View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21290_low_1 (Length: 834)

Name: NF21290_low_1
Description: NF21290
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21290_low_1
NF21290_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-819)||(42258111-42258918)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 819
Target Start/End: Original strand, 42258111 - 42258918
Alignment:
Q  1 tgtcggcatgaaacagcacagaagatgttaagagttgaggagtgattcttcaacaacgaattttttgttaacaaacttgttcctttttagttttctcttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42258111 tgtcggcatgaaacagcacagaagatgttaagagttgaggagtgattcttcaacaacgaattttttgttaacaaacttgttcctttttagttttctcttt 42258210  T
Q  101 ccttctctttagcaaaatgcttgtccctgctttacatatggctgtggggttgaaacaaaatttattaaaactaatttgtttgctaaaggcctaaagtcac 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42258211 ccttctctttagcaaa-tgcttgtccctactttacatatggctgtggggttgaaacaaaatttattaaaactaatttgtttgctaaaggcctaaagtcac 42258309  T
Q  201 ataccttaaagtctttaaactgcttcaaataactgtttattgattctgatggtgcttataacagtttattgtaaagttaaagggaaattagcactgattt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42258310 ataccttaaagtctttaaactgcttcaaataactgtttattgattctgatggtgcttataacagtttattgtaaagttaaagggaaattagcactgattt 42258409  T
Q  301 ttatagtatagt----atatatattattttgttaaagattatagtagcattaatttaaaggacaacatggtttgaaatgacaaaataacatcatagcagt 396  Q
    ||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42258410 ttatagtatagtgtatatatatattattttgttaaagattatagtagcattaatttaaaggacaacatggtttgaaatgacaaaataacatcatagcagt 42258509  T
Q  397 aacagtttggtcaatgaaattgttagcttagcatctacgtcttagattaggagttgaatctagcataatcaagtgaattcgtagattggtttgaatccta 496  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42258510 gacagtttggtcaatgaaattgttagcttagcatctacgtcttagattaggagttgaatctagcataatcaagtgaattcgtagattggtttgaatccta 42258609  T
Q  497 tacaaaaattacagtgtaaagcacaaataaagttttgatttgaacaagaaacttaacctcaatttcctatatagtaaaatnnnnnnnaagttttaaacta 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | ||   |  |         ||||||||||||    
T  42258610 tacaaaaattacagtgtaaagcacaaataaagttttgatttgaacaagaaacttaacctcaattagtcaaattccaccacccccg---agttttaaacta 42258706  T
Q  597 aggtaaactttgatacataaaacatgtcatttaaaatgagctcaaaatatgcaatgactaaaaatttaacaaatctgactagatatctnnnnnnnnn--- 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||                
T  42258707 aggtaaactttgatacataaaacatgacatttaaaatgagctcaaaa-----------------tttaacaaatctgactagatatctaaaaaaaaaaaa 42258789  T
Q  694 ---cttggtatcatcaagtttaaatccgagtttagtgagttgagatttaagcatatgcttacaaatattcttattagcagagtaatttttatagactaac 790  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42258790 aaacttggtatcatcaagtttaaatccgagtttagtgagttgagatttaagcatatgcttacaaatattcttattagcagagtaatttttatagactaac 42258889  T
Q  791 tatatacatattctcctcacactactatt 819  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42258890 tatatacatattctcctcacactattatt 42258918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University