View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21320_low_3 (Length: 530)

Name: NF21320_low_3
Description: NF21320
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21320_low_3
NF21320_low_3
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (1-512)||(4284492-4285003)
chr7 (1-512)||(4289191-4289702)
chr7 (1-502)||(4266021-4266522)
chr7 (1-512)||(4260475-4260986)
chr7 (1-512)||(4297786-4298286)
chr7 (84-512)||(4255487-4255914)
chr7 (310-512)||(4257751-4257953)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 460; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 460; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 4285003 - 4284492
Alignment:
Q  1 ccaaatgaattagaggcaaaatatttgagtgattggtcagagcaaggtggaaccaacaatagaagcttaatggtttgggatcttcaagttccagaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4285003 ccaaatgaattagaggcaaaatatttgagggattggtcaaagcaaggtggaaccaacaatagaagcttaatggtttgggatcttcaagttccagaagatt 4284904  T
Q  101 catttagagggttatttcaattatctcgtttggatatcgtaaagcttaaggaatttatagtgtcaaaacaaaaggctactaggaatgagaaaagatacct 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4284903 catttagagggttatttcaatgatctcgtttggatatcgtatagcttaaggaatttttagtgtcaaaacaaaaggctactaggaatgagaaaaaatacct 4284804  T
Q  201 tcacttgtcaacttttgttgtatccatagcttatgcctgggtatacagaatgaaagctgaagaaattgagaacaaaaatggtctgatggctttgaatatt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4284803 tcacttgtcaacttttgttgtatccatagcttatgcctgggtatacagaatgaaagctaaagaaattgagaacaaaaatgctctgatggctttgaatatt 4284704  T
Q  301 gattgtcggaatcgtttagaaccaccgactcctgcaacatattttggaaattgtattggaggaagacttgcaattgttgaaacaagtgagttattgggga 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4284703 gattgtcggaattgtttagaaccaccgactcctgcaacatattttggaaattgtattggaggaagacttgcaattgttgaaacaagtgagttattgggga 4284604  T
Q  401 aagatgggctaatcgtggcgatttaactgctaggtgaagctttggaaactttaaaagatggagtgttaaatggagctgaaaatatgtgttcatcgttact 500  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4284603 aagatgggctaatcgtggcggttgaagtgctaggtgaagctttggaaactttaaaagatgtagtgttaaatggagctgaaaatatgtgttcatcgttact 4284504  T
Q  501 tggaggtcttgc 512  Q
    ||||||||||||    
T  4284503 tggaggtcttgc 4284492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 4289702 - 4289191
Alignment:
Q  1 ccaaatgaattagaggcaaaatatttgagtgattggtcagagcaaggtggaaccaacaatagaagcttaatggtttgggatcttcaagttccagaagatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4289702 ccaaatgaattagaggcaaaatatttaagtgattggttaaagcaaggtggaaccaacaatagaagtttaatggtttgggatcttcaagttccagaagatt 4289603  T
Q  101 catttagagggttatttcaattatctcgtttggatatcgtaaagcttaaggaatttatagtgtcaaaacaaaaggctactaggaatgagaaaagatacct 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||| | | ||    
T  4289602 catttagaggattatttcaattatctcgtttggatatcgaaaagcttaaggaatttgtagtgtcaaaacaaaagggtaataggaacgagaaaaaaaatct 4289503  T
Q  201 tcacttgtcaacttttgttgtatccatagcttatgcctgggtatacagaatgaaagctgaagaaattgagaacaaaaatggtctgatggctttgaatatt 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  4289502 tcacctgtcaacttttgttgtatctatagcttatgcatgggtatgcagagtgaaagcagaagaaattgagaacaaaaatgctatgatggttttgaatatt 4289403  T
Q  301 gattgtcggaatcgtttagaaccaccgactcctgcaacatattttggaaattgtattggaggaagacttgcaattgttgaaacaagtgagttattgggga 400  Q
    |||||||| ||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||     
T  4289402 gattgtcgtaatcgtttagatcagccgattcctgcaacatattttggaaattgtattggagcaagacttgcaattgttaaaacaaatgagttattggggg 4289303  T
Q  401 aagatgggctaatcgtggcgatttaactgctaggtgaagctttggaaactttaaaagatggagtgttaaatggagctgaaaatatgtgttcatcgttact 500  Q
    ||||||| ||||| |||||  || || || |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||| ||||||    
T  4289302 aagatggactaattgtggctgttgaagtgttgagtgaagctttggaaactataaaagatggagtgttgaatggagctgaaaattggtcttcattgttact 4289203  T
Q  501 tggaggtcttgc 512  Q
    || |||||||||    
T  4289202 tgaaggtcttgc 4289191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 502
Target Start/End: Original strand, 4266021 - 4266522
Alignment:
Q  1 ccaaatgaattagaggcaaaatatttgagtgattggtcagagcaaggtggaaccaacaatagaagcttaatggtttgggatcttcaagttccagaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  4266021 ccaaatgaattagaggcgaaatatttgagtgattggttaaagcaaggtggaaccaacaatagaagtttaatggtctgggatcttcaagtcccagaagatt 4266120  T
Q  101 catttagagggttatttcaattatctcgtttggatatcgtaaagcttaaggaatttatagtgtcaaaacaaaaggctactaggaatgagaaaagatacct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | | ||    
T  4266121 catttagagggttatttcaattatctcgttcgaatatcgaaaagcttaaggaatttgtagtgtcaaaacaaaagggtactaggaatgagaataaaaatct 4266220  T
Q  201 tcacttgtcaacttttgttgtatccatagcttatgcctgggtatacagaatgaaagctgaagaaattgagaacaaaaatggtctgatggctttgaatatt 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  4266221 tcacctgtcaacttttgttgtatctatagcttatgcatgggtatgcagagtgaaaacagaagaaattgagaacaaaaatgctatgatggttttgaatatt 4266320  T
Q  301 gattgtcggaatcgtttagaaccaccgactcctgcaacatattttggaaattgtattggaggaagacttgcaattgttgaaacaagtgagttattgggga 400  Q
    |||||||| ||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||     
T  4266321 gattgtcgtaatcgtttagatcagccgattcctgcaacatattttggaaattgtattggaggaaaacttgcaattgttaaaacaaatgagttattggggg 4266420  T
Q  401 aagatgggctaatcgtggcgatttaactgctaggtgaagctttggaaactttaaaagatggagtgttaaatggagctgaaaatatgtgttcatcgttact 500  Q
    ||||||| ||||| |||||  || || || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||| ||||||    
T  4266421 aagatggactaattgtggctgttgaagtgttgagtgaagctttggaaactttaaaagatggagtgttgaatggagctgaaaattggtcttcatggttact 4266520  T
Q  501 tg 502  Q
    ||    
T  4266521 tg 4266522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 1 - 512
Target Start/End: Original strand, 4260475 - 4260986
Alignment:
Q  1 ccaaatgaattagaggcaaaatatttgagtgattggtcagagcaaggtggaaccaacaatagaagcttaatggtttgggatcttcaagttccagaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4260475 ccaaatgaattagaggctaaatatttgagtgattggttaaagcaaggtggaaccaacaatagaagtttaatggtttgggatcttgaagttccagaagatt 4260574  T
Q  101 catttagagggttatttcaattatctcgtttggatatcgtaaagcttaaggaatttatagtgtcaaaacaaaaggctactaggaatgagaaaagatacct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||| | | | ||    
T  4260575 catttagagggttatttcaattatctcgtttggatatcgaaaagcttaaggaatttgtagtgtcaaaacaaaagggtactaggactgagaataaaaatct 4260674  T
Q  201 tcacttgtcaacttttgttgtatccatagcttatgcctgggtatacagaatgaaagctgaagaaattgagaacaaaaatggtctgatggctttgaatatt 300  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| | |||||  ||||||||||| ||  |||||||||||||||||| | |||||| |||||||||     
T  4260675 tcacttgtcaacatttgtggtatctattgcttatgcattggtatgtagaatgaaagcagagaaaattgagaacaaaaatgttgtgatgggtttgaatatc 4260774  T
Q  301 gattgtcggaatcgtttagaaccaccgactcctgcaacatattttggaaattgtattggaggaagacttgcaattgttgaaacaagtgagttattgggga 400  Q
    |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||      
T  4260775 gattgcaggaatcgtttagaaccaacgactcctgcaacatattttggaaattgtattggagcaagacttgcaattgttaaaacaagtgagttatttggag 4260874  T
Q  401 aagatgggctaatcgtggcgatttaactgctaggtgaagctttggaaactttaaaagatggagtgttaaatggagctgaaaatatgtgttcatcgttact 500  Q
    || ||||  |||| |||||  || || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||| ||||||    
T  4260875 aaaatggattaattgtggctgttgaaatgttaagtgaagctttggaaactataaaagatggagtgttgaatggagctgaaaattggtcttcattgttact 4260974  T
Q  501 tggaggtcttgc 512  Q
    || |||||||||    
T  4260975 tgaaggtcttgc 4260986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 4298286 - 4297786
Alignment:
Q  1 ccaaatgaattagaggcaaaatatttgagtgattggtcagagcaaggtggaaccaacaatagaagcttaatggtttgggatcttcaagttccagaagatt 100  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4298286 ccaaacgaattagaggaaaaatatttaagtgattggttaaagcaaggtggaaccaacaataaaagcttaatggtttgggatcttcaagttccagaagatt 4298187  T
Q  101 catttagagggttatttcaattatctcgtttggatatcgtaaagcttaaggaatttatagtgtcaaaacaaaaggctactaggaatgagaaaagatacct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||| | |   ||    
T  4298186 catttagagggttatttcaattatctcgttcggatatcaaaaagcttaaggaatttgtagtgttaaaacaagagggtactaggaacgagaataaaagtct 4298087  T
Q  201 tcacttgtcaacttttgttgtatccatagcttatgcctgggtatacagaatgaaagctgaagaaattgagaacaaaaatggtctgatggctttgaatatt 300  Q
    ||| |||||||| |||||  |||| |           | |||||  ||||||||||| ||  |||||||||||||||||| | |||||| |||||||||     
T  4298086 tcatttgtcaacatttgtactatcta-----------ttggtatgtagaatgaaagccgagaaaattgagaacaaaaatgttgtgatgggtttgaatatc 4297998  T
Q  301 gattgtcggaatcgtttagaaccaccgactcctgcaacatattttggaaattgtattggaggaagacttgcaattgttgaaacaagtgagttattgggga 400  Q
    |||||||||| ||||||||| |  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||      
T  4297997 gattgtcggactcgtttagatcagccaattcctgcaacatattttggaaattgtattggaggaagacttgcaattgttaaaacaagtgagttatttggag 4297898  T
Q  401 aagatgggctaatcgtggcgatttaactgctaggtgaagctttggaaactttaaaagatggagtgttaaatggagctgaaaatatgtgttcatcgttact 500  Q
    || |||| ||||| || |   || || || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  || ||||| ||||||    
T  4297897 aaaatggactaattgtagttgttgaagtgttgagtgaagctttggaaactttaaaagatggagtgttgactggagctgaaaattggtcttcattgttact 4297798  T
Q  501 tggaggtcttgc 512  Q
    || |||||||||    
T  4297797 tgaaggtcttgc 4297786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 84 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 4255914 - 4255487
Alignment:
Q  84 tcaagttccagaagattcatttagagggttatttcaattatctcgtttggatatcgtaaagcttaaggaatttatagtgtcaaaacaaaaggctactagg 183  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  4255914 tcaagttcctgaagattcatttagagggttatttgaaatatctcgttcggatatcg-aaagcttaaggaatttgtagtgtcaaaacaaaagggtactagg 4255816  T
Q  184 aatgagaaaagataccttcacttgtcaacttttgttgtatccatagcttatgcctgggtatacagaatgaaagctgaagaaattgagaacaaaaatggtc 283  Q
    |||||||| | | | ||||| |||||||| ||||| | ||| || |||||||| | |||||  ||||||||||| ||  ||||||||||||| |||| |     
T  4255815 aatgagaataaaaatcttcaattgtcaacatttgtggcatctattgcttatgcattggtatgtagaatgaaagccgagaaaattgagaacaagaatgctt 4255716  T
Q  284 tgatggctttgaatattgattgtcggaatcgtttagaaccaccgactcctgcaacatattttggaaattgtattggaggaagacttgcaattgttgaaac 383  Q
    |||||| ||| ||||| |||||  |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||| ||||    
T  4255715 tgatgggtttaaatatcgattgcaggaatcgtttaggagcacctactcctgcaacatattttggaaattgtattggaacatgacttgaaattgttaaaac 4255616  T
Q  384 aagtgagttattggggaaagatgggctaatcgtggcgatttaactgctaggtgaagctttggaaactttaaaagatggagtgttaaatggagctgaaaat 483  Q
    | |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  || || || |  ||||| |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  4255615 aggtgagttattgggggaagatggactaatggtggccgttgaagtgttgagtgaaactttggaaacattaaaagatgtagtgttgaatggagctgaaaat 4255516  T
Q  484 atgtgttcatcgttacttggaggtcttgc 512  Q
      || ||||| |||||||| |||||||||    
T  4255515 tggtcttcatggttacttgaaggtcttgc 4255487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 310 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 4257953 - 4257751
Alignment:
Q  310 aatcgtttagaaccaccgactcctgcaacatattttggaaattgtattggaggaagacttgcaattgttgaaacaagtgagttattggggaaagatgggc 409  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||  || |||| |    
T  4257953 aatcgtttagaacaaccgactcctgcaacatattttggaaattgtattggagcaagacttgcaattgttaaaacaaatgagttatttggagaaaatggac 4257854  T
Q  410 taatcgtggcgatttaactgctaggtgaagctttggaaactttaaaagatggagtgttaaatggagctgaaaatatgtgttcatcgttacttggaggtct 509  Q
    |||| ||||   || || || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||   |||||||||||||||| |||    
T  4257853 taattgtggttgttgaagtgttgagtgaagctttggaaactttaaaagatggagtgttgaatggagctgaaaaattggcgtcatcgttacttggagatct 4257754  T
Q  510 tgc 512  Q
    |||    
T  4257753 tgc 4257751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University