View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21279_low_1 (Length: 866)

Name: NF21279_low_1
Description: NF21279
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21279_low_1
NF21279_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-861)||(34897804-34898664)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 817; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 817; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 34898664 - 34897804
Alignment:
Q  1 tcttcgtctaggtgatctctggtcaggttccgaagggggtgttattaagatttggccttgggaatcaattgaaaaatctctctctatgtctccagaagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34898664 tcttcgtctaggtgatctctggtcaggttccgaagggggtgttattaagatttggccttgggaatcaattgaaaaatctctctctatgtctccagaagaa 34898565  T
Q  101 aagcacatggcagccttacttgtggagagatcattcattgatctcagaactcaagtcactgtcaatggtgtctgcagtatatcttctcaagaggttaagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34898564 aagcacatggcagccttacttgtggagagatcattcattgatctcagaactcaagtcaccgtcaatggtgtctgcagtatatcttctcaagaggttaagt 34898465  T
Q  201 gttttctgtctgatcatattagagctcgtgtctggtgtgctacagctctatccttttcactctggttagtatgactcttcctgttcttatagtgcattca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34898464 gttttctgtctgatcatattagaggtcgtgtctggtgtgctacagctctatccttttcactctggttagtatgactcttcctgttcttatagtgtattca 34898365  T
Q  301 gatttaatgttgtaattacatctccgttctattgcatcaactcgttttagtatcgtgtttttacttccttaacttttgtttgttactagtgtagtgtttg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34898364 gatttaatgttgtaattacatctccgttctattgcatcaacttgttttagtatcgtgtttttatttccttaacttttgtttgttactagtgtagtgtttg 34898265  T
Q  401 tgtttccttctactcgcatcaaatctaaatgaatttgaataacttggaatctttaattttatagggatgcgcgtacaaaggaccttctgaaagtatttaa 500  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34898264 tgtttccttctactcgcatcaactctaaatgaatttgaataacttggaatctttaattttatagggatgcgcgtacaaaggaccttctgaaagtatttaa 34898165  T
Q  501 catcgatggtcaagcagaaaatcgagttgacatgtcatccgtgcagcaggatcaagcagtagaagacgaaatgaaggtaaagtttgtttccaactcaaaa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34898164 catcgatggtcaagcagaaaatcgagttgacatgtcatccgtgcagcaggatcaagcagtagaagacgaaatgaaggtgaagtttgtttccaactcaaaa 34898065  T
Q  601 aaggaaaagtcccagagtactagctttctgcagaggtcacgtaatgcaatcatgggagctgcagatgctgtccgtcgagttgcaactaagggagctggag 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34898064 aaggaaaagtcccagagtactagctttctgcagaggtcacgtaatgcaatcatgggagctgcagatgctgtccgtcgagttgcaaccaagggagctggag 34897965  T
Q  701 catttgttgatgatactaaaagaacggaagcccttgtgcaaacaaacgatgggatagtttggagtggatgtacaaatggcttacttgtgcaatgggatgg 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34897964 catttgttgatgatactaaaagaacggaagcccttgtgcaaacaaacgatgggataatttggagtggatgtacaaatggcttacttgtgcaatgggatgg 34897865  T
Q  801 aagtggaaaccgtttgcaggattttaatcgccacccttgtgccgtcctatgcttctccact 861  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  34897864 aagtggaaaccgtttgcaggattttaatcgccacccttgtgccgtccaatgcttctgcact 34897804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University