View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21314_low_1 (Length: 933)

Name: NF21314_low_1
Description: NF21314
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21314_low_1
NF21314_low_1
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (15-810)||(2326660-2327454)
chr2 (58-810)||(2330375-2331126)
chr2 (36-810)||(2303105-2303878)
chr2 (25-810)||(2320806-2321591)
chr2 (15-765)||(2350726-2351475)
chr2 (38-810)||(2293492-2294263)
chr2 (38-810)||(2309823-2310594)
chr2 (817-917)||(2326448-2326548)
chr2 (817-917)||(2302893-2302993)
chr2 (817-917)||(2330163-2330263)
chr2 (817-917)||(2309605-2309711)
chr2 (817-917)||(2350463-2350569)
chr2 (817-917)||(2293274-2293380)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (21-810)||(41126687-41127478)
chr8 (222-356)||(26506749-26506883)
chr8 (222-335)||(26494725-26494838)
chr8 (72-188)||(26494893-26495009)
chr8 (379-453)||(26494607-26494681)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (158-205)||(55017070-55017117)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (73-194)||(15176287-15176408)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 2327454 - 2326660
Alignment:
Q  15 catcatcacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 114  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327454 catcaccacggtgaattcaaatttttctgacaaatcgacatggccaccctccggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 2327355  T
Q  115 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327354 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattctcctaccagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 2327255  T
Q  215 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327254 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 2327155  T
Q  315 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2327154 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcactgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttc 2327055  T
Q  415 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctccttt 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327054 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctctacaacaccatcaccacccatgaactccctaatctcctgcacaagcctccttt 2326955  T
Q  515 gaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 614  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326954 gaacgtccgggtacttc-accaaattcgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 2326856  T
Q  615 tttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctc 714  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2326855 tttcatcctcagtcaacttccgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttagtctc 2326756  T
Q  715 cttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 810  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2326755 cttaacttgcttcctccctcttatcagcggaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattgtttacgcaacaaaat 2326660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 58 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 2331126 - 2330375
Alignment:
Q  58 ccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctat 157  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||      
T  2331126 ccaccctcgggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatgaagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcc 2331027  T
Q  158 cagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctccca 257  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2331026 cagctccaaatggcatcatctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaattccattggatcctccca 2330927  T
Q  258 aacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatga 357  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||    
T  2330926 aacacgagggtccaaccccatctctgcaaccataaaattcaccgtcccatctttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcctcgctcactgcgtga 2330827  T
Q  358 ggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctcct 457  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330826 ggcaacacgaaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacgcacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctcct 2330727  T
Q  458 tctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgca 557  Q
    ||| | || || |||| |||||||| |||||  ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||    
T  2330726 tctctccagcatcatcgccacccatcacctctgtaatctcctccacaagcttcccctgaacgtccgggtacttc-accaaattcgccataatccattgca 2330628  T
Q  558 aagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaa 657  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||| |||   |||||||||||    
T  2330627 aagcggtggaagtagtatccgtgccaccgttcaaaaactccgaacaaagactaatcatttcatcctcactcaatttccgtttctcctgaggcaactccaa 2330528  T
Q  658 ctccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatct 757  Q
    ||||| ||| ||||| || || |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  2330527 ctccataagagtatctacatacgaaacaacagtattaatattgttcaatctactctccttaacatgcttcctcgctcttatcagcggaagcagaacatct 2330428  T
Q  758 tcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 810  Q
    ||||||||| || ||||| ||  ||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  2330427 tcttgatctttaagcaacttcgccaactcatcccatcgtttacgcaacaaaat 2330375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 2303878 - 2303105
Alignment:
Q  36 tttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaatta 135  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  2303878 tttttccgacaaatcaacatagccgccctctggaagcttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattctaaatggagcaaagctaaatta 2303779  T
Q  136 tatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggct 235  Q
      | | ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  2303778 agtgcaggacaaattctcctttcagcttcaaacggcatcatctttatctccttactccctgtaatgtcaaaattctcatccttccaaaacctttctggct 2303679  T
Q  236 taaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaac 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2303678 taaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctccgccagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccgttcaaaac 2303579  T
Q  336 cacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaag 435  Q
    |||||| ||  |||  || || ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  2303578 cacatcctctttcaccgcgtgtggcaacagaaaatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaacaacacatttcaaataccgaagtttctgcaat 2303479  T
Q  436 tcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatc 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| || || || |||||||| || |    
T  2303478 tcttcctctttcacttcctccttctctccattctcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcctctgcacttctgggtactt-aacc 2303380  T
Q  536 aaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttct 635  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| || ||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||      
T  2303379 aaattcgccataatccattgcaaagtagtggaagtagtatccgtcccaccattcagaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcaactttc 2303280  T
Q  636 gtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctct 735  Q
    |||| |||   |||||||||||||| | ||| |||||  | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  2303279 gtttctcctcgggcaactccaactctagaagagtatctgcatacgaaacaacagtattaacattgttcaatttactctccttaacttgtttcctcgctct 2303180  T
Q  736 tatcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 810  Q
    ||||||| |||| | |||||| ||||||||  || | ||| |||| || |||| ||||   ||||||||||||||    
T  2303179 tatcagcggaagtagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactccttccatcggttacgcaacaaaat 2303105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 2321591 - 2320806
Alignment:
Q  25 gtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagta 124  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  2321591 gtgaattcatctttttccgacaaatcaacatggccaccctccggaagctgccaattgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagca 2321492  T
Q  125 aagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaa 224  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321491 aagctaaattaagtccgggacaaattctccttccagctccaaacggcatcatctttatctctttactccctataatatcaaaagtctcatccttcaaaaa 2321392  T
Q  225 cctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataa 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321391 cctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccacgccatctccgacagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataa 2321292  T
Q  325 ccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatg-ccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccga 423  Q
    || |||||||||||||| ||  |||  |  || | |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  2321291 ccgttcaaaaccacatcctctttcaccgtgtgtgccaacacaaaatgcccctggtggatgacgcctcatcccttccaaaaccacgcacttcaaatatcga 2321192  T
Q  424 agtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccg 523  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||    |||||| | |||| ||||| | |||||||| |||||||||||  || || ||||    
T  2321191 agtttctgcaagttttcctctttcacttcctccttctctccattgtcatcactaaccatcacctcacgaatctcctccacaagcctcccctgcacttccg 2321092  T
Q  524 ggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcct 623  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  2321091 ggtacttc-accaaattcgccataatccactgcaaagcagtggaagtagtatccgtcccaccgttcaaaaactccgaacaaagattaaccatttcattct 2320993  T
Q  624 cagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttg 723  Q
    || |||||||  |||| |||   |||||||||||||| ||||| |||||  | || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2320992 cactcaactttcgtttctcctcgggcaactccaactctaaaagagtatctgcatacgaaacaactgtattatcattgttcaatttactctccttaacttg 2320893  T
Q  724 cttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 810  Q
    ||||||  ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||  || | ||| |||| || |||||||||   ||||||||||||||    
T  2320892 cttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaat 2320806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 2351475 - 2350726
Alignment:
Q  15 catcatcacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 114  Q
    ||||| ||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351475 catcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 2351376  T
Q  115 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 214  Q
    || || || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| || | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||    
T  2351375 aagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcat 2351276  T
Q  215 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 314  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  2351275 ccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttagg 2351176  T
Q  315 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttc 414  Q
    |||||||||||| || |||| |||||| ||  |||  || || |||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  2351175 caccaaataaccgttaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggcaacacattatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttc 2351076  T
Q  415 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctccttt 514  Q
    | ||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||   ||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||    
T  2351075 agatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttcacttccaccttctctccatttccatcacgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctccctt 2350976  T
Q  515 gaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 614  Q
    | ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2350975 gcacgtcggggtacttc-accaaatttgccataatccattgcaaagccgtggaagtagtatctatcccagcattcaaaaactctgaacaaagactaacca 2350877  T
Q  615 tttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctc 714  Q
    ||||||| ||| |||| ||| |||| ||    |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||  ||| ||||||||||| |||||||    
T  2350876 tttcatcttcactcaatttccgtttctcatcaggcaactccaactccaaaagagtatccacatacgaaactacagggttaacattgttcaatctactctc 2350777  T
Q  715 cttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatcttcttgatc 765  Q
     ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2350776 tttaacttgcttcctcgctctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatc 2350726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 2294263 - 2293492
Alignment:
Q  38 tttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattata 137  Q
    |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  2294263 tttccgtcaaatcaacatgcccgccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaag 2294164  T
Q  138 tcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 237  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2294163 tccgggacaaattcttcttccagctccaaacggcatcatctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 2294064  T
Q  238 aactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaacca 337  Q
    |||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2294063 aactccaacgggtcctcccaaacacgaggatccaacgccatctccgccagcaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaacca 2293964  T
Q  338 catcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtc 437  Q
    |||| ||  |||  || || ||||||  ||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2293963 catcctctttcaccgcgtgtggcaacggaaatttccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttctgcaagtc 2293864  T
Q  438 ttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaa 537  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||  || || || |||||||||| | |     
T  2293863 ttcctctttcacttcctccttctctccattttcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcccctgcacttctgggtacttcact-ac 2293765  T
Q  538 atttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgt 637  Q
    ||| ||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||    
T  2293764 attcgccataatccactgcaaactagtggaagtagtgtctgtcccaccgttcaaaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcagcttccgt 2293665  T
Q  638 ttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctctta 737  Q
    || |||   ||| |||| ||||| || || |||||  | || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  2293664 ttctcctcaggccactctaactctaagagagtatctgcatatgaaacaacagtattaatattgttcaatttactctccttaacttgcttccttgctctta 2293565  T
Q  738 tcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 810  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||  || | ||| |||| || ||||||||||  ||||||||||||||    
T  2293564 tcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccattggttacgcaacaaaat 2293492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 2310594 - 2309823
Alignment:
Q  38 tttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattata 137  Q
    |||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  2310594 tttccgtcaaatcaacatgcccgccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaag 2310495  T
Q  138 tcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 237  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2310494 tccgggacaaattcttcttccagctccaaacggcatcatctttatctctttacttcctggaatgacaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 2310395  T
Q  238 aactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaacca 337  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2310394 aactccaatgggtcctcccaaacacgacgatccaacgccatctccgccagaaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaacca 2310295  T
Q  338 catcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtc 437  Q
    |||| ||  |||  || || ||||||  ||| | ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  2310294 catcctctttcaccgcgtgtggcaacggaaatttccccgatggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccaaagtttctgcaagtc 2310195  T
Q  438 ttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaa 537  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||  |  || || ||||||||| | ||     
T  2310194 ttcctctttcacttcctccttctctccattttcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctccccttcacttctgggtacttc-accac 2310096  T
Q  538 atttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgt 637  Q
    ||| ||||||||||| | ||||   ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||    
T  2310095 attcgccataatccactccaaactagtggaagtagtgtctgtcccaccgttcaaaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcagcttccgt 2309996  T
Q  638 ttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctctta 737  Q
    || |||   ||| |||| ||||| ||||| |||||  | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  2309995 ttctcctcaggctactctaactctaaaagagtatctgcatatgaaacaacagtattaacattgttcaatttactctccttaacttgcttccttgctctta 2309896  T
Q  738 tcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 810  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||  || | ||| |||| || ||||||||||  |||||| |||||||    
T  2309895 tcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccattggttacgcgacaaaat 2309823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 817 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 2326548 - 2326448
Alignment:
Q  817 aaaacacataaaaacaagcaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacataatctgtagattctgatgcagttttgagacggttgatg 916  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2326548 aaaacacataaaaacaagtaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacataatctgtagattctgatgcaattttgagacggttgatg 2326449  T
Q  917 a 917  Q
    |    
T  2326448 a 2326448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 817 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 2302993 - 2302893
Alignment:
Q  817 aaaacacataaaaacaagcaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacataatctgtagattctgatgcagttttgagacggttgatg 916  Q
    |||||||||||||||||| || |  |||||||||||| ||||| | | || ||| || ||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  2302993 aaaacacataaaaacaagtaagctaaacatagcataacgaaagggagaaacaaccgtgacagaatctgcagattccgatgcggttttgagacggttgatg 2302894  T
Q  917 a 917  Q
    |    
T  2302893 a 2302893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 817 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 2330263 - 2330163
Alignment:
Q  817 aaaacacataaaaacaagcaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacataatctgtagattctgatgcagttttgagacggttgatg 916  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || | ||||||| ||||||| | ||  || |||||| ||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2330263 aaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataacgaaagtgagaaacgaccgtaacagaatcctcagattccgatgcagttttgagacggttgatg 2330164  T
Q  917 a 917  Q
    |    
T  2330163 a 2330163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 817 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 2309711 - 2309605
Alignment:
Q  817 aaaacacataaaaacaagcaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacataatctgtag------attctgatgcagttttgagacgg 910  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |  |||||||| |||||  ||| | |||| || |      |||||||||||||||||||||||    
T  2309711 aaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataaccttaatagaatccgttggttccgattctgatgcagttttgagacgg 2309612  T
Q  911 ttgatga 917  Q
    |||||||    
T  2309611 ttgatga 2309605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 817 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 2350569 - 2350463
Alignment:
Q  817 aaaacacataaaaacaagcaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacataatctgtag------attctgatgcagttttgagacgg 910  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||| |||||| ||| |||||| |  |      |||| ||||||||||||||||||    
T  2350569 aaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataactttaatataatcagctgtttccaattcggatgcagttttgagacgg 2350470  T
Q  911 ttgatga 917  Q
    |||||||    
T  2350469 ttgatga 2350463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 817 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 2293380 - 2293274
Alignment:
Q  817 aaaacacataaaaacaagcaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacataatctgt------agattctgatgcagttttgagacgg 910  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |  |||||||| |||||  ||| | |||| ||       |||||||||||||||||||||||     
T  2293380 aaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataaccttaatagaatccgttagttccgattctgatgcagttttgagacga 2293281  T
Q  911 ttgatga 917  Q
    |||||||    
T  2293280 ttgatga 2293274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 41127478 - 41126687
Alignment:
Q  21 cacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggcca---ccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaa 117  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||  |||   |||||| ||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  41127478 cacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctctagaatcttccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaa 41127379  T
Q  118 tggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatcct 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  41127378 tggagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcccaactccaaacggcatcatctttatctctttagtcccggtaatatcaaaagcctcatcct 41127279  T
Q  218 tcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcac 317  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||  ||| || ||||||||||||||||||||   | ||||||||||||     
T  41127278 tcaaaaacctttctggtttaaactccaatggatcttcccaaacactagggtccctccctatgtctgccaccatgaaattcactaccacatttttaggcag 41127179  T
Q  318 caaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaa 417  Q
    ||| ||||| |  ||||||||||| ||  |||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| | ||||||||||| ||||||||| | |    
T  41127178 caagtaaccgtcgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacacaaagtgccccggtgggtgacacctcagcccttccaaaatcacacactttaga 41127079  T
Q  418 taccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacc---tccctaatctcctgcacaagcctccttt 514  Q
    ||  | || || ||||||||||||||||| | |||||  |||| | ||   | |||| | || || |||   || |||||||||| |||||   |   ||    
T  41127078 tatggtaggttctgcaagtcttcctctttaatttccttattctcttcatttcgatcagcgccaatcacctgatctctaatctcctccacaattttgtctt 41126979  T
Q  515 gaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 614  Q
    | || |  || |||||| | |||||| ||||| ||||| || |  || ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||    
T  41126978 gcacatgtggatacttc-accaaattagccatgatccactggagcgccgtggaggtcgtgtctgtgccagcattcaaaaactctgaacaaaggctgacca 41126880  T
Q  615 tttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctc 714  Q
    ||||||| ||| ||| |||  |||| |||   ||||||||||| |||||||| |||||  | |||||||||||| | ||    ||| ||||| | || ||    
T  41126879 tttcatcttcactcagcttgcgtttctcctcgggcaactccaattccaaaagagtatctgcataggaaacaacattgtt---tttgctcaatctcctttc 41126783  T
Q  715 cttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 810  Q
    |||  ||| ||||||| ||||||| ||| |||| | |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||  |||||| || |||||    
T  41126782 cttggcttccttcctcgctcttattagcggaagtagaacatcttcttgatcttttcgcaacttcaacaattcctcccatcgtttacggaataaaat 41126687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 222 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 26506883 - 26506749
Alignment:
Q  222 aaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaa 321  Q
    |||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||||  |||||| |||| | |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||     
T  26506883 aaacctatctggcttgaatgccatgggatcctcccaaacacttggatcccacccaacctctgccaccataaaattaactgtcccatttttaggcaccaag 26506784  T
Q  322 taaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatg 356  Q
    ||||| || |||| |||||| ||| ||| ||||||    
T  26506783 taaccgttaaaaatcacatcctcggtcactgcatg 26506749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 222 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 26494838 - 26494725
Alignment:
Q  222 aaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaa 321  Q
    |||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||    ||||| || || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     
T  26494838 aaacctctctggcttaaacaccgtaggatcctcccaaaccgttggatctaatcctatatctgccaccataaaattcacagtcccatttttaggcaccaag 26494739  T
Q  322 taaccattcaaaac 335  Q
    ||||||||||||||    
T  26494738 taaccattcaaaac 26494725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 72 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 26495009 - 26494893
Alignment:
Q  72 cttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggc 171  Q
    |||||| || || ||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |  || || |||||  | |||||||| || ||  | ||||||||||||    
T  26495009 cttccactcaaagttcaaaaccaaattagcaacaaagtattctaaatggagcattgccaatttataggcaggacaaatcctcctccctgctccaaacggc 26494910  T
Q  172 atcatcttgatctcttt 188  Q
    |||||||| ||||||||    
T  26494909 atcatctttatctcttt 26494893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 379 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 26494681 - 26494607
Alignment:
Q  379 ggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcc 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||  | | ||| | ||| ||||||||| ||||||||    
T  26494681 ggatgacgccttaacccttccaaaatcacagccttcaaatatggcaatttctccaaatcttcctctctcacttcc 26494607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 55017117 - 55017070
Alignment:
Q  158 cagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaa 205  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  55017117 cagcaccaaacggcatcatcttcatctctttagttcctgtaatatcaa 55017070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 194
Target Start/End: Original strand, 15176287 - 15176408
Alignment:
Q  73 ttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggca 172  Q
    ||||| || |||||| |||| ||||| || ||||| |||||||| || |  || ||||||  ||| || ||||| ||||| ||  | |||||||| ||||    
T  15176287 ttccactcaaaattcaaaacaaaattggcaacaaagtattccaagtgcaacaatgctaaaccatagccaggacacattctcctccctgctccaaatggca 15176386  T
Q  173 tcatcttgatctctttactccc 194  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  15176387 tcatctttatctctttactccc 15176408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University