View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21275_high_1 (Length: 723)

Name: NF21275_high_1
Description: NF21275
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21275_high_1
NF21275_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (4-700)||(42143184-42143880)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 657; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 700
Target Start/End: Original strand, 42143184 - 42143880
Alignment:
Q  4 atgtcgaagaatataacaaatacaagacaattttaaagggtatcacaggaagcattggccccggcgaaattcttgctttgatgggtccttctggtagtgg 103  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42143184 atgtagaagaaaataacaaatacaagacaattttaaagggtatcacaggaagcattggccccggcgaaattcttgctttgatgggtccttctggtagtgg 42143283  T
Q  104 aaagacaaccttgttaagagttgtaggaggaagattacttgataatgtaaagggaaagatatcttacaatgatgttccatatagtcctgctcttaaaaga 203  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42143284 aaagacgaccttgttaagagttgtaggaggaagattacttgatgatgtaaagggaaagatatcttacaatgatgttccatatagtcctgctcttaaaaga 42143383  T
Q  204 aggttaaacatcttgttagaacatcagcatctatgattcaatgtatgaatatgtgctaacaatgtactttaatgtctctctcttttatgctacctatagg 303  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42143384 aggttaaacatcgtgttagaacatcagcatctatgattcaatgtatgaatatgtgctaacaatgtactttaatgtatctctcttttatgctacctatagg 42143483  T
Q  304 attggatttgtaacacaagaggatgtgcttttcccacaacttacagttgaagaaacattgatcttctctgcattcttaaggctaccaaccaacatgagca 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42143484 attggatttgtaacacaagaggatgtgcttttcccacaacttacagttgaagaaacattgatcttctctgcattcttaaggctaccaaccaacatgagca 42143583  T
Q  404 agcaagaaaaatatgcaagagttgagaatactatcaaggatctaggcctagaaaggtgtgtgtctagcatggatcaaaattttacgtaaaatatgattat 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42143584 agcaagaaaaatatgcaagagttgagaatactatcagggatctaggcctagaaaggtgtgtgtctagcatggatcaaaatttgacgtaaaatatgattat 42143683  T
Q  504 tgaatgctcaaataaagaaattgaactgtattcctaaataatcttttgtgcaaccatagatgtcgccacacgaaaataggtggaggatatctcaaaggca 603  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42143684 tgaatactcaaataaagaaattaaactgtattcctaaataatcttttgtgcaaccatagatgtcgccacacgaaaataggtggaggatatctcaaaggca 42143783  T
Q  604 tatcaggaggagaaaggaagagaaccagcataggctatgaaattcttgttgagccttcactgctactacttgatgagccaacttcaggtcttgattc 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42143784 tatcaggaggagaaaggaagagaaccagcataggctatgaaattcttgttgagccttcactgctactacttgatgagccaacttcaggtcttgattc 42143880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University