View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21321_high_1 (Length: 778)

Name: NF21321_high_1
Description: NF21321
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21321_high_1
NF21321_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-762)||(45932074-45932838)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 45932838 - 45932074
Alignment:
Q  11 catagggtgggtgcagttaagagttaagactcttctgttaaaaagagttaagactcttccggtaccttctattctatgtatgnnnnnnnnncatagggtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||    
T  45932838 catagggtgggtgcagttaagagttaagactcttctgttaaaaagagttgagactcttccggtaccttctattctatgtatgaaaaaaaa-catagggtt 45932740  T
Q  111 tgtctcatctcaccttcaccttcatgacttcccctcacgagatgttttcttctaattttgagtaaacgttttaattgagctacacttatatactcataaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45932739 tgtctcatctcaccttcaccttcatgacttcccctcacgagatgttttcttctaattttgagtaaacgttttaattgagctacacttatatactcataaa 45932640  T
Q  211 ggcattgcttcaaaatgatttttccgtctacatttcaaacttctctatatgtatacctataataattagtcttcgtctatatgtatatctttttgtcaca 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45932639 ggcattgcttcaaaatgatttttccgtctacatttcaaacttctctatatgtatacctataataattagtcttcgtctatatgtatatctttttgtcaca 45932540  T
Q  311 tcacatttgtcacgtatatacgtggtgaaatgaaattaagagaagaaaatgtagtatttaattgtgtgtagaacaaacccgtttcacacacacnnnnnnn 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  45932539 tcacatttgtcacgtatatacgtggtgaaatgaaattaagagaagaaaatgtagtatttaattgtgtgtagaacaaacccgtttcacacacaaaaaaaaa 45932440  T
Q  411 nnnngaacaaatattctttattaaaaatcatgcacacatgcataacaatgctgcttattgaagatactctctggcatattttcatttatcacggaattaa 510  Q
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45932439 aaaagaacaaatattctttattacaaatcatgcacacatgcataacaatgctgcttattgaagatactctctggcatattttcatttatcacggaattaa 45932340  T
Q  511 tcctgggccttaatctacacgtaatgctacgaacccttatgcttatgatggaattaagccggattcatttggt----------aacaagtaatactacac 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||          |||||||||||||||||    
T  45932339 tcctgggccttaatctacacgtaatgctacgaacccttatgcttatgatggaattaagccggtttcatttggtaacaagtaacaacaagtaatactacac 45932240  T
Q  601 ttatacagccaagtagctagctatatggag--atatgtcatatatag----tatatgcatgtgaggagggaagtaaaatagtaaaatnnnnnnnngttat 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||    
T  45932239 ttatacagccaagtagctagctatatggagatatatgtcatatatagtatttatatgcatgtgaggagggaagtaaaatagtaaaat-aaaaaaagttat 45932141  T
Q  695 aggagtactcctctgctttgtgagatggtataaatttacattaccctacacaatttgtgcttactctt 762  Q
    ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  45932140 agga-cactcctcttctttgtgagatggtataaatttacattaccctacacaatttgtgctcactctt 45932074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University