View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF21322_low_1 (Length: 677)

Name: NF21322_low_1
Description: NF21322
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF21322_low_1
NF21322_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-667)||(6971312-6971957)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 6971957 - 6971312
Alignment:
Q  18 aaataatcattggtttgttgagtacattatacaaaaatggcatacacaacaatgcatggatagtgtaaaagtttgaaacttggaaacagggccagggctt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6971957 aaataatcattggtttgttgagtacattatacaaaaatggcatacacaacaatgcatgga--gtgtaaaagtttgaaacttggaaacagggc-agggctt 6971861  T
Q  118 ttagcttcttaataagaaactatattctagttaagttaactatatgaaactatataatattattgtacagtccaatgaatgtggccaagttaattaagta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6971860 ttagcttcttaataagaaactatattcaagttaagttaactatatgaaactatataatattattgtacagtccaatgaatgtggccaagttaattaagta 6971761  T
Q  218 atgcttaacttttggggaggactttaatttgtttttcttaaaaatacattcttgaagagaagaactttaaactcctacctaagcacttaaacaaagaaaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6971760 atgcttaacttttggggaggactttaatttgtttttcttaaaaagacattcttgaagagaagaactttaaactcctacctaagcacttaaacaaagaaaa 6971661  T
Q  318 atactcattgaatagttactataaattacacttttaggatatcttttatgatgttgattaaaatttcgataatgacagcaaatgaatcnnnnnnntaata 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  6971660 atactcattgaatagttactataaattacacttttaggatatcttttatgatgttgattaaaatttcgataatgacagcaaatgaatcaaaataataata 6971561  T
Q  418 acccagaggagtacaaatttggtttatttacatgaagaagttaaggttttctattgggaaatacttgatgttgctattaagtaatttcatgaaaataaac 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6971560 acccagaggagtacaaatttggtttatttacatgaagaagttaaggttttctattgggaaatacttgatgttgctattaagtaatttcatgaaaataaac 6971461  T
Q  518 gaatgactctaattgactgcttttataatgcacacctgcatgatttccatcaaacatggaagataacgcctatgtttggaaccacgtttctcagccgagt 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6971460 gaatgactctaattgactgcttttat-atgcacacctgcatgatttccatcaaacatggaagataacgcctatgtttggaaccacgtttctcagccgagt 6971362  T
Q  618 caccacatgtccaagtcaagcctattgaagctattcatcccgtgtctgtg 667  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6971361 caccacatgtccaagtcaaacctatcgaagctattcatcccgtgtctgtg 6971312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University