View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21317_high_15 (Length: 227)

Name: NF21317_high_15
Description: NF21317
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21317_high_15
NF21317_high_15
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (7-227)||(2516163-2516383)
chr8 (7-227)||(2511892-2512112)
chr8 (7-208)||(2505290-2505491)
chr8 (7-227)||(2429629-2429849)
chr8 (7-227)||(2435972-2436192)
chr8 (7-227)||(2432611-2432831)
chr8 (21-227)||(2496590-2496796)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 7 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 2516383 - 2516163
Alignment:
Q  7 ctgaaggtgtcgcaaatttggcacatatcatatataagcggattcgtatgcaaggtttcaccgtagctaattattatcatctatacaccaaattcttaga 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2516383 ctgaaggtgtcacaaatttggcacatatcatatataagcggattcgtatgcaaggtttcaccgtagctaattattatcatctatacaccaaattcttaga 2516284  T
Q  107 gtttgtcctgcctcatataagagaaggtagggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaaaggtcctgcagccttggttggcatctttagt 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2516283 gtttgtcctgcctcatataagagaaggtagggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaaaggtcctgcagccttggttggcatctttagc 2516184  T
Q  207 ggtcgcaatgttggtaaacaa 227  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2516183 ggtcgcaatgttggtaaacaa 2516163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 2512112 - 2511892
Alignment:
Q  7 ctgaaggtgtcgcaaatttggcacatatcatatataagcggattcgtatgcaaggtttcaccgtagctaattattatcatctatacaccaaattcttaga 106  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||| | |||| |||||||||||  |||| ||||||||    
T  2512112 ctgaaggtgtaacaaatttggcacatatcatatataagcggattcgtttgcaaggttttgtcgtagttgattactatcatctatatgccaagttcttaga 2512013  T
Q  107 gtttgtcctgcctcatataagagaaggtagggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaaaggtcctgcagccttggttggcatctttagt 206  Q
     || |||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  2512012 cttcgtcctgcctcatatcagagaagggaaggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaaaggtcctgcagctttggttggcatatttagt 2511913  T
Q  207 ggtcgcaatgttggtaaacaa 227  Q
    |||   |||||||| ||||||    
T  2511912 ggtaaaaatgttggcaaacaa 2511892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 7 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 2505491 - 2505290
Alignment:
Q  7 ctgaaggtgtcgcaaatttggcacatatcatatataagcggattcgtatgcaaggtttcaccgtagctaattattatcatctatacaccaaattcttaga 106  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||| |  |||||| |||| ||||||||||||   |||||||| ||    
T  2505491 ctgaaggtgtgacaaatttggcacatatcgtatataagcgggtccgtttgcaaggttttattgtagctgattactatcatctatacggaaaattcttgga 2505392  T
Q  107 gtttgtcctgcctcatataagagaaggtagggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaaaggtcctgcagccttggttggcatctttagt 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  2505391 gtttgtcctgcctcatatcagagaagggaaggttgtgtatgtagaagacatagctgagggtcttgagaaaggccctgaagccttggttggcatatttagt 2505292  T
Q  207 gg 208  Q
    ||    
T  2505291 gg 2505290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 7 - 227
Target Start/End: Original strand, 2429629 - 2429849
Alignment:
Q  7 ctgaaggtgtcgcaaatttggcacatatcatatataagcggattcgtatgcaaggtttcaccgtagctaattattatcatctatacaccaaattcttaga 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||  | |||  | | || |||||||| || || |||||||| ||    
T  2429629 ctgaaggtgtcacaaatttggcacatatcatatataagcggatccggatggaaggttttgctgtatttgaatactatcatctttatacaaaattcttgga 2429728  T
Q  107 gtttgtcctgcctcatataagagaaggtagggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaaaggtcctgcagccttggttggcatctttagt 206  Q
    |||| | ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||  | ||||||    
T  2429729 gtttatgctgcctcttataagagaaggaaaggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaatggccctgcagctttggttggtctgtttagt 2429828  T
Q  207 ggtcgcaatgttggtaaacaa 227  Q
    ||||  |||||||||||||||    
T  2429829 ggtcaaaatgttggtaaacaa 2429849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 7 - 227
Target Start/End: Original strand, 2435972 - 2436192
Alignment:
Q  7 ctgaaggtgtcgcaaatttggcacatatcatatataagcggattcgtatgcaaggtttcaccgtagctaattattatcatctatacaccaaattcttaga 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  | |||||     || || |||| | ||| || || || |||||||| ||    
T  2435972 ctgaaggtgtcacaaatttggcacaaatcatatataagcggattcggatcgagggttttgttatatctgattactttcacctttatacaaaattcttgga 2436071  T
Q  107 gtttgtcctgcctcatataagagaaggtagggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaaaggtcctgcagccttggttggcatctttagt 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| | | ||||    
T  2436072 gtttgtcctgcctcttataagagaaggaaaggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaatggtcctgctgcattgattggcctatatagt 2436171  T
Q  207 ggtcgcaatgttggtaaacaa 227  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2436172 ggtcgcaatgttggtaaacaa 2436192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 7 - 227
Target Start/End: Original strand, 2432611 - 2432831
Alignment:
Q  7 ctgaaggtgtcgcaaatttggcacatatcatatataagcggattcgtatgcaaggtttcaccgtagctaattattatcatctatacaccaaattcttaga 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |  | |||||     || || |||| | ||| || || || |||||||| ||    
T  2432611 ctgaaggtgtcacaaatttggcacaaatcatatataagcggattcggttcgagggttttgttatatctgattactttcacctttatacaaaattcttgga 2432710  T
Q  107 gtttgtcctgcctcatataagagaaggtagggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaaaggtcctgcagccttggttggcatctttagt 206  Q
     ||||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| | |  |||    
T  2432711 atttgtcctgcctcttataagagaaggaaagattgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaatggtcctgctgcattgattggcctatacagt 2432810  T
Q  207 ggtcgcaatgttggtaaacaa 227  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2432811 ggtcgcaatgttggtaaacaa 2432831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 21 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 2496796 - 2496590
Alignment:
Q  21 aatttggcacatatcatatataagcggattcgtatgcaagg-tttcaccgtagctaattattatcatctatacaccaaattcttagagtttgtcctgcct 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| || || ||| |||  | ||| ||| |  | ||||| || ||||||||||| |||    
T  2496796 aatttggcacatatcatatataagcggattcgcatggaagggtttaacagt-gctgatttctttcacctaaatcctaaattgttggagtttgtcctccct 2496698  T
Q  120 catataagagaaggtagggttgtgtatgtggaagacatagctgagggtcttgagaaaggtcctgcagccttggttggcatctttagtggtcgcaatgttg 219  Q
    ||||| ||||| || | | |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||    
T  2496697 catatcagagatgggaagattgtgtatgttgaagacataactgagggtcttgagaatggccctgcagccttgattggcctatatagtggtcgcaatgttg 2496598  T
Q  220 gtaaacaa 227  Q
    ||||||||    
T  2496597 gtaaacaa 2496590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University