View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21321_low_4 (Length: 560)

Name: NF21321_low_4
Description: NF21321
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21321_low_4
NF21321_low_4
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (20-552)||(11755446-11755978)
chr6 (20-552)||(12093957-12094489)
chr6 (38-444)||(11739837-11740243)
chr6 (38-444)||(11632002-11632408)
chr6 (95-444)||(11710547-11710896)
chr6 (95-442)||(11662697-11663044)
chr6 (106-444)||(11617892-11618230)
chr6 (95-449)||(11674018-11674372)
[»] scaffold0196 (1 HSPs)
scaffold0196 (94-443)||(12232-12581)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (38-444)||(8951-9357)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (73-430)||(44811260-44811617)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 513; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 552
Target Start/End: Original strand, 11755446 - 11755978
Alignment:
Q  20 attttcgctcaagggttattggtatgaaagttaggtcattacttattgcatcaatttataagaaacaattgaaattatccaatgctgctagattgattca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11755446 attttcgctcaagggttattggtatgaaagttaggtcattacttattgcatcaatttataagaaacaattgaaattatccaatgctgctagattgattca 11755545  T
Q  120 ctcgagcggtgagataatgaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggagaatttccgttttggtttcaccagacatggacaacagtcctccaacta 219  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11755546 ctctagcggtgagataatgaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggagaatttccgttttggtttcaccagacatggacaacagtcctccaacta 11755645  T
Q  220 tcaattgcattagtaattctttttcgcgctactggattggcaacaattgcatcgttggtggtgatagttttgaccgtgcttttgaatgctccactagcaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11755646 tcaattgcattagtaattctttttcgcgctattggattggcaacaattgcatcgttggtggtgatatttttgaccgtgcttttgaatgctccactagcaa 11755745  T
Q  320 agttacaacataagtatctaagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaagctagttctgaagctctggtgaacatgaaagtgctaaagttata 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11755746 agttacaacataagtatctaagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaagctagttctgaggctctggtgaacatgaaagtgctaaagttata 11755845  T
Q  420 tgcatgggaaatgcattttaaaaattccattgaaatcctaagaattgttgaagaaaaattgttatcttcagtactattacaaaaggcatacagccttatg 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11755846 tgcatgggaaatgcattttaaaaattccattgaaatcctaagaattgttgaagaaaaattgttatcttcagtgctattacaaaaggcatacagccttatg 11755945  T
Q  520 ctcttttggttttcacctactttggtctctgct 552  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11755946 ctcttttggttttcacctactttggtctctgct 11755978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 12094489 - 12093957
Alignment:
Q  20 attttcgctcaagggttattggtatgaaagttaggtcattacttattgcatcaatttataagaaacaattgaaattatccaatgctgctagattgattca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12094489 attttcgctcaagggttattggtatgaaagttagatcgttacttactgcatctatttataggaaacaactgaaattatccaatgctgctagattgattca 12094390  T
Q  120 ctcgagcggtgagataatgaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggagaatttccgttttggtttcaccagacatggacaacagtcctccaacta 219  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12094389 ctctagcggtgagataatgaactatgtgaatgtggatgcgtatagaatcggagaatttccgttctggtttcaccagacatggacaacagtcctccaacta 12094290  T
Q  220 tcaattgcattagtaattctttttcgcgctactggattggcaacaattgcatcgttggtggtgatagttttgaccgtgcttttgaatgctccactagcaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12094289 tcaattgcattagtaattctttttcgtgctattggattggcaacaattgcgtcattggtggtgatagttttgaccgtgtttttgaatgctccactagcaa 12094190  T
Q  320 agttacaacataagtatctaagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaagctagttctgaagctctggtgaacatgaaagtgctaaagttata 419  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12094189 agttacaacataagtatcttagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaggctagttctgaggctctggtgaatatgaaagtgctaaagttata 12094090  T
Q  420 tgcatgggaaatgcattttaaaaattccattgaaatcctaagaattgttgaagaaaaattgttatcttcagtactattacaaaaggcatacagccttatg 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||     
T  12094089 tgcatgggaaatgcattttaaaaattccattgaaatcctaagaattgttgaacaaaaattgttatcttcagtgttattacaaaaggcatacagccttatt 12093990  T
Q  520 ctcttttggttttcacctactttggtctctgct 552  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12093989 ctcttttggttttcacctactttggtctctgct 12093957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 38 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 11740243 - 11739837
Alignment:
Q  38 ttggtatgaaagttaggtcattacttattgcatcaatttataagaaacaattgaaattatccaatgctgctagattgattcactcgagcggtgagataat 137  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |  |||||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||  | || ||||||||    
T  11740243 ttggtatgaaagttaagtcattacttgtcgcagccgtttataagaaacaactgaggttatccaatgctgctaaattgattcactctggtggcgagataat 11740144  T
Q  138 gaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggagaatttccgttttggtttcaccagacatggacaacagtcctccaactatcaattgcattagtaatt 237  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||  ||| |||| || |||    
T  11740143 gaattatgtgaatgtggatgcttatagaattggagaattaccgttttggtttcaccattcatggacaacatttctccaactatgtatttcattggtcatt 11740044  T
Q  238 ctttttcgcgctactggattggcaacaattgcatcgttggtggtgatagttttgaccgtgcttttgaatgctccactagcaaagttacaacataagtatc 337  Q
     ||||||| ||   |||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11740043 atttttcgtgcggttgggcttgcgacaattgcatcgttggtggtgatagttttgacggcgctattaaatactccactagcaaagttacaacataagtatc 11739944  T
Q  338 taagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaagctagttctgaagctctggtgaacatgaaagtgctaaagttatatgcatgggaaatgcattt 437  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||  |||||||| | |||||||||||||||||||  |||||    
T  11739943 taagcaaacttctcgtggcacaagatgaaaggttaaaggctagttccgaggctctagtgaatgtgaaagtgttgaagttatatgcatgggaaacccattt 11739844  T
Q  438 taaaaat 444  Q
    |||||||    
T  11739843 taaaaat 11739837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 38 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 11632408 - 11632002
Alignment:
Q  38 ttggtatgaaagttaggtcattacttattgcatcaatttataagaaacaattgaaattatccaatgctgctagattgattcactcgagcggtgagataat 137  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||| |||| | ||||||||||||  |||     |||| ||| ||||||| |||||||||||  | |||||||||||    
T  11632408 ttgggatgaaagttagatcactacttaatgcagccatttataagaaaatattacggctatcgaattctgctaggttgattcactctggtggtgagataat 11632309  T
Q  138 gaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggagaatttccgttttggtttcaccagacatggacaacagtcctccaactatcaattgcattagtaatt 237  Q
    ||| ||  ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||||| | |  |||||||||||||||    
T  11632308 gaattacatgatcgtagatgcttatagaatcggagaatttccattctggtttcaccagacatggacaacaattctccaattgtgtattgcattagtaatt 11632209  T
Q  238 ctttttcgcgctactggattggcaacaattgcatcgttggtggtgatagttttgaccgtgcttttgaatgctccactagcaaagttacaacataagtatc 337  Q
    ||||| ||| | | |||| | |||||  ||||||| |||| |||||||||| | || ||| |||  |||  ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11632208 cttttccgcacaattggactagcaacgcttgcatcattggcggtgatagttctcactgtgatttgcaattatccactagcaaagttacaacacaagtatc 11632109  T
Q  338 taagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaagctagttctgaagctctggtgaacatgaaagtgctaaagttatatgcatgggaaatgcattt 437  Q
      || |||||| ||||||| |||||||| || || || |||||||| || ||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||| |||||||  |||||    
T  11632108 agagcaaacttatggtggcacaagatgagagattaaaggctagttcggaggctcttgtgaatatgaaagtgttgaagttgtatgcgtgggaaaatcattt 11632009  T
Q  438 taaaaat 444  Q
    |||||||    
T  11632008 taaaaat 11632002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 95 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 11710896 - 11710547
Alignment:
Q  95 tatccaatgctgctagattgattcactcgagcggtgagataatgaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggagaatttccgttttggtttcacca 194  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||  | |  |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  11710896 tatccaattctgctagattgattcactctagtggtgagataatgaattacataactgtggatgcttatagaattggagaatttccattctggtttcacca 11710797  T
Q  195 gacatggacaacagtcctccaactatcaattgcattagtaattctttttcgcgctactggattggcaacaattgcatcgttggtggtgatagttttgacc 294  Q
    ||||||||| ||| |||| ||| | |  |||||||||||||||||||  || || | |||| | |||||||| || ||  |||||||||||||| ||||     
T  11710796 gacatggacgacaatccttcaattgtgtattgcattagtaattctttaccgagcaattggactagcaacaatagcttcaatggtggtgatagttctgact 11710697  T
Q  295 gtgcttttgaatgctccactagcaaagttacaacataagtatctaagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaagctagttctgaagctctgg 394  Q
    |||||||  ||  ||||| |||||||||||||| | |||| ||  ||  ||||| ||||||| ||||| || || ||||| |||||||| || ||||| |    
T  11710696 gtgctttgcaacactccaatagcaaagttacaaaacaagtttcagagcgaacttatggtggcacaagacgagagattgaaggctagttccgaggctcttg 11710597  T
Q  395 tgaacatgaaagtgctaaagttatatgcatgggaaatgcattttaaaaat 444  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  11710596 tgaatatgaaagtgctcaagttatatgcatgggaaaaccattttaaaaat 11710547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 95 - 442
Target Start/End: Original strand, 11662697 - 11663044
Alignment:
Q  95 tatccaatgctgctagattgattcactcgagcggtgagataatgaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggagaatttccgttttggtttcacca 194  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||  |||||  | |||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  11662697 tatccaattctgctagattgattcactcgagtggcgagataatgaattatatgactgtggacacttatagaattggagaatttccattctggtttcacca 11662796  T
Q  195 gacatggacaacagtcctccaactatcaattgcattagtaattctttttcgcgctactggattggcaacaattgcatcgttggtggtgatagttttgacc 294  Q
    ||| ||||| ||| |||||||| | |  ||||||||||||||||||||| | || | ||||   |||||||| || ||  |||  ||||||||| | ||     
T  11662797 gacttggaccacaatcctccaaatgtgtattgcattagtaattctttttggtgcaattggaccagcaacaatagcttcaatggcagtgatagttctcacg 11662896  T
Q  295 gtgcttttgaatgctccactagcaaagttacaacataagtatctaagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaagctagttctgaagctctgg 394  Q
     ||||||  ||  |||||||||||||||| ||||| |||| ||  ||| ||||| ||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |    
T  11662897 atgctttgcaacactccactagcaaagttgcaacacaagtttcagagtgaacttatggtggcacaagacgagagattgaaggctagttctgaggctcttg 11662996  T
Q  395 tgaacatgaaagtgctaaagttatatgcatgggaaatgcattttaaaa 442  Q
    |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||    
T  11662997 tgagtatgaaagtgctaaagctatatgcatgggaaacacattttaaaa 11663044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 106 - 444
Target Start/End: Original strand, 11617892 - 11618230
Alignment:
Q  106 gctagattgattcactcgagcggtgagataatgaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggagaatttccgttttggtttcaccagacatggacaa 205  Q
    |||||||||| ||||||  | |||||||||||||| ||||| |  || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  11617892 gctagattgaatcactctggtggtgagataatgaattatgttactgtcgatgcttatagaattggagaatttccattttggtttcaccagacttggacaa 11617991  T
Q  206 cagtcctccaactatcaattgcattagtaattctttttcgcgctactggattggcaacaattgcatcgttggtggtgatagttttgaccgtgcttttgaa 305  Q
    ||  ||||||| | |  ||||||||  |||||||||| ||| | | |||| | |||||| | ||||| ||||||||||||||| | || |||||||  ||    
T  11617992 caagcctccaattgtgtattgcattgataattcttttccgcacaattggactagcaacactcgcatcattggtggtgatagttctcactgtgctttgcaa 11618091  T
Q  306 tgctccactagcaaagttacaacataagtatctaagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaagctagttctgaagctctggtgaacatgaaa 405  Q
     |||||||||||||| |||||||| |||| || ||   ||||| ||||||| |||||||| || || || || ||||| || ||||| ||||| ||||||    
T  11618092 cgctccactagcaaacttacaacacaagtttcaaacccaacttatggtggcgcaagatgagagattaaaggcgagttcggaggctcttgtgaatatgaaa 11618191  T
Q  406 gtgctaaagttatatgcatgggaaatgcattttaaaaat 444  Q
    ||| | ||| |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  11618192 gtgttgaagctatatgcatgggaaacacattttaaaaat 11618230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 95 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 11674372 - 11674018
Alignment:
Q  95 tatccaatgctgctagattgattcactcgagcggtgagataatgaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggagaatttccgttttggtttcacca 194  Q
    |||||||  ||||||||||  ||||||| || || ||||||||||| ||| |||  |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |    
T  11674372 tatccaactctgctagattagttcactctagtggcgagataatgaattatatgactgtggatgcttatagaattggagaatttccattttggtttcacaa 11674273  T
Q  195 gacatggacaacagtcctccaactatcaattgcattagtaattctttttcgcgctactggattggcaacaattgcatcgttggtggtgatagttttgacc 294  Q
    ||| ||||||||| | || ||||| |  ||||||||||| ||||||||||| || |  ||| | |||||  | || ||  |||| |||||| || | |||    
T  11674272 gacttggacaacaattcttcaactgtgtattgcattagtgattctttttcgtgcaatcggacttgcaaccgtagcttcactggtagtgataattctcacc 11674173  T
Q  295 gtgcttttgaatgctccactagcaaagttacaacataagtatctaagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaagctagttctgaagctctgg 394  Q
    |||||||  ||  |||| ||||||||| ||||||| |||| ||  || |||||  ||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| ||||| |    
T  11674172 gtgctttgcaacactccgctagcaaagctacaacacaagtttcagagcaaactaatggtggcgcaagatgagagattaaaagcgagttctgaggctcttg 11674073  T
Q  395 tgaacatgaaagtgctaaagttatatgcatgggaaatgcattttaaaaattccat 449  Q
    |||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  11674072 tgaatatgaaagtgttgaagctatatgcatgggaaacccattttaaaaattccat 11674018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0196
Description:

Target: scaffold0196; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 94 - 443
Target Start/End: Original strand, 12232 - 12581
Alignment:
Q  94 ttatccaatgctgctagattgattcactcgagcggtgagataatgaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggagaatttccgttttggtttcacc 193  Q
    ||||||||| | || |||||| |||||||  | ||||| |||||||| ||| |||  |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  12232 ttatccaatacagcgagattggttcactcaggtggtgaaataatgaattatatgacggtggatgcttatagaattggagaatttccattttggtttcacc 12331  T
Q  194 agacatggacaacagtcctccaactatcaattgcattagtaattctttttcgcgctactggattggcaacaattgcatcgttggtggtgatagttttgac 293  Q
    | || ||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||| ||||| ||| | | |||| | |||||| | |||||  ||| |||||||||| | ||    
T  12332 aaacttggacaacaatcctccaattgtgtattgcattagtaatccttttccgcacaattggactagcaacactagcatcaatggcggtgatagttctcac 12431  T
Q  294 cgtgcttttgaatgctccactagcaaagttacaacataagtatctaagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaagctagttctgaagctctg 393  Q
    ||||||||  |||||||||||| ||||||||||| | || | ||  ||||||||| || |||| ||||| || || || || | |||||||||||||||     
T  12432 cgtgctttgcaatgctccactatcaaagttacaatacaaatttcagagtaaacttatgttggcacaagacgagagattaaaggttagttctgaagctctc 12531  T
Q  394 gtgaacatgaaagtgctaaagttatatgcatgggaaatgcattttaaaaa 443  Q
      ||| ||||||||| | ||  |||||||||||||||  |||||||||||    
T  12532 acgaatatgaaagtgttgaaactatatgcatgggaaaaccattttaaaaa 12581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 91; Significance: 8e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 38 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 9357 - 8951
Alignment:
Q  38 ttggtatgaaagttaggtcattacttattgcatcaatttataagaaacaattgaaattatccaatgctgctagattgattcactcgagcggtgagataat 137  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||| |||  ||| |  || |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  9357 ttgggatgaaagttagatcactacttaatgcatccatttataaaaaaatattaaggttgtccaattctgctagattgattcactctagtggtgagataat 9258  T
Q  138 gaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggagaatttccgttttggtttcaccagacatggacaacagtcctccaactatcaattgcattagtaatt 237  Q
     || ||| | | ||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |  |||||||||||||||    
T  9257 caattatataatcgtagatgcttatagaattggagaatttccggtttggtttcaccagacttggacaacaagcctccaactgtgtattgcattagtaatt 9158  T
Q  238 ctttttcgcgctactggattggcaacaattgcatcgttggtggtgatagttttgaccgtgcttttgaatgctccactagcaaagttacaacataagtatc 337  Q
    ||||| ||| | | |||| | ||||   | ||||| ||||   ||||| || | ||  ||||||  |||||||  ||||| |||||| | || |||| ||    
T  9157 cttttccgcacaattggactagcaattctagcatcattggcaatgataattctcactatgctttgcaatgctcgcctagccaagttagagcacaagtttc 9058  T
Q  338 taagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttgaaagctagttctgaagctctggtgaacatgaaagtgctaaagttatatgcatgggaaatgcattt 437  Q
     |||  ||||| ||||||| |||||||| || || || ||||||| |||  || | || |  ||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||    
T  9057 aaaggcaacttatggtggcacaagatgagagattaaaggctagttttgagtcttttgttactatgaaagtgttgaagttatatgcatgggaaacacattt 8958  T
Q  438 taaaaat 444  Q
    |||||||    
T  8957 taaaaat 8951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 73 - 430
Target Start/End: Original strand, 44811260 - 44811617
Alignment:
Q  73 atttataagaaacaattgaaattatccaatgctgctagattgattcactcgagcggtgagataatgaactatgtgaacgtggatgcctatagaatcggag 172  Q
    |||||||| || ||| |||  ||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  44811260 atttataaaaagcaactgaggttatccaattctgctagattgacgcactctagcggtgaaataatgaattatgtgactgtggatgcttatagaatcggag 44811359  T
Q  173 aatttccgttttggtttcaccagacatggacaacagtcctccaactatcaattgcattagtaattctttttcgcgctactggattggcaacaattgcatc 272  Q
    ||||||| |  ||||||||||| |||||||| ||   | |||| ||||  ||  | || ||||| ||||| ||||||| |||  | || |||||||| ||    
T  44811360 aatttccttactggtttcaccaaacatggactactagcttccagctatgtatctcgttggtaatacttttccgcgctattgggatagctacaattgcctc 44811459  T
Q  273 gttggtggtgatagttttgaccgtgcttttgaatgctccactagcaaagttacaacataagtatctaagtaaacttctggtggcccaagatgaaaggttg 372  Q
      |||| || |||||| | || || ||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| || ||| |||||| |||| || |||||||| || |||    
T  44811460 cctggtagtcatagttatcactgtactttgtaatgcaccaattgcaaagttacaacacaagtttcaaagcaaacttatggtagcacaagatgagagattg 44811559  T
Q  373 aaagctagttctgaagctctggtgaacatgaaagtgctaaagttatatgcatgggaaa 430  Q
    || |||| |||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  44811560 aaggctacttctgaggctcttgtgaatatgaaggtgctgaagttatatgcatgggaaa 44811617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University