View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21285_low_1 (Length: 734)

Name: NF21285_low_1
Description: NF21285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21285_low_1
NF21285_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-719)||(49034516-49035222)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 632; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 719
Target Start/End: Original strand, 49034516 - 49035222
Alignment:
Q  18 cgtggatggggaaagtgttgtgtgtctggttgctccaatattgaagtaaacgagtctagaaaggtaacctcctatattattgacaaattagtaaaagatc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49034516 cgtggatggggaaagtgttgtgtgtctggttgctccaatattgaagtaaacgagtctagaaaggtaacctcctatattattgacaaattagtaaaagatc 49034615  T
Q  118 ttcttcatgttcaaataatccagtataataacatccatttatgatgataggtggttgtaattggggacaaggtaatatctgaaggagaatggatctcgtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49034616 ttcttcatgttcaaataatccagtataataacatccatttatgatgataggtggttgtaattggggacaaggtaatatctgaaggagaatggatctcgtt 49034715  T
Q  218 gaatggatccacaggtgaggtgattctaggaaagcaaacactttctcctccggcattaagtgaggatttggaaactttcatgtcttgggctgatcaaata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49034716 gaatggatccacaggtgaggtgattctaggaaagcaaacactttctcctccggcattaagtgaggatttggaaactttcatgtcttgggctgatcaaata 49034815  T
Q  318 aggaagctgaaggtgagctgaatcaaaaca-ttcattcatgtttggtaatttcactcatatcattgttgtgtatcaggttttggcaaattgtgacacacc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49034816 aggaagctgaaggtgagctgaatcaaaacatttcattcatgtttggtaatttcactcatatcattgttgtgtatcaggttttggcaaattgtgacacacc 49034915  T
Q  417 tgaagatgcaataac-agctagaagaaa--tggt-gcacaaggaattggactttgcaggactgaacacatggtacaaataatattcaactccttgttata 512  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49034916 tgaagatgcaataacaagctagaagaaaataggtggcacaaggaattggactttgcaggactgaacacatggtacaaataatattcaactccttgttata 49035015  T
Q  513 actaactaaaacgtgtgagtgcattaaaatttaaaaggcttgtattgtagttttgttataacaagttttagcattgcttttcgaaatnnnnnnnnnnnnc 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |    
T  49035016 actaactaaaacgtgtgagtgcattaaaatttaaaaggcttgtattgtagttttgttataacaagttttagcattgcttttcgaaataaaaagaaaaaac 49035115  T
Q  613 actcatgtagagcgagcataagataaaaatgatcctttttgtatgctataagtttggtgtgttttagttttttgcttcagatgaaaggctaaaggctgtg 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49035116 actcatgtagagcgagcataagataaaaatgatcctttttgtatgctataagtttggtgtgttttagttttttgcttcagatgaaaggctaaaggctgtg 49035215  T
Q  713 agaagga 719  Q
    |||||||    
T  49035216 agaagga 49035222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University