View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21285_low_3 (Length: 543)

Name: NF21285_low_3
Description: NF21285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21285_low_3
NF21285_low_3
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (27-526)||(7000841-7001340)
chr4 (49-519)||(7044123-7044600)
chr4 (28-251)||(7011207-7011432)
chr4 (40-233)||(7037658-7037853)
chr4 (49-220)||(7018884-7019055)
chr4 (71-206)||(7051525-7051660)
chr4 (279-486)||(7017905-7018113)
chr4 (272-479)||(6992088-6992295)
chr4 (49-210)||(6992541-6992702)
chr4 (263-526)||(7009825-7010089)
chr4 (49-233)||(7025837-7026023)
chr4 (279-461)||(7025191-7025373)
chr4 (297-486)||(7036492-7036681)
chr4 (279-454)||(7051182-7051357)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (49-163)||(46185215-46185329)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 7001340 - 7000841
Alignment:
Q  27 caataaagttgtaatttaaaatttacctatttgatagaaaagggcagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagataaccaaagcataagaggatctttc 126  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7001340 caataaagttgtaatttgaaaattacctatttgatagaaaagggcagaaaaagaagaacaaccaggacctccagataaccaaagcataagaggatctttc 7001241  T
Q  127 tgaggattattttctgacttaacaaaataatagaacacttgcatgtcatcatctgtttcccctaaccccacgtacctatcaaatttatgacacaactaca 226  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7001240 tgaggattactttctgatttgacaaaataatagaacacttgcatgtcatcatttgcttctcctaaccctacgtacctatcaaatttatgacccaactaca 7001141  T
Q  227 ttacttgctacaatgcacccccattgcaggaggtgaaaatgaaacaaaatatggaatgattaggattggtctcaccccgtttcaagttcaaaaggaagag 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  7001140 ttacttgctacaatgcacccccattgcaggaggtgaaaatgaaacaaaatatggaatgattaggattgctctcaccctgtttcaagttcaaaaggaagtg 7001041  T
Q  327 gcccttgaaaaccaggaagatgttcaacctttgagccataagcttcaatgtgagataatatctgcaagataaaaaatccaagagcaagtagaatctgaca 426  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||| || |||||  ||| || | |||||| |||||||||||||||    
T  7001040 gaccttgaaaaccaggaagctgttcaacctttgagccataagcttcaagaggagttaacatatgcaaactaagaagtacaagagaaagtagaatctgaca 7000941  T
Q  427 acaacagtatagtgaactatgagtaggaggaatcaacttgttcatctttgcaagattcaactactttctgacacttttaatgttcttgttgatcatgagt 526  Q
    | || ||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  7000940 agaatagtgtggtgaattatgagaaggaggaatcaacttgttcatctttgcaagattcaactactttctaacactttaaatgttattgttgatcatgagt 7000841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 49 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 7044600 - 7044123
Alignment:
Q  49 ttacctatttgatagaaaagggcagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagataaccaaagcataagaggatctttctgaggattattttctgacttaa 148  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |    
T  7044600 ttacctatttgataggcaagggcagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagatatccaaagcataagagggtctttcttaggattattttctgatttga 7044501  T
Q  149 caaaataatagaacacttgcatgtcatcatctgtttcccctaaccccacgtacctatcaa---atttatg---acacaactacattacttgctacaatgc 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||   || ||||   | |||| |||||||||||||||| ||     
T  7044500 caaaataatagaacacttgcatgtcatcatttgcttctcctaaccccacgtacctatcaaaatatatatgaacatacaaatacattacttgctacactgt 7044401  T
Q  243 acccccatt-gcaggaggtgaaaatgaaacaaaatatggaatgattaggattggtctcaccccgtttcaagttcaaaaggaagaggcccttgaaaaccag 341  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  || |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  7044400 acccccattaacaggaggtgaaaatgaaataaaatatggaatgattaaaattg--ctgaccctgtttcaagttcaaatggaagaggtccttgaaaaccag 7044303  T
Q  342 gaagatgttcaacctttgagccataagcttcaatgtgagataatatctgcaagataaaaaatccaagagcaagtagaatctgacaacaacagtatagtga 441  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||   ||| ||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||    
T  7044302 gaagatgttcaacctttgagcgagaagcttcaagaggagttaacatctgcaaactaaaaagtccaagagcaagtagaatctgacaagaatagtgaagtga 7044203  T
Q  442 actatgagtaggaggaatcaacttgttcatctttgcaagattcaacta--ctttctgacacttttaatgttcttgttgat 519  Q
    | || |||  ||||||  || | |||||||||||||||| ||||  ||   |||||||| |||  |||||||||||||||    
T  7044202 attacgagatggaggagccatcatgttcatctttgcaagcttcacttaacttttctgactcttaaaatgttcttgttgat 7044123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 28 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 7011432 - 7011207
Alignment:
Q  28 aataaagttgtaatttaaaatttacctatttgatagaaaagggcagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagataaccaaagcataagaggatctttct 127  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  7011432 aataaatttgtaatttgaaaattacctatttgatagagaaggccagaaatagaagagcaaccaggaccaccagttatccaaagcataagaggatctttct 7011333  T
Q  128 gaggattattttctgacttaacaaaataatagaacacttgcatgtcatcatctgtttcccctaaccccacgtacctatcaaatttatgacac--aactac 225  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  || |||    
T  7011332 gaggattactttctgactttacaaaataatagaacacttgcatgtcatcatttgcttctcctaaccctacgtacctatcaaatttatgacacataattac 7011233  T
Q  226 attacttgctacaatgcacccccatt 251  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||    
T  7011232 attacttgctacactgcacccccatt 7011207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 40 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 7037853 - 7037658
Alignment:
Q  40 atttaaaatttacctatttgatagaaaagggcagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagataaccaaagcataagaggatctttctgaggattatttt 139  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7037853 atttaaaaattacctatttgatagacaaggccagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagttaaccaaagcataagagggtctttctgaggattatttt 7037754  T
Q  140 ctgacttaacaaaataatagaacacttgcatgtcatcatctgtttcccctaaccccacgtacctatcaaatttatga--cacaactacattacttg 233  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  7037753 ctgacttgataaaataatagaacacttgcatgtcatcatttgattctcccaaccccacatacctatcaaatttatgacacacaactacattacttg 7037658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 7019055 - 7018884
Alignment:
Q  49 ttacctatttgatagaaaagggcagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagataaccaaagcataagaggatctttctgaggattattttctgacttaa 148  Q
    ||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  7019055 ttacctatttgatgggcaaggccagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagataaccaaagaattagagggtctttttgaggattattttctgacttta 7018956  T
Q  149 caaaataatagaacacttgcatgtcatcatctgtttcccctaaccccacgtacctatcaaatttatgacaca 220  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7018955 caaaataataaaacacttgcatgtcatcatctgtttcccctaatcccacgtacctatcaaatttatgacaca 7018884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 71 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 7051660 - 7051525
Alignment:
Q  71 cagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagataaccaaagcataagaggatctttctgaggattattttctgacttaacaaaataatagaacacttgcat 170  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7051660 cagaaaaagaagaacagccaggaccaccagataaccaaagcataagaggatctttctgaggattattttctgacttaacaaaataatagaacacttgcat 7051561  T
Q  171 gtcatcatctgtttcccctaaccccacgtacctatc 206  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7051560 gtcgtcatctgtttcccctaaccccaagtacctatc 7051525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 279 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 7018113 - 7017905
Alignment:
Q  279 ggaatgattaggattggtctcaccccgtttcaagttcaaaaggaagaggcccttgaaaa-ccaggaagatgttcaacctttgagccataagcttcaatgt 377  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7018113 ggaatgattaggattggtctcaccccgtttcaagttcaaaaggaagtggtccttgaaaaaccaggaagctgttcaacctttgagccataagcttcaatgt 7018014  T
Q  378 gagataatatctgcaagataaaaaatccaagagcaagtagaatctgacaacaacagtatagtgaactatgagtaggaggaatcaacttgttcatctttgc 477  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||| ||||||||| |||  ||| || |||||| |||||||  || | ||| |||||||||    
T  7018013 gagataatatctgcaagataaaaagtgcaaaagcaagtacaatttgacaacaatagtgaagtaaattatgagaaggaggagccatcatgtacatctttgc 7017914  T
Q  478 aagattcaa 486  Q
    ||| |||||    
T  7017913 aagcttcaa 7017905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 272 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 6992295 - 6992088
Alignment:
Q  272 aaaatatggaatgattaggattggtctcaccccgtttcaagttcaaaaggaagaggcccttgaaaaccaggaagatgttcaacctttgagccataagctt 371  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6992295 aaaatatggaatgattaagattgctctcacccagtttcaagttcaaaaggaagaggtccttgaaaaccaggaagatgttcaacctttgagccataagctt 6992196  T
Q  372 caatgtgagataatatctgcaagataaaaaatccaagagcaagtagaatctgacaacaacagtatagtgaactatgagtaggaggaatcaacttgttcat 471  Q
    |||| |||| ||| || | |||  |||||| |||||  |||||||||||||||||| || |||  |||||| |||||| |||||||| || | |||||||    
T  6992195 caatatgagttaacatattcaaagtaaaaagtccaaatgcaagtagaatctgacaagaatagtgaagtgaattatgagaaggaggaaccatcatgttcat 6992096  T
Q  472 ctttgcaa 479  Q
    ||||||||    
T  6992095 ctttgcaa 6992088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 49 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 6992702 - 6992541
Alignment:
Q  49 ttacctatttgatagaaaagggcagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagataaccaaagcataagaggatctttctgaggattattttctgacttaa 148  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||| || |    
T  6992702 ttacctatttgataggcaaggccagaaaaagaagaacagccaggaccaccagttaaccaaagcataagagggtctttttgaggatcgttttctgatttga 6992603  T
Q  149 caaaataatagaacacttgcatgtcatcatctgtttcccctaaccccacgtacctatcaaat 210  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6992602 taaaataatagaacacttgcatgtcatcatctgtttcccctaaccccacgtacctatcaaat 6992541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 263 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 7010089 - 7009825
Alignment:
Q  263 aaatgaaacaaaatatggaatgattaggattggtctcaccccgtttcaagttcaaaaggaagaggcccttgaaaaccaggaagatgttcaacctttgagc 362  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||||   || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7010089 aaatgaaataaaaaatggaatgattaagatta--ctgacccagtttcaagttcaaaaggaagtggcccttgaaaaccaggaagatgttcaacctttgagc 7009992  T
Q  363 cataagcttcaatgtgagataatatctgcaagataaaaaatccaagagcaagtagaatctgacaacaacagtatagtgaactatgagtaggaggaatcaa 462  Q
    ||||||||||||   ||| ||| || |||||  ||| || | |||||| |||||||||||||||| || |||  |||||| |||||| |||||||| ||     
T  7009991 cataagcttcaagaggagttaacatatgcaaactaagaagtacaagagaaagtagaatctgacaaaaatagtgaagtgaattatgagaaggaggaaccat 7009892  T
Q  463 cttgttcatctttgca-agattcaactactt--tctgacacttttaatgttcttgttgatcatgagt 526  Q
    | |||||||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7009891 catgttcatctttgcagagcttcaactaatttctctgacactttaaatgttcttgttgatcatgagt 7009825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 49 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 7026023 - 7025837
Alignment:
Q  49 ttacctatttgatagaaaagggcagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagataaccaaagcataagaggatctttctgaggattattttctgacttaa 148  Q
    |||||||||| ||| | |||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  7026023 ttacctatttcatacacaagtccagaaaaagaagaacagccaggaccaccagttaaccaaagcataagagggtctttctgaggattattttctgacttta 7025924  T
Q  149 caaaataatagaacacttgcatgtcatcatctgtttcccctaaccccacgtacctatcaaatttatg--acacaactacattacttg 233  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||    
T  7025923 caaaatagtaaaacacttgcatgtcatcatttgaatctcctaaccccacgtacctatcaaatatatgatacacagctacattacttg 7025837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 279 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 7025373 - 7025191
Alignment:
Q  279 ggaatgattaggattggtctcaccccgtttcaagttcaaaaggaagaggcccttgaaaaccaggaagatgttcaacctttgagccataagcttcaatgtg 378  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  7025373 ggaatgattaggattgccctcaccccgtttcaagttcaaaagggagtggcccttgaaaaccaggaaggtgttcaacctttgagccataagcttcaagagg 7025274  T
Q  379 agataatatctgcaagataaaaaatccaagagcaagtagaatctgacaacaacagtatagtgaactatgagtaggaggaatca 461  Q
    || ||| || |||||  |||||| | ||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7025273 agttaacatatgcaaactaaaaagtgcaaaagcaagtacaaactgacaacaatagtatagtgaactatgagaaggaggaatca 7025191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 297 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 7036681 - 7036492
Alignment:
Q  297 ctcaccccgtttcaagttcaaaaggaagaggcccttgaaaaccaggaagatgttcaacctttgagccataagcttcaatgtgagataatatctgcaagat 396  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||| || |||||  |    
T  7036681 ctcaccctgtttcaagttgaaaaggaagaggtccttgaaaaccaggaaggtgttcaacctttgagccataagcttcaagaggagttaacatatgcaaact 7036582  T
Q  397 aaaaaatccaagagcaagtagaatctgacaacaacagtatagtgaactatgagtaggaggaatcaacttgttcatctttgcaagattcaa 486  Q
    || || | |||||| |||||||||||||||| || |||  |||||| |||||| |||||||| || | |||||||||||||||| |||||    
T  7036581 aagaagtacaagagaaagtagaatctgacaaaaatagtgaagtgaattatgagaaggaggaaccatcatgttcatctttgcaagcttcaa 7036492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 279 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 7051357 - 7051182
Alignment:
Q  279 ggaatgattaggattggtctcaccccgtttcaagttcaaaaggaagaggcccttgaaaaccaggaagatgttcaacctttgagccataagcttcaatgtg 378  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||   |    
T  7051357 ggaatgattaggattgccctcaccccgtttcaagttcaaaagggagcggcccttgaaaaccaggaaggtgttcaactcttgagccagaagcttcaagagg 7051258  T
Q  379 agataatatctgcaagataaaaaatccaagagcaagtagaatctgacaacaacagtatagtgaactatgagtagga 454  Q
    || ||| || |||||  |||||| | ||| || ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  7051257 agttaacatatgcaaactaaaaagtgcaaaagtaagtacaaactgacaacaatagtatagtgaactatgaggagga 7051182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 49 - 163
Target Start/End: Original strand, 46185215 - 46185329
Alignment:
Q  49 ttacctatttgatagaaaagggcagaaaaagaagaacaaccaggaccaccagataaccaaagcataagaggatctttctgaggattattttctgacttaa 148  Q
    |||||||||| | ||  |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||  | ||||||||| || ||||  |    
T  46185215 ttacctatttcaaaggcaaggccagaaaaagcagagcaaccaggaccaccagttaaccaaagcaagagaggatcttgtttaggattattctcagactcta 46185314  T
Q  149 caaaataatagaaca 163  Q
     |||||| |||||||    
T  46185315 aaaaatagtagaaca 46185329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University