaaatgttg 611  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || |||    
T  5173607 tgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctaaaaatcaattagaaggtcagatccctattgagatttccaacatgtccagtctttatattttg 5173706  T
Q  612 gatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttgagtagttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaacagaatgatctctctggat 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||   |  || ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5173707 gatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttca-cag--ctggatctctgagattcttgtatttacaacagaatgatctctctggat 5173800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 726
Target Start/End: Original strand, 5182441 - 5183153
Alignment:
Q  14 atatcaatataatttgatactgatggacctctctagcaacaatat---tggctcactcccaagttggttgataaataatgatggcatacaatatttggat 110  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||| || |||||| |   ||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||  |||  | |||||||||    
T  5182441 atatcaatataatttgatattcttggacctctccagaaacaatttagttggttcattcccaagttggttgatagataatcataacatgaattatttggat 5182540  T
Q  111 ctatcaaacaacaattttagtggtttgcttccggaagatattggtatattccttcctagtattacctatttgaacttttcaatgaatagctttgaaggaa 210  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  5182541 atatcaaacaacaatttgagtggtttgcttccaaaagatattggtatattccttcctagtgttaagtatttgaacttttcatggaatagctttgaaggaa 5182640  T
Q  211 atataccttcatcaattggtaagatgaaaaatcttgagtactttgacctctctcataataatttctcaggtgtgttacctaaacaactggccacagattg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  5182641 atataccttcatcaattggtaagatgaaacaacttgagtacttggacctctctcagaatcatttctcaggtgagttacctaaacaactggccacaggttg 5182740  T
Q  311 cgataatttacaacacttgattctctccaacaactctctacgtgggaatattcctaaattt---gtgaatatggaagttttatttctcaataataacaac 407  Q
     |||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| ||||| | ||||   |||||||||   |  |||||||| ||||||||||||    
T  5182741 tgataatttacaatacttgaagctctccaacaactttctacatgggaagattccaagattttcagtgaatatgtttgggttatttcttaataataacaac 5182840  T
Q  408 tttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagtt 507  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||      || ||| |||||| |||||  |||| ||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  5182841 tttagtggaacacttgaagatgtatt------ggaaaacaatacaggattaggaatgttattcatatccaattactcaatcacaggcaaaattcctagtt 5182934  T
Q  508 caattgggatgttttctaacatggaagtccttcttatgtctgaaaatctattagaaggtgagatccctattgggatttccaacatgtccagtcttgaaat 607  Q
    ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  5182935 caattgggatgttttctgatatgcaagtccttcttatgtccggaaatctattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatggccattcttcaaat 5183034  T
Q  608 gttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttgagtagttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaacagaatgatctctctgga 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5183035 gttggatctttctcaaaacaagttaaatggatcgatcccaaagttcagtagtttgacatctctaaggttcttgtatttgcaatagaatgatctctctgga 5183134  T
Q  708 tcaaagcaatctgaactct 726  Q
    ||||  | |||||||||||    
T  5183135 tcaataccatctgaactct 5183153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 100 - 726
Target Start/End: Original strand, 5214087 - 5214716
Alignment:
Q  100 aatatttggatctatcaaacaacaattttagtggtttgcttccggaagatattggtatattccttcctagtattacctatttgaacttttcaatgaatag 199  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| ||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||   ||||     
T  5214087 aatatttggatatatcaatcaacagtttaagtggttttcttccaaaagatattggtatattccttcctagtgttacctatatgaatttttcatcaaataa 5214186  T
Q  200 ctttgaaggaaatataccttcatcaattggtaagatgaaaaatcttgagtactttgacctctctcataataatttctcaggtgtgttacctaaacaactg 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5214187 ctttgaaggaaatataccttcatcaattggtaagatgaaaaaacttgagtccttggacctctctcataatcatttctcaggtgagttacctaaacaactg 5214286  T
Q  300 gccacagattgcgataatttacaacacttgattctctccaacaactctctacgtgggaatattcctaaatttg---------tgaatatggaagttttat 390  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||          ||||| ||||| ||||||    
T  5214287 gccacaggttgtgataatttacaatacttgaagctctccaacaactttctacatgggaacattcctaaattttataattccatgaatgtggaatttttat 5214386  T
Q  391 ttctcaataataacaactttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctc 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      ||||||| ||||| || | ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  5214387 ttctcaataataacaactttagtggaacacttgaagatgtattgggaaa------taatacaggattagtatttctatccatatccaataattcattctc 5214480  T
Q  491 aggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatggaagtccttcttatgtctgaaaatctattagaaggtgagatccctattgggatttccaac 590  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5214481 aggaacaattcctagctcaattgggacattttcttacatctgggtccttcttatgtctcaaaatatattagaaggtgagatccctattgagatttccaac 5214580  T
Q  591 atgtccagtcttgaaatgttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttgagtagttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaac 690  Q
    ||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| | |  ||| ||||||||||||||||||     
T  5214581 atgtcaagtcttaaaattctggatctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccaaagttaagtggtttgacagttcttaggttcttgtatttgcaaa 5214680  T
Q  691 agaatgatctctctggatcaaagcaatctgaactct 726  Q
    ||||| |||||||||| || |  | |||||||||||    
T  5214681 agaataatctctctggctcgataccatctgaactct 5214716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 14 - 711
Target Start/End: Original strand, 5195838 - 5196544
Alignment:
Q  14 atatcaatataatttgatactgatggacctctctagcaacaatat---tggctcactcccaagt---tggttgataaataatgatggcatacaatatttg 107  Q
    |||||||||||||||| ||    ||| |||||| |||||||||||   ||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||   |||||||    
T  5195838 atatcaatataatttggtatacttggtcctctccagcaacaatataaatggctcactcccaagtaattggttgatacataatgatgacatgatatatttg 5195937  T
Q  108 gatctatcaaacaacaattttagtggtttgcttccggaagatattggtatattccttcctagtattacctatttgaacttttcaatgaatagctttgaag 207  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  5195938 gatatatcaaacaacaatttgagtggtttgcttccaaaagatatcggtatattccttcctaatgttacctatttgaacttttcatggaatagctttgaag 5196037  T
Q  208 gaaatataccttcatcaattggtaagatgaaaaatcttgagtactttgacctctctcataataatttctcaggtgtgttacctaaacaactggccacaga 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |   ||| ||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  5196038 gaaatataccttcatcaattggtaagatgaaacaacttcaactcttggacttctctcaaaatcatttctcaggtgagttacctaaacaactggccacagg 5196137  T
Q  308 ttgcgataatttacaacacttgattctctccaacaactctctacgtgggaatattcctaaattt---------gtgaatatggaagttttatttctcaat 398  Q
    ||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| ||||| | ||||         |||||||||   |  |||||||| |||    
T  5196138 ttgtgataatttacaatacttgaagctctccaacaactttctacatgggaacattccaagattttgtaattcagtgaatatgtttgggttatttcttaat 5196237  T
Q  399 aataacaactttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaa 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  5196238 aataacaactttagtggaacacttgaagatgtatt------aggaaataatacaagattagaaacgctgtccatatccaataattcattctcaggcacaa 5196331  T
Q  499 ttcctagttcaattgggatgttttctaacatggaagtccttcttatgtctgaaaatctattagaaggtgagatccctattgggatttccaacatgtccag 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |   |    
T  5196332 ttcctagttcaattgggatgttttctaacatgtgggcccttcttatgtctaaaaatcaattagaaggtgagatccctattgagatttccagcatatggcg 5196431  T
Q  599 tcttgaaatgttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttgagtagttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaacagaatgat 698  Q
     ||| |||| || |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   || ||| |||| |    |||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  5196432 gcttcaaattttagatctttctcaaaacaagttaaatggatcaatcccacctttaagtggtttgactcttctaaggttcttgtatttgcaagagaatggt 5196531  T
Q  699 ctctctggatcaa 711  Q
    |||||||||||||    
T  5196532 ctctctggatcaa 5196544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 58 - 709
Target Start/End: Original strand, 5160243 - 5160895
Alignment:
Q  58 ttggctcactcccaagttggttgataaataatgatggcatacaatatttggatctatcaaacaacaattttagtggtttgcttccggaagatattggtat 157  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||  |||  | ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  |  ||||| ||| | |    
T  5160243 ttggctcatccccaagttggttgatacataatcataacattaattatttggatatatcaaacaacaatttaagtgggttgctaacaaaagattttgattt 5160342  T
Q  158 attccttcctagtattacctatttgaacttttcaatgaatagctttgaaggaaatataccttcatcaattggtaagatgaaaaatcttgagtactttgac 257  Q
    ||||||||| |||  |||  | ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  |  ||| |||    
T  5160343 attccttccaagtgctacacagttgaacttttcatggaatagctttgaaggaaatataccttcatcaattggtaagataaaaaaacttttgctcttggac 5160442  T
Q  258 ctctctcataataatttctcaggtgtgttacctaaacaactggccacagattgcgataatttacaacacttgattctctccaacaactctctacgtggga 357  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||| | |||||    ||||| |||||| |||| |||| |    
T  5160443 ctctctcataatcatttctcgggtgagttaccaaaacaactggccacagattctgatagtttactatacttgtccgtctccgacaactttctaagtggta 5160542  T
Q  358 atattcctaaatttgtgaat------atggaagttttatttctcaataataacaactttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatac 451  Q
    ||||||| ||||||   |||      ||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       |||||    
T  5160543 atattcccaaattttgtaatttagggatgaaaaatttatttcttaataataacaactttagtggaacacttgaagatgtattgggaaac------aatac 5160636  T
Q  452 aagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatggaagtccttcttatgtctgaa 551  Q
    |  ||||  | | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  5160637 agaattagcatttctatccatatccaataattcattctcaggcacaattcctagttcaattgggacgttttctaacatggaagtccttatcatgtctgaa 5160736  T
Q  552 aatctattagaaggtgagatccctattgggatttccaacatgtccagtcttgaaatgttggatctttc-tcaaaacaagttaattggagcaatcccaaag 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||       
T  5160737 aatctattagaaggtgagatccctattgagttttccaacatgttcagtcttgaaatgttggatctttcttcaaaacaagttaaatggatcaatcccacct 5160836  T
Q  651 ttgagtagttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaacagaatgatctctctggatc 709  Q
    || |||||||| |  | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5160837 ttaagtagtttgacttctctaaagttcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatc 5160895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 241 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 4856686 - 4856198
Alignment:
Q  241 atcttgagtactttgacctctctcataataatttctcaggtgtgttacctaaacaactggccacagattgcgataatttacaacacttgattctctccaa 340  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |   || | |||||| ||||||  ||||||||    
T  4856686 atcttaagtacttggacctctctcagaatcatttctcaggtgagttacctgaacaattggccacagagttgaatgagttacaatacttgaagctctccaa 4856587  T
Q  341 caactctctacgtgggaatattcctaaatttgtgaatatgg--aagtt-------ttatttctcaataataacaactttagtggaacacttgatgatgta 431  Q
    ||||| ||| || ||||||||||||||||||   ||| | |  || ||       ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4856586 caactttctccgagggaatattcctaaattttgtaatttagcgaacttgctttggttattgctcagtaataacaactttagtggaacacttgaagatgta 4856487  T
Q  432 ttgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatgg 531  Q
    ||||||||      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4856486 ttgggaaa------taatacaagattaacaatgctatccatatccaataactcaatcacaggcaaaattcctagttcaattgggaagttttctaacatgg 4856393  T
Q  532 aagtccttcttatgtctgaaaatctattagaaggtgagatccctattgggatttccaacatgtccagtcttgaaatgttggatctttctcaaaacaagtt 631  Q
        |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  4856392 tttcccttgttatgtctgaaaatcaattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtccagtctttatattttggatctttctcaaaacaagtt 4856293  T
Q  632 aattggagcaatcccaaagttgagtagttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaacagaatgatctctctggatcaaagcaatctgaactct 726  Q
    | ||||||||||||||||||| ||| |||| | |  ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  | |||||||||||    
T  4856292 agttggagcaatcccaaagttaagtggtttgacagttcttaggttcttgtatttgcaaaagaataatctccctggatcaataccatctgaactct 4856198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 463 - 709
Target Start/End: Original strand, 7142792 - 7143041
Alignment:
Q  463 tgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatggaagtccttcttatgtctgaaaatctattaga 562  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  || ||||| ||||  ||||||||| |||||    
T  7142792 tgctgtccatatccaataattcaatctcaggaacaattcctagttcaattgggatgttttcaaacctgctagcccttcgtatggttgaaaatcttttaga 7142891  T
Q  563 aggtgagatccctattggga---tttccaacatgtccagtcttgaa-atgttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttgagtag 658  Q
    |||||||||||| |||||||   |||| |||||||| | ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||    
T  7142892 aggtgagatcccaattgggatgttttcaaacatgtctattcttgaatatatt-gatctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccagatttaagtag 7142990  T
Q  659 ttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaacagaatgatctctctggatc 709  Q
    ||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7142991 tttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatc 7143041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 37 - 239
Target Start/End: Original strand, 7142398 - 7142606
Alignment:
Q  37 tggacctctctagcaacaatat---tggctcactcccaag---ttggttgataaataatgatggcatacaatatttggatctatcaaacaacaattttag 130  Q
    |||||||||| || ||||||||   |||||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||    
T  7142398 tggacctctccagaaacaatatagttggctcactcccaagaaattggttgatacataatgatgggatacaacatttggatatatcaaacaacaatttaag 7142497  T
Q  131 tggtttgcttccggaagatattggtatattccttcctagtattacctatttgaacttttcaatgaatagctttgaaggaaatataccttcatcaattggt 230  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  7142498 tggtttgcttccagaagatattggtatattccttcctagtgttgactatctgaacttttcattgaatagctttcaaggaaatataccttaatcaattggt 7142597  T
Q  231 aagatgaaa 239  Q
    | |||||||    
T  7142598 atgatgaaa 7142606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 4856890 - 4856686
Alignment:
Q  14 atatcaatataatttgatactgatggacctctctagcaacaatat---tggctcactcccaagttggttgataaataatgatggcatacaatatttggat 110  Q
    |||||||||||||||| || |  |||||||||| || |||||| |   ||| ||| ||||||||| ||||||| ||||| ||  |||  | |||||||||    
T  4856890 atatcaatataatttggtattcttggacctctccagaaacaatttagttggttcattcccaagttcgttgatagataatcataacatgaattatttggat 4856791  T
Q  111 ctatcaaacaacaattttagtggtttgcttccggaagatattggtatattccttcctagtattacctatttgaacttttcaatgaatagctttgaaggaa 210  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||    
T  4856790 atatcaaacaacaatttgagtggtttgcttccaaaagatattggtatattccttcctagtgttacctatttgaacatttcatggaatagctttgaaggaa 4856691  T
Q  211 atata 215  Q
    |||||    
T  4856690 atata 4856686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 271 - 371
Target Start/End: Original strand, 7142617 - 7142717
Alignment:
Q  271 atttctcaggtgtgttacctaaacaactggccacagattgcgataatttacaacac-ttgattctctccaacaactctctacgtgggaatattcctaaat 369  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  7142617 atttctcgggtgagttacctaaacaattggccaaagattgtgatagttta-aacaccttgatcctctccaacaactttctaagtggtaatattcctaaat 7142715  T
Q  370 tt 371  Q
    ||    
T  7142716 tt 7142717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 110
Target Start/End: Original strand, 5203293 - 5203345
Alignment:
Q  58 ttggctcactcccaagttggttgataaataatgatggcatacaatatttggat 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  5203293 ttggctcattcccaagttggttgatacataatgatgatatacaatatttggat 5203345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University