View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21279_low_14 (Length: 480)

Name: NF21279_low_14
Description: NF21279
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21279_low_14
NF21279_low_14
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (16-462)||(14546953-14547399)
chr2 (16-462)||(15007652-15008098)
chr2 (16-462)||(15003936-15004381)
chr2 (56-462)||(14512130-14512542)
chr2 (56-373)||(14528669-14528992)
chr2 (56-373)||(14542895-14543218)
chr2 (42-462)||(14533814-14534231)
chr2 (34-451)||(31968990-31969407)
chr2 (16-462)||(14519970-14520416)
chr2 (17-298)||(14567366-14567647)
chr2 (13-432)||(15013092-15013508)
chr2 (16-307)||(15023744-15024035)
chr2 (31-307)||(14552318-14552594)
chr2 (16-367)||(15019649-15020000)
chr2 (33-307)||(14850409-14850683)
chr2 (16-94)||(14847682-14847760)
chr2 (260-315)||(14476142-14476197)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (229-462)||(17357017-17357249)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (143-205)||(38524890-38524952)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 427; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 14547399 - 14546953
Alignment:
Q  16 atatagatggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaatt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14547399 atatagatggccttttttgaagcaagctagcaatgacagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagcggcaacaaggtgataggaatt 14547300  T
Q  116 aaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcc 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14547299 aaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgtttc 14547200  T
Q  216 tccaagctacttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaa 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14547199 tccaagctacttcgcaaaattcgagggttttctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaa 14547100  T
Q  316 ttatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataac 415  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14547099 ttatattgtggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataac 14547000  T
Q  416 tgaattaggattttctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttga 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14546999 tgaattaggattttctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttga 14546953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 16 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 15008098 - 15007652
Alignment:
Q  16 atatagatggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaatt 115  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |   |    
T  15008098 atatagatggccttttctgaagcaatttagcaatggtagaatcagaaactccaaaaccagttatcaaattgatattagccacaataaggtgatatgggct 15007999  T
Q  116 aaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcc 215  Q
    || | |||   |  | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||      
T  15007998 aataataaacgacattgaatgtcgaagtaagcaaacaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttg 15007899  T
Q  216 tccaagctacttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaa 315  Q
     ||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |    
T  15007898 cccaagctacttcgtaaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaatattcaaactttggcaata 15007799  T
Q  316 ttatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataac 415  Q
      || | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |    |||||||||  || ||||||  |||||  ||| |||    
T  15007798 acattttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaac 15007699  T
Q  416 tgaattaggattttctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttga 462  Q
    ||||||||| |||||   ||  |||||| ||||||| ||||||||||    
T  15007698 tgaattaggcttttcaagggtattgaaacgaacctgtttgttgttga 15007652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 462
Target Start/End: Original strand, 15003936 - 15004381
Alignment:
Q  16 atatagatggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaatt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||| | | || |||||||| ||     
T  15003936 atatagatggccttttttgaagcaatctagcaatggtagaatcagaaacatcaaaatccaccatcaaattgatattagcctctagaaagtgatagggata 15004035  T
Q  116 aaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcc 215  Q
    ||||||||   |  | |||| ||||| ||||| || ||||  ||||||||||||||  || || ||| ||||||||| |||||||||||| ||||| | |    
T  15004036 aaaagtaaacgatcttgaatatcgaattaagccaacaatggtatccttgttggtttcgaa-aacctatttaacaattcaaaaagagggattattcgattc 15004134  T
Q  216 tccaagctacttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaa 315  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |    
T  15004135 tccaagctactttgtaaaattcgagggtttgaagttaacaatgaaacaatatcagaggaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttgacaata 15004234  T
Q  316 ttatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataac 415  Q
         | |||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| | |  | |||||||| || ||||||  |||||  |||||||    
T  15004235 aacctttgtggggttgcgatgaaagtaaccaaggtgcttttgtgatgatgatgcgtatgttatcgagtgaaaaaccatgattttgaaagaaggtgataac 15004334  T
Q  416 tgaattaggattttctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttga 462  Q
     |||| |||||| |||| ||  |||||| ||||||| ||||||||||    
T  15004335 agaatcaggattatctggggtattgaaacgaacctgcttgttgttga 15004381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 56 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 14512542 - 14512130
Alignment:
Q  56 atcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatg 155  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||  || ||    |||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  14512542 atcagaaactccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgatagggattagtagcaaatgcagtccaatatcgaattaagcaaagaatg 14512443  T
Q  156 acatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaag------ctacttcgcaaaattcgagggtttgctg 249  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||| ||| |||||||      |||||||| ||||||| ||||||||  |    
T  14512442 atatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaagctacttcgtaaaattctagggtttgtag 14512343  T
Q  250 ttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatgg 349  Q
    |||  |||| |||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||   | | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  14512342 ttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatgg 14512243  T
Q  350 tgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattttctgcggatttgaaaagaacc 449  Q
    |||| |||| || ||||| ||||| |    |||||||||  || ||||||  |||||  |||| ||||||| ||| || |||||||  |||||| ||||     
T  14512242 tgctcttctgatcatgatgcgtatgttgtcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgatgactgaatcaggtttatctgcggtattgaaacgaaca 14512143  T
Q  450 tgattgttgttga 462  Q
    || |||| |||||    
T  14512142 tgcttgtagttga 14512130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 56 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 14528992 - 14528669
Alignment:
Q  56 atcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatg 155  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||  || ||    |||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  14528992 atcagaaactccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgatagggattagtagcaaatgcagtccaatatcgaattaagcaaagaatg 14528893  T
Q  156 acatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaag------ctacttcgcaaaattcgagggtttgctg 249  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||| ||| |||||||      |||||||| ||||||| ||||||||  |    
T  14528892 atatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaggctacttcgtaaaattctagggtttgtag 14528793  T
Q  250 ttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatgg 349  Q
    |||  |||| |||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||   | | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  14528792 ttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatgg 14528693  T
Q  350 tgcttttctaatgatgattcgtat 373  Q
    |||| |||| || ||||| |||||    
T  14528692 tgctcttctgatcatgatgcgtat 14528669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 56 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 14543218 - 14542895
Alignment:
Q  56 atcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatg 155  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||  || ||    |||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  14543218 atcagaaactccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgatagggattagtagcaaatgcagtccaatatcgaattaagcaaagaatg 14543119  T
Q  156 acatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaag------ctacttcgcaaaattcgagggtttgctg 249  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||| ||| |||||||      |||||||| ||||||| ||||||||  |    
T  14543118 atatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaggctacttcgtaaaattctagggtttgtag 14543019  T
Q  250 ttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatgg 349  Q
    |||  |||| |||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||   | | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  14543018 ttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatgg 14542919  T
Q  350 tgcttttctaatgatgattcgtat 373  Q
    |||| |||| || ||||| |||||    
T  14542918 tgctcttctgatcatgatgcgtat 14542895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 42 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 14534231 - 14533814
Alignment:
Q  42 ctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcgaatgtcgaa 141  Q
    ||||||||| |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||   || || |||||    |||| |||||   |    
T  14534231 ctagcaatgacagaatgaggaattccaaaatcagtcatcaaattgatattagccacaataaggtgata---ataaatagtaaatgtagtccaatgtttta 14534135  T
Q  142 gtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagctacttcgcaaaattcgagg 241  Q
     |||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  14534134 ttaagcaaataatggcatccctgttggtttttaagcacctacttaataattgaaaaagagggattatttgtttctccaagctacttcgtaaaattcgagg 14534035  T
Q  242 gtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtggggttgtaatgaaagt 341  Q
    |||||  ||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |   | | |||||||||| ||||||||    
T  14534034 gtttgtagttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaactttggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagt 14533935  T
Q  342 aaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattttctgcggatttga 441  Q
    ||||| ||||| |||   |||||||| ||||| |  |||| || |||| || | ||||  |||||  ||||||| |||| || ||| |||| ||  ||||    
T  14533934 aaccaaggtgccttttggatgatgatgcgtatgttggagtttggaaaaccatggttttgaaagaaggtgataacagaatcagcattatctggggtattga 14533835  T
Q  442 aaagaacctgattgttgttga 462  Q
    || ||||||| ||||||||||    
T  14533834 aacgaacctgcttgttgttga 14533814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 34 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 31969407 - 31968990
Alignment:
Q  34 gaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcga 133  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | | ||||| |  || || || | |||   |  | ||    
T  31969407 gaagcaatctagcaatggcagaatcataaactccaaaatcaaccatcaaattgatattagcctctagaaggttaaggggataaacaataaacgaccttga 31969308  T
Q  134 atgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagctacttcgcaaa 233  Q
    |||||||| |||| ||| |||   |||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| | |||    
T  31969307 atgtcgaattaagtaaacaatagtatccttgttggttttcgaaaacctatttaacaattgaaaaagagggattattcgtttgtccaagctactttgtaaa 31969208  T
Q  234 attcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtggggttgta 333  Q
    ||  |||||||||| ||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||| |   | | ||||||||||     
T  31969207 atgtgagggtttgcagttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattggatataaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtg 31969108  T
Q  334 atgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattttctgc 433  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||| ||||||| ||||||| || | ||||  |||||  ||||||| |||| |||||| ||||     
T  31969107 atgaaagtaaccatggtgcttttttgatgaagatgcgtatgtcagagtttgaaaaaccatggttttgaaagaaggtgataacagaatcaggattatctga 31969008  T
Q  434 ggatttgaaaagaacctg 451  Q
    ||  |||||| |||||||    
T  31969007 ggtattgaaacgaacctg 31968990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 14520416 - 14519970
Alignment:
Q  16 atatagatggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaatt 115  Q
    ||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | | ||  ||||||| ||     
T  14520416 atatagatgaccttgtttgaagcaatctagcaatgttagaatcagaaactccaaattcaatcatcaaattgatattagcctctagaacatgatagggata 14520317  T
Q  116 aaaagtaacata-agtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttc 214  Q
    || | |||   | ||| |||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||     
T  14520316 aataataaacgatagt-gaatttcgaattaagcaaacaatggtatccttgttggttttcgaaaacctatttaacaattgaaaaagagggattattcgttt 14520218  T
Q  215 ctccaagctacttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaa 314  Q
    |||||| |||||| | ||||||  ||| ||||| ||||  |    || ||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||| |||||| |||||     
T  14520217 ctccaaactactttgtaaaattttaggatttgcagttaacaggcgaataatatcagaggaagaagcacctttggagagtaaaaattgaaactttggcaat 14520118  T
Q  315 attatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataa 414  Q
    |  || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| | |  |||||||||  || | ||||  |||||  ||||||    
T  14520117 accattttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttgtgatgatgatgcgtatgttatcgtgtgaaaagccatggttttgaaagaaggtgataa 14520018  T
Q  415 ctgaattaggattttctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttga 462  Q
    | |||| |||||| |||| ||  |||||| |||||||  |||||||||    
T  14520017 cagaatcaggattatctggggtattgaaacgaacctgtctgttgttga 14519970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 14567647 - 14567366
Alignment:
Q  17 tatagatggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaatta 116  Q
    |||||||||||||   |||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  || |||||||||||||||     
T  14567647 tatagatggccttgactgaagcaaactagcaatgacattatcagaaactccaaaatcagacatcaaattgacattatccataataaggtgataggaattc 14567548  T
Q  117 aaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcct 216  Q
    | || ||    ||| ||||| |||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||    
T  14567547 atagaaaatgcagttgaatgccgaattaagcaaataatgatatctttgttggttttcaagaacttacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttct 14567448  T
Q  217 ccaagctacttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaa 298  Q
    |||| ||| |  ||||||||  ||||||||  ||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  14567447 ccaaactaatatgcaaaattatagggtttgaagttaacaatgaaacaatctcagaggaagaagcacctttggatagaaaaaa 14567366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 15013508 - 15013092
Alignment:
Q  13 aatatatagatggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgatagga 112  Q
    |||||||||||  |||  || ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | | |||||||  ||     
T  15013508 aatatatagatttcctagttcgaagcaatctagcaatggcagaatcacaaactccaaaatcaaccatcaaattgatattagcctctagaaggtgaagggg 15013409  T
Q  113 attaaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgt 212  Q
    | | |   |||   |  | |||| | ||| |||| ||| |||   |||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| || |||    
T  15013408 agtta---taaacgaccttgaatttagaattaagtaaacaatagtatccttgttggttttcaaaaacctatttaataattgaaaaagagggattatccgt 15013312  T
Q  213 tcctccaagctacttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggca 312  Q
    |  |||||||||||| | |||||  |||||||||| ||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  15013311 ttgtccaagctactttgtaaaatgtgagggtttgcagttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccgttggatataaaaaattgaaacttaggca 15013212  T
Q  313 aaattatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgat 412  Q
    | |   | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||| || | ||||  ||||| |||||    
T  15013211 ataaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttttgatgatgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgat 15013112  T
Q  413 aactgaattaggattttctg 432  Q
     ||||| | |||||| ||||    
T  15013111 gactgagtcaggattatctg 15013092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 15024035 - 15023744
Alignment:
Q  16 atatagatggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaatt 115  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||| ||| |||||||| || ||     
T  15024035 atatagatggcttattttgaagcaatctagcaatgacagaatcagaaactccaaaatcagaaatcagattgatactagccacaataaggtgatggggatg 15023936  T
Q  116 aaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcc 215  Q
    |  ||||||  |  |||||||| ||| |||||||| |||   ||||||||| ||||| ||||| ||  ||| ||||| |||||||||||| ||||| | |    
T  15023935 actagtaacccatttcgaatgttgaattaagcaaacaatagtatccttgttagttttaaagaaccttgttagcaatttaaaaagagggattattcgattc 15023836  T
Q  216 tccaagctacttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaactt 307  Q
    || |||||| || | |||||| |||||| ||  ||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15023835 tcaaagctagtttgtaaaatttgagggtatgtagttaacaatgaaacaatatgagatgaagaagcacctttggatagaaaaaattcaaactt 15023744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 31 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 14552594 - 14552318
Alignment:
Q  31 tttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagt 130  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| ||| || |||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| || || |  || |||  |  |    
T  14552594 tttgaagcaatctagcaatgacagaatgagacacgccaaaatcagacatcagattaatattagccacaataaggtgatggggataactagcaacccattt 14552495  T
Q  131 cgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagctacttcgc 230  Q
    ||||||||||| |||||||| |||   ||||||||| ||||| |||||  | |||||||||| |||||||||||| |||||||  |||| ||||||| |     
T  14552494 cgaatgtcgaattaagcaaacaattgtatccttgttagttttaaagaacattcttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgtccaggctactttgt 14552395  T
Q  231 aaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaactt 307  Q
    |||||| |||||||||  ||||  ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14552394 aaaatttgagggtttgaagttaacaatgaaataatatgagatgaagaagcacctttggatagaaaatattcaaactt 14552318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 15020000 - 15019649
Alignment:
Q  16 atatagatggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaatt 115  Q
    |||||||||||||| || ||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | ||| | ||| || || |||    
T  15020000 atatagatggccttgttcgaagcaatctagcaatggtagaatcagaaaatccaaaatcaaccatcaaattgatattagacacaatacggtcatggggatt 15019901  T
Q  116 aaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcc 215  Q
    |  || ||    |||| ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||| |||||| ||||||  |    
T  15019900 agtagaaaatgcagtccaatatcgaattaagcaaacaatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaataattcaaaaaaagggattattcgtctc 15019801  T
Q  216 tccaagctacttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaa 315  Q
    |||||||||| | | ||||||| ||||| ||| ||||  |||| || ||||||||| |||  || | | |  |||||||| |||| |||||| ||||| |    
T  15019800 tccaagctaccttgtaaaattctagggtgtgcagttaacaatggaataatatcagaggaataagaagcatcagatagaaagaattgaaactttggcaata 15019701  T
Q  316 ttatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgat 367  Q
      || | |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  15019700 acattttgtggggttgtgatgaaagtaaccaaggtgcttttttgatgatgat 15019649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 33 - 307
Target Start/End: Original strand, 14850409 - 14850683
Alignment:
Q  33 tgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcg 132  Q
    |||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||| ||| | |||||    ||| |    
T  14850409 tgaagcatactagcaatgacattatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccacaataatgcgatagggatttatagtaaatgcagtgg 14850508  T
Q  133 aatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagctacttcgcaa 232  Q
    ||  ||||| |||||| ||||||  ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||  || ||||||  | | ||    
T  14850509 aacatcgaattaagcagagaatggtatccttgctggatttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattattcgtttgtctaagctatattgtaa 14850608  T
Q  233 aattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaactt 307  Q
    |||| |||||||||  ||||  ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14850609 aatttgagggtttgaagttaacaatgaaataatatgagaggaagaagcacctttggatagaaaatattcaaactt 14850683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 16 - 94
Target Start/End: Original strand, 14847682 - 14847760
Alignment:
Q  16 atatagatggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagc 94  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||  ||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  14847682 atatagatgaccttttttgaagcaatctatcaatggtagaatcgcaaactccaaaatcagtcctaaaattgataatagc 14847760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 315
Target Start/End: Original strand, 14476142 - 14476197
Alignment:
Q  260 aacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaa 315  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  14476142 aacaatgtcagatgtagaagcacctttggagagaaaaaattgaaactttggcaaaa 14476197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 229 - 462
Target Start/End: Original strand, 17357017 - 17357249
Alignment:
Q  229 gcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtgggg 328  Q
    ||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||     
T  17357017 gcaaaattgtagggtttgcagttacgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaactttggcaaaattatattgtggga 17357116  T
Q  329 ttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattt 428  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17357117 ttgtaatgaaacaaaccatggtgcttttctattgatgattcgaatgtcggagtgtgcaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattagg-ttt 17357215  T
Q  429 tctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttga 462  Q
    |||||  ||||||||||||| || ||||||||||    
T  17357216 tctgcaaatttgaaaagaacatgtttgttgttga 17357249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 143 - 205
Target Start/End: Original strand, 38524890 - 38524952
Alignment:
Q  143 taagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggat 205  Q
    ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||  || ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  38524890 taagcaaagaatggcattcttcttggttttcagaaacctacttaacgattcaaaaagagggat 38524952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University