View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21283_low_7 (Length: 286)

Name: NF21283_low_7
Description: NF21283
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21283_low_7
NF21283_low_7
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (21-276)||(2791142-2791397)
chr3 (21-275)||(2769891-2770145)
chr3 (21-269)||(2798183-2798437)
chr3 (50-276)||(2760065-2760297)
chr3 (40-271)||(2749836-2750073)
chr3 (30-267)||(2808098-2808341)
chr3 (40-268)||(5413727-5413961)
chr3 (40-271)||(2837660-2837897)
chr3 (40-271)||(2854870-2855107)
chr3 (50-276)||(2819408-2819643)
chr3 (175-270)||(3356427-3356522)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (30-271)||(5212-5459)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 21 - 276
Target Start/End: Original strand, 2791142 - 2791397
Alignment:
Q  21 tatcctcaagactattctgttaataataagagattaactcgacaatggatagccgaagggtttattaaatgttatgagagacgaactccagaggaagtgg 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2791142 tatcctcaagactattctgttaataataagagattaactcgacaatggatagccgaagggtttattaaatgttatgagagacgaactccagaggaagttg 2791241  T
Q  121 cagaggagtacttgtctgaattgattcatagaagtttagttcaagtgtcaattgttgaagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattccggga 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2791242 cagaggagtacttgtctgaattgattcatagaagtttagttcaagtctcaattgttgaagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattctggga 2791341  T
Q  221 agctctcattagaaaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgcatgatgatg 276  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2791342 agttctcatcagaaaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgcatgatgatg 2791397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 21 - 275
Target Start/End: Original strand, 2769891 - 2770145
Alignment:
Q  21 tatcctcaagactattctgttaataataagagattaactcgacaatggatagccgaagggtttattaaatgttatgagagacgaactccagaggaagtgg 120  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  2769891 tatcctcaagactattctattaataataagagattaacacggcaatggatagctgaagggtttattaaatctgatgagagacgaaccccagaagaagttg 2769990  T
Q  121 cagaggagtacttgtctgaattgattcatagaagtttagttcaagtgtcaattgttgaagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattccggga 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2769991 cagaggagtacttgtctgaattgattcatagaagtttagttcaagtctcaattgttgaagggaaaattcaaacatgtcaagtccatgatttattccagga 2770090  T
Q  221 agctctcattagaaaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgcatgatgat 275  Q
    || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2770091 agttttcattaaaaaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgcatgatgat 2770145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 21 - 269
Target Start/End: Original strand, 2798183 - 2798437
Alignment:
Q  21 tatcctcaagactattctgttaataataagagattaactcgacaatggatagccgaagggtttattaaatgttatgagagacgaactccagaggaagtgg 120  Q
    |||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||  ||| |    
T  2798183 tatcctcaggactattctatcaatcataagagattaactcgacaatggatagctgaagggtttgttaaatctgatgagagacgaactcaagagatagttg 2798282  T
Q  121 cagaggagtacttgtctgaattgattcatagaagtttagttcaagtgtcaattgttg------aagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttatt 214  Q
    |||| ||||| ||||||||| | ||||| |||||| | ||||| || |||| |||||      ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  2798283 cagaagagtatttgtctgaactaattcacagaagtatggttcaggtctcaaatgttggatttgaagggaaagttcaaacatgccgagtccatgatttatt 2798382  T
Q  215 ccgggaagctctcattagaaaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgcat 269  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  2798383 ccgggaagtgctcattagaaaaatgaaggatttaagattctgtcattgtgtgcat 2798437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 50 - 276
Target Start/End: Original strand, 2760065 - 2760297
Alignment:
Q  50 gagattaactcgacaatggatagccgaagggtttattaaatgttatgagagacgaactccagaggaagtggcagaggagtacttgtctgaattgattcat 149  Q
    ||||||||||| |||||||  ||| ||||||||| |||||| | ||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  2760065 gagattaactcaacaatgggcagctgaagggtttgttaaatctgatgggagaagaactccagagcaagttgcagaggagtacttgtctgaattgattcag 2760164  T
Q  150 agaagtttagttcaagtgtcaattgtt------gaagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattccgggaagctctcattagaaaaatgaagg 243  Q
    |||||| |||| ||||| ||   ||||      ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||    
T  2760165 agaagtctagtccaagtctcggatgttaactttgaagggaaagtacatacatgtcaagtccatgatttattgcgggaagtgatcattagaaaaatgaagg 2760264  T
Q  244 acttaagtttctgtcattgtgtgcatgatgatg 276  Q
    | || |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  2760265 atttgagtttctgccattgtatgcatgatgatg 2760297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 40 - 271
Target Start/End: Original strand, 2749836 - 2750073
Alignment:
Q  40 ttaataataagagattaactcgacaatggatagccgaagggtttattaaatgttatgagagacgaactccagaggaagtggcagaggagtacttgtctga 139  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||   | |||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  2749836 ttaatcataggagattaactcgacaatggatagctgaagggtttgtaaaattggaagagagaagaactccagagcaagttgcagaagagtacttgtctga 2749935  T
Q  140 attgattcatagaagtttagttcaagtgtcaattg------ttgaagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattccgggaagctctcattaga 233  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| || |||| ||      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    ||||||||    
T  2749936 attgattcagagaagtttggttcaggtctcaaatgttggctttgaaggaaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttaatgcgggaattgatcattaga 2750035  T
Q  234 aaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgcatga 271  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||||  |||||||    
T  2750036 aaaatgaaggatttaaatttcggtcattgcatgcatga 2750073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 30 - 267
Target Start/End: Original strand, 2808098 - 2808341
Alignment:
Q  30 gactattctgttaataataagagattaactcgacaatggatagccgaagggtttattaaatgttatgagagacgaactccagaggaagtggcagaggagt 129  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||   |||||||| ||||||||||| |  | |||||||| |    
T  2808098 gactactctattaatcataagagattaactcgacaatggatagctgaagggtttgttaaatcagatgagagaagaactccagagcatatagcagaggaat 2808197  T
Q  130 acttgtctgaattgattcatagaagtttagttcaagtgtcaattg------ttgaagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattccgggaagc 223  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| | ||||| || |||| ||      ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||     
T  2808198 acttgtatgaattgattcacagaagtctggttcaggtctcaaatgttggctttgaaggaaaagttcaaatatgtcaagtccatgatttattgcggcaagt 2808297  T
Q  224 tctcattagaaaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgc 267  Q
      ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  2808298 gatcattaggaaaatgaaggatttaagtttttgtcattctgtgc 2808341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 40 - 268
Target Start/End: Original strand, 5413727 - 5413961
Alignment:
Q  40 ttaataataagagattaactcgacaatggatagccgaagggtttattaaatgttatgagagacgaactccagaggaagtggcagaggagtacttgtctga 139  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||   | |||||| ||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  5413727 ttaatcataggagattaactcgacaatggatagctgaagggtttgttcaattgcaagagagaagaactccggagcaagttgcagaggaatacttgtctga 5413826  T
Q  140 attgattcatagaagtttagttcaagtgtcaattg------ttgaagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattccgggaagctctcattaga 233  Q
    ||||||||| |||||| | ||||| || |||| ||      ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||   ||||||||    
T  5413827 attgattcaaagaagtctggttcaggtctcaaatgttggctttgaaggaaaagttcaaacatgtcaagtacatgatttactgcgggaagtgatcattaga 5413926  T
Q  234 aaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgca 268  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  5413927 aaaatgaaggatttaagtttcggtcatagtgtgca 5413961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 40 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 2837897 - 2837660
Alignment:
Q  40 ttaataataagagattaactcgacaatggatagccgaagggtttattaaatgttatgagagacgaactccagaggaagtggcagaggagtacttgtctga 139  Q
    ||||| ||| |||| ||||| | ||||||||||| || |||||| | |||| | |||||||| |||||   ||| ||||||| ||||| |||||||| ||    
T  2837897 ttaatcataggagactaactaggcaatggatagctgaggggtttgtcaaatctgatgagagaagaactttggagcaagtggctgaggaatacttgtcaga 2837798  T
Q  140 attgattcatagaagtttagttcaagtgtcaattgttg------aagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattccgggaagctctcattaga 233  Q
    ||||||||| |||||| |  |||| || |||| |||||      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||    
T  2837797 attgattcacagaagtctgattcaggtctcaaatgttggctttgaagggaaagttaaaacatgtcaagtccatgatttattgcgggaagttatcattaga 2837698  T
Q  234 aaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgcatga 271  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||    
T  2837697 aaaatgaagaatttaagtttctgtcattttgtgcatga 2837660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 40 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 2855107 - 2854870
Alignment:
Q  40 ttaataataagagattaactcgacaatggatagccgaagggtttattaaatgttatgagagacgaactccagaggaagtggcagaggagtacttgtctga 139  Q
    ||||| ||| |||| ||||| | ||||||||||| || |||||| | |||| | |||||||| |||||   ||| ||||||| ||||| |||||||| ||    
T  2855107 ttaatcataggagactaactaggcaatggatagctgaggggtttgtcaaatctgatgagagaagaactttggagcaagtggctgaggaatacttgtcaga 2855008  T
Q  140 attgattcatagaagtttagttcaagtgtcaattgttg------aagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattccgggaagctctcattaga 233  Q
    ||||||||| |||||| |  |||| || |||| |||||      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||    
T  2855007 attgattcacagaagtctgattcaggtctcaaatgttggctttgaagggaaagttaaaacatgtcaagtccatgatttattgcgggaagtgatcattaga 2854908  T
Q  234 aaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgcatga 271  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||    
T  2854907 aaaatgaagaatttaagtttctgtcatttcgtgcatga 2854870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 50 - 276
Target Start/End: Original strand, 2819408 - 2819643
Alignment:
Q  50 gagattaactcgacaatggatagccgaagggtttatt-aaatgtta--tgagagacgaactccagaggaagtggcagaggagtacttgtctgaattgatt 146  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| | |  || |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2819408 gagaataactcgacaatggatagctgaagggtttgttcaaatatcagttgggagaagaactccagagcaagttgcagaggagtacttgtctgaactgatt 2819507  T
Q  147 catagaagtttagttcaagtgtcaattgttga------agggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattccgggaagctctcattagaaaaatga 240  Q
    || |||||| | |||||||| ||   ||||||      ||| |||||| | | ||||||||||||||||||||| |||||||   |||||| |||||| |    
T  2819508 cagagaagtctggttcaagtctcggatgttgactttgaaggtaaagttgataaatgtcaagtccatgatttattgcgggaagtgatcattacaaaaataa 2819607  T
Q  241 aggacttaagtttctgtcattgtgtgcatgatgatg 276  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  2819608 aggatttaagattttgtcattgtgtgcatgatgatg 2819643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 175 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 3356522 - 3356427
Alignment:
Q  175 ttgaagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattccgggaagctctcattagaaaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgcatg 270  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| || || ||||   |||||| ||||||||| || |||||||| |||||||  |||||||    
T  3356522 ttgatgggaaagttaaaagatgtcaagtccatgatttgttgcgtgaagtggtcattaaaaaaatgaaagatttaagtttttgtcattcagtgcatg 3356427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 30 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 5459 - 5212
Alignment:
Q  30 gactattctgttaataataagagattaactcgacaatggatagccgaagggtttattaaatgttatgagagacgaactccagaggaagtggcagaggagt 129  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| | | ||||||||| |||||| ||| |||| ||||| ||||    
T  5459 gactattctattaatcataagagattaactcgtcaatggatagctgaagggtttgttaagtatgatgagagacaaactcccgagcaagttgcagatgagt 5360  T
Q  130 acttgtctgaattgattcatagaagtttagttcaagtgtcaattg------ttgaagggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattccgggaagc 223  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || |||| ||      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||     
T  5359 acttgtctgaattgattcacagaagtctggttcaggtctcaaatgttggctttgaggggaaagttcaaacatgtcaagtccatgatttattgcgtgaagt 5260  T
Q  224 tctcattagaaaaatgaaggacttaagtttctgtcattgtgtgcatga 271  Q
      ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  5259 gatcattagaaaaatgaaggatttaactttttgtcattgtgtgcatga 5212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University