View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21284_low_74 (Length: 247)

Name: NF21284_low_74
Description: NF21284
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21284_low_74
NF21284_low_74
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (43-232)||(37711226-37711415)
chr5 (29-235)||(37393112-37393318)
chr5 (30-219)||(37823639-37823828)
chr5 (43-219)||(37639481-37639657)
chr5 (43-219)||(37401247-37401423)
chr5 (43-219)||(37593939-37594115)
chr5 (43-219)||(37696330-37696506)
chr5 (53-235)||(37702402-37702584)
chr5 (29-219)||(37532835-37533025)
chr5 (32-186)||(37696498-37696652)
chr5 (29-183)||(37594110-37594264)
chr5 (32-183)||(37401101-37401252)
chr5 (29-183)||(37639652-37639806)
chr5 (29-183)||(37711410-37711564)
chr5 (18-223)||(37382550-37382755)
chr5 (29-223)||(37435441-37435635)
chr5 (30-116)||(37428578-37428664)
chr5 (176-223)||(37413547-37413594)
chr5 (35-74)||(37413488-37413527)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (43-219)||(16843245-16843421)
chr4 (35-228)||(24217972-24218165)
chr4 (18-186)||(16845884-16846052)
chr4 (29-186)||(16843096-16843253)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (137-223)||(14553103-14553189)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 154; Significance: 8e-82; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 43 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 37711415 - 37711226
Alignment:
Q  43 caacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatatttcttcaacattctgc 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37711415 caacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 37711316  T
Q  143 aatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatttcctaatctctat 232  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711315 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatttcctaatctctat 37711226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 29 - 235
Target Start/End: Original strand, 37393112 - 37393318
Alignment:
Q  29 attgacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatattt 128  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37393112 attgacctgagtttcaacaagttacaaggtgatcttccaattccacctgatggcattgaagactttttactctcaaacaacaacttcacaggagatattt 37393211  T
Q  129 cttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatttcctaatct 228  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||    
T  37393212 cttcaacattctgcaatgctagttccctttatatcctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgtctaggaacattttcttatct 37393311  T
Q  229 ctatatt 235  Q
    || ||||    
T  37393312 ctctatt 37393318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 30 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 37823828 - 37823639
Alignment:
Q  30 ttgacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatatttc 129  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  37823828 ttgacctcagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttc 37823729  T
Q  130 ttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37823728 ttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacatt 37823639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 43 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 37639657 - 37639481
Alignment:
Q  43 caacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatatttcttcaacattctgc 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37639657 caacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattaaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 37639558  T
Q  143 aatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatt 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37639557 aatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacatt 37639481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 43 - 219
Target Start/End: Original strand, 37401247 - 37401423
Alignment:
Q  43 caacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatatttcttcaacattctgc 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37401247 caacaactttcaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttcttcaacattctgc 37401346  T
Q  143 aatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatt 219  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37401347 aatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacatt 37401423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 43 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 37594115 - 37593939
Alignment:
Q  43 caacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatatttcttcaacattctgc 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  37594115 caacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaatttcacaggagatatatcttcaacattctgc 37594016  T
Q  143 aatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatt 219  Q
    ||||| |||| |||  || | ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37594015 aatgcaagttacctgaatgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacatt 37593939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 43 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 37696506 - 37696330
Alignment:
Q  43 caacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatatttcttcaacattctgc 142  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  37696506 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaatttcacaggagatatatcttcaacattctgc 37696407  T
Q  143 aatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatt 219  Q
    ||||| |||| |||  || | ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37696406 aatgcaagttacctgaatgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacatt 37696330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 53 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 37702584 - 37702402
Alignment:
Q  53 caaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatatttcttcaacattctgcaatgccagtt 152  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  37702584 caaggacatcttccaattccacctcatggcattgtacactttttactctcaaacaacaacttcacaggaaatatctcttcaacattctgcaatgcaagtt 37702485  T
Q  153 ccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatttcctaatctctatatt 235  Q
    ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||    
T  37702484 ccctttacattctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgtctgggaacatttcctcatctctctatt 37702402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 29 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 37533025 - 37532835
Alignment:
Q  29 attgacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatattt 128  Q
    |||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  37533025 attgacttgagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccacctgatggcattggatacttttcactctcaaataacaacttcacaggagatattt 37532926  T
Q  129 cttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatt 219  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||  || | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37532925 cttcaacattctgcaatgcaagttacctgaatgttctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacatt 37532835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 32 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 37696652 - 37696498
Alignment:
Q  32 gacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatatttctt 131  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  | |||||  | ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37696652 gacctcagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctagcattggatacttttcactctcaaacaacaacttcacaggaaatatttctt 37696553  T
Q  132 caacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaattt 186  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  37696552 caacattctgcaatgcaagttccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 37696498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 29 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 37594264 - 37594110
Alignment:
Q  29 attgacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatattt 128  Q
    |||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  37594264 attgacttgagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggaaatattt 37594165  T
Q  129 cttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaa 183  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  37594164 cttcaacattctgcaatgcaagttccctttataccctcaatttggctcacaacaa 37594110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 32 - 183
Target Start/End: Original strand, 37401101 - 37401252
Alignment:
Q  32 gacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatatttctt 131  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  37401101 gacctcagtttcaacaagttacaaggagatcttccaattccaccttctggcattgaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggatacatttctt 37401200  T
Q  132 caacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaa 183  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  ||  ||| ||||||||||||||||    
T  37401201 caacattctgcaatgcaagttcccttcgtaccctcaatttggctcacaacaa 37401252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 29 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 37639806 - 37639652
Alignment:
Q  29 attgacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatattt 128  Q
    ||||| || ||||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  37639806 attgatcttagtttcaacatgttgcaaggacatcttccaattccacctgatggcattgtatactttttactctcaaataacaacttcacaggaaatattt 37639707  T
Q  129 cttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaa 183  Q
    ||||||||||| |||| || |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  37639706 cttcaacattccgcaacgcaagttccctttataccctcaatttggctcacaacaa 37639652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 37711564 - 37711410
Alignment:
Q  29 attgacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatattt 128  Q
    ||||| || ||||||||||  || |||||||||||||||||||||||   ||||||| || ||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  37711564 attgatcttagtttcaacatgttgcaaggagatcttccaattccaccatctggcattcaatacttttcactctcaaataacaacttcacaggaaatattt 37711465  T
Q  129 cttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaa 183  Q
    ||||||||||| |||| || |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  37711464 cttcaacattccgcaacgcaagttccctttataccctcaatttggctcacaacaa 37711410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Original strand, 37382550 - 37382755
Alignment:
Q  18 acattcaacaaattgacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcac 117  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||||||| |  ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  37382550 acattcaacatgttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccaatcccacgttatggcatttactactttttactctcgaacaacaacttcac 37382649  T
Q  118 aggatatatttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaaca 217  Q
    |||| | |||  ||   |||| ||||| || ||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||| | ||||||    
T  37382650 aggaaacattgatttttcattgtgcaacgcaagttccctgaatgtgctcaatttggctcacaacaatttaactggcatgattccacaatgcttgggaaca 37382749  T
Q  218 tttcct 223  Q
    ||||||    
T  37382750 tttcct 37382755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 29 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 37435635 - 37435441
Alignment:
Q  29 attgacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatattt 128  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||| | ||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||    
T  37435635 attgacctcagtttcaacaaattgcaaggagacattccaattccatccgatggcattgaatactttttgctctcaaacaacaacttcgcaggagacattt 37435536  T
Q  129 cttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatttcct 223  Q
    |||||| ||| ||| | || || ||| |  |  ||||| ||||||| |||||||| |||| ||| || |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  37435535 cttcaaaattgtgccaagcaagctccatgaacgtgctcaatttggcccacaacaaattgacaggcataattccaaaatgcctgggaacatttcct 37435441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 30 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 37428664 - 37428578
Alignment:
Q  30 ttgacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttca 116  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  37428664 ttgatctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccaattccaccttatggcattgaatactttttactctctaacaacaacttca 37428578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 223
Target Start/End: Original strand, 37413547 - 37413594
Alignment:
Q  176 cacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatttcct 223  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37413547 cacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttcct 37413594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 74
Target Start/End: Original strand, 37413488 - 37413527
Alignment:
Q  35 ctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccac 74  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  37413488 ctcagtttcaacaagttgcaaggagatcttccaattccac 37413527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 43 - 219
Target Start/End: Original strand, 16843245 - 16843421
Alignment:
Q  43 caacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatatttcttcaacattctgc 142  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16843245 caacaattttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattgtatacttttcactctcaaataacaacttcacaggagatatttcttcaacattctgc 16843344  T
Q  143 aatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatt 219  Q
    ||||| ||| ||||| || ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843345 aatgcaagtacccttaatttgcttaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctaggaacatt 16843421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 228
Target Start/End: Original strand, 24217972 - 24218165
Alignment:
Q  35 ctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatatttcttcaa 134  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||  |||| ||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||| |||       
T  24217972 ctcagtttcaacaagttgcaaggagaccttccgattccaccctatggaattcaatacttttcactctcaaacaacaacttcacaggagacattgctttgt 24218071  T
Q  135 cattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatttcctaatct 228  Q
    || | |||||||| ||||||||  || ||||| |||||||| |||||||||| | ||| | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  24218072 cactgtgcaatgcaagttccctgaatttgctcaatttggctaacaacaatttaacaggaacgattccacaatgcctgggaacatttccttatct 24218165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 186
Target Start/End: Original strand, 16845884 - 16846052
Alignment:
Q  18 acattcaacaaattgacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcac 117  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||  | ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  16845884 acattcgacacattgacctcagtttcaacaaattgcaaggagacattccaattccatattatggcattaaatactttttgctctcaaacaacaacttcac 16845983  T
Q  118 aggatatatttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaattt 186  Q
    || | |||| ||||| |||||||||| ||| |||| |||   | | ||| |||||||||||||||||||    
T  16845984 agaagatatgtcttccacattctgcagtgcaagtttcctgattgttctcaatttggctcacaacaattt 16846052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 186
Target Start/End: Original strand, 16843096 - 16843253
Alignment:
Q  29 attgacctcagtttcaacaactttcaaggagatcttccaattccacctgatggcattaaaaactatttactctcaaacaacaacttcacaggatatattt 128  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||||||||  ||||||||||| || ||||| || || ||| ||  |||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  16843096 attgatcttagtttcaacaaattgcaaggagacattccaattccatcttatggccttcaatacttttcgctctcaaacaacaacttcacaggagacattt 16843195  T
Q  129 cttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaattt 186  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | |  || | ||| |||||||||||||||||||    
T  16843196 cttcaacattctgcaatgcaagtttcttgaatgttctcaatttggctcacaacaattt 16843253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 67; Significance: 7e-30; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 137 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 14553189 - 14553103
Alignment:
Q  137 ttctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatttcct 223  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  14553189 ttctgcaatgcaagttccctttatatgctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctggggacatttcct 14553103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University