View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF21279_low_10 (Length: 511)
Name: NF21279_low_10
Description: NF21279
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF21279_low_10 |
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| [»] scaffold0062 (3 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0062 (Bit Score: 467; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0062
Description:
Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 493
Target Start/End: Original strand, 15853 - 16339
Alignment:
| Q |
7 |
tccaagaatataaggatcaaactggcaacataattgatggcattgacattaattatcttaacgtcttccatactacaaatgacacaggtaagcttcgttt |
106 |
Q |
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| T |
15853 |
tccaaaaatacaaggatcaaaccggcaacataattgatggcattgacattaattatcttaacgtcttccatactacaaatgacacaggtaagcttcgttt |
15952 |
T |
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| Q |
107 |
tgccaggtgcataggggaagttataacccaacttaagaatgataattatctacgcatcaagatcgtgtccattgctccatccgagaccaatgaaatccac |
206 |
Q |
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| T |
15953 |
tgccaggtgcataggggaagttataactcaacttaagaatgataattatctacgcatcaagatcgtgtccattgctccatccgagaccaatgaaatccac |
16052 |
T |
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| Q |
207 |
taccgcaacttgttttggcaaaatgaggccaatataaattgggttaactaccagttctacaaccaatctaatgctgtatccacacttgacgactttctaa |
306 |
Q |
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| T |
16053 |
taccgcaacttgttttggcaaaatgaggccaatataaattgggttaactaccagttctacaaccaatctaaagctgtatccacacttgacgactttctaa |
16152 |
T |
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| Q |
307 |
aactctatgaccaggtatcaagaaactacaaacctagtatagtccttccaggagttagcaccgacaagcttcacattgagcctgtagacaagatgccaag |
406 |
Q |
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| T |
16153 |
aactctatgaccaggtatcaagaaactacaaacctagtatagtccttccaggagttagcaccgacaagcttcacattgagcctgtagacaagatgccaag |
16252 |
T |
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| Q |
407 |
ggagcacttcattgctggctgcagacatctcctccagatagcatcactccctggtgtttttctttggaacgctgatgactctacaat |
493 |
Q |
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| T |
16253 |
ggagcacttcattgctggctgcagacatctcctccagatagcatcactccctggtgtttttctttggaacgctgatgactctacaat |
16339 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0062; HSP #2
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 493
Target Start/End: Original strand, 26021 - 26507
Alignment:
| Q |
7 |
tccaagaatataaggatcaaactggcaacataattgatggcattgacattaattatcttaacgtcttccatactacaaatgacacaggtaagcttcgttt |
106 |
Q |
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| T |
26021 |
tccaaaaatacaaggatcaaaccggcaacataattgatggcattgacattaattatcttaacgtcttccatactacaaatgacacaggtaagcttcgttt |
26120 |
T |
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| Q |
107 |
tgccaggtgcataggggaagttataacccaacttaagaatgataattatctacgcatcaagatcgtgtccattgctccatccgagaccaatgaaatccac |
206 |
Q |
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| T |
26121 |
tgccaggtgcataggggaagttataactcaacttaagaatgataattatctacgcatcaagatcgtgtccattgctccatccgagaccaatgaaatccac |
26220 |
T |
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| Q |
207 |
taccgcaacttgttttggcaaaatgaggccaatataaattgggttaactaccagttctacaaccaatctaatgctgtatccacacttgacgactttctaa |
306 |
Q |
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| T |
26221 |
taccgcaacttgttttggcaaaatgaggccaatataaattgggttaactaccagttctacaaccaatctaaagctgtatccacacttgacgactttctaa |
26320 |
T |
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| Q |
307 |
aactctatgaccaggtatcaagaaactacaaacctagtatagtccttccaggagttagcaccgacaagcttcacattgagcctgtagacaagatgccaag |
406 |
Q |
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| T |
26321 |
aactctatgaccaggtatcaagaaactacaaacctagtatagtccttccaggagttagcaccgacaagcttcacattgagcctgtagacaagatgccaag |
26420 |
T |
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| Q |
407 |
ggagcacttcattgctggctgcagacatctcctccagatagcatcactccctggtgtttttctttggaacgctgatgactctacaat |
493 |
Q |
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| T |
26421 |
ggagcacttcattgctggctgcagacatctcctccagatagcatcactccctggtgtttttctttggaacgctgatgactctacaat |
26507 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0062; HSP #3
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 493
Target Start/End: Original strand, 36187 - 36673
Alignment:
| Q |
7 |
tccaagaatataaggatcaaactggcaacataattgatggcattgacattaattatcttaacgtcttccatactacaaatgacacaggtaagcttcgttt |
106 |
Q |
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| T |
36187 |
tccaaaaatacaaggatcaaaccggcaacataattgatggcattgacattaattatcttaacgtcttccatactacaaatgacacaggtaagcttcgttt |
36286 |
T |
|
| Q |
107 |
tgccaggtgcataggggaagttataacccaacttaagaatgataattatctacgcatcaagatcgtgtccattgctccatccgagaccaatgaaatccac |
206 |
Q |
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| T |
36287 |
tgccaggtgcataggggaagttataactcaacttaagaatgataattatctacgcatcaagatcgtgtccattgctccatccgagaccaatgaaatccac |
36386 |
T |
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| Q |
207 |
taccgcaacttgttttggcaaaatgaggccaatataaattgggttaactaccagttctacaaccaatctaatgctgtatccacacttgacgactttctaa |
306 |
Q |
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| T |
36387 |
taccgcaacttgttttggcaaaatgaggccaatataaattgggttaactaccagttctacaaccaatctaaagctgtatccacacttgacgactttctaa |
36486 |
T |
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| Q |
307 |
aactctatgaccaggtatcaagaaactacaaacctagtatagtccttccaggagttagcaccgacaagcttcacattgagcctgtagacaagatgccaag |
406 |
Q |
| |
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| T |
36487 |
aactctatgaccaggtatcaagaaactacaaacctagtatagtccttccaggagttagcaccgacaagcttcacattgagcctgtagacaagatgccaag |
36586 |
T |
|
| Q |
407 |
ggagcacttcattgctggctgcagacatctcctccagatagcatcactccctggtgtttttctttggaacgctgatgactctacaat |
493 |
Q |
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| T |
36587 |
ggagcacttcattgctggctgcagacatctcctccagatagcatcactccctggtgtttttctttggaacgctgatgactctacaat |
36673 |
T |
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