View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21314_low_2 (Length: 814)

Name: NF21314_low_2
Description: NF21314
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21314_low_2
NF21314_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-794)||(36561732-36562525)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 754; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 754; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 36562525 - 36561732
Alignment:
Q  1 ggagagaagaaggagatggagaagagtattgagaatttgactgaggggagggatactgcttataggaccctggatatggttaagagagaattagagaata 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36562525 ggagagaagaaggagatggagaagagtattgagaatttgactgaggggagggatactgtttataggaccctggatatggttaagagagaattagagaata 36562426  T
Q  101 ggcagcgtgaggttgatgaggcgagaagagctagagatgaggttgagaaggttaaagttggctatgagaatgaagtcgttaagttgcaaggtgaaataag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36562425 ggcagcgtgaggttgatgaggcgagaagagctagagatgaggttgagaaggttaaagttggctatgagaatgaagtcgtcaagttgcaaggtgaaataag 36562326  T
Q  201 tgtactaaacggtgttgtggaggagtggaaaattttcgctagagagtctggagagaaaaacaatggattactctctcaggttaatcattataggaatgct 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36562325 tgtactaaacggtgctgtggaggagtgggaaattttcgctagagagtctggagagaaaaacaatggattactctctcaggttaatcattataggaatgct 36562226  T
Q  301 attgatgaagtgaagtctatgaatgagctcaacagtaagaagtttgatgaggagaaaaagaaagtggagaatttgctgtcacaagttgtggaaatggagg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  36562225 attgatgaagtgaagtctatgaatgagctcaacagtaagaagtttgatgaggagaaaaagaaagtggagaatttgcaatcacaagttgtggaaatggagg 36562126  T
Q  401 aaaagattgagctattactctctcaagttcaatgttataagaatgctgttgaagaagtggagcttgagagggataacatcagaaagggatatgatgaaga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36562125 aaaagattgagctattactctctcaagttcaatgttataagaatgctgttgaagaagtggagcttgagagggataacatcagaaagggatatgatgaaga 36562026  T
Q  501 gaaaaacaaagtggaggatttggaggcacgtgttactgaattgaagctcaagcaggataccatcatgaaaagatatgatgaggcaacaaataaggtggag 600  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36562025 gaaaaacaaagtagaggatttggaggcacgtgttactgaattgaagcttaagcaggataccatcatgaaaagatatgatgaggcaacaaataaggtggag 36561926  T
Q  601 aatttggagttgcaagttgtgggactgaaggaaaaaattgagaatgctgaagctgagttggtcaaggtgagtagcgagaaagagaagatgaacgagacaa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36561925 aatttggagttgcaagttgtgggactgaaggaaaaaattgagaatgctgaagctgagttggtcaaggtgagtagcgagaaagagaagatgaacgaaacaa 36561826  T
Q  701 acaaggagctaggaagccgcatagatgttttgatcaacgaaaaggatgctacacatagtagcctcattgcagctcaacgagagtgcaaagattt 794  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36561825 acaaggagctaggaagccgcatagatgttttgattaacgaaaaggatgctacacatagtagcctcattgcagctcaacgagagtgcaaagattt 36561732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University