View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2131_high_4 (Length: 521)

Name: NF2131_high_4
Description: NF2131
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2131_high_4
NF2131_high_4
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-504)||(32582329-32582832)
chr1 (17-504)||(32631575-32632056)
chr1 (49-504)||(32657467-32657916)
chr1 (1-151)||(32600465-32600616)
chr1 (166-212)||(32600440-32600486)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (265-504)||(41164099-41164338)
chr8 (194-504)||(41147335-41147645)
chr8 (216-504)||(41172216-41172504)
chr8 (65-129)||(41147638-41147702)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (236-504)||(21665-21919)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (241-504)||(26398338-26398601)
chr6 (355-415)||(26405045-26405105)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (241-504)||(21015813-21016076)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 32582832 - 32582329
Alignment:
1 caaggtagggtgaatttgagacgtagtaaaaggctctctatgtctcttaagttgcacgctatggaatcagaaaaaagtcctatggagaaaacaactggca 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32582832 caaggtagggtgaatctgagacgtagtaaaaggctctctatgtctcttaagttgcacgctatggaatcagaaaaaagtcctatggagaaaacaactggca 32582733  T
101 aaccagatatcgtgatcaacaagaaaaaaccaactaccaaagcagctgtgagnnnnnnnnnnnnntcaactgccaatgcagctgtgactgaagagaaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
32582732 aaccagatatcgtgatcaacaagaaaaaaccaactaccaaagcagctgtgagaaaaaagaaaaaatcaactgccaatgcagctgggactgaagagaaaaa 32582633  T
201 atatgacccatttagtgatgattctcgtgataaggttgtttctgttggtcctcttttccaagtggaagtcccgcaatggactggtgtagtttatgggagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32582632 atatgacccatttagtgatgattctcgtgataaggttgtttctgttggtcctcttttccaagtggaagtcccgcaatggactggtgtagtttatgggagt 32582533  T
301 gactctaaatcgttaggcacacaagtatggcctgttaaagatgattcaagacctactacagaaacagatcttgttgatagaggaagacgaggaaagtgta 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
32582532 gactctaaatcgttaggcacacaagtatggcctgttaaagatgattcaagacctactacagaaacagatcttgttggtagaggaagacgaggaaagtgta 32582433  T
401 gctgcaatgttcaaggttcagttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattgggttctgcattttaccattgggg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32582432 gctgcaatgttcaaggttcagttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattgggttctgcattttaccattgggg 32582333  T
501 attt 504  Q
    ||||    
32582332 attt 32582329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 32632056 - 32631575
Alignment:
17 tgagacgtagtaaaaggctctctatgtctcttaagttgcacgctatggaatcagaaaaaagtcctatggagaaaacaactggcaaaccagatatcgtgat 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||    
32632056 tgagacgtagtaaaaggctgtctgtcgctcttaagttgcatggtatggaatcagaaaaaagtcctatggagaaaacaactggcaaaccagacgtcatgat 32631957  T
117 caacaagaaaaaaccaactaccaaagcagctgtgagnnnnnnnnnnnnntcaactgccaatgcagctgtgactgaagagaaaaaatatgacccatttagt 216  Q
    ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||              ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
32631956 caagaagaaaaaatcaacttccaaagcagctgtgacaaaaaagaaaatatcaactgccaaagcagctgtgactgaagagaaaaaatacgacccatttagt 32631857  T
217 gatgattctcgtgataaggttgtttctgttggtcctcttttccaagtggaagtcccgcaatggactggtgtagtttatgggagtgactctaaatcgttag 316  Q
    |||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
32631856 gatgattctcgtgat------gtttctgttggtcctcttttccaagtggaagtcccacaatggactggtatagtttatgggagtgactctaaatctttag 32631763  T
317 gcacacaagtatggcctgttaaagatgattcaagacctactacagaaacagatcttgttgatagaggaagacgaggaaagtgtagctgcaatgttcaagg 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32631762 gcacacaagtatggcctgttaaagatgattcaagacctactacagaaacagatcttattggtagaggaagacgaggaaagtgtagctgcaatgttcaagg 32631663  T
417 ttcagttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattgggttctgcattttaccattggggattt 504  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
32631662 ttcagttgactgtgtaagatttcattttgcttcaaacaggatgaagctgaagtttgattttggttctgcattttaccattggggattt 32631575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 49 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 32657916 - 32657467
Alignment:
49 aagttgcacgctatggaatcagaaaaaagtcctatggagaaaacaactggcaaaccagatatcgtgatcaacaagaaaaaaccaactaccaaagcagctg 148  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||    
32657916 aagttgcacggtatggaatcagaaaaaattccgatggagaaaacaactagcaaaccagatgtcatgatcaagaagaaaaaatcaacttccaaagcagctg 32657817  T
149 tgagnnnnnnnnnnnnntcaactgccaatgcagctgtgactgaagagaaaaaatatgacccatttagtgatgattctcgtgataaggttgtttctgttgg 248  Q
    |||              ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||    
32657816 tgacaaaaaagaaaatatcaactgccaaagcagctgtgactgaagagaaaaaatatgacccatttagtgatgattctcgtgat------gtttctgttgg 32657723  T
249 tcctcttttccaagtggaagtcccgcaatggactggtgtagtttatgggagtgactctaaatcgttaggcacacaagtatggcctgttaaagatgattca 348  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32657722 tcctcttttccaagtggaagtcccacaatggactggtatagtttatgggagtgactctaaatctttaggcacacaagtatggcctgttaaagatgattca 32657623  T
349 agacctactacagaaacagatcttgttgatagaggaagacgaggaaagtgtagctgcaatgttcaaggttcagttgactgtgtaagattgcatattgctg 448  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||     
32657622 agacctaccacagaaacagatcttattggtagaggaagacaaggaaagtgtagctgcaatgttcaaggttcagttgactgtgtaagatttcattttgctt 32657523  T
449 caaacaggatgaagctgaagtttgaattgggttctgcattttaccattggggattt 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
32657522 caaacaggatgaagctgaagtttgattttggttctgcattttaccattggggattt 32657467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 32600616 - 32600465
Alignment:
1 caaggtagggtgaatttgagacgtagtaaaaggctctctatgtctctt-aagttgcacgctatggaatcagaaaaaagtcctatggagaaaacaactggc 99  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32600616 caaggtacggtgaattttagacgtagtaaaaggctgtctatgtctctttaagttgcacggtatgaaatcagaaaaaagtcctatggagaaaacaactggc 32600517  T
100 aaaccagatatcgtgatcaacaagaaaaaaccaactaccaaagcagctgtga 151  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||    
32600516 aaaccagatgtcgtgatcaagaagaaaaaatcaactgccaatgcagctgtga 32600465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 32600486 - 32600440
Alignment:
166 tcaactgccaatgcagctgtgactgaagagaaaaaatatgacccatt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
32600486 tcaactgccaatgcagctgtgacggaagagaaaaaatatgacccatt 32600440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 180; Significance: 6e-97; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 265 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 41164338 - 41164099
Alignment:
265 gaagtcccgcaatggactggtgtagtttatgggagtgactctaaatcgttaggcacacaagtatggcctgttaaagatgattcaagacctactacagaaa 364  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
41164338 gaagtcccgcaatggaccggtgtagtttatgagagtgactctaaatggttaggcacacaagtatggcctgttaaagatgattcaaaacctactacagaaa 41164239  T
365 cagatcttgttgatagaggaagacgaggaaagtgtagctgcaatgttcaaggttcagttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagct 464  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||  || ||    
41164238 cagatcttgttgggagaggaagacgaggaaagtgtagctacaatgttcaaggttctgttgactgtgtcagacttcatattgctgcaaacaggaccaaact 41164139  T
465 gaagtttgaattgggttctgcattttaccattggggattt 504  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41164138 gaagcttgaattgggttctgcattttaccattggggattt 41164099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 194 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 41147645 - 41147335
Alignment:
194 agaaaaaatatgacccatttagtgatgattctcgtgataaggttgtttctgttggtcctcttttccaagtggaagtcccgcaatggactggtgtagttta 293  Q
    ||||||||| ||| |||| ||  ||||||| |||||| |||||||||||||| || |  ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||     
41147645 agaaaaaatctgagccatctacggatgattttcgtgaaaaggttgtttctgtaggccacctttttcaagtggaagttccggaatggactggtgtagtttc 41147546  T
294 tgggagtgactctaaatcgttaggcacacaagtatggcctgttaaagatgattcaagacctactacagaaacagatcttgttgatagaggaagacgagga 393  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||    
41147545 tgagagtgactctaaatggttaggcacacaagtatggcctgttaaagatggttcaaattctactaccgaaacagatcttgttgggagaggaagacaagga 41147446  T
394 aagtgtagctgcaatgttcaaggttcagttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattgggttctgcattttacc 493  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||  ||||| |    
41147445 aagtgtaactgcaacgttcaaggttctgttgactgtgtcagattccatattgctgataacaggatgaagctgaagcttgaattgcgttgtgtgttttatc 41147346  T
494 attggggattt 504  Q
    |||||||||||    
41147345 attggggattt 41147335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 216 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 41172504 - 41172216
Alignment:
216 tgatgattctcgtgataaggttgtttctgttggtcctcttttccaagtggaagtcccgcaatggactggtgtagtttatgggagtgactctaaatcgtta 315  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||||| || ||||  || ||||||| |||||| ||| | ||||||||| |||||| || |||||||||||||| || |    
41172504 tgatgattttcgtgaaaagcttgtttccgtaggtcacctgttccaagcggaagttccggagtggactggtatagtttctgagagtgactctaaatggtca 41172405  T
316 ggcacacaagtatggcctgttaaagatgattcaagacctactacagaaacagatcttgttgatagaggaagacgaggaaagtgtagctgcaatgttcaag 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
41172404 ggcacacaagtatggcctgttaaagatgattcaaaacctactaccgaaacagatcttgttgggagaggaagacgaggaaggtgtagctgcaacgttcaag 41172305  T
416 gttcagttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattgggttctgcattttaccattggggattt 504  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||  ||| |  ||||| ||||||||||||    
41172304 gttctgttgactgtgtcagattccatattgctgagaacaggatgaagctgaagcttgaattgcattccgtgttttatcattggggattt 41172216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 65 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 41147702 - 41147638
Alignment:
65 aatcagaaaaaagtcctatggagaaaacaactggcaaaccagatatcgtgatcaacaagaaaaaa 129  Q
    ||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
41147702 aatcagaaaagtgtcctctggaaaaaacaactggcaaaccagatgtcgtgatcaaaaagaaaaaa 41147638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 236 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 21919 - 21665
Alignment:
236 ttgtttctgttggtcctcttttccaagtggaagtcccgcaatggactggtgtagtttatgggagtgactctaaatcgttaggcacacaagtatggcctgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||    
21919 ttgtttctgttggtcctcttttccaagtggaagtcccacaatggactggtgttgtttatgggagtgactctaaattgttaggcacacaaatttggcctgt 21820  T
336 taaagatgattcaagacctactacagaaacagatcttgttgatagaggaagacgaggaaagtgtagctgc-aatgttcaaggttcagttgactgtgtaag 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
21819 taaagatgattcaagacctactacagaaacagatcttattggtagaggaagacgaggaaagtgtagctgcaaatgttcaaggttcagttgactgtgtaag 21720  T
435 attgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattgggttctgcattttaccattggggattt 504  Q
    |||               ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
21719 att---------------caggatgaagctgaagtttgaattgggttttgcattttaccattgaggattt 21665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 148; Significance: 7e-78; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 241 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 26398601 - 26398338
Alignment:
241 tctgttggtcctcttttccaagtggaagtcccgcaatggactggtgtagtttatgggagtgactctaaatcgttaggcacacaagtatggcctgttaaag 340  Q
    ||||| |||| || |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |    
26398601 tctgtaggtcatcgtttccaagcggaactcccgcaatgtactggtgtagtttatgagagtgattctaaatgcttaggcacacaagtatggcctgttaatg 26398502  T
341 atgattcaagacctactacagaaacagatcttgttgatagaggaagacgaggaaagtgtagctgcaatgttcaaggttcagttgactgtgtaagattgca 440  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||    
26398501 aggattcaaaacctactacagaaacagatcttgttgggagagaaaggcgaggaatgtgtagctgcaaagttcaaggttctgctgactgtgtaagatttca 26398402  T
441 tattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattgggttctgcattttaccattggggattt 504  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
26398401 tattggtgcaaacaggacggaactgaagcttgaattgggttctgcattttaccatatgggattt 26398338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 355 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 26405105 - 26405045
Alignment:
355 actacagaaacagatcttgttgatagaggaagacgaggaaagtgtagctgcaatgttcaag 415  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
26405105 actaccgaaacagatcttgttgggagaggaagatgaggaaagtgtagctgcaatgttcaag 26405045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 148; Significance: 7e-78; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 241 - 504
Target Start/End: Original strand, 21015813 - 21016076
Alignment:
241 tctgttggtcctcttttccaagtggaagtcccgcaatggactggtgtagtttatgggagtgactctaaatcgttaggcacacaagtatggcctgttaaag 340  Q
    ||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||      
21015813 tctgtaggtcatcgtttccaagtggaactcccgcaatgtactagtgtagtttatgagagtgactctaaatgcttaggcacacaagtatggcctgttaatt 21015912  T
341 atgattcaagacctactacagaaacagatcttgttgatagaggaagacgaggaaagtgtagctgcaatgttcaaggttcagttgactgtgtaagattgca 440  Q
    | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||  |||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||    
21015913 aggattcaaaacctactacagaaacatatcttgttgggagagaaaggcgaggaatgtgtagctgcaaagttcaaggttctgctgactgtgtaagatttca 21016012  T
441 tattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattgggttctgcattttaccattggggattt 504  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
21016013 tattggtgcaaacaggacggaactgaagcttgaattgagttctgcattttaccattggggattt 21016076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University