View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21284_low_5 (Length: 793)

Name: NF21284_low_5
Description: NF21284
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21284_low_5
NF21284_low_5
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (52-778)||(40206565-40207284)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 561; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 778
Target Start/End: Original strand, 40206565 - 40207284
Alignment:
Q  52 gtgaacatttgaggaatagcctatttgttaatttcaaaagaaatttgaacttgacattttaatttaaaccaatgcatgattgaagtgtttcgaacaagga 151  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40206565 gtgaacatttgaggaatagcctatatgttaatttcaaaagaaatttgaacttgacattttaatttaaaccaatgcatgattgaagtgtttcga-caagga 40206663  T
Q  152 aatatccgttactaacatttcaagacctgaaaaacgggagagcatcatgattgtgcatgtctctctagttaatgtcttctatgaactacaacctatttat 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40206664 aatatccgttactaacatttcaagacctgaaaaacgggagagcat----attgtgcatgtctctctagttaatgtcttctatgaactacaacctatttat 40206759  T
Q  252 tcaaaacaatcactcacagtcacaatcacgtgatgtttcagagaatcaatatgatacattctttctattaatcggtattatgcaggtattttaaaagttt 351  Q
    ||||||||||||||||||      |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40206760 tcaaaacaatcactcaca------atcacgtgatgtttcagacaaccaatatgatacattctttctattaatcggtattatgcaggtattttaaaagttt 40206853  T
Q  352 ttaaaataaaaccctaaatgtcgaacccacaaagaattgcttcaattacaagtcactttctttttagactattaaggcgaaccaatttgtttgaagttaa 451  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40206854 ttaaaataaaaccctaaatctcgaacccacaaagaattgcttcaattacaagtcactctctttttagactattaaggcgaaccaatttgtttgaagttaa 40206953  T
Q  452 gtcagnnnnnnnn---aataaactaaactagttcatccaaattaacacgaagagaatcaacctaagacaacacatttcaaatcctaaaccaacaccacct 548  Q
    | |||           |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||     
T  40206954 gacagtttttttttttaataaactaaactagtccatccaaattaacacgaggagaatcaacctaagacaacacattccaaattctaagccaacaccaccg 40207053  T
Q  549 actaggatgatttgacgacaacttcgtttcatataatataaccttcaatagatattcctaaatggtccctcgaagaccgacgttacccccatcatatgat 648  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40207054 attaggatgatttgacgacaacttcgcttcatataatataaccttcaacaaatattcctaaatggtgccttgaagaccgacgttacccccatcatatgat 40207153  T
Q  649 taccacattaaagaattaagtacttctaccaaataccaataagttgctaataccccactgcatgagttaaatattggaaataaagcacctcatgctgcat 748  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40207154 taccacattaaagaattaagtacttctaccaaataccaataagttgctaataccccactgcatgagttaaatattggaaataaagcaactcatgctgcat 40207253  T
Q  749 ttacccccattcaattca-ctatgccctatg 778  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40207254 ttacccccattcaattcacctatgccctatg 40207284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University