View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21280_high_2 (Length: 810)

Name: NF21280_high_2
Description: NF21280
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21280_high_2
NF21280_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-800)||(24357993-24358760)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 700; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 24358760 - 24357993
Alignment:
Q  18 tagagttgtcataatatttgtgcagtttaatctgaaaatatttcaattttgaaatttgtaattttctgtacttctgatgtata----aaaactaagggta 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||    
T  24358760 tagagttgtcataatatttgtgcagtttaatctgaaaatatttcaattttgaaatttgtaattttctgtacttctgatgtatagaaaaaaactaagggta 24358661  T
Q  114 atttttcaatgagaagaagtcataaaacttgctctcctgtggcaaaaagattccaaaaaatggttgtcacaacatagagacatgctgttatagttaggaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24358660 atttttcaatgagaagaagtcataaaacttgctctcctgtggcaaaaagattccaaaaaatggttgtcacaacatagagacatgctgttatagttaggaa 24358561  T
Q  214 tgcttgaaatgatcccaaccattgtacaaaataaccagttccaattgtgcttatgatagctgctaaagttccagctgaatttgatattcctgtaatagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24358560 tgcttgaaatgatcccaaccattgtacaaaataaccagttccaattgtgcttatgatagctgctaaagttccagctgaatttgatattcctgtaatagtt 24358461  T
Q  314 tctttaatgttaatacatgatccatgatgtaaaaacaacgacttaatttagaaaaagggaagacattccaaacacattttcttaagttcttaccatgtaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24358460 tctttaatgttaatacatgatccatgatgtaaaaacaacgacttaatttagaaaaagggaagacattccaaacacattttcttaagttcttaccatgtaa 24358361  T
Q  414 aattcctgcatactgtggagcaatgtcctgaatatgtaaaatgtgaaaggttactcatatatttctaagttcatgaaatgtcataaatataatgtttaaa 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  24358360 aattcctgcatactgtggagcaatgtcctgaatatgtaaaatgtgaaaggttactgatatatttctaagttcatgaaatgtcataaatata--------- 24358270  T
Q  514 gttttagagtatattcagatttttgtgtgctggacttacttgtatgttgagcataaaaccagcttgactgaaagagcttaagcttaaagctgcagtcaag 613  Q
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24358269 ----------atattcagatttttgtgtgctggacttacttgtatgttgagcataaaaccagcttgactgaaagagcttaagcttaaagctgcagtcaag 24358180  T
Q  614 agtgtagctgccattgttggtgtattggcgtaattcaagcagatcaaggtaacagctggccccataaatccaattgtctgcaattttatatattgcatta 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24358179 agtgtagctgccattgttggtgtattggcgtaattcaagcagatcaaggtaacagctggccccataaatccaattgtctgcaattttatatattgcatta 24358080  T
Q  714 ctaaaaatcaacatgaataaggaaagagtttccggtacttaatatgaattccatctatttttggtctataattgctttctgtctgtg 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24358079 ctaaaaatcaacatgaataaggaaagagtttccggtacttaatatgaattccatctatttttggtctataattgctatctgtctgtg 24357993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University